BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088M05
Chromosome10 (Build37)
Map Location 65,219,469 - 65,338,828
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCtnna3, LOC665206, LOC216036
Downstream gene1700023F02Rik, 4930407I19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088M05.bB6Ng01-088M05.g
ACCDH901530DH901531
length1,109973
definitionDH901530|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088M05, 5' end.DH901531|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088M05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,219,469 - 65,220,591)(65,338,056 - 65,338,828)
sequence
gaattcaggggcaggaagaaatacacaattgggaaaatttggttccagat
tgatgtctatgatgtttttatagctttctttgctgatggcttgccttgtt
cgaatgcttgagtatggggtgggtttaagagcaattcaagagccttggca
atatttgtgtagttgttcaaatgttatttcaatatcctcaacctgctatt
tcaaatattaaagtaagctatggtttaatgcacttcagactcttgaatgg
gccactgtctcatctgcctaatgtcaaagacctacatagaatcatgggcc
agagtaaggataaggatcaacaatatataaatacacttggaaaaataaga
aaatgatattcctcaataatgatggctcatcaattttcgtttagtatgca
accaattttgaacacacacacacacacacaaaatatttcttctatcacag
attatctaggaaatgcatgatctattttatcattttaaattcaaaatttt
gcattacatttttgttttatgtttttaaaaaatatttagagattccttta
atttaatcttatttttaattaattaattaattttatactccatattttat
tcctctcaccccttatccacccacctactgctccacattccatacatcct
ccccatctccctgtccccatgtgaatgtccacaccccccatgccacctga
cctctaaattccctggggcctgcagtctcttgagggttagatgcatcatc
tctgaatgaacacagacttgggaatcctctactgtatgtatgttggaagc
ctcatatcagctggtgtatgctgcctgtttggtgatccagtgtttgagaa
tctccggggtccagattaatttgaaactgctggtcctcctacaggattgc
cctcctcctcagcttccttcagtcttttccctaattcataacaggggtca
gctgcgtttgtccattggttaggtgtactgcttgttggttcttctgagtg
tgtcatgctagtccttttttatgctagcatgagattggtttttatagcat
ctcataatgcattcatacacttggttatattttctgtaccataaataaaa
ataacagta
gaattcacagggggatgctgaacatctctgaatataaacatggaaacctt
ccataacatctgctgctaatttctgccagctgaaaagtgataatgatgat
gaatacttttgttgatgatgtggatacattggtctaactaaattaacttg
cagactcagggcatataattgaaaacacatgatttgtggtatcacctggt
tggctttatgggtagttacatatttaattgttccaatacgtttaacttta
aaaagctaaaagggtaaaataaaccagaatattggtataatgtcaggctg
aatatagcttgcttatttgatcatcatcaaatatttttgaaggcaaaaat
tgactgaaaattgtatacttaagatactaacttgcaattattgatgaagg
gtggtgataattaaggttttcagctagcctgaaacttcttactgttagcc
taatcaagttttgttttatagtggacaaataaatatattttaaaagtata
tttgtagtggattgaatgagaatggcctccataaggttatatgtttgaag
actttgtttctcattggtggaactatttgagaaagtttaggaggtatgtg
ttgttaggaggtatgtgtcacaggggcttgaacttagagatttcaagagc
ccatagtacgtccagtcataatctctgtcttcatgcctggtgcttgaata
ttggagttcaaattatcacatatttccccattgccatgcttgattctgcc
atgatggtcatggactaaccctctaaaactgaaacgcacctctcccctag
attaatgctttctttgataaagttccttagtcacatgcctctttacagca
ataaagcagtatctaagacacagttggtaccaaagtcagttattgaccat
gttgtttttggaggactatggaagactttgaaaatttggactagaaagta
gtgaatgctttaaggtagggatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_65219469_65220591
seq2: B6Ng01-088M05.b_46_1154

seq1  GAATTCAGGGGCAGGAAGAAATACACAATTGGGAAAATTTGGTTCCAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGGCAGGAAGAAATACACAATTGGGAAAATTTGGTTCCAGAT  50

seq1  TGATGTCTATGATGTTTTTATAGCTTTCTTTGCTGATGGCTTGCCTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTATGATGTTTTTATAGCTTTCTTTGCTGATGGCTTGCCTTGTT  100

seq1  CGAATGCTTGAGTATGGGGTGGGTTTAAGAGCAATTCAAGAGCCTTGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGCTTGAGTATGGGGTGGGTTTAAGAGCAATTCAAGAGCCTTGGCA  150

seq1  ATATTTGTGTAGTTGTTCAAATGTTATTTCAATATCCTCAACCTGCTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGTGTAGTTGTTCAAATGTTATTTCAATATCCTCAACCTGCTATT  200

seq1  TCAAATATTAAAGTAAGCTATGGTTTAATGCACTTCAGACTCTTGAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATTAAAGTAAGCTATGGTTTAATGCACTTCAGACTCTTGAATGG  250

seq1  GCCACTGTCTCATCTGCCTAATGTCAAAGACCTACATAGAATCATGGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGTCTCATCTGCCTAATGTCAAAGACCTACATAGAATCATGGGCC  300

seq1  AGAGTAAGGATAAGGATCAACAATATATAAATACACTTGGAAAAATAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAGGATAAGGATCAACAATATATAAATACACTTGGAAAAATAAGA  350

seq1  AAATGATATTCCTCAATAATGATGGCTCATCAATTTTCGTTTAGTATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATATTCCTCAATAATGATGGCTCATCAATTTTCGTTTAGTATGCA  400

seq1  ACCAATTTTGAACACACACACACACACACAAAATATTTCTTCTATCACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTTTGAACACACACACACACACACAAAATATTTCTTCTATCACAG  450

seq1  ATTATCTAGGAAATGCATGATCTATTTTATCATTTTAAATTCAAAATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTAGGAAATGCATGATCTATTTTATCATTTTAAATTCAAAATTTT  500

seq1  GCATTACATTTTTGTTTTATGTTTTTAAAAAATATTTAGAGATTCCTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACATTTTTGTTTTATGTTTTTAAAAAATATTTAGAGATTCCTTTA  550

seq1  ATTTAATCTTATTTTTAATTAATTAATTAATTTTATACTCCATATTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATCTTATTTTTAATTAATTAATTAATTTTATACTCCATATTTTAT  600

seq1  TCCTCTCACCCCTTATCCACCCACCTACTGCTCCACATTCCATACATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCACCCCTTATCCACCCACCTACTGCTCCACATTCCATACATCCT  650

seq1  CCCCATCTCCCTGTCCCCATGTGAATGTCCACACCCCCCATGCCACCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCTCCCTGTCCCCATGTGAATGTCCACACCCCCCATGCCACCTGA  700

seq1  CCTCTAAATTCCCTGGGGCCTGCAGTCTCTTGAGGGTTAGATGCATCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAATTCCCTGGGGCCTGCAGTCTCTTGAGGGTTAGATGCATCATC  750

seq1  TCTGAATGAACACAGACTTGGGAATCCTCTACTGTATGTATGTTGGAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATGAACACAGACTTGGGAATCCTCTACTGTATGTATGTTGGAAGC  800

seq1  CTCATATCAGCTGGTGTATGCTGCCTGTTTGGTGATCCAGTGTTTGAGAA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCATATCAGCTGGTGTATGCTGCCTGTTTGGTGATCCAGTGTTTGAG-A  849

seq1  ATCTCCGGGGTCCAGATTAA-TTGAAACTGCTGGTCCTCCTACAGGATTG  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCGGGGTCCAGATTAATTTGAAACTGCTGGTCCTCCTACAGGATTG  899

seq1  CCCTCCTCCTCAGCTTCCTTCAGTC-TTTCCCTAATTCAATAACAGGGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  CCCTCCTCCTCAGCTTCCTTCAGTCTTTTCCCTAATTC-ATAACAGGGGT  948

seq1  CAGCTGCGTTTGTCCATTGGTTAGGTGTAACTGCTTGTTGGTTCTTCTGG  998
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  CAGCTGCGTTTGTCCATTGGTTAGGTGT-ACTGCTTGTTGGTTCTTCT-G  996

seq1  AGTGTGGTCATGCTAGGTCCCTTTTTATGCTAGCATGAGAATTGGTTTTA  1048
      ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  AGTGT-GTCATGCTA-GTCCTTTTTTATGCTAGCATGAG-ATTGGTTTT-  1042

seq1  TATTAGCATCTTCATAAATGCATTTCATTACACTTGGTTATATTTTCCTG  1098
      || ||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||
seq2  TA-TAGCATC-TCAT-AATGCA-TTCA-TACACTTGGTTATATTTT-CTG  1086

seq1  TACCATTAAATATAAAATAACAGTA  1123
      ||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TACCA-TAAATA-AAAATAACAGTA  1109

seq1: chr10_65338056_65338828
seq2: B6Ng01-088M05.g_66_838 (reverse)

seq1  GAGGGTTAGTCCATGACCATCATGGCAGAATCAAGCATGGCAATGGGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTAGTCCATGACCATCATGGCAGAATCAAGCATGGCAATGGGGAA  50

seq1  ATATGTGATAATTTGAACTCCAATATTCAAGCACCAGGCATGAAGACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGATAATTTGAACTCCAATATTCAAGCACCAGGCATGAAGACAGA  100

seq1  GATTATGACTGGACGTACTATGGGCTCTTGAAATCTCTAAGTTCAAGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATGACTGGACGTACTATGGGCTCTTGAAATCTCTAAGTTCAAGCCC  150

seq1  CTGTGACACATACCTCCTAACAACACATACCTCCTAAACTTTCTCAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACACATACCTCCTAACAACACATACCTCCTAAACTTTCTCAAATA  200

seq1  GTTCCACCAATGAGAAACAAAGTCTTCAAACATATAACCTTATGGAGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACCAATGAGAAACAAAGTCTTCAAACATATAACCTTATGGAGGCC  250

seq1  ATTCTCATTCAATCCACTACAAATATACTTTTAAAATATATTTATTTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCATTCAATCCACTACAAATATACTTTTAAAATATATTTATTTGTC  300

seq1  CACTATAAAACAAAACTTGATTAGGCTAACAGTAAGAAGTTTCAGGCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATAAAACAAAACTTGATTAGGCTAACAGTAAGAAGTTTCAGGCTAG  350

seq1  CTGAAAACCTTAATTATCACCACCCTTCATCAATAATTGCAAGTTAGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAACCTTAATTATCACCACCCTTCATCAATAATTGCAAGTTAGTAT  400

seq1  CTTAAGTATACAATTTTCAGTCAATTTTTGCCTTCAAAAATATTTGATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTATACAATTTTCAGTCAATTTTTGCCTTCAAAAATATTTGATGA  450

seq1  TGATCAAATAAGCAAGCTATATTCAGCCTGACATTATACCAATATTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAAATAAGCAAGCTATATTCAGCCTGACATTATACCAATATTCTGG  500

seq1  TTTATTTTACCCTTTTAGCTTTTTAAAGTTAAACGTATTGGAACAATTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTACCCTTTTAGCTTTTTAAAGTTAAACGTATTGGAACAATTAA  550

seq1  ATATGTAACTACCCATAAAGCCAACCAGGTGATACCACAAATCATGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAACTACCCATAAAGCCAACCAGGTGATACCACAAATCATGTGTT  600

seq1  TTCAATTATATGCCCTGAGTCTGCAAGTTAATTTAGTTAGACCAATGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTATATGCCCTGAGTCTGCAAGTTAATTTAGTTAGACCAATGTAT  650

seq1  CCACATCATCAACAAAAGTATTCATCATCATTATCACTTTTCAGCTGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCATCAACAAAAGTATTCATCATCATTATCACTTTTCAGCTGGCA  700

seq1  GAAATTAGCAGCAGATGTTATGGAAGGTTTCCATGTTTATATTCAGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAGCAGCAGATGTTATGGAAGGTTTCCATGTTTATATTCAGAGAT  750

seq1  GTTCAGCATCCCCCTGTGAATTC  773
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGCATCCCCCTGTGAATTC  773