BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085I09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 56,719,408 - 56,889,495
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD630037F22Rik, 1700060H10Rik, EG629732, Gja1, EG668347, LOC100042622, LOC668355, LOC100042628, EG629739
Downstream geneLOC629742, LOC668363, Hsf2, Serinc1, LOC211619, LOC668374, Pkib, Ppia-ps10_506.1, Fabp7, Smpdl3a, EG664783, 4933403O03Rik, EG245263, Gcc2, Lims1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085I09.bB6Ng01-085I09.g
ACCDH899174DH899175
length1,091969
definitionDH899174|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085I09, 5' end.DH899175|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085I09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,888,398 - 56,889,495)(56,719,408 - 56,720,384)
sequence
gaattcatacaatctttgagattattcatctaccacagctaaatttgcac
ttatgagggaagttattggaaatagaagttttcctgaatttttacagctt
tccctatgatcttaagtcattatttctctgtcatcatgaaacttttcata
tctattttttaactctatgcttaatttctctgcattagtgataagacaat
ttgataattgagttgctcctgggaaattagctaaattttacacatgcata
tttaacctaaatcctgaaatggtcttacacatctcctcagaatttcactg
actttctaagcatgtatgtttcttgtgattacatgcctagttctttctat
aaggatattttcagatccacactgaggttacttatttgaacttcaataat
agcaaaacctattgtaacctcttgacaatcatcatagtggtctttctgtt
ctactgtattttttttataagagtcttcagtgtttgtatgtaccatgaca
tgcctgacaaatgacctctctcttccaatagttctcaacctttggggggg
gtcacttatcagatattctgcatatgagatgtttttatcacaatccataa
tcatagcaaaattacagttatgaagtagcaataaaataatttcgtggctg
ggagtcaccacaatatgaaaaactatattaaaatggttattaaaggcagc
gtgaggatggttaagaactggtatagaacaacaaaacatggaaaaaccaa
ctaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccagccagccaaac
aaaaaaacccttatgaggtaatgtgtgtaacacatggactttaaatcatc
cactacagtagcaacagagagactggcttcagtgtttagggtttgggtca
atttctgacgactgacagatttttctgaaagagattattgttacttaatt
aagaaacaacaagtgaacccttttcacatttgactttcaattataaatgc
attacctcttcccctagtaatgccatctttttgtatggcattattgggta
gcccagaactaatgcttatgaacttggtcctagtgttggca
gaattcaactcccaggcccctcatggtggttcacaattacttttggctcc
aatcccccctctgaccactgcagaaaacaagagcacatatggtacacata
cgtaaagacaaaacactaactataaaataaagtgaacaaacttaatttca
aaaatgaatgaataaaaataatcactagcaaagttaaagtggcagcctaa
acagcaacagtacaaataatgcaaactcaataaagagaaaaaatccttaa
aattaaaccctaaatatttccaaatgaattaaaataactaaagtttaatt
gtaagaaaatacaatggaaatgtttataacaatattttgctcagaaaaat
tatacagaataatttgctgcactatatacactcataatttgaagaattaa
tttttcaaggcttgtttttactttgtcaaaggaaaattatagacttggca
cagtgtagtaaagacttaatacaggaacttaatggtgatgtgacagttaa
taaaactatatcttgaaagtagctggcaatgctctggatgatagttagct
taaatggaacaatttgttaaatcattcaactaatgcttagtaagcatcca
ttgtatagcattatcaagtatgtactgtgaaactcttgtggtcgatgcca
tataaaaagttacatgcttctgtgagattaaaatgtagcagagaaaacac
tagcgcttaaaaaaatggatgatatcttatgatccagtataatatattta
catatatatatatatatatatatatatatatcaaatagtttgaatgttta
cttgaaaatactttaattcttacattgaaaacatagaaaccacagaagtg
gatgctcacagtcagcttatggatgatcacagggcccccaatggaggaac
ttgaaaaagtaccccaggatctaatggatctgcacccttacgtggaacaa
caatatgactaccagtatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_56888398_56889495
seq2: B6Ng01-085I09.b_46_1136 (reverse)

seq1  TGCCACACA-TAGGACCAAGTTCATAAGCATTAGCTCTTGGGCTACCCAA  49
      ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
seq2  TGCCA-ACACTAGGACCAAGTTCATAAGCATTAGTTC-TGGGCTACCCAA  48

seq1  TAATGCCATACAAAAAAGAATGGCATTTACTAGGGGAAGAGGTAATGCAT  99
      ||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCATACAAAAA--GATGGCA-TTACTAGGGGAAGAGGTAATGCAT  95

seq1  TATATAATTTGAAAGTCAAATTGTGAAAAGGGTTCACTTGTTGTTTCTTA  149
      | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-TATAA-TTGAAAGTCAAA-TGTGAAAAGGGTTCACTTGTTGTTTCTTA  142

seq1  ATTAGGTAACAATAATTCTCTTTCAGAAAAATCTGTCAGTCGTCAGAAAT  199
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTAACAATAA-TCTCTTTCAGAAAAATCTGTCAGTCGTCAGAAAT  191

seq1  TGACCCAAACCCTAAACACTGAAGCCAGTCTCTCTGTTGCTACTGTAGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAAACCCTAAACACTGAAGCCAGTCTCTCTGTTGCTACTGTAGTG  241

seq1  GATGATTT-AAGTCCATGTGTTACACACATTACCTCATAAGGGTTTTTTT  298
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTTAAAGTCCATGTGTTACACACATTACCTCATAAGGGTTTTTTT  291

seq1  GTTTGGCTGGCTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGCTGGCTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTAG  341

seq1  TTGGTTTTTCCATGTTTTGTTGTTCTATACCAGTTCTTAACCATCCTCAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTTCCATGTTTTGTTGTTCTATACCAGTTCTTAACCATCCTCAC  391

seq1  GCTGCCTTTAATAACCATTTTAATATAGTTTTTCATATTGTGGTGACTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTTTAATAACCATTTTAATATAGTTTTTCATATTGTGGTGACTCC  441

seq1  CAGCCACGAAATTATTTTATTGCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTATGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACGAAATTATTTTATTGCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTATGA  491

seq1  TTATGGATTGTGATAAAAACATCTCATATGCAGAATATCTGATAAGTGAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGATTGTGATAAAAACATCTCATATGCAGAATATCTGATAAGTGAC  541

seq1  CCCCCCCAAAGGTTGAGAACTATTGGAAGAGAGAGGTCATTTGTCAGGCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCAAAGGTTGAGAACTATTGGAAGAGAGAGGTCATTTGTCAGGCA  591

seq1  TGTCATGGTACATACAAACACTGAAGACTCTTATAAAAAAAATACAGTAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGGTACATACAAACACTGAAGACTCTTATAAAAAAAATACAGTAG  641

seq1  AACAGAAAGACCACTATGATGATTGTCAAGAGGTTACAATAGGTTTTGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAAGACCACTATGATGATTGTCAAGAGGTTACAATAGGTTTTGCT  691

seq1  ATTATTGAAGTTCAAATAAGTAACCTCAGTGTGGATCTGAAAATATCCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGAAGTTCAAATAAGTAACCTCAGTGTGGATCTGAAAATATCCTT  741

seq1  ATAGAAAGAACTAGGCATGTAATCACAAGAAACATACATGCTTAGAAAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAGAACTAGGCATGTAATCACAAGAAACATACATGCTTAGAAAGT  791

seq1  CAGTGAAATTCTGAGGAGATGTGTAAGACCATTTCAGGATTTAGGTTAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAATTCTGAGGAGATGTGTAAGACCATTTCAGGATTTAGGTTAAA  841

seq1  TATGCATGTGTAAAATTTAGCTAATTTCCCAGGAGCAACTCAATTATCAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGTGTAAAATTTAGCTAATTTCCCAGGAGCAACTCAATTATCAA  891

seq1  ATTGTCTTATCACTAATGCAGAGAAATTAAGCATAGAGTTAAAAAATAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTTATCACTAATGCAGAGAAATTAAGCATAGAGTTAAAAAATAGA  941

seq1  TATGAAAAGTTTCATGATGACAGAGAAATAATGACTTAAGATCATAGGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAAGTTTCATGATGACAGAGAAATAATGACTTAAGATCATAGGGA  991

seq1  AAGCTGTAAAAATTCAGGAAAACTTCTATTTCCAATAACTTCCCTCATAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTAAAAATTCAGGAAAACTTCTATTTCCAATAACTTCCCTCATAA  1041

seq1  GTGCAAATTTAGCTGTGGTAGATGAATAATCTCAAAGATTGTATGAATTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAATTTAGCTGTGGTAGATGAATAATCTCAAAGATTGTATGAATTC  1091

seq1: chr10_56719408_56720384
seq2: B6Ng01-085I09.g_70_1038

seq1  GAATTCAACTCCCAGGCCCCTCATGGTGGTTCACAATTACTTTTGGCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTCCCAGGCCCCTCATGGTGGTTCACAATTACTTTTGGCTCC  50

seq1  AATCCCCCCTCTGACCACTGCAGAAAACAAGAGCACATATGGTACACATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCCCTCTGACCACTGCAGAAAACAAGAGCACATATGGTACACATA  100

seq1  CGTAAAGACAAAACACTAACTATAAAATAAAGTGAACAAACTTAATTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAAGACAAAACACTAACTATAAAATAAAGTGAACAAACTTAATTTCA  150

seq1  AAAATGAATGAATAAAAATAATCACTAGCAAAGTTAAAGTGGCAGCCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAATGAATAAAAATAATCACTAGCAAAGTTAAAGTGGCAGCCTAA  200

seq1  ACAGCAACAGTACAAATAATGCAAACTCAATAAAGAGAAAAAATCCTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAACAGTACAAATAATGCAAACTCAATAAAGAGAAAAAATCCTTAA  250

seq1  AATTAAACCCTAAATATTTCCAAATGAATTAAAATAACTAAAGTTTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAACCCTAAATATTTCCAAATGAATTAAAATAACTAAAGTTTAATT  300

seq1  GTAAGAAAATACAATGGAAATGTTTATAACAATATTTTGCTCAGAAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAAAATACAATGGAAATGTTTATAACAATATTTTGCTCAGAAAAAT  350

seq1  TATACAGAATAATTTGCTGCACTATATACACTCATAATTTGAAGAATTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGAATAATTTGCTGCACTATATACACTCATAATTTGAAGAATTAA  400

seq1  TTTTTCAAGGCTTGTTTTTACTTTGTCAAAGGAAAATTATAGACTTGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAAGGCTTGTTTTTACTTTGTCAAAGGAAAATTATAGACTTGGCA  450

seq1  CAGTGTAGTAAAGACTTAATACAGGAACTTAATGGTGATGTGACAGTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTAGTAAAGACTTAATACAGGAACTTAATGGTGATGTGACAGTTAA  500

seq1  TAAAACTATATCTTGAAAGTAGCTGGCAATGCTCTGGATGATAGTTAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTATATCTTGAAAGTAGCTGGCAATGCTCTGGATGATAGTTAGCT  550

seq1  TAAATGGAACAATTTGTTAAATCATTCAACTAATGCTTAGTAAGCATCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGAACAATTTGTTAAATCATTCAACTAATGCTTAGTAAGCATCCA  600

seq1  TTGTATAGCATTATCAAGTATGTACTGTGAAACTCTTGTGGTCGATGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAGCATTATCAAGTATGTACTGTGAAACTCTTGTGGTCGATGCCA  650

seq1  TATAAAAAGTTACATGCTTCTGTGAGATTTAAAATGTAGCAGAGAAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAAGTTACATGCTTCTGTGAGA-TTAAAATGTAGCAGAGAAAACA  699

seq1  CCAGCGCTTAAAAAAATGGATGATATCTTATGATCCAGTAT-ATATATTT  749
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTAGCGCTTAAAAAAATGGATGATATCTTATGATCCAGTATAATATATTT  749

seq1  ACATATATATATATATATATATATATATATATCAAATTAGTTTGAATGTT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACATATATATATATATATATATATATATATATCAAA-TAGTTTGAATGTT  798

seq1  TACTTGAAAATACTTTAAATTCTTACATTGAAAACATAGAAAACACAGAA  849
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TACTTGAAAATACTTT-AATTCTTACATTGAAAACATAGAAACCACAGAA  847

seq1  GTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAG  899
      ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGCTCACAGTCAGCTTATGGAT-GATCACAGGGCCCCCAATGGAG  896

seq1  GAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATACGT  949
      || || || ||||||||| |||| || || |||||||| ||||| |||||
seq2  GAACTTGAAAAAGTACCCCAGGATCT-AATGGATCTGC-ACCCT-TACGT  943

seq1  GGAACAACAATATGAACTAACCAGTATC  977
      |||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  GGAACAACAATATG-ACT-ACCAGTATC  969