BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086B18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 114,260,090 - 114,417,056
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTrhde, 4930473D10Rik
Downstream geneTph2, Tbc1d15, LOC668041, Rab21, Tmem19, Thap2, Ccdc131, Lgr5, A930009A15Rik, LOC668071, EG668073, Tspan8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086B18.bB6Ng01-086B18.g
ACCDH899597DH899598
length1,2011,132
definitionDH899597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086B18, 5' end.DH899598|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086B18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,415,823 - 114,417,056)(114,260,090 - 114,261,226)
sequence
gaattcaacagacagccattgaatattttcaattttctgtacagtaacct
aggttgtcctgggcatttcagtgaaccagagagaaaagtatatttctcta
tattatggtgtcatctgatcaacaacaaacagggcactctctcttctcca
aacaatggatggtggatctgaaatttatgaatcaactgtgacctgaactt
ctgaatatatgaatagaagaacatcaatgccgagactatgtggaatgaag
ccaaaccctggaactaggcttacatttatagatgcttgatgtatattcta
agtttagtctaattatggcatctctattataatttttttctgtcactagt
ctaagatcagatccatgaaaactcatgaaccttaagcaatgagcaagaat
aaaatttaatgtcatctattatacaatactctagcagtatactttcccag
aacatttccaagaaacatgttgaaacctagactatattttaaatagctat
ttttagataggtttttctgtgtaactgaaattggtctcgaactggcaatg
ccatttccaattatgcagaccctgcttgttgttgatgaaagtctatctta
tgctatgaaatctctggtgaccgtagagttaattttctataaaaatttga
gaagcagaattcaataatctaaatatataccgaagtgcttgcgttttgcc
tgactccctggggaagatgtgaataatgctttagttaccccaaatagggc
attgaccacaaggcaaaaaaaaattattctatccaagtctagattggtga
gccaatgagcttacttggttgggctacttacaggaacaccagccagggct
tgtttagagtaacaaggtaagtgcagcatcaacaattccaccttaatgta
gatccctgaaacatcttgcccggcttgcagaaagcttcatcaggagtctc
ccatccacagcaactctttagtgcttttgatcacctcggggagggtgtcc
cagtctgtttcatgggctcctcagtctatgaacttcatctcttcagagga
atgtttcatttagaggagatagcccaccacgagggagccaaagaattgcg
agattccagcttagctgtactgtgagttcattcctggaactgaattttga
ctagatttttttttggatattgtagggattccatatgtctctcacgaagc
c
gaattcatttattattttgtgaatataatttttaaattttcttttaggat
ttatttattttgtgtaggagtgttctatcagcatgtacacctgcatgcca
aaagagggtaccagatcccattacagatgcttgtgaaccaccatgaggtg
gctgggaattgaactcaggacctctgaaagagcatccagggctcttaaac
actgatccatctctccagccccgtgaatataaatttttaagatctcaaag
gctggagagatgtctcatcacttaagagaactgactgcttttgcagacca
cctgggtttaattcccaccattcacatggtagctcaagaccaatgccaga
ggatccgatatttgatgccctcttctggcctccatgaacaccaggcatac
atgtggtgcacagatacacatgcagacaaaacatatataaaaatatttat
ttttttaaagttcagttcaaaatgatcaacataatgttctttgatctatt
aatgtgtagatgaactattgagcattttcctgtggtacttaatggaaatg
taataccttgctttgggagcagctgcatgaagagcctctttgacccattt
cctgctatggaatgtaacatctcatgatgggctgctagagagtataacat
ctcatgatgggctgctagagaatgcagcatctcctgatgggaggatcttc
gaagatggcctggagtacattcctgtctcttaaggaaacaagatgtcctt
tccaagtaccacccagcgaaccacattgcctgtaggtttgtcacagcatg
agttgcccttccagggtcttttcaactgtgacacaagcaacacatgtgac
tgagatttcatcagatctctgacactcccctgagctttgcaaccagatac
aatgatcccaaacctctcttgttctttgctgcctatctgtgagtattaaa
ctcaatttctataacatatgagtatcattgtctctcggattcaggccctg
gtaattcttcatcctagaatagtatgaagttataggcaccagatctaaag
catgggtcttggtctgaagtagacaattaatcatagaaccagaaggagtg
tcgtaagtgaagactatgtcagtagatggctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_114415823_114417056
seq2: B6Ng01-086B18.b_46_1246 (reverse)

seq1  GGCTTCCGTGAGAGAGCATTCATCT-GACTCCCTACATTTAATCAAAAAA  49
      ||||| |||||||||     ||| | || |||||||| |  |||      
seq2  GGCTT-CGTGAGAGA-----CATATGGAATCCCTACAAT--ATC------  36

seq1  AAAAAAAAAAATCTAGTCCAAAAATCAAGTCCAGTGAATGAACTCACAGT  99
        ||||||||||||||| ||||| |||  ||||| |||||||||||||| 
seq2  -CAAAAAAAAATCTAGT-CAAAATTCAGTTCCAG-GAATGAACTCACAG-  82

seq1  TACAGCTATAGCCTGGGGATCTCGCAATTTCTCTGCTCCCTCGTTGTGTG  149
      |||||||| |||   || |||||||||||  |  |||||||||| ||| |
seq2  TACAGCTA-AGC--TGGAATCTCGCAATTCTTTGGCTCCCTCGTGGTG-G  128

seq1  GCTATCTCCTCTAAATTGAAACATTCCCTCTTGGAAGGAGGATGAAGGTT  199
      ||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||   |||||| |||
seq2  GCTATCTCCTCTAAA-TGAAACATT-CCTCT--GAAG--AGATGAA-GTT  171

seq1  CATAGACTGAGGAGCCCCATGAAACAGACTTGGGACACCCCTCCCCGAGG  249
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  CATAGACTGAGGAG-CCCATGAAACAGAC-TGGGACA-CCCTCCCCGAGG  218

seq1  TGATCAAAAGCACTAAAGAGTTGCTGGTGGATGGGAGACTCCCTGATGAA  299
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  TGATCAAAAGCACTAAAGAGTTGCT-GTGGATGGGAGACT-CCTGATGAA  266

seq1  GCTTTCTGCAAGCCGGGCAAGATGTTTCAGGGATCTACATTAAGGTGGAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTGCAAGCCGGGCAAGATGTTTCAGGGATCTACATTAAGGTGGAA  316

seq1  TTGTTGATGCTGCACTTACCTTGTTACTCTAAACAAGCCCTGGCTGGTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGATGCTGCACTTACCTTGTTACTCTAAACAAGCCCTGGCTGGTGT  366

seq1  TCCTGTAAGTAGCCCAACCAAGTAAGCTCATTGGCTCACCAATCTAGACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAAGTAGCCCAACCAAGTAAGCTCATTGGCTCACCAATCTAGACT  416

seq1  TGGATAGAATAATTTTTTTTTGCCTTGTGGTCAATGCCCTATTTGGGGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGAATAATTTTTTTTTGCCTTGTGGTCAATGCCCTATTTGGGGTA  466

seq1  ACTAAAGCATTATTCACATCTTCCCCAGGGAGTCAGGCAAAACGCAAGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGCATTATTCACATCTTCCCCAGGGAGTCAGGCAAAACGCAAGCA  516

seq1  CTTCGGTATATATTTAGATTATTGAATTCTGCTTCTCAAATTTTTATAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGGTATATATTTAGATTATTGAATTCTGCTTCTCAAATTTTTATAGA  566

seq1  AAATTAACTCTACGGTCACCAGAGATTTCATAGCATAAGATAGACTTTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAACTCTACGGTCACCAGAGATTTCATAGCATAAGATAGACTTTCA  616

