BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082F12
Chromosome10 (Build37)
Map Location 102,958,210 - 103,071,801
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667701
Upstream genePamci, LOC382413, Cart1, Lrriq1, LOC100043277, 6430590A10Rik, Slc6a15, EG667697
Downstream geneEG627488, EG667692, EG667695, LOC100043292
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082F12.bB6Ng01-082F12.g
ACCDH896924DH896925
length8771,113
definitionDH896924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082F12, 5' end.DH896925|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082F12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,958,210 - 102,959,005)(103,070,662 - 103,071,801)
sequence
gaattctatatgttgttttctgaacctctacatatgcctatggtatgagt
tcatggaatattcacatgcacatgtaaatatagtataattttaaaaatga
aagtgtgttactgttattactatctttgtaacttcgtccttgaggactga
taaaataggttggagtttcaggcatacaataaattattaacttgtctaag
tacaattaaatatcagagatagatacaaatgaagacacatatacttatgc
ttagctattattctacttctaaatacattgttttcccaaatgaagagtgc
atttttttattaagtatttatttcatttacatttccaatgctatcccaaa
agtccccctcacactcccccacccactcccccacccacccactcccactt
cttggccctggtgctcccctgtactgaggcatataaagtctgcatgacca
atgggcctctctttccactgatggccaactaggccaccttctgatacata
tgcagttagacaagagctccagggggtactggttagttcatattgttttt
ccacctatagggttgcagatcccccacagctccttggatactttctctag
ctcctccattgggagccctgtgatccatccaatagctgactgtgagcatc
cactctgtgtttgctaggctctggcctagtctcacaagagacagctatat
ctgggtcctttcagcaaaatcttgctagtgtatgcaatggtgtcagagtt
ttggaagttgattatgggatggatcctcggatatggcagtctctagatgg
tccatccttttgtctcagttcaaaactttgtctttgtactcctttcatgg
gtgttttgttccccaatctaagaaggg
gaattctttcctctacataagcatgctagtaatttaaattaaaatactga
aactcacagttttagttttagactgtattttgttttttatttatatatgt
atgtgtgcatgtttgcacatgcatgcaggtatactcagaagctagaaggt
atcagatcttgttccaagtagctgttcaattgcctgggataggtactctg
aagtaaagcctattcctctacaagaacaactgacatttcaatgccatcca
ttttgtacttgcactcttttccctaacgttatttttgacattttcatgca
tttctataataaaccatactcatttctttccctgtttttcctctgttgta
tccttccctctcttttggaaccctcttctcattaagtctcccttcctatc
ccatgtcaattttatgtatactcgatgctagttaatcactttcttgtcca
ggtgtgggttgaaggatttttaatgaagtaaaagcagtttactaatagct
aaaacatggcgagaaattgaattcactcccccaataacatttaatctcca
ataatccctgaaagacaggtagaacatcatacatgccttcccaattcctt
ataaaatattgataaactaaatgggttttaaatggtacaggtttgtgact
agtgttattttccatcctttaactcatgtgtttagtaaatattgttagct
acttaccatttgtgtaaaggtaaatgataagtagatatggaaatttgcat
cacagctttgatttttgtacagaaattgcccagccatatatacatttcac
cataaaacagcagtaaatctttctgttcaatgtagttatttagctaatta
attgaatgtcttgtgaataatagttacccataacatcactaatacaaact
tgggtatatatttgatttgttttattaaagtctatatatatatttataga
aaataaaccattgaatagctaaatttgtttcgacataagcaaagtatgcc
tttgactacagtagagcttgaagtgttattatacagaatgtgaaatttac
ttgtaatgtaatgttaatttacttaattaaaatacctggtttatttataa
tactaacttaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_102958210_102959005
seq2: B6Ng01-082F12.b_46_842

seq1  GAATTCTATATGTTGTTTTCTGAACCTCTACATATGCCTATGGTATGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATGTTGTTTTCTGAACCTCTACATATGCCTATGGTATGAGT  50

seq1  TCATGGAATATTCACATGCACATGTAAATATAGTATAATTTTAAAAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGAATATTCACATGCACATGTAAATATAGTATAATTTTAAAAATGA  100

seq1  AAGTGTGTTACTGTTATTACTATCTTTGTAACTTCGTCCTTGAGGACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGTTACTGTTATTACTATCTTTGTAACTTCGTCCTTGAGGACTGA  150

seq1  TAAAATAGGTTGGAGTTTCAGGCATACAATAAATTATTAACTTGTCTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGGTTGGAGTTTCAGGCATACAATAAATTATTAACTTGTCTAAG  200

seq1  TACAATTAAATATCAGAGATAGATACAAATGAAGACACATATACTTATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTAAATATCAGAGATAGATACAAATGAAGACACATATACTTATGC  250

seq1  TTAGCTATTATTCTACTTCTAAATACATTGTTTTCCCAAATGAAGAGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTATTATTCTACTTCTAAATACATTGTTTTCCCAAATGAAGAGTGC  300

seq1  ATTTTTTTATTAAGTATTTATTTCATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTATTAAGTATTTATTTCATTTACATTTCCAATGCTATCCCAAA  350

seq1  AGTCCCCCTCACACTCCCCCACCCACTCCCCCACCCACCCACTCCCACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCCTCACACTCCCCCACCCACTCCCCCACCCACCCACTCCCACTT  400

seq1  CTTGGCCCTGGTGCTCCCCTGTACTGAGGCATATAAAGTCTGCATGACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCCCTGGTGCTCCCCTGTACTGAGGCATATAAAGTCTGCATGACCA  450

seq1  ATGGGCCTCTCTTTCCACTGATGGCCAACTAGGCCACCTTCTGATACATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCTCTCTTTCCACTGATGGCCAACTAGGCCACCTTCTGATACATA  500

seq1  TGCAGTTAGACAAGAGCTCCAGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTAGACAAGAGCTCCAGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTTTT  550

seq1  CCACCTATAGGGTTGCAGATCCCCCACAGCTCCTTGGATACTTTCTCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTATAGGGTTGCAGATCCCCCACAGCTCCTTGGATACTTTCTCTAG  600

seq1  CTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATC  650

seq1  CACTCTGTGTTTGCTAGGCTCTGGCCTAGTCTCACAAGAGACAGCTATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTGTTTGCTAGGCTCTGGCCTAGTCTCACAAGAGACAGCTATAT  700

seq1  CTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGAG-T  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGAGTT  750

seq1  TTGGAAGTTGATTATGGGATGGATCCTCGGATATGGCAGTCTCTAGA  796
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGTTGATTATGGGATGGATCCTCGGATATGGCAGTCTCTAGA  797

seq1: chr10_103070662_103071801
seq2: B6Ng01-082F12.g_68_1180 (reverse)

seq1  TATTAAGTTATGTAATTATAAAATAAACAAGTAATTTTTACATTTTAAAA  50
      |||||||||| || ||||| |||||||| ||  ||||| |    ||  ||
seq2  TATTAAGTTA-GT-ATTAT-AAATAAACCAGGTATTTTAA----TT--AA  41

seq1  GTAAAATTTACATTTACAATTTACAAGTAAATTTCACATTTCTGTATAAT  100
      || ||||| ||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GT-AAATTAACA-TTACA--TTACAAGTAAATTTCACA-TTCTGTATAAT  86

seq1  AACACCTTCAAGCTCTGACTGTAGTTCAAAGGCATACTTTTGCTTTATGT  150
      |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||
seq2  AACA-CTTCAAGCTCT-ACTGTAG-TCAAAGGCATAC-TTTGC-TTATGT  131

seq1  CGAAAACAAATTTAGCTTATTTCAAATGGTTTATTTTCTATAAAATATAT  200
      || ||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CG-AAACAAATTTAGC-TATT--CAATGGTTTATTTTCTAT-AAATATAT  176

seq1  TAATATAGACTTTAATAAAACAAATCAAATATATACCCAAGTTTGTATTA  250
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  --ATATAGACTTTAATAAAACAAATCAAATATATACCCAAGTTTGTATTA  224

seq1  GTTGATGTTATGGGTAACTATTATTCACAAGACATTCAATTAATTAGCTA  300
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TGATGTTATGGGTAACTATTATTCACAAGACATTCAATTAATTAGCTA  273

seq1  AATAACTACATTGAACAGAAAGATTTACTGCTGTTTTATGGTGAAATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTACATTGAACAGAAAGATTTACTGCTGTTTTATGGTGAAATGTA  323

seq1  TATATGGCTGGGCAATTTCTGTACAAAAATCAAAGCTGTGATGCAAATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGCTGGGCAATTTCTGTACAAAAATCAAAGCTGTGATGCAAATTT  373

seq1  CCATATCTACTTATCATTTACCTTTACACAAATGGTAAGTAGCTAACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCTACTTATCATTTACCTTTACACAAATGGTAAGTAGCTAACAAT  423

seq1  ATTTACTAAACACATGAGTTAAAGGATGGAAAATAACACTAGTCACAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTAAACACATGAGTTAAAGGATGGAAAATAACACTAGTCACAAAC  473

seq1  CTGTACCATTTAAAACCCATTTAGTTTATCAATATTTTATAAGGAATTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACCATTTAAAACCCATTTAGTTTATCAATATTTTATAAGGAATTGG  523

seq1  GAAGGCATGTATGATGTTCTACCTGTCTTTCAGGGATTATTGGAGATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATGTATGATGTTCTACCTGTCTTTCAGGGATTATTGGAGATTAA  573

seq1  ATGTTATTGGGGGAGTGAATTCAATTTCTCGCCATGTTTTAGCTATTAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATTGGGGGAGTGAATTCAATTTCTCGCCATGTTTTAGCTATTAGT  623

seq1  AAACTGCTTTTACTTCATTAAAAATCCTTCAACCCACACCTGGACAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCTTTTACTTCATTAAAAATCCTTCAACCCACACCTGGACAAGAA  673

seq1  AGTGATTAACTAGCATCGAGTATACATAAAATTGACATGGGATAGGAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTAACTAGCATCGAGTATACATAAAATTGACATGGGATAGGAAGG  723

seq1  GAGACTTAATGAGAAGAGGGTTCCAAAAGAGAGGGAAGGATACAACAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTAATGAGAAGAGGGTTCCAAAAGAGAGGGAAGGATACAACAGAG  773

seq1  GAAAAACAGGGAAAGAAATGAGTATGGTTTATTATAGAAATGCATGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAGGGAAAGAAATGAGTATGGTTTATTATAGAAATGCATGAAAA  823

seq1  TGTCAAAAATAACGTTAGGGAAAAGAGTGCAAGTACAAAATGGATGGCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAAAATAACGTTAGGGAAAAGAGTGCAAGTACAAAATGGATGGCAT  873

seq1  TGAAATGTCAGTTGTTCTTGTAGAGGAATAGGCTTTACTTCAGAGTACCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGTCAGTTGTTCTTGTAGAGGAATAGGCTTTACTTCAGAGTACCT  923

seq1  ATCCCAGGCAATTGAACAGCTACTTGGAACAAGATCTGATACCTTCTAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGGCAATTGAACAGCTACTTGGAACAAGATCTGATACCTTCTAGC  973

seq1  TTCTGAGTATACCTGCATGCATGTGCAAACATGCACACATACATATATAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGTATACCTGCATGCATGTGCAAACATGCACACATACATATATAA  1023

seq1  ATAAAAAACAAAATACAGTCTAAAACTAAAACTGTGAGTTTCAGTATTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAACAAAATACAGTCTAAAACTAAAACTGTGAGTTTCAGTATTTT  1073

seq1  AATTTAAATTACTAGCATGCTTATGTAGAGGAAAGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAATTACTAGCATGCTTATGTAGAGGAAAGAATTC  1113