BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097C04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 17,200,814 - 17,367,135
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC546472, LOC100039576, LOC627511
Downstream geneCited2, Txlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729, D10Bwg1379e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097C04.bB6Ng01-097C04.g
ACCDH907587DH907588
length1,1201,096
definitionDH907587|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097C04, 5' end.DH907588|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097C04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,200,814 - 17,201,943)(17,366,027 - 17,367,135)
sequence
gaattctttctgtgcacacagaaagagaaactagtgggcccatgaaaagg
aaagcagatagacagagttaggagtatgaaggagacagcagggtccattg
ccccacagccatgagcttcactgagtccctctgggacaagctgttctcac
tggacaggagtgaaaacacttcgttcttggcagaaccagaaagaatatgg
ggatgagggctaagaagaccaaactggcattggtgcttattaactgcttg
ctgttggccaggaatcatgctaagctatgtattttttgattaatattcac
aggcacattgtgaaatatgaattaacagttaagaaacaaagattgacaaa
aacacaaaaatgaaaaagtgcccccaactcaaacagatagcgagtgattg
gctctgaaaccaaaccttcccaacttcaaacccaatggtctcaactactt
tactctgctgccttcctgcaagatacaaacatctactgtgttgcttaagc
ttctactgagagcatggtggctgggccagcaaggcggtctagagggtaat
ctacttcccttgtaagtttggatccctagagcccaagcaaaagtgcaaag
agagaccatgctgcaccaagttgtcctctgacttccacatgcgtgcatgc
cgtggcatgcctccccaccccctcccacaggaacaacaataaacaataca
gtatgcttaaagctaaaacggaaatcttgttcaaaagtatagcagtgaga
catagtctttcttccctttcaatggctgttagatattttaattttccccc
acaagctctcatttagccaaggctaatctaaagctcactgtatagccaaa
gatgaccttaaacctctaatttctctgcctacttctcatgagtgtttgaa
ttacaggcattcaccacaatgtggttttacatggtgctggggatcaaact
caggacttcagacatgttaggcagccctctactaactgtatcatagccgc
tttaggcttcttccatacatttttaaatgcatcctttaaagccaatcttg
gtgttacaggcttctattcagattctgaaaggcaagaggaagaggatcgg
attccatgtcatcttcagct
gaattccatgtgtgcacagaggtcgcgatcagtcaactatgacagattca
gagcccatcagtggagtcaagaagagactaggaatgagtcagagtgatcc
tcaattgtttctgcaagatttttgaacagggagcagatatggaaaattgt
atgcatttaaagaataggcttctaagagagagaaatgtttatcaagcagg
gatatggtcacagaaagtttgaatcctcttgcatatttctgaataaagcc
gtgaagagatagaggaagcagcagggcaaactgagtctgtgtggggaaag
ttgaagtaaaaatagttccacggaatgagttgaatgtatttgcagtaaag
ggaatgtttatggtagagtatatgtgtggacttccattcctctcttaaga
atttaatgatgattgggtgtctgattgaagctgtgacattttaagagaga
ttaagaaaggaaaaataagaggtgttccccaacttgccagagctttccag
tcttgttggggagccttcatgcagtaagactagtgaaagtgaaggtgtaa
acacataattgaaattgttgttttctcacggccctcagctcttgtgccta
tagtaaagtccatcccttcctttatgacaagccatgagtattagtgagac
cacaagcatttaccctcattaactcagttaatcatcatacaactgaggac
ggaagggttccagccggggttgcacagctttgaagctggagcgttgggag
cagaacctcaccctgtaggtccagagtccacagtgtagggtaatgatgaa
attcttccttgtaaactcctataaagttgtatcccaagcataagcatgta
tttattttcctttcccagagttttaatgttccatacaatttatagttttt
agacttaggagcatctgctagcttgcagaatatgctatggatggataact
acctccctcgccggccagcaagaggccagcttgttttatagatgtgggaa
gtctccttactggaatttaactctgtttaactattcaggtgctcagtaag
ggaccctctttttactgcaattatgtactggtgcacaatacgtgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_17200814_17201943
seq2: B6Ng01-097C04.b_46_1165

