BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087C10
Chromosome10 (Build37)
Map Location 38,973,736 - 39,135,027
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFyn
Upstream geneLOC100040915, Lama4, 1700025K23Rik, Tube1, EG624165, LOC100040964
Downstream geneLOC629337, Traf3ip2, LOC667964, EG667970, E130307A14Rik, Rev3l, EG666304, LOC213332, 4930547M16Rik, LOC667982, 2010001E11Rik, LOC667994, LOC100041085, BC021785, AI317395, EG666342, Slc16a10, Bxdc1, 2410016F19Rik, Amd1, Amd2, LOC668051, Cdc2l6, LOC666374
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087C10.bB6Ng01-087C10.g
ACCDH900359DH900360
length1,1841,144
definitionDH900359|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087C10, 5' end.DH900360|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087C10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,133,842 - 39,135,027)(38,973,736 - 38,974,887)
sequence
gaattctgtgtttaatttttggtaaaagtcacaaagccataacactagaa
gggacatcttaggatctgcagagatgagaaaacaggcttgtggaagaaac
ttgctggattctacatagaatttcccttacatttgggtctcggtgcctcc
atgtacatctctgatcctgggaaacggagaacctaggtgggaggggccaa
agcagtaagccagctctgaactcacttgaaggaaaggagtctgagaacaa
acagtagtgtttatttacagaacagcaagctccataaaataatgatagtt
ttgctaagtggcagctgccatctaagggtctcagaacttacaagggcctc
tctccaccatgggaggtatcatcgtctgctcttggtcaagtgggttagga
agctgagcgccccttgaccttactgcacgctggtttgaagacactttggg
gtgctgggtcctcatcatagtttttcgaatccttatcgacaccaaatgca
gctttataaggctatcacagagacagcagtctgtcttctcttgggtgtcc
ctacaactgttgctttagggtgtggagaactgacaacactagactctgtg
tgctgagtctttccatccctgctgccaggtcaacagagactgggacttct
tgagcttaccctaaagaccaagcatggccacacttgaggtctgtgaaaga
caaagcaggggaggactggcctgcccaatgacagtgttcccatttactcc
tcagctatttagacttacacagcagggcaattggagggagttacaacagc
aagccctgcaagggacctggctagacaacattcttccttctttggggtaa
tgagcaacagtagagctgaagctgaaagcccctcctcaccaagctaccca
agccctgttctcacaggcaggagggctcagcctctcgctcccctggcctg
agatgataggggtcaccagtggagagcaaggtaaaaccagtaccatgggg
cccaccttcccatactgtgctcagagccctgggtctttcctgacacaggt
agctgtgctgtctttgagctcctctcatcacagtttctggggacatgtga
tcttatactcagccaagagcatcatgacccagaatccctagctttcctct
ccagctctgaccctctgaaataagtgtatgtatg
gaattctctctggtgattttctacagtaaaaaaaaacttgcacaagggcc
agagctggatctcaatggtagaatgtttgcctaacatccacgaagtccta
gttcaagtccaagaactacccagcttcaaaactgtacaactttacacaaa
agcaaaagcatcttaacgcaggatgaggagggagagatgggtttgaagga
aatgatgccttaactgatattaattagggattcacacatccaagtggaca
tgaacatctgaagcaagcttccaggcaaagggaacggcatgatcaaaatt
gaaccggcaaggaaggacacatcatatgcagagaaagacaaattgtttgg
taccattcaagcatgaatcagggagtggtagacaaaggagtgttggacag
aggcaggcaatgtagagaagatctcccgtgcatatccacatccagtgctc
actccactcagctaaaagctgcccacactattggattctatatggataca
tctccccccccccaacccccgtcccccttctgttctagtctggagcttca
gttgccattaaccaaatcacctcagtgttccctccttgttgaaatgaact
gtaagcataccaaactgtgagccaaattaacccttgctctccttccttgc
ttctgtcagatatttgtcacagtaccattcatgttctgttgtaactttga
ggaccaatgacctaacgtccttcctggtttcaagtctttcatggaggctc
tgtgtcaaggggcagtggtgaggtgggagtgtgtatcttacttatttgtc
aactactgttatggttggatcttaaatgtcattcaaaggccacattacag
gccgggtcccagtctatagtgctatctagaggcaaaggcacttttaggag
gtggggcctaatggaaaggaattgggaaggtgtttccctgagggaatggg
gactcagccttttactctctttgattcctagatgtgtggagtgagtggct
ttatgcctgacactcccacaggaaggtcctacttggcacagccccaacac
tggaccatctgactggtactagaaacctctgacccgaataacctttctcc
ctatataatctcctttcctcaaccatttggatacgtgaatgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_39133842_39135027
seq2: B6Ng01-087C10.b_46_1229 (reverse)

seq1  CATACATACACTTATTTCAGA-GGTCAGAGCTGGAGGAGAAAGGCTAGGG  49
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||
seq2  CATACATACACTTATTTCAGAGGGTCAGAGCTGGA-GAGGAAAGCTAGGG  49

seq1  A-TCTGGGTCATGATGCTCTTGGCCTGAGTATAAGATCAACATAGTCCCA  98
      | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||   ||||
seq2  ATTCTGGGTCATGATGCTCTTGG-CTGAGTATAAGATC-ACATGTCCCCA  97

seq1  GAAACTGTGATGAGAGGAGCTCAAAGACAGCACAGCTACCTGTGTCAGGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGTGATGAGAGGAGCTCAAAGACAGCACAGCTACCTGTGTCAGGA  147

seq1  AAGA-CCAGGGCTCTGAGCACAGTATGGGGAAGGTGGGCCCCATGGTACT  197
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCAGGGCTCTGAGCACAGTAT-GGGAAGGTGGGCCCCATGGTACT  196

seq1  GGTTTTACCTTGCTCTCCACTGGTGACCCCTATCATCTCAGGCCAGGGGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTACCTTGCTCTCCACTGGTGACCCCTATCATCTCAGGCCAGGGGA  246

seq1  GCGAGAGGCTGAGCCCTCCTGCCTGTGAGAACAGGGCTTGGGTAGCTTGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGAGGCTGAGCCCTCCTGCCTGTGAGAACAGGGCTTGGGTAGCTTGG  296

seq1  TGAGGAGGGGCTTTCAGCTTCAGCTCTACTGTTTGCTCATTACCCCAAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGGGGCTTTCAGCTTCAGCTCTACTG-TTGCTCATTACCCCAAAG  345

seq1  AAGGAAGAATGTTGTCTAGCCAGGTCCCTTGCAGGGCTTGCTGTTGTAAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAATGTTGTCTAGCCAGGTCCCTTGCAGGGCTTGCTGTTGTAAC  395

seq1  TCCCTCCAATTGCCCTGCTGTGTAAGTCTAAATAGCTGAGGAGTAAATGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCAATTGCCCTGCTGTGTAAGTCTAAATAGCTGAGGAGTAAATGG  445

seq1  GAACACTGTCATTGGGCAGGCCAGTCCTCCCCTGCTTTGTCTTTCACAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTGTCATTGGGCAGGCCAGTCCTCCCCTGCTTTGTCTTTCACAGA  495

seq1  CCTCAAGTGTGGCCATGCTTGGTCTTTAGGGTAAGCTCAAGAAGTCCCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGTGTGGCCATGCTTGGTCTTTAGGGTAAGCTCAAGAAGTCCCAG  545

seq1  TCTCTGTTGACCTGGCAGCAGGGATGGAAAGACTCAGCACACAGAGTCTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTTGACCTGGCAGCAGGGATGGAAAGACTCAGCACACAGAGTCTA  595

seq1  GTGTTGTCAGTTCTCCACACCCTAAAGCAACAGTTGTAGGGACACCCAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTCAGTTCTCCACACCCTAAAGCAACAGTTGTAGGGACACCCAAG  645

seq1  AGAAGACAGACTGCTGTCTCTGTGATAGCCTTATAAAGCTGCATTTGGTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAGACTGCTGTCTCTGTGATAGCCTTATAAAGCTGCATTTGGTG  695

seq1  TCGATAAGGATTCGAAAAACTATGATGAGGACCCAGCACCCCAAAGTGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATAAGGATTCGAAAAACTATGATGAGGACCCAGCACCCCAAAGTGTC  745

seq1  TTCAAACCAGCGTGCAGTAAGGTCAAGGGGCGCTCAGCTTCCTAACCCAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACCAGCGTGCAGTAAGGTCAAGGGGCGCTCAGCTTCCTAACCCAC  795

seq1  TTGACCAAGAGCAGACGATGATACCTCCCATGGTGGAGAGAGGCCCTTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCAAGAGCAGACGATGATACCTCCCATGGTGGAGAGAGGCCCTTGT  845

seq1  AAGTTCTGAGACCCTTAGATGGCAGCTGCCACTTAGCAAAACTATCATTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTGAGACCCTTAGATGGCAGCTGCCACTTAGCAAAACTATCATTA  895

seq1  TTTTATGGAGCTTGCTGTTCTGTAAATAAACACTACTGTTTGTTCTCAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGGAGCTTGCTGTTCTGTAAATAAACACTACTGTTTGTTCTCAGA  945

seq1  CTCCTTTCCTTCAAGTGAGTTCAGAGCTGGCTTACTGCTTTGGCCCCTCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCCTTCAAGTGAGTTCAGAGCTGGCTTACTGCTTTGGCCCCTCC  995

seq1  CACCTAGGTTCTCCGTTTCCCAGGATCAGAGATGTACATGGAGGCACCGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAGGTTCTCCGTTTCCCAGGATCAGAGATGTACATGGAGGCACCGA  1045

seq1  GACCCAAATGTAAGGGAAATTCTATGTAGAATCCAGCAAGTTTCTTCCAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAAATGTAAGGGAAATTCTATGTAGAATCCAGCAAGTTTCTTCCAC  1095

seq1  AAGCCTGTTTTCTCATCTCTGCAGATCCTAAGATGTCCCTTCTAGTGTTA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGTTTTCTCATCTCTGCAGATCCTAAGATGTCCCTTCTAGTGTTA  1145

seq1  TGGCTTTGTGACTTTTACCAAAAATTAAACACAGAATTC  1186
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTGTGACTTTTACCAAAAATTAAACACAGAATTC  1184

seq1: chr10_38973736_38974887
seq2: B6Ng01-087C10.g_69_1212

seq1  GAATTCCTCTCTGGTGATTTTCTACAGTAAAAAAAAACTTGCACAAGGGC  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATT-CTCTCTGGTGATTTTCTACAGTAAAAAAAAACTTGCACAAGGGC  49

seq1  CAGAGCTGGATCTCAATGGTAGAATGTTTGCCTAACATCCACGAAGTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGGATCTCAATGGTAGAATGTTTGCCTAACATCCACGAAGTCCT  99

seq1  AGTTCAAGTCCAAGAACTACCCAGCTTCAAAACTGTACAACTTTACACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAGTCCAAGAACTACCCAGCTTCAAAACTGTACAACTTTACACAA  149

seq1  AAGCAAAAGCATCTTAACGCAGGATGAGGAGGGAGAGATGGGTTTGAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAAGCATCTTAACGCAGGATGAGGAGGGAGAGATGGGTTTGAAGG  199

seq1  AAATGATGCCTTAACTGATATTAATTAGGGATTCACACATCCAAGTGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATGCCTTAACTGATATTAATTAGGGATTCACACATCCAAGTGGAC  249

seq1  ATGAACATCTGAAGCAAGCTTCCAGGCAAAGGGAACGGCATGATCAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACATCTGAAGCAAGCTTCCAGGCAAAGGGAACGGCATGATCAAAAT  299

seq1  TGAACCGGCAAGGAAGGACACATCATATGCAGAGAAAGACAAATTGTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCGGCAAGGAAGGACACATCATATGCAGAGAAAGACAAATTGTTTG  349

seq1  GTACCATTCAAGCATGAATCAGGGAGTGGTAGACAAAGGAGTGTTGGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATTCAAGCATGAATCAGGGAGTGGTAGACAAAGGAGTGTTGGACA  399

seq1  GAGGCAGGCAATGTAGAGAAGATCTCCCGTGCATATCCACATCCAGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGCAATGTAGAGAAGATCTCCCGTGCATATCCACATCCAGTGCT  449

seq1  CACTCCACTCAGCTAAAAGCTGCCCACACTATTGGATTCTATATGGATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCACTCAGCTAAAAGCTGCCCACACTATTGGATTCTATATGGATAC  499

seq1  ATCTCCCCCCCCCCAACCCCCGTCCCCCTTCTGTTCTAGTCTGGAGCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCCCCCCCCAACCCCCGTCCCCCTTCTGTTCTAGTCTGGAGCTTC  549

seq1  AGTTGCCATTAACCAAATCACCTCAGTGTTCCCTCCTTGTTGAAATGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCATTAACCAAATCACCTCAGTGTTCCCTCCTTGTTGAAATGAAC  599

seq1  TGTAAGCATACCAAACTGTGAGCCAAATTAACCCTTGCTCTCCTTCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCATACCAAACTGTGAGCCAAATTAACCCTTGCTCTCCTTCCTTG  649

seq1  CTTCTGTCAGATATTTGTCACAGTACCATTCATGTTCTGTTGTAACTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTCAGATATTTGTCACAGTACCATTCATGTTCTGTTGTAACTTTG  699

seq1  AGGACCAATGACCTAACGTCCTTCCTGGTTTCAAGTC-TTCATGGAGGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGGACCAATGACCTAACGTCCTTCCTGGTTTCAAGTCTTTCATGGAGGCT  749

seq1  CTGTGTCAAGGGGCAGTGGTGAGGTGGGAGTGTGTATCTTACTTATTTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCAAGGGGCAGTGGTGAGGTGGGAGTGTGTATCTTACTTATTTGT  799

seq1  CAACTACTGTTATGGTTTGGATCTTAAATGTCATTCAAAGGCCACATTAC  849
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACTGTTATGG-TTGGATCTTAAATGTCATTCAAAGGCCACATTAC  848

seq1  AGGCCGGGTCCCAGTCTATAGTGCTATCTAGAGGCAAAGGCACTTTTAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCGGGTCCCAGTCTATAGTGCTATCTAGAGGCAAAGGCACTTTTAGG  898

seq1  AGGTGGGGCCTAATGG-AAGGAATTGGG-AGGTGTTTCCTTGAGGGGATA  947
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||   |
seq2  AGGTGGGGCCTAATGGAAAGGAATTGGGAAGGTGTTTCCCTGAGGG--AA  946

seq1  TGGGGACTCCAGCCTTTTACTCTCTTTGATTCCTAGATGTGTGAAGTGAG  997
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGGGGACT-CAGCCTTTTACTCTCTTTGATTCCTAGATGTGTGGAGTGAG  995

seq1  TGGCTTTATGCCCTGACCACTCCCACAGGGATGCTCCTACTTGGCACAGC  1047
      |||||||||| ||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTATG-CCTGA-CACTCCCACA-GGAAGGTCCTACTTGGCACAGC  1042

seq1  CCCAAAACAACTGACCATCTGACT-GTACATAGAAACCTCTGACCCAGAA  1096
      |||  ||||   |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||
seq2  CCC--AACACTGGACCATCTGACTGGTAC-TAGAAACCTCTGACCC-GAA  1088

seq1  TAAAGCTTTCTTCCCTTTATATTCTC--TTTCTCAAACATTTTGATACAG  1144
      | || ||||| ||||| |||| ||||  || ||||| ||||| ||||| |
seq2  T-AACCTTTC-TCCCTATATAATCTCCTTTCCTCAACCATTTGGATAC-G  1135

seq1  TG-ATGAAA  1152
      || ||||||
seq2  TGAATGAAA  1144