BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088A05
Chromosome10 (Build37)
Map Location 82,459,744 - 82,617,892
singlet/doubletdoublet
Overlap geneChst11
Upstream geneEG666790, LOC666571, AL117821, BC062115, 4933439G19Rik, BC024063, AU041133, LOC100042712, B230315N10Rik, LOC100042718, EG237412, LOC666611, Gm1553, LOC544716, 1190007I07Rik, Tdg, Glt8d2, Hcfc2, Nfyb, 1700028I16Rik, Txnrd1, Eid3, EG216185
Downstream geneSlc41a2, D10Wsu102e, LOC666748, Aldh1l2, A230046K03Rik, Appl2, 1500009L16Rik, LOC100041225, C230099D08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088A05.bB6Ng01-088A05.g
ACCDH900984DH900985
length1,1941,099
definitionDH900984|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088A05, 5' end.DH900985|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,459,744 - 82,460,952)(82,616,780 - 82,617,892)
sequence
gaattcctggagctcaccggccagccagtctaactgaaatggcgagctct
agctttagtgagagaccctgtctcagaataaaaagacgcagacaagggag
atggcctggtgggtaaggctgcttgttgggcaagcctgacggacgacctg
agttcaatccccaagacccatgtaaaagaggaaggaggaaaccaatccca
cgaggttgtgctctgacctccaaacctgtcctgtggcacatgtgcacaag
cacgagaatacaactgtacacataataataataacaatgaaaactaagtg
cggtgggtaattctgagaaagacgcctgataccgactgacctctggattt
cacacgcacatactgtattggtagttgagaaaccctttcatatttttaga
tacttaataacatgggaaaaccagtagtttgttcagtgtgacagccagtg
tatccttgggttaccccatttcctctctcctatacccttatgaagtagat
aactgacaatcccgctgtgcagatggaaacactgaggatttgtggctaag
gggcctgcctgcctgcctggaaagctagtccaggatctgggcttatgact
gactatcaccgaagcctatatacgtcttgccccaccccctggccccgtct
tcctggtcttggtttcagctaattaggtcaagagctaattatttcacaag
agccttgagctcggctgtgggctatgtagatgggccatgcagtgatagct
cttctcctcttactttatactctatccctgctgagcccagccctctgggg
acaggagctgtcatccgtgttcagatgtcccccatctgtctttagtctgg
atgtgtcctgaggtcaaaatccaatccacgtgttacttctagatgaaacc
tcatctgcctgctcttggttgggacgcagtagatggctttctgactgcat
ccctaccatgttaagatgctgtggactggctcctgtagaccgagtgcacg
cttccggcaggagcctcacatctagaccagagctacattgtatgtggcag
ctcacacctctgagcctagcattctggaggcagacaagagatcactatga
agtctctagttctcaggctgtaaggagttccgaacccttagctaaatgag
gtatgtgggtctagaataattctagcacttggatgggagacagg
gaattccaagtgcatgctacctactgctcctagccttgttacatggattc
tggggagcaaatgcagggccttatactggtacactaagcacttaactgat
ggagttgtctgaccagctggattcattttttaatggtcctagacatcaga
agactttccacatgtctaagtggtatgttttaatcatatagtactgctgt
gtgcttgtgtcggtgtgtgtatgtgccacggcatttgcttggggaatcag
agaataactttcagggtttggttcaagatcagcctggactgtctcaaaat
aaacacaaataacaacagtaaaagcctccgcccatttttcttatatacct
gtgacataacttatttaagtaaagcccctgtttttgttttatagcatgta
gattttagtgtcttattagaaaccacgcagcccctgactgaccactcaag
agcttttaaggttttctttctgcataaatctgaagttgttttgaaactat
cttaaagatctgtgcatgtgtacatggttgagtgtgtgcgtgcacattgg
ggtgtgtggtcctccggctgcatctactgtattgttgtagaggcagtgtt
gagttacttaccttcccctgagttggtatctccattaatcacagagacag
cataggggctgttgtggagggccgtgagaactaaatccaccaatacacgt
gcaaacgtttgtggccacagactcccatgctagacatctgtctgccccta
gtttgtgacagcaagctatagtccagagcccgtcatcatggccagtcttc
agaatgcttgcaaatgggagaacagggctggagggtctcagcaagctccc
tctgccaacagactggggtgccagaagcacagagagggaccctaactcac
acaataaccacgattctctgtttagtgtcttttgagaatatcagggcctc
tgatgccatgcacttttggagcgataagcagaacgtgacgacattgttgc
caattcagcgttgagtgcaaaaacatgacgaacatgttgccaaattcagt
ggtgatgcttgctttcattccactgaagttaaggcaagaaacgcgagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_82459744_82460952
seq2: B6Ng01-088A05.b_45_1238

seq1  GAATTCCTGGAGCTCACCGGCCAGCCAGTCTAACTGAAATGGCGAGCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAGCTCACCGGCCAGCCAGTCTAACTGAAATGGCGAGCTCT  50

seq1  AGCTTTAGTGAGAGACCCTGTCTCAGAATAAAAAGACGCAGACAAGGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTAGTGAGAGACCCTGTCTCAGAATAAAAAGACGCAGACAAGGGAG  100

seq1  ATGGCCTGGTGGGTAAGGCTGCTTGTTGGGCAAGCCTGACGGACGACCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTGGTGGGTAAGGCTGCTTGTTGGGCAAGCCTGACGGACGACCTG  150

seq1  AGTTCAATCCCCAAGACCCATGTAAAAGAGGAAGGAGGAAACCAATCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATCCCCAAGACCCATGTAAAAGAGGAAGGAGGAAACCAATCCCA  200

seq1  CGAGGTTGTGCTCTGACCTCCAAACCTGTCCTGTGGCACATGTGCACAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGTTGTGCTCTGACCTCCAAACCTGTCCTGTGGCACATGTGCACAAG  250

seq1  CACGAGAATACAACTGTACACATAATAATAATAACAATGAAAACTAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAGAATACAACTGTACACATAATAATAATAACAATGAAAACTAAGTG  300

seq1  CGGTGGGTAATTCTGAGAAAGACGCCTGATACCGACTGACCTCTGGATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGGTAATTCTGAGAAAGACGCCTGATACCGACTGACCTCTGGATTT  350

seq1  CACACGCACATACTGTATTGGTAGTTGAGAAACCCTTTCATATTTTTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGCACATACTGTATTGGTAGTTGAGAAACCCTTTCATATTTTTAGA  400

seq1  TACTTAATAACATGGGAAAACCAGTAGTTTGTTCAGTGTGACAGCCAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATAACATGGGAAAACCAGTAGTTTGTTCAGTGTGACAGCCAGTG  450

seq1  TATCCTTGGGTTACCCCATTTCCTCTCTCCTATACCCTTATGAAGTAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTGGGTTACCCCATTTCCTCTCTCCTATACCCTTATGAAGTAGAT  500

seq1  AACTGACAATCCCGCTGTGCAGATGGAAACACTGAGGATTTGTGGCTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACAATCCCGCTGTGCAGATGGAAACACTGAGGATTTGTGGCTAAG  550

seq1  GGGCCTGCCTGCCTGCCTGGAAAGCTAGTCCAGGATCTGGGCTTATGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGCCTGCCTGCCTGGAAAGCTAGTCCAGGATCTGGGCTTATGACT  600

seq1  GACTATCACCGAAGCCTATATACGTCTTGCCCCACCCCCTGGCCCCGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATCACCGAAGCCTATATACGTCTTGCCCCACCCCCTGGCCCCGTCT  650

seq1  TCCTGGTCTTGGTTTCAGCTAATTAGGTCAAGAGCTAATTATTTCACAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTCTTGGTTTCAGCTAATTAGGTCAAGAGCTAATTATTTCACAAG  700

seq1  AGCCTTGAGCTCGGCTGTGGGCTATGTAGATGGGCCATGCAGTGATAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGAGCTCGGCTGTGGGCTATGTAGATGGGCCATGCAGTGATAGCT  750

seq1  CTTCTCCTCTTACTTTATACTCTATCCCTGCTGAGCCCAGCCCTCTGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCTCTTACTTTATACTCTATCCCTGCTGAGCCCAGCCCTCTGGGG  800

seq1  ACAGGAGCTGTCATCCGTGTTCAGATGTCCCCCATCTGTCTTTAGTCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGCTGTCATCCGTGTTCAGATGTCCCCCATCTGTCTTTAGTCTGG  850

seq1  ATGTGTCCTGAGGTCAAAATCCAATCCACGTGTTACTTCTAGATGAAACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCCTGAGGTCAAAATCCAATCCACGTGTTACTTCTAGATGAAACC  900

seq1  TCATCTGCCTGCTCTTGGTTGGGACGCAGTAGATGGCTTTCTGACTGCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGCCTGCTCTTGGTTGGGACGCAGTAGATGGCTTTCTGACTGCAT  950

seq1  CCCTACCATGTTAAGATGCTGTGGACTGGCTCCTGTAGACCGAGTGCCAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCCTACCATGTTAAGATGCTGTGGACTGGCTCCTGTAGACCGAGTG-CAC  999

seq1  GCTTCCGGCAGGAGCCCCACATCTAGACCAGAGCCTACATTGTATGTGGC  1050
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTTCCGGCAGGAGCCTCACATCTAGACCAGAG-CTACATTGTATGTGGC  1048

seq1  AGCTCACACCTCTGAGCCCAGCACTCTGGAGGCCAAGACAAGAGAATCAC  1100
      |||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||| |||||
seq2  AGCTCACACCTCTGAGCCTAGCATTCTGGAGGC--AGACAAGAG-ATCAC  1095

seq1  TATGAGCTC-CTAGTATCTCGGGCTGCGTAGTGAGTTCCAGACCACCTTA  1149
      |||||  || ||||| |||| ||||  |||  |||||||  ||  |||||
seq2  TATGAAGTCTCTAGT-TCTCAGGCT--GTAAGGAGTTCCGAAC--CCTTA  1140

seq1  GGCTAGAGTGAGGTATGTGGTGCTCATGAATAATTCTAGCACTTGAGAAA  1199
       |||| | |||||||||||  | ||  |||||||||||||||||  | | 
seq2  -GCTA-AATGAGGTATGTG--GGTCTAGAATAATTCTAGCACTT--GGAT  1184

seq1  TGGAGACAGG  1209
       |||||||||
seq2  GGGAGACAGG  1194

seq1: chr10_82616780_82617892
seq2: B6Ng01-088A05.g_68_1166 (reverse)

seq1  AGCTCTGCGTTTCCTGCCCTTAACTGTCAGTGGAAATGGAAGCAAGCACT  50
      ||||| ||||||| || |||||||| ||||||| |||| ||||||||| |
seq2  AGCTC-GCGTTTCTTG-CCTTAACT-TCAGTGG-AATGAAAGCAAGCA-T  45

seq1  CACACTTGAATTTGGCAACAATGTCGTCATGTTTCTGCACTC-ACGCTTG  99
      |||   ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||| |||| ||
seq2  CACCACTGAATTTGGCAACATGTTCGTCATGTTTTTGCACTCAACGC-TG  94

seq1  AATTTGGCAACAATGTCGTCACGTTTCTGCTTATCGCCTCCCAGAGTGGC  149
      || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||| ||
seq2  AA-TTGGCAACAATGTCGTCACG-TTCTGCTTATCG-CTCCAAAAGT-GC  140

seq1  ATGGCATCAGGGGCCCCTGATAATTCTCAAAAGACACTAAAACAGAGAAT  199
      |||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGGCATCAGAGG-CCCTGAT-ATTCTCAAAAGACACT-AAACAGAGAAT  187

seq1  CGTGGTTATTTGTGTGAGTTAGGGTCCCTCTCTGTGCTTCTGGCACCCCA  249
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTTA-TTGTGTGAGTTAGGGTCCCTCTCTGTGCTTCTGGCACCCCA  236

seq1  GTCTGTTTGGCAGAGGGAGCTTGCTGAGACCCTCCAGCCCTGTTCTCCCA  299
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTG-TTGGCAGAGGGAGCTTGCTGAGACCCTCCAGCCCTGTTCTCCCA  285

seq1  TTTGCAAGCATTCTGAAGACTGGCCATGATGACGGGCTCTGGACTATAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAGCATTCTGAAGACTGGCCATGATGACGGGCTCTGGACTATAGC  335

seq1  TTGCTGTCACAAACTAGGGGCAGACAGATGTCTAGCATGGGAGTCTGTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTCACAAACTAGGGGCAGACAGATGTCTAGCATGGGAGTCTGTGG  385

seq1  CCACAAACGTTTGCACGTGTATTGGTGGATTTAGTTCTCACGGCCCTCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAACGTTTGCACGTGTATTGGTGGATTTAGTTCTCACGGCCCTCCA  435

seq1  CAACAGCCCCTATGCTGTCTCTGTGATTAATGGAGATACCAACTCAGGGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCCCCTATGCTGTCTCTGTGATTAATGGAGATACCAACTCAGGGG  485

seq1  AAGGTAAGTAACTCAACACTGCCTCTACAACAATACAGTAGATGCAGCCG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAAGTAACTCAACACTGCCTCTACAACAATACAGTAGATGCAGCCG  535

seq1  GAGGACCACACACCCCAATGTGCACGCACACACTCAACCATGTACACATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACCACACACCCCAATGTGCACGCACACACTCAACCATGTACACATG  585

seq1  CACAGATCTTTAAGATAGTTTCAAAACAACTTCAGATTTATGCAGAAAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATCTTTAAGATAGTTTCAAAACAACTTCAGATTTATGCAGAAAGA  635

seq1  AAACCTTAAAAGCTCTTGAGTGGTCAGTCAGGGGCTGCGTGGTTTCTAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTAAAAGCTCTTGAGTGGTCAGTCAGGGGCTGCGTGGTTTCTAAT  685

seq1  AAGACACTAAAATCTACATGCTATAAAACAAAAACAGGGGCTTTACTTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACTAAAATCTACATGCTATAAAACAAAAACAGGGGCTTTACTTAA  735

seq1  ATAAGTTATGTCACAGGTATATAAGAAAAATGGGCGGAGGCTTTTACTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTATGTCACAGGTATATAAGAAAAATGGGCGGAGGCTTTTACTGT  785

seq1  TGTTATTTGTGTTTATTTTGAGACAGTCCAGGCTGATCTTGAACCAAACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTTGTGTTTATTTTGAGACAGTCCAGGCTGATCTTGAACCAAACC  835

seq1  CTGAAAGTTATTCTCTGATTCCCCAAGCAAATGCCGTGGCACATACACAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGTTATTCTCTGATTCCCCAAGCAAATGCCGTGGCACATACACAC  885

seq1  ACCGACACAAGCACACAGCAGTACTATATGATTAAAACATACCACTTAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGACACAAGCACACAGCAGTACTATATGATTAAAACATACCACTTAGA  935

seq1  CATGTGGAAAGTCTTCTGATGTCTAGGACCATTAAAAAATGAATCCAGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGAAAGTCTTCTGATGTCTAGGACCATTAAAAAATGAATCCAGCT  985

seq1  GGTCAGACAACTCCATCAGTTAAGTGCTTAGTGTACCAGTATAAGGCCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGACAACTCCATCAGTTAAGTGCTTAGTGTACCAGTATAAGGCCCT  1035

seq1  GCATTTGCTCCCCAGAATCCATGTAACAAGGCTAGGAGCAGTAGGTAGCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGCTCCCCAGAATCCATGTAACAAGGCTAGGAGCAGTAGGTAGCA  1085

seq1  TGCACTTGGAATTC  1113
      ||||||||||||||
seq2  TGCACTTGGAATTC  1099