seq1  TCAACAACAAGCAGGGTCTGCATAATTGGAAATGGCATTGCCAGTTCGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAACAAGCAGGGTCTGCATAATTGGAAATGGCATTGCCAGTTCGAG  666

seq1  ACCAATTTCAGTTACACAGAAAAACCTATCTAAAAATAGCTATTTAAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTTCAGTTACACAGAAAAACCTATCTAAAAATAGCTATTTAAAAT  716

seq1  ATAGTCTAGGTTTCAACATGTTTCTTGGAAATGTTCTGGGAAAGTATACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTAGGTTTCAACATGTTTCTTGGAAATGTTCTGGGAAAGTATACT  766

seq1  GCTAGAGTATTGTATAATAGATGACATTAAATTTTATTCTTGCTCATTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAGTATTGTATAATAGATGACATTAAATTTTATTCTTGCTCATTGC  816

seq1  TTAAGGTTCATGAGTTTTCATGGATCTGATCTTAGACTAGTGACAGAAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTTCATGAGTTTTCATGGATCTGATCTTAGACTAGTGACAGAAAA  866

seq1  AAATTATAATAGAGATGCCATAATTAGACTAAACTTAGAATATACATCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATAATAGAGATGCCATAATTAGACTAAACTTAGAATATACATCAA  916

seq1  GCATCTATAAATGTAAGCCTAGTTCCAGGGTTTGGCTTCATTCCACATAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTATAAATGTAAGCCTAGTTCCAGGGTTTGGCTTCATTCCACATAG  966

seq1  TCTCGGCATTGATGTTCTTCTATTCATATATTCAGAAGTTCAGGTCACAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGGCATTGATGTTCTTCTATTCATATATTCAGAAGTTCAGGTCACAG  1016

seq1  TTGATTCATAAATTTCAGATCCACCATCCATTGTTTGGAGAAGAGAGAGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCATAAATTTCAGATCCACCATCCATTGTTTGGAGAAGAGAGAGT  1066

seq1  GCCCTGTTTGTTGTTGATCAGATGACACCATAATATAGAGAAATATACTT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTTTGTTGTTGATCAGATGACACCATAATATAGAGAAATATACTT  1116

seq1  TTCTCTCTGGTTCACTGAAATGCCCAGGACAACCTAGGTTACTGTACAGA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTGGTTCACTGAAATGCCCAGGACAACCTAGGTTACTGTACAGA  1166

seq1  AAATTGAAAATATTCAATGGCTGTCTGTTGAATTC  1234
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAAAATATTCAATGGCTGTCTGTTGAATTC  1201

seq1: chr10_114260090_114261226
seq2: B6Ng01-086B18.g_68_1199

seq1  GAATTCATTTATTATTTTGTGAATATAATTTTTAAATTTTCTTTTAGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTATTATTTTGTGAATATAATTTTTAAATTTTCTTTTAGGAT  50

seq1  TTATTTATTTTGTGTAGGAGTGTTCTATCAGCATGTACACCTGCATGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTTGTGTAGGAGTGTTCTATCAGCATGTACACCTGCATGCCA  100

seq1  AAAGAGGGTACCAGATCCCATTACAGATGCTTGTGAACCACCATGAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGGTACCAGATCCCATTACAGATGCTTGTGAACCACCATGAGGTG  150

seq1  GCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGAAAGAGCATCCAGGGCTCTTAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGAAAGAGCATCCAGGGCTCTTAAAC  200

seq1  ACTGATCCATCTCTCCAGCCCCGTGAATATAAATTTTTAAGATCTCAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCCATCTCTCCAGCCCCGTGAATATAAATTTTTAAGATCTCAAAG  250

seq1  GCTGGAGAGATGTCTCATCACTTAAGAGAACTGACTGCTTTTGCAGACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGAGATGTCTCATCACTTAAGAGAACTGACTGCTTTTGCAGACCA  300

seq1  CCTGGGTTTAATTCCCACCATTCACATGGTAGCTCAAGACCAATGCCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTTAATTCCCACCATTCACATGGTAGCTCAAGACCAATGCCAGA  350

seq1  GGATCCGATATTTGATGCCCTCTTCTGGCCTCCATGAACACCAGGCATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCGATATTTGATGCCCTCTTCTGGCCTCCATGAACACCAGGCATAC  400

seq1  ATGTGGTGCACAGATACACATGCAGACAAAACATATATAAAAATATTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTGCACAGATACACATGCAGACAAAACATATATAAAAATATTTAT  450

seq1  TTTTTTAAAGTTCAGTTCAAAATGATCAACATAATGTTCTTTGATCTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAGTTCAGTTCAAAATGATCAACATAATGTTCTTTGATCTATT  500

seq1  AATGTGTAGATGAACTATTGAGCATTTTCCTGTGGTACTTAATGGAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTAGATGAACTATTGAGCATTTTCCTGTGGTACTTAATGGAAATG  550

seq1  TAATACCTTGCTTTGGGAGCAGCTGCATGAAGAGCCTCTTTGACCCATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCTTGCTTTGGGAGCAGCTGCATGAAGAGCCTCTTTGACCCATTT  600

seq1  CCTGCTATGGAATGTAACATCTCATGATGGGCTGCTAGAGAGTATAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTATGGAATGTAACATCTCATGATGGGCTGCTAGAGAGTATAACAT  650

seq1  CTCATGATGGGCTGCTAGAGAATGCAGCATCTCCTGATGGGAGGATCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGATGGGCTGCTAGAGAATGCAGCATCTCCTGATGGGAGGATCTTC  700

seq1  GAAGATGGCCTGGAGTACATTCCTGTCTCTTAAGGAAACAAGATGTCC-T  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAAGATGGCCTGGAGTACATTCCTGTCTCTTAAGGAAACAAGATGTCCTT  750

seq1  TCCAAGTACCACCCAGCGAACCACATTGCCTGTAGGTTTGTCACAGCATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTACCACCCAGCGAACCACATTGCCTGTAGGTTTGTCACAGCATG  800

seq1  AGTTG-CCTTCCAGGGTC-TTTCAACTGTGACACAAGCAACACATGTGAC  847
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCCTTCCAGGGTCTTTTCAACTGTGACACAAGCAACACATGTGAC  850

seq1  TGAGATTTCATCAGATCTCTGACACTCCCCTGAGCTTTGCAACCAGATAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTTCATCAGATCTCTGACACTCCCCTGAGCTTTGCAACCAGATAC  900

seq1  AATGATCCCAAACCTCTCTTGTTCTTTGCTGCCTATCTGTGAGTATTAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCCCAAACCTCTCTTGTTCTTTGCTGCCTATCTGTGAGTATTAAA  950

seq1  CTCAATTTCTATAACATATGAGTATCATTTGTCTCTCGGGATTCAAGCCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||
seq2  CTCAATTTCTATAACATATGAGTATCA-TTGTCTCTC-GGATTCAGGCCC  998

seq1  TGGTAATTCTTCATCCTAGAATAGGTATGAAGTTATAGGCACCAGATCTA  1047
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAATTCTTCATCCTAGAATA-GTATGAAGTTATAGGCACCAGATCTA  1047

seq1  AAGCATGGGTCTTGGTCTGAAGTCAGACAATTAATCCATAGGAACCAGAA  1097
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||
seq2  AAGCATGGGTCTTGGTCTGAAGT-AGACAATTAAT-CATA-GAACCAGAA  1094

seq1  GGAGTGTCGTTAAGTGAGAACTTATGCTAGTAGATGGTTG  1137
      ||||||||| |||||||  || ||||  ||||||||| ||
seq2  GGAGTGTCG-TAAGTGAAGAC-TATGTCAGTAGATGGCTG  1132