seq1  GAATTCTTTCTGTGCACACAGAAAGAGAAACTAGTGGGCCCATGAAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTGTGCACACAGAAAGAGAAACTAGTGGGCCCATGAAAAGG  50

seq1  AAAGCAGATAGACAGAGTTAGGAGTATGAAGGAGACAGCAGGGTCCATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGATAGACAGAGTTAGGAGTATGAAGGAGACAGCAGGGTCCATTG  100

seq1  CCCCACAGCCATGAGCTTCACTGAGTCCCTCTGGGACAAGCTGTTCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAGCCATGAGCTTCACTGAGTCCCTCTGGGACAAGCTGTTCTCAC  150

seq1  TGGACAGGAGTGAAAACACTTCGTTCTTGGCAGAACCAGAAAGAATATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGGAGTGAAAACACTTCGTTCTTGGCAGAACCAGAAAGAATATGG  200

seq1  GGATGAGGGCTAAGAAGACCAAACTGGCATTGGTGCTTATTAACTGCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGGGCTAAGAAGACCAAACTGGCATTGGTGCTTATTAACTGCTTG  250

seq1  CTGTTGGCCAGGAATCATGCTAAGCTATGTATTTTTTGATTAATATTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGCCAGGAATCATGCTAAGCTATGTATTTTTTGATTAATATTCAC  300

seq1  AGGCACATTGTGAAATATGAATTAACAGTTAAGAAACAAAGATTGACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACATTGTGAAATATGAATTAACAGTTAAGAAACAAAGATTGACAAA  350

seq1  AACACAAAAATGAAAAAGTGCCCCCAACTCAAACAGATAGCGAGTGATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAAAATGAAAAAGTGCCCCCAACTCAAACAGATAGCGAGTGATTG  400

seq1  GCTCTGAAACCAAACCTTCCCAACTTCAAACCCAATGGTCTCAACTACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGAAACCAAACCTTCCCAACTTCAAACCCAATGGTCTCAACTACTT  450

seq1  TACTCTGCTGCCTTCCTGCAAGATACAAACATCTACTGTGTTGCTTAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGCTGCCTTCCTGCAAGATACAAACATCTACTGTGTTGCTTAAGC  500

seq1  TTCTACTGAGAGCATGGTGGCTGGGCCAGCAAGGCGGTCTAGAGGGTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTGAGAGCATGGTGGCTGGGCCAGCAAGGCGGTCTAGAGGGTAAT  550

seq1  CTACTTCCCTTGTAAGTTTGGATCCCTAGAGCCCAAGCAAAAGTGCAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCCCTTGTAAGTTTGGATCCCTAGAGCCCAAGCAAAAGTGCAAAG  600

seq1  AGAGACCATGCTGCACCAAGTTGTCCTCTGACTTCCACATGCGTGCATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCATGCTGCACCAAGTTGTCCTCTGACTTCCACATGCGTGCATGC  650

seq1  CGTGGCATGCCTCCCCACCCCCTCCCACAGGAACAACAATAAACAATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCATGCCTCCCCACCCCCTCCCACAGGAACAACAATAAACAATACA  700

seq1  GTATGCTTAAAGCTAAAACGGAAATCTTGTTCAAAAGTATAGCAGTGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTTAAAGCTAAAACGGAAATCTTGTTCAAAAGTATAGCAGTGAGA  750

seq1  CATAGTCTTTCTTCCCTTTCAATGGCTGTTAGATATTTTAATTTTCCCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCTTTCTTCCCTTTCAATGGCTGTTAGATATTTTAATTTTCCCCC  800

seq1  ACAAGCTCTCATTTAGCCAAGGCTAATCTAAAGCTCACTGTATAGCCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTCTCATTTAGCCAAGGCTAATCTAAAGCTCACTGTATAGCCAAA  850

seq1  GATGACCTTAAACCTCTAATTTCTCTGCCTACTTCTCATGAGTGTTTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACCTTAAACCTCTAATTTCTCTGCCTACTTCTCATGAGTGTTTGAA  900

seq1  TTACAGGCATTCACCACAATGTGGTTTTACATGGTGCTGGGGATCAAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGCATTCACCACAATGTