BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085J17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 116,120,416 - 116,256,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668091, Gm239
Upstream geneEG668073, Tspan8, Ptprr, 4933416C03Rik, Ptprb, Kcnmb4, Cnot2, LOC668080
Downstream geneRab3ip, D630029K05Rik, LOC544741, Best3, Lrrc10, Cct2, Frs2, Yeats4, 9530003J23Rik, Lyzs, Lyz, Cpsf6, LOC668146, LOC668149, Kifc5c, Cpm, Mdm2, Slc35e3, Nup107, Rap1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085J17.bB6Ng01-085J17.g
ACCDH899237DH899238
length1,163981
definitionDH899237|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085J17, 5' end.DH899238|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085J17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,255,500 - 116,256,671)(116,120,416 - 116,121,400)
sequence
gaattcagtttgtgagtatttggctgagactctgcatctgttgtcacagg
gaaattggccttttgtatttaagctgtctttccgtctttatttgattttg
ggtatcaggataacgctggctttgtagaatagagttgatggttctctttc
tgctcttgattgatgctgttcccctaagctgttactttgtaacctttgaa
ggccagaaagggaaagtgacttttcctggatggctctggttacagtgtat
ccttgtgcttcctgggtcaggtttgcaaatctctctgagatcccaggagt
cgtacctctctgcacagctgaacagtggatgctcattcaggtgggaccct
gccacgatccttgctgtatctatggcagctgccctgataaagtctgcgac
agcaggcagctacattgcttgctactgttcttcccagctatgcacgggtg
gagtggtgctgatgcagaagaaacaggcagtctgtgtggttgatggacac
tgcagatctctttgtggtagaaactcatggatgatacagcttctggaggc
gttttgctggaggcattaaagttgacttggagagggcccaggccagcaca
ccatatcccaagtggccaatatggctgccatagccggtgccaagccagac
tttggaggaagttcactagagaatggtgcaaatgtgtgttcatcagtggg
tcctgaggtgagaagcttatctgggcagtacagcagaaatgcccctcata
cttcttcaactatactaatctacttacttagagacggcttctaatctgcc
atcttacccagaagtcactaagtgatgtatttctgactgtcaaaatgcca
ttgatttcataatctagcagtattctaaaggaaaaatcagaggacatatg
ggaaagtggctggttatcttttaatcagaccaatatcattataattagat
acagttgtttgtgaaatatcaaacaacccacttcttcaaattaaagggat
ctttggagcaaacacttagttttagagattatatttactctcttgctatc
agttttctgggacagttaaatccttgagaacttgacaatgacaattgggg
acatcattagacccaataacagggataaggatatctatgcgtgacttgac
ctttgagacttgg
gaattcccagtagcccgagtaggaaaggatagggagggctgatgttatca
gacctgtggatttatgaagtaattctgtgggcatcatttgactaagtata
tgttttgcaaaactaagctccagtcgcgccacacccagaacgttatccaa
gggtgtgagtttcaagtacacacacaaggactttctaagttgatgcaatg
tctttgagtttgctgaagtcttgggttgagttacatgaaacgccgagggg
ggcatgtaaaagctgggttagaaatgaggttgctacacatctgtaatcta
ttacttggggaagaaaaacagtgagccgttaagacatggttcattataaa
tcttttacatcgaaatgttctcataagttattaaatcggtttcatttata
ttaagtatgtggtacaaagtagagacttttttacatttcaatatccacta
actttacggtgctcagaaataatcctgaaaatgtacttttggcacgtgac
acaagaaaaatcaatagcacttgggcagtcagaagttgtattctctagaa
tggcacatctgaaggaggagagggtgatgtccatatttcctaggacactc
ccccacttcccatgacactcacacacctgtgatactgagacattggagtt
ttatgtgagactcattggttttcaaatccttactaacatctcttatgtac
taagcactgggctaggctctgggtggaccctgggtaattatagcattcat
ttcccctgctgtctggggcttctaagtcccacagataagatagacaaaac
atacaactagaaaccatgaaagttccataaacaaacaagcagacactctc
atagggaatgtctggggtgagggggacaggcaggaaagtctctgtcaaga
gatggcacttagagtagggtatgtagctcagttggagcatctggcgttcg
aaagcctagggttcgattcccagccccacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_116255500_116256671
seq2: B6Ng01-085J17.b_44_1206 (reverse)

seq1  CCAAGTCTCTCAGGGTTCAAGTCA-GCATAGATCTCCTTCTCCCCTGCTA  49
      |||||||||  |||  |||||||| |||||||| ||||| | ||||| ||
seq2  CCAAGTCTCAAAGG--TCAAGTCACGCATAGATATCCTTAT-CCCTGTTA  47

seq1  TTGGGTCTAATGATGTCCCCAATTGTCATTGTCAAGTTCTCAAAGGAATT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  TTGGGTCTAATGATGTCCCCAATTGTCATTGTCAAGTTCTC-AAGGATTT  96

seq1  TACTGGTCCCCAGAAAACTGATAGCAAGAGAGTAAATATAATCTCTAAAA  149
       ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTG--TCCCAGAAAACTGATAGCAAGAGAGTAAATATAATCTCTAAAA  144

seq1  CTAAGTGTTTGCTCCAAAAGATCCCCTTTAATTTGAAGGAGTGGGTTGTT  199
      ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTAAGTGTTTGCTCC-AAAGAT-CCCTTTAATTTGAAGAAGTGGGTTGTT  192

seq1  TGATAATTTCACAAAACAACTGTATCTAATTATAATGATATTGGTCTGAT  249
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAT-ATTTCAC-AAACAACTGTATCTAATTATAATGATATTGGTCTGAT  240

seq1  TAAAAGATAACCAGCCACTTTCCCATATGTCCTCTGATTTTTCCTTTAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGATAACCAGCCACTTTCCCATATGTCCTCTGATTTTTCCTTTAGA  290

seq1  ATACTGCTAGATTATGAAATCAATGGCATTTTGACAGTCAGAAATACATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGCTAGATTATGAAATCAATGGCATTTTGACAGTCAGAAATACATC  340

seq1  ACTTAGTGACTTCTGGGTAAGATGGCAGATTAGAAGCCGTCTCTAAGTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGTGACTTCTGGGTAAGATGGCAGATTAGAAGCCGTCTCTAAGTAA  390

seq1  GTAGATTAGTATAGTTGAAGAAGTATGAGGGGCATTTCTGCTGTACTGCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTAGTATAGTTGAAGAAGTATGAGGGGCATTTCTGCTGTACTGCC  440

seq1  CAGATAAGCTTCTCACCTCAGGACCCACTGATGAACACACATTTGCACCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAGCTTCTCACCTCAGGACCCACTGATGAACACACATTTGCACCA  490

seq1  TTCTCTAGTGAACTTCCTCCAAAGTCTGGCTTGGCACCGGCTATGGCAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAGTGAACTTCCTCCAAAGTCTGGCTTGGCACCGGCTATGGCAGC  540

seq1  CATATTGGCCACTTGGGATATGGTGTGCTGGCCTGGGCCCTCTCCAAGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTGGCCACTTGGGATATGGTGTGCTGGCCTGGGCCCTCTCCAAGTC  590

seq1  AACTTTAATGCCTCCAGCAAAACGCCTCCAGAAGCTGTATCATCCATGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAATGCCTCCAGCAAAACGCCTCCAGAAGCTGTATCATCCATGAG  640

seq1  TTTCTACCACAAAGAGATCTGCAGTGTCCATCAACCACACAGACTGCCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACCACAAAGAGATCTGCAGTGTCCATCAACCACACAGACTGCCTG  690

seq1  TTTCTTCTGCATCAGCACCACTCCACCCGTGCATAGCTGGGAAGAACAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTGCATCAGCACCACTCCACCCGTGCATAGCTGGGAAGAACAGT  740

seq1  AGCAAGCAATGTAGCTGCCTGCTGTCGCAGACTTTATCAGGGCAGCTGCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCAATGTAGCTGCCTGCTGTCGCAGACTTTATCAGGGCAGCTGCC  790

seq1  ATAGATACAGCAAGGATCGTGGCAGGGTCCCACCTGAATGAGCATCCACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATACAGCAAGGATCGTGGCAGGGTCCCACCTGAATGAGCATCCACT  840

seq1  GTTCAGCTGTGCAGAGAGGTACGACTCCTGGGATCTCAGAGAGATTTGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGCTGTGCAGAGAGGTACGACTCCTGGGATCTCAGAGAGATTTGCA  890

seq1  AACCTGACCCAGGAAGCACAAGGATACACTGTAACCAGAGCCATCCAGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGACCCAGGAAGCACAAGGATACACTGTAACCAGAGCCATCCAGGA  940

seq1  AAAGTCACTTTCCCTTTCTGGCCTTCAAAGGTTACAAAGTAACAGCTTAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCACTTTCCCTTTCTGGCCTTCAAAGGTTACAAAGTAACAGCTTAG  990

seq1  GGGAACAGCATCAATCAAGAGCAGAAAGAGAACCATCAACTCTATTCTAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACAGCATCAATCAAGAGCAGAAAGAGAACCATCAACTCTATTCTAC  1040

seq1  AAAGCCAGCGTTATCCTGATACCCAAAATCAAATAAAGACGGAAAGACAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGCGTTATCCTGATACCCAAAATCAAATAAAGACGGAAAGACAG  1090

seq1  CTTAAATACAAAAGGCCAATTTCCCTGTGACAACAGATGCAGAGTCTCAG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATACAAAAGGCCAATTTCCCTGTGACAACAGATGCAGAGTCTCAG  1140

seq1  CCAAATACTCACAAACTGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATACTCACAAACTGAATTC  1163

seq1: chr10_116120416_116121400
seq2: B6Ng01-085J17.g_70_1050

seq1  GAATTCCCAGTAGCCCGAGTAGGAAAGGATAGGGAGGGCTGATGTTATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGTAGCCCGAGTAGGAAAGGATAGGGAGGGCTGATGTTATCA  50

seq1  GACCTGTGGATTTATGAAGTAATTCTGTGGGCATCATTTGACTAAGTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGTGGATTTATGAAGTAATTCTGTGGGCATCATTTGACTAAGTATA  100

seq1  TGTTTTGCAAAACTAAGCTCCAGTCGCGCCACACCCAGAACGTTATCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGCAAAACTAAGCTCCAGTCGCGCCACACCCAGAACGTTATCCAA  150

seq1  GGGTGTGAGTTTCAAGTACACACACAAGGACTTTCTAAGTTGATGCAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGAGTTTCAAGTACACACACAAGGACTTTCTAAGTTGATGCAATG  200

seq1  TCTTTGAGTTTGCTGAAGTCTTGGGTTGAGTTACATGAAACGCCGAGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAGTTTGCTGAAGTCTTGGGTTGAGTTACATGAAACGCCGAGGGG  250

seq1  GGCATGTAAAAGCTGGGTTAGAAATGAGGTTGCTACACATCTGTAATCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTAAAAGCTGGGTTAGAAATGAGGTTGCTACACATCTGTAATCTA  300

seq1  TTACTTGGGGAAGAAAAACAGTGAGCCGTTAAGACATGGTTCATTATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGGGGAAGAAAAACAGTGAGCCGTTAAGACATGGTTCATTATAAA  350

seq1  TCTTTTACATCGAAATGTTCTCATAAGTTATTAAATCGGTTTCATTTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTACATCGAAATGTTCTCATAAGTTATTAAATCGGTTTCATTTATA  400

seq1  TTAAGTATGTGGTACAAAGTAGAGACTTTTTTACATTTCAATATCCACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTATGTGGTACAAAGTAGAGACTTTTTTACATTTCAATATCCACTA  450

seq1  ACTTTACGGTGCTCAGAAATAATCCTGAAAATGTACTTTTGGCACGTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTACGGTGCTCAGAAATAATCCTGAAAATGTACTTTTGGCACGTGAC  500

seq1  ACAAGAAAAATCAATAGCACTTGGGCAGTCAGAAGTTGTATTCTCTAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAAATCAATAGCACTTGGGCAGTCAGAAGTTGTATTCTCTAGAA  550

seq1  TGGCACATCTGAAGGAGGAGAGGGTGATGTCCATATTTCCTAGGACACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACATCTGAAGGAGGAGAGGGTGATGTCCATATTTCCTAGGACACTC  600

seq1  CCCCACTTCCCATGACACTCACACACCTGTGATACTGAGACATTGGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTTCCCATGACACTCACACACCTGTGATACTGAGACATTGGAGTT  650

seq1  TTATGTGAGACTCATTGGTTTTCAAATCCTTACTAACATCTCTTATGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGAGACTCATTGGTTTTCAAATCCTTACTAACATCTCTTATGTAC  700

seq1  TAAGCACTGGGCTAGGCTCTGGGTGGACCCT-GGTAATTATAGCATTCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACTGGGCTAGGCTCTGGGTGGACCCTGGGTAATTATAGCATTCAT  750

seq1  TTCCCCTGCTGTCTGGGGCTTCTAAGTCCCACAGATAAGATAGACAAAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGCTGTCTGGGGCTTCTAAGTCCCACAGATAAGATAGACAAAAC  800

seq1  ATACAACTAGAAACCATGAAAGTTCCATAAAACAAACAAGCAGACAACTC  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  ATACAACTAGAAACCATGAAAGTTCCAT-AAACAAACAAGCAGAC-ACTC  848

seq1  TCATAGGGAATGTCTGGGGTGAGGGGGACAGGCAAGGAAAGTCTCTGTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCATAGGGAATGTCTGGGGTGAGGGGGACAGGC-AGGAAAGTCTCTGTCA  897

seq1  AGAGATGGCACTTAGAGGTAGGGTATGTAGCTCAGTTGGAGCATCTGGCG  949
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGCACTTAGA-GTAGGGTATGTAGCTCAGTTGGAGCATCTGGCG  946

seq1  TTCGAGAAGCCTAGGGTTCGATTCCCAGCCCCACAT  985
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGA-AAGCCTAGGGTTCGATTCCCAGCCCCACAT  981