BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093M09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 33,527,465 - 33,666,771
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041399, Sult3a1, Rshl3, 2700019D07Rik
Upstream geneTcba1, EG667761, Trdn, A330019N05Rik, LOC100040686, EG215895
Downstream geneLOC672399, LOC666127, Rwdd1, 4732454E20Rik, BB146404, A630077B13Rik, Dse, Tspyl1, Tspyl4, Nt5dc1, Col10a1, Frk, LOC667824
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093M09.bB6Ng01-093M09.g
ACCDH905164DH905165
length1,1091,087
definitionDH905164|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093M09, 5' end.DH905165|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093M09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,527,465 - 33,528,585)(33,665,667 - 33,666,771)
sequence
gaattcttggaatatctatgctccaagtgcaaaggcatctaaattcatta
aagaaactatagtaaagctcgaagaatacattgttcctcacacaataatg
ggagactttaataccccactcatcattgcacagatcctggaaacagaaac
taaacaaagacacattgaaattaacagaagttatgaaacaaatggattta
accgatatctacagaatattttatcctaaaacaaaagaatataccttctt
ctcgggaccacatggtaccttctgaaaattgattatataattggtcacaa
aaaaaggcctcaacagatacaaaagtattgaaattaccccatgcatccta
tcagaccaccacggacaaaggctgatgttaaataacaacaaaaataatag
gaagccaaatttcacttggacgttgaactcaatgatacctttgtcacaca
cgattcagcttaacctcactggaaataggaattctagattcagccattga
gctctattttcaataagtattcctttatgcttgacattacctcattactc
aagatagaatatacactccaggaaagtaaatggttttttagtacattctc
agactgaaacactagagttgtttgccttctacaaacacagtttttctttt
ttttgggggggtgcagcgaactttattgatggtattcaagagagtaggga
gggctccctaggcctctcctgttattatgggggtctgggatggaaactgt
gagggagatgctcagtgttgggggccgagttgggataaggcctctctctt
gctcagtgtccttgctggggtgggtggtccagggtttcttactccttgga
ggccatgtaggccatgaggtccaccaccctgttgctgtagccgtattcat
tgtcataccaggaaatgagcttgacaagttgtcattgagagcaatgccag
ccccggcaaagtggaagagtgggagttgctgttgagtcgcagagacacct
ggtcctcagtgtagccaagatgcccttcagtgggccctcagatgctgctt
cccactttcttgatttcatcatacttggcaaggttctcaggtgccgtcag
atcacgacg
gaattcctgtggtcttctggaggagctgagacatcgctccagttgttcat
tattttttttatttttatttttttgcttaatttttaggactattttgtta
aatttcatgaaaattctgtgacctgttgtttgatcttaagttatcgtcca
ttttcacattaattcaggttttcacttatataaagttttctcacattttt
cattatacttgttcttttatttaattagcttttgcaagtttatagaaaca
ttgtcaacctttacatataattaaggtgtttagtcttgtgcaatttttat
tttgatagttttccattgatttagctcaataatctctgtagatgattcat
tacccactcactacgcaggaaaactgcatgagccaaaacaggagccaccc
ctgatgaagacagcagacatttgctgtgtgggtacactgattctcagcca
ccaagtgtggtttgctctgaaaaaagaacctgctcgtcatgagtagagtt
gggtcagctcaatttaattaacctttcagcacaggaaagtgagagataaa
taatgagaagtatagtgcctatgtatatatttaatatagcagattgtagt
caggccagttgaccagaatggaagaatcacgagtggtgaggtagaaggct
agagaaaagtagatcagggatgttatgaatagacttcagaggttgacaga
cattggttatgatacatcagggatataattacacagttggctagattgga
gtaaaggaaaagattagtgtggtgaagataagcacccatttcaattcata
aaaaggctaggacaggatattggtccaggtgctgacattttaagtaaagg
aaaataagtatccagtatttaagagaaggttagctaatgaagcttatagt
tccatcgtgtagagacagaaacttgcagagcagtggtgctttgagaggaa
aacagtggtttgaaagggagtgaaggagactgtctccctcttgggatatg
gaatgcgaattgaatccttctggtgtgagaaatggggcacaagcctgtta
caccggagaggatgtaagagactactttcacctgact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_33527465_33528585
seq2: B6Ng01-093M09.b_45_1153

seq1  GAATTCTTGGAATATCTATGCTCCAAGTGCAAAGGCATCTAAATTCATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGAATATCTATGCTCCAAGTGCAAAGGCATCTAAATTCATTA  50

seq1  AAGAAACTATAGTAAAGCTCGAAGAATACATTGTTCCTCACACAATAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACTATAGTAAAGCTCGAAGAATACATTGTTCCTCACACAATAATG  100

seq1  GGAGACTTTAATACCCCACTCATCATTGCACAGATCCTGGAAACAGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTTTAATACCCCACTCATCATTGCACAGATCCTGGAAACAGAAAC  150

seq1  TAAACAAAGACACATTGAAATTAACAGAAGTTATGAAACAAATGGATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAAGACACATTGAAATTAACAGAAGTTATGAAACAAATGGATTTA  200

seq1  ACCGATATCTACAGAATATTTTATCCTAAAACAAAAGAATATACCTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGATATCTACAGAATATTTTATCCTAAAACAAAAGAATATACCTTCTT  250

seq1  CTCGGGACCACATGGTACCTTCTGAAAATTGATTATATAATTGGTCACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGACCACATGGTACCTTCTGAAAATTGATTATATAATTGGTCACAA  300

seq1  AAAAAGGCCTCAACAGATACAAAAGTATTGAAATTACCCCATGCATCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGCCTCAACAGATACAAAAGTATTGAAATTACCCCATGCATCCTA  350

seq1  TCAGACCACCACGGACAAAGGCTGATGTTAAATAACAACAAAAATAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCACCACGGACAAAGGCTGATGTTAAATAACAACAAAAATAATAG  400

seq1  GAAGCCAAATTTCACTTGGACGTTGAACTCAATGATACCTTTGTCACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAAATTTCACTTGGACGTTGAACTCAATGATACCTTTGTCACACA  450

seq1  CGATTCAGCTTAACCTCACTGGAAATAGGAATTCTAGATTCAGCCATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTCAGCTTAACCTCACTGGAAATAGGAATTCTAGATTCAGCCATTGA  500

seq1  GCTCTATTTTCAATAAGTATTCCTTTATGCTTGACATTACCTCATTACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTATTTTCAATAAGTATTCCTTTATGCTTGACATTACCTCATTACTC  550

seq1  AAGATAGAATATACACTCCAGGAAAGTAAATGGTTTTTTAGTACATTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGAATATACACTCCAGGAAAGTAAATGGTTTTTTAGTACATTCTC  600

seq1  AGACTGAAACACTAGAGTTGTTTGCCTTCTACAAACACAGTTTTTCTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAAACACTAGAGTTGTTTGCCTTCTACAAACACAGTTTTTCTTTT  650

seq1  TTTTGGGGGGGTGCAGCGAACTTTATTGATGGTATTCAAGAGAGTAGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGGGGGTGCAGCGAACTTTATTGATGGTATTCAAGAGAGTAGGGA  700

seq1  GGGCTCCCTAGGCCTCTCCTGTTATTATGGGGGTCTGGGATGGAAACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCCCTAGGCCTCTCCTGTTATTATGGGGGTCTGGGATGGAAACTGT  750

seq1  GAGGGAGATGCTCAGTGTTGGGGGCCGAGTTGGGATAAGGCCTCTCTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGATGCTCAGTGTTGGGGGCCGAGTTGGGATAAGGCCTCTCTCTT  800

seq1  GCTCAGTGTCCTTGCTGGGGTGGGTGGTCCAGGGTTTCTTACTCCTTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGTCCTTGCTGGGGTGGGTGGTCCAGGGTTTCTTACTCCTTGGA  850

seq1  GGCCATGTAGGCCATGAGGTCCACCACCCTGTTGCTGTAGCCGTATTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGTAGGCCATGAGGTCCACCACCCTGTTGCTGTAGCCGTATTCAT  900

seq1  TGTCATACCAGGAAATGAGCTTGACAAAGTTGTCATTGAGAGCAATGCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATACCAGGAAATGAGCTTGAC-AAGTTGTCATTGAGAGCAATGCCA  949

seq1  GCCCCGGCAAAGGTGGAAGAGTGGGAGTTGCTGTTGAAGTCGCAAGAGAC  1000
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  GCCCCGGCAAA-GTGGAAGAGTGGGAGTTGCTGTTG-AGTCGC-AGAGAC  996

seq1  AACCTGGTCCTCAGTGTAGCCCAAGATGCCCTTCAGTGGGCCCTCAGATG  1050
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ACCTGGTCCTCAGTGTAG-CCAAGATGCCCTTCAGTGGGCCCTCAGATG  1044

seq1  CCTGCTTCACCACCTTCTTGATGTCATCATACTTGGCAGGTTTCTCCAGG  1100
       ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||
seq2  -CTGCTTC-CCACTTTCTTGATTTCATCATACTTGGCAAGGTTCT-CAGG  1091

seq1  TGGCACGTCAGATCCACGACG  1121
      ||   |||||||| |||||||
seq2  TG--CCGTCAGAT-CACGACG  1109

seq1: chr10_33665667_33666771
seq2: B6Ng01-093M09.g_71_1157 (reverse)

seq1  AGTCAGCTGCAAAGTAGTCTCTGTACACTCCTCTTCCGGTGTTAACAGGC  50
      |||||| || |||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||
seq2  AGTCAGGTG-AAAGTAGTCTCT-TACA-TCCTC-TCCGGTG-TAACAGGC  45

seq1  TCTGGTTGGCCCCATTTTCTCACACAGAAAGGATTTCAATTTCGCATTTC  100
      |    |  |||||| ||||||||||   ||||| ||||| |||||||| |
seq2  T----TGTGCCCCA-TTTCTCACACCAGAAGGA-TTCAA-TTCGCATTCC  88

seq1  ATAATCCCAAGAGGAGAACATGTCTCCTTCACTCCCTTTCAAACCACTGT  150
      || |||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT-ATCCCAAGAGGGAGACA-GTCTCCTTCACTCCCTTTCAAACCACTGT  136

seq1  TTTTCCTTCTTCAAAAGCACCACTGCTCTGCAAGTTTCTGTCTCTACACG  200
      ||| |  ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCTC----AAAGCACCACTGCTCTGCAAGTTTCTGTCTCTACACG  182

seq1  ATGGAACTATAAGCTTCATTAGCTAACCTTCTCTTAAATACTGGATACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACTATAAGCTTCATTAGCTAACCTTCTCTTAAATACTGGATACTT  232

seq1  ATTTTCCTTTACTTAAAATGTCAGCACCTGGACCAATATCCTGTCCTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTTTACTTAAAATGTCAGCACCTGGACCAATATCCTGTCCTAGC  282

seq1  CTTTTTATGAATTGAAATGGGTGCTTATCTTCACCACACTAATCTTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATGAATTGAAATGGGTGCTTATCTTCACCACACTAATCTTTTCC  332

seq1  TTTACTCCAATCTAGCCAACTGTGTAATTATATCCCTGATGTATCATAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTCCAATCTAGCCAACTGTGTAATTATATCCCTGATGTATCATAAC  382

seq1  CAATGTCTGTCAACCTCTGAAGTCTATTCATAACATCCCTGATCTACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCTGTCAACCTCTGAAGTCTATTCATAACATCCCTGATCTACTTT  432

seq1  TCTCTAGCCTTCTACCTCACCACTCGTGATTCTTCCATTCTGGTCAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGCCTTCTACCTCACCACTCGTGATTCTTCCATTCTGGTCAACTG  482

seq1  GCCTGACTACAATCTGCTATATTAAATATATACATAGGCACTATACTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACTACAATCTGCTATATTAAATATATACATAGGCACTATACTTCT  532

seq1  CATTATTTATCTCTCACTTTCCTGTGCTGAAAGGTTAATTAAATTGAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTTATCTCTCACTTTCCTGTGCTGAAAGGTTAATTAAATTGAGCT  582

seq1  GACCCAACTCTACTCATGACGAGCAGGTTCTTTTTTCAGAGCAAACCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAACTCTACTCATGACGAGCAGGTTCTTTTTTCAGAGCAAACCACA  632

seq1  CTTGGTGGCTGAGAATCAGTGTACCCACACAGCAAATGTCTGCTGTCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGGCTGAGAATCAGTGTACCCACACAGCAAATGTCTGCTGTCTTC  682

seq1  ATCAGGGGTGGCTCCTGTTTTGGCTCATGCAGTTTTCCTGCGTAGTGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGGTGGCTCCTGTTTTGGCTCATGCAGTTTTCCTGCGTAGTGAGT  732

seq1  GGGTAATGAATCATCTACAGAGATTATTGAGCTAAATCAATGGAAAACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATGAATCATCTACAGAGATTATTGAGCTAAATCAATGGAAAACTA  782

seq1  TCAAAATAAAAATTGCACAAGACTAAACACCTTAATTATATGTAAAGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATAAAAATTGCACAAGACTAAACACCTTAATTATATGTAAAGGTT  832

seq1  GACAATGTTTCTATAAACTTGCAAAAGCTAATTAAATAAAAGAACAAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGTTTCTATAAACTTGCAAAAGCTAATTAAATAAAAGAACAAGTA  882

seq1  TAATGAAAAATGTGAGAAAACTTTATATAAGTGAAAACCTGAATTAATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAAAATGTGAGAAAACTTTATATAAGTGAAAACCTGAATTAATGT  932

seq1  GAAAATGGACGATAACTTAAGATCAAACAACAGGTCACAGAATTTTCATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGGACGATAACTTAAGATCAAACAACAGGTCACAGAATTTTCATG  982

seq1  AAATTTAACAAAATAGTCCTAAAAATTAAGCAAAAAAATAAAAATAAAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAACAAAATAGTCCTAAAAATTAAGCAAAAAAATAAAAATAAAAA  1032

seq1  AAATAATGAACAACTGGAGCGATGTCTCAGCTCCTCCAGAAGACCACAGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGAACAACTGGAGCGATGTCTCAGCTCCTCCAGAAGACCACAGG  1082

seq1  AATTC  1105
      |||||
seq2  AATTC  1087