BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086F09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 108,047,759 - 108,138,515
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSyt1, EG368203
Upstream genePtprq, EG628870, Ppp1r12a, Pawr, EG667814
Downstream geneNav3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086F09.bB6Ng01-086F09.g
ACCDH899761DH899762
length1,092362
definitionDH899761|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086F09, 5' end.DH899762|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086F09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,047,759 - 108,048,860)(108,138,154 - 108,138,515)
sequence
gaattcattacgagctgaacgagaggatctgatagaagcttagatccttg
tgactagggactggatttttccatgaatgtattccctggtgacttataga
acatatcctgataaacactgatttcagactctaacctgaacccctcaaag
agtagttctcacctaaataagccctacaaaaactcagctttgtcccatcc
ttatttcttccttggttgattgtgttttatagggacagacaccacttgga
aaacaaatctcactttcctccaccacattaaatgataagaagaatgataa
agatacaggatttaaacagcatgtgtgttacttgaataggtaaattctga
gctctctcaattgttaaaagagaaaggccgagaggccccaaaaccttggg
agtaaaacttttcaactccccaggaagcaaacggggctcctcagagaaag
tcactgacaatgggtctttagtcagtgatgaccttgacctagggtggcca
gctccagagctgacacagtcctctggacgtctagccagcgtaacagggcc
agagctgagcagatctctgaaattcctcacagtctcacaaaatataatgg
aactaacataatagtcaatgacaactgtactaatgtcactgctttgcccc
taccaatcatattagaggttacctaactcttgtgaaaaattcccctcgcc
ctgcataaaaggggacctgtgagtcccttgagtcgttgtgactttgaggt
atggctgtcccctgcatgctgatagtttctgcagaataagccctctttgc
ctttgcacactatttgagtctcgggtcttccttcagtgattcttggaccc
taactaaaggagccagctgatcaagtcagataggctggttggctagtgag
gtccaagggtcttcctaactccatcttcctagtgctgcagttacagatac
gcaccaccatgcatggatttttatatgcttctaggggctggaattcaagt
cttcatgtgcatggtagccactttattgagacgtgttcccagactggtac
atatttaaagctatgtctccaaaagccatacagtactttgat
caaaccatttatctgtagtttctatagacggcgtgtttgagagccaattg
gcttgaaccaactaacccatgctttttcagaaaccgtcaatgcacctagc
ttttttcttcccatacaaaagggaaggagtagcttcaattaatattgtgc
tttagagcatataaaattgatcagtggaagatgtcaactctaaaagaaat
agtgaacaacgacaaaaaagaaataaaataaaatcacagccatcaccaac
aatgaggtaaacacagatttagaaatcatcctgtctatgttgtttttgtt
tccctctggggtgttcttgttcatataaggaaagaaagaaaaaatgaagg
gagggaggaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_108047759_108048860
seq2: B6Ng01-086F09.b_49_1140

seq1  GAATTCATTACGAGCTGAACGAGAGGATCTGAGAGAAGCTTAGATCCTTG  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTACGAGCTGAACGAGAGGATCTGATAGAAGCTTAGATCCTTG  50

seq1  TGACTAGGGACTGGATTTTTCCATGAATGTATTCCCTGGTGACTTATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAGGGACTGGATTTTTCCATGAATGTATTCCCTGGTGACTTATAGA  100

seq1  ACATATCCTGATAAACACTGATTTCAGACTCTAACCTGAACCCCTCAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCCTGATAAACACTGATTTCAGACTCTAACCTGAACCCCTCAAAG  150

seq1  AGTAGTTCTCACCTAAATAAGCCCTACAAAAACTCAGCTTTGTCCCATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTTCTCACCTAAATAAGCCCTACAAAAACTCAGCTTTGTCCCATCC  200

seq1  TTATTTCTTCCTTGGTTGATTGTGTTTTATAGGGACAGACACCACTTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTTCCTTGGTTGATTGTGTTTTATAGGGACAGACACCACTTGGA  250

seq1  AAACAAATCTCACTTTCCTCCACCACATTAAATGATAAGAAGAATGATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATCTCACTTTCCTCCACCACATTAAATGATAAGAAGAATGATAA  300

seq1  AGATACAGGATTTAAACAGCATGTGTGTTACTTGAATAGGTAAATTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGGATTTAAACAGCATGTGTGTTACTTGAATAGGTAAATTCTGA  350

seq1  GCTCTCTCAATTGTTAAAAGAGAAAGGCCGAGAGGCCCCAAAACCTTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTCAATTGTTAAAAGAGAAAGGCCGAGAGGCCCCAAAACCTTGGG  400

seq1  AGTAAAACTTTTCAACTCCCCAGGAAGCAAACGGGGCTCCTCAGAGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAACTTTTCAACTCCCCAGGAAGCAAACGGGGCTCCTCAGAGAAAG  450

seq1  TCACTGACAATGGGTCTTTAGTCAGTGATGACCTTGACCTAGGGTGGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACAATGGGTCTTTAGTCAGTGATGACCTTGACCTAGGGTGGCCA  500

seq1  GCTCCAGAGCTGACACAGTCCTCTGGACGTCTAGCCAGCGTAACAGGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGAGCTGACACAGTCCTCTGGACGTCTAGCCAGCGTAACAGGGCC  550

seq1  AGAGCTGAGCAGATCTCTGAAATTCCTCACAGTCTCACAAAATATAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGAGCAGATCTCTGAAATTCCTCACAGTCTCACAAAATATAATGG  600

seq1  AACTAACATAATAGTCAATGACAACTGTACTAATGTCACTGCTTTGCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACATAATAGTCAATGACAACTGTACTAATGTCACTGCTTTGCCCC  650

seq1  TACCAATCATATTAGAGGTTACCTAACTCTTGTGAAAAATTCCCCTCGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAATCATATTAGAGGTTACCTAACTCTTGTGAAAAATTCCCCTCGCC  700

seq1  CTGCATAAAAGGGGACCTGTGAGTCCCTTGAGTCGTTGTGACTTTGAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATAAAAGGGGACCTGTGAGTCCCTTGAGTCGTTGTGACTTTGAGGT  750

seq1  ATGGCTGTCCCCTGCATGCTGATAGTTTCTGCAGAATAAGCCCTCTTTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTCCCCTGCATGCTGATAGTTTCTGCAGAATAAGCCCTCTTTGC  800

seq1  CTTTGCACACTATTTGAGTCTCGGGTCTTCCTTCAGTGATTCTTGGACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCACACTATTTGAGTCTCGGGTCTTCCTTCAGTGATTCTTGGACCC  850

seq1  TAACTAAAGGAGCCAGCTGATCAAGTCAGATAGGCTGGTTGGCTAGTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAAAGGAGCCAGCTGATCAAGTCAGATAGGCTGGTTGGCTAGTGAG  900

seq1  GTCCAAGGGGTCTTCCTAACTCCATCTTCCTAGTGCTGCAGTTACAGATA  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAA-GGGTCTTCCTAACTCCATCTTCCTAGTGCTGCAGTTACAGATA  949

seq1  CGCACCACCATGCATGGATTTTTATATGCTTCTAGGGGCTGGAATTCAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACCACCATGCATGGATTTTTATATGCTTCTAGGGGCTGGAATTCAAG  999

seq1  TCTTCATGTGCATGGTAGCCACTTTATTGAGACGTGTTCCCAGACTTGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCTTCATGTGCATGGTAGCCACTTTATTGAGACGTGTTCCCAGAC-TGGT  1048

seq1  ACCATATTTAAAAGCCTAATGTCTCCCAAAAGCCAATTACCAGTACTTTG  1100
      | ||||||| |||||   |||||| ||||||||||  || ||||||||||
seq2  A-CATATTT-AAAGC--TATGTCT-CCAAAAGCCA--TA-CAGTACTTTG  1090

seq1  AT  1102
      ||
seq2  AT  1092

seq1: chr10_108138154_108138515
seq2: B6Ng01-086F09.g_72_433 (reverse)

seq1  CCTTCCTCCCTCCCTTCATTTTTTCTTTCTTTCCTTATATGAACAAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTCCCTCCCTTCATTTTTTCTTTCTTTCCTTATATGAACAAGAAC  50

seq1  ACCCCAGAGGGAAACAAAAACAACATAGACAGGATGATTTCTAAATCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGAGGGAAACAAAAACAACATAGACAGGATGATTTCTAAATCTGT  100

seq1  GTTTACCTCATTGTTGGTGATGGCTGTGATTTTATTTTATTTCTTTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACCTCATTGTTGGTGATGGCTGTGATTTTATTTTATTTCTTTTTTG  150

seq1  TCGTTGTTCACTATTTCTTTTAGAGTTGACATCTTCCACTGATCAATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTGTTCACTATTTCTTTTAGAGTTGACATCTTCCACTGATCAATTTT  200

seq1  ATATGCTCTAAAGCACAATATTAATTGAAGCTACTCCTTCCCTTTTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTCTAAAGCACAATATTAATTGAAGCTACTCCTTCCCTTTTGTAT  250

seq1  GGGAAGAAAAAAGCTAGGTGCATTGACGGTTTCTGAAAAAGCATGGGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAAAAAAGCTAGGTGCATTGACGGTTTCTGAAAAAGCATGGGTTA  300

seq1  GTTGGTTCAAGCCAATTGGCTCTCAAACACGCCGTCTATAGAAACTACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTCAAGCCAATTGGCTCTCAAACACGCCGTCTATAGAAACTACAG  350

seq1  ATAAATGGTTTG  362
      ||||||||||||
seq2  ATAAATGGTTTG  362