BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095M04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 9,051,209 - 9,196,231
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666636
Upstream geneUst, Sash1, LOC100039173, EG666625
Downstream geneE130306M17Rik, LOC666658, LOC620417, Stxbp5, LOC100039238, LOC665110, 9130014G24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095M04.bB6Ng01-095M04.g
ACCDH906612DH906613
length1,1511,038
definitionDH906612|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095M04, 5' end.DH906613|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,195,123 - 9,196,231)(9,051,209 - 9,052,262)
sequence
gaattcacacaccctccaggtctggatcatgaggaactgtccaacctggc
aggcagcccacacatgcagcctcactgcgcatgctcgggcaaggcagtaa
acaagtgggtttcacagggcctgtggctgcacccacttcccgcatctacc
ctttttagttttattagtagctctgggatcagcatctgtctcaggttgcc
cccatccgtgccacattcttacccgtcatgggagtgatgaactcactttc
accatcctgtcttaggttggtatgcacacgtgagggtcttacccatcact
gattactgatccagcatgttgagccaacactggggggatgttcctgcttc
caaggctgccatagcactaaggctcatttatcagccctgtgtggccttcg
catacgtgccatccaccaaagcattcctctacacacaacagtcagcagga
gcgctcaaagagctatccctccccaatttcttaagaatcccacagttccc
tggatgatctccagccattgctttgcagttgcaatctccacactttggga
aaagtcttattatttaggtttaaagccagttgacaaccccaccccacaca
tctcatttttttcttaatgatgtcctcactgaatatgcaaattttaatcc
agttcttgctcttaacctcatcaattttatattgctaatggatttaaacc
tttaaatgtacttaaagtctttctatttattcacttttatacatatgcca
gatagttgtgaattttgaactgttctatacaaacactttaattccttaag
aatacaaatatttcaataaattaaagatattagagtgagtttcctcagag
ggttagccttggaacacatatgtattacaggtacttcattgtgttagagt
cctgttgcatttgcatatatatcatacttagcatacattgtatattgata
aacaacctactttctaagtcattgtttttatacctggcaagcattgtcca
catcctgtgggctgtcatcctagtctctctcctccctgtgattttttcag
tatgatttcagtagcaacacttaattaacttcattttctcttttaccctc
cagtattattatgtgcttcctcaagtatctaaccaccctttttattggag
c

gaattctcattgtcttatccacagaagcctccttccaccaggagaaagat
attcactgagcaaggccctccaagaggattcacttttctatttagatgag
gcattcaaactcatgggtgagacatccctgactgggaccaccttcagtgc
ttccaaactcctctaaagttatagtatttatttattcattttttaatatg
gcaaatcctcactctcaaggccaagggcatcaggttgaatccatgctccc
taagggttttgctgtgagaagctgaagttaacgtatcttgattcagcttc
tggtggtcaggtctgagggcggtaagcaattttagcagggctgctgtttt
ggcaggtctcatggggctattgctctgtgctccgatctgatgggagcaga
cacttaggtattgagatgcagagcacagccagcagctattgtgtactgtg
gcaagggaagagcttgagaggttttagtctctgacaagcaggattcaagc
tggcactttgttatgaaaatcaggtgccagagggacacctcccctgtggg
gagggcctagtataagatggcaggtaagcagagatgctcttagatgcggt
gtctgctcctcagggaggatgtgacaaggccactgaagaaggtgagggtc
tgatataccatttatctatctctgccacagggacccctgacagcggcgtt
ggagaaagcctcattttgagcacagcagcttctaagcagatgccttcttc
gctcagactcctcttgggataatgaaccgcctcagcttggtgcactgatg
tgcatcaaacttgctcaggtattaggagttcctgacaaacaaaccaacca
agtaaccaaccaaccaacaccaacatcaacaaacttcaaaattaaacaag
atcttggctttctgtaattgctacagagctgtcatttctgggaataatag
cccatggtttctctgttcacgccctcctgggtgatcagtcatcatatgga
gagggctcatcttgtgtggtgtgtgggtgtgtgatgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_9195123_9196231
seq2: B6Ng01-095M04.b_91_1194 (reverse)

seq1  GCTCCAATAAACAGTGTG--TAGATTACTTTTTGAAGGGAGCCACATAAT  48
      ||||||||||| || |||  |||| |||||   ||||     ||||||||
seq2  GCTCCAATAAAAAGGGTGGTTAGA-TACTTGAGGAAG-----CACATAAT  44

seq1  AATACCTGGAGTGTAAAAAGAGAAAATGAAGTTTAATTAAGTGTTGCTAC  98
      |||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATA-CTGGAGGGT-AAAAGAGAAAATGAAG-TTAATTAAGTGTTGCTAC  91

seq1  TGAAATCATACTG-AAAAATCACAGTGA-GAGAGAGACTAGGATGACCAG  146
      ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||
seq2  TGAAATCATACTGAAAAAATCACAGGGAGGAGAGAGACTAGGATGA-CAG  140

seq1  CCCCACAGGATGTGGACAATGCTTGCCAAGTAT-AAAACAATGACTTTAG  195
       ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
seq2  -CCCACAGGATGTGGACAATGCTTGCCAGGTATAAAAACAATGAC-TTAG  188

seq1  AAAGTAGGTTGTTTATCAATATACAATGTATGCTAAGTATGATAATATAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAGTAGGTTGTTTATCAATATACAATGTATGCTAAGTATGAT-ATATAT  237

seq1  GC-AATGC-ACAGGACTCTAACACAATGAAGTACCTGTAATACATATGTG  293
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGCAACAGGACTCTAACACAATGAAGTACCTGTAATACATATGTG  287

seq1  TTCCAAGGCTAACCCTCTGA-GAAACTCACTCTAATATCTTTAATTTATT  342
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGGCTAACCCTCTGAGGAAACTCACTCTAATATCTTTAATTTATT  337

seq1  GAAATATTTGTATTCTTAAGGAATTAAAGTGTTTGTATAGAACAGTTCAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTTGTATTCTTAAGGAATTAAAGTGTTTGTATAGAACAGTTCAA  387

seq1  AATTCACAACTATCTGGCATATGTATAAAAGTGAATAAATAGAAAGACCT  442
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATTCACAACTATCTGGCATATGTATAAAAGTGAATAAATAGAAAGACTT  437

seq1  TAAGTACATTTAAAGGTTTAAATCCATTAGCAATATAAAATTGATGAGGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACATTTAAAGGTTTAAATCCATTAGCAATATAAAATTGATGAGGT  487

seq1  TAAGAGCAAGAACTGGATTAAAATTTGCATATTCAGTGAGGACATCATTA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCAAGAACTGGATTAAAATTTGCATATTCAGTGAGGACATCATTA  537

seq1  AGAAAAAAATGAGATGTGTGGGGTGGGGTTGTCAACTGGCTTTAAACCTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAAATGAGATGTGTGGGGTGGGGTTGTCAACTGGCTTTAAACCTA  587

seq1  AATAATAAGACTTTTCCCAAAGTGTGGAGATTGCAACTGCAAAGCAATGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAAGACTTTTCCCAAAGTGTGGAGATTGCAACTGCAAAGCAATGG  637

seq1  CTGGAGATCATCCAGGGAACTGTGGGATTCTTAAGAAATTGGGGAGGGAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGATCATCCAGGGAACTGTGGGATTCTTAAGAAATTGGGGAGGGAT  687

seq1  AGCTCTTTGAGCGCTCCTGCTGACTGTTGTGTGTAGAGGAATGCTTTGGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTTGAGCGCTCCTGCTGACTGTTGTGTGTAGAGGAATGCTTTGGT  737

seq1  GGATGGCACGTATGCGAAGGCCACACAGGGCTGATAAATGAGCCTTAGTG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCACGTATGCGAAGGCCACACAGGGCTGATAAATGAGCCTTAGTG  787

seq1  CTATGGCAGCCTTGGAAGCAGGAACATCCCCCCAGTGTTGGCTCAACATG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCAGCCTTGGAAGCAGGAACATCCCCCCAGTGTTGGCTCAACATG  837

seq1  CTGGATCAGTAATCAGTGATGGGTAAGACCCTCACGTGTGCATACCAACC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCAGTAATCAGTGATGGGTAAGACCCTCACGTGTGCATACCAACC  887

seq1  TAAGACAGGATGGTGAAAGTGAGTTCATCACTCCCATGACGGGTAAGAAT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAGGATGGTGAAAGTGAGTTCATCACTCCCATGACGGGTAAGAAT  937

seq1  GTGGCACGGATGGGGGCAACCTGAGACAGATGCTGATCCCAGAGCTACTA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACGGATGGGGGCAACCTGAGACAGATGCTGATCCCAGAGCTACTA  987

seq1  ATAAAACTAAAAAGGGTAGATGCGGGAAGTGGGTGCAGCCACAGGCCCTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTAAAAAGGGTAGATGCGGGAAGTGGGTGCAGCCACAGGCCCTG  1037

seq1  TGAAACCCACTTGTTTACTGCCTTGCCCGAGCATGCGCAGTGAGGCTGCA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCCACTTGTTTACTGCCTTGCCCGAGCATGCGCAGTGAGGCTGCA  1087

seq1  TGTGTGGGCTGCCTGCC  1109
      |||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGGCTGCCTGCC  1104


seq1: chr10_9051209_9052262
seq2: B6Ng01-095M04.g_66_1103

seq1  GAATTCTCATTGTCTTATCCACAGAAGCCTCCTTCCACCAGGAGAAAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTGTCTTATCCACAGAAGCCTCCTTCCACCAGGAGAAAGAT  50

seq1  ATTCACTGAGCAAGGCCCTCCAAGAGGATTCACTTTTCTATTTAGATGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGAGCAAGGCCCTCCAAGAGGATTCACTTTTCTATTTAGATGAG  100

seq1  GCATTCAAACTCATGGGTGAGACATCCCTGACTGGGACCACCTTCAGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCAAACTCATGGGTGAGACATCCCTGACTGGGACCACCTTCAGTGC  150

seq1  TTCCAAACTCCTCTAAAGTTATAGTATTTATTTATTCATTTTTTAATATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAACTCCTCTAAAGTTATAGTATTTATTTATTCATTTTTTAATATG  200

seq1  GCAAATCCTCACTCTCAAGGCCAAGGGCATCAGGTTGAATCCATGCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATCCTCACTCTCAAGGCCAAGGGCATCAGGTTGAATCCATGCTCCC  250

seq1  TAAGGGTTTTGCTGTGAGAAGCTGAAGTTAACGTATCTTGATTCAGCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGTTTTGCTGTGAGAAGCTGAAGTTAACGTATCTTGATTCAGCTTC  300

seq1  TGGTGGTCAGGTCTGAGGGCGGTAAGCAATTTTAGCAGGGCTGCTGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTCAGGTCTGAGGGCGGTAAGCAATTTTAGCAGGGCTGCTGTTTT  350

seq1  GGCAGGTCTCATGGGGCTATTGCTCTGTGCTCCGATCTGATGGGAGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTCTCATGGGGCTATTGCTCTGTGCTCCGATCTGATGGGAGCAGA  400

seq1  CACTTAGGTATTGAGATGCAGAGCACAGCCAGCAGCTATTGTGTACTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGGTATTGAGATGCAGAGCACAGCCAGCAGCTATTGTGTACTGTG  450

seq1  GCAAGGGAAGAGCTTGAGAGGTTTTAGTCTCTGACAAGCAGGATTCAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGAAGAGCTTGAGAGGTTTTAGTCTCTGACAAGCAGGATTCAAGC  500

seq1  TGGCACTTTGTTATGAAAATCAGGTGCCAGAGGGACACCTCCCCTGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTTTGTTATGAAAATCAGGTGCCAGAGGGACACCTCCCCTGTGGG  550

seq1  GAGGGCCTAGTATAAGATGGCAGGTAAGCAGAGATGCTCTTAGATGCGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCCTAGTATAAGATGGCAGGTAAGCAGAGATGCTCTTAGATGCGGT  600

seq1  GTCTGCTCCTCAGGGAGGATGTGACAAGGCCACTGAAGAAGGTGAGGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTCCTCAGGGAGGATGTGACAAGGCCACTGAAGAAGGTGAGGGTC  650

seq1  TGATATACCATTTATCTATCTCTGCCACAGGGACCCCTGACAGCGGCGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATACCATTTATCTATCTCTGCCACAGGGACCCCTGACAGCGGCGTT  700

seq1  GGAGAAAGCCTCATTTTGAGCACAGCAGCTTCTAAGCAGATGCCTTCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGCCTCATTTTGAGCACAGCAGCTTCTAAGCAGATGCCTTCTTC  750

seq1  GCTCAGACTCCTCTT-GGATAATGAACCGCCTCAGCTTGGTGCACTGATG  799
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACTCCTCTTGGGATAATGAACCGCCTCAGCTTGGTGCACTGATG  800

seq1  TGCATCAAACTTGCTCAGGGTATTAGGAGTTCCTGACAAAACAAAACCAA  849
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  TGCATCAAACTTGCTCA-GGTATTAGGAGTTCCTGACAAA--CAAACCAA  847

seq1  CCAAGTAACCAACCAACCAACAACCAACATCAACAAACTTCAAAATAAAA  899
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCAAGTAACCAACCAACCAAC-ACCAACATCAACAAACTTCAAAATTAAA  896

seq1  CAAAGATCTTGGCTTTCCTGTAATTGCTACAGAGCTGTCATTTCTGGGAA  949
      | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AAGATCTTGGCTTT-CTGTAATTGCTACAGAGCTGTCATTTCTGGGAA  944

seq1  TAAATAGCCCATGGTTTTCTTCCTGTTCACGCCCCTCCTGGGTTGAATCA  999
      | |||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||   ||||
seq2  T-AATAGCCCATGG-TTTCT--CTGTTCACG-CCCTCCTGGGT--GATCA  987

seq1  GGTCATCCATATGGAAGAGGGGCTCATCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1049
       ||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  -GTCAT-CATATGG-AGA-GGGCTCATCTTGTGTG-GTGTGTGGGTGTGT  1032

seq1  G-TGTG  1054
      | ||||
seq2  GATGTG  1038


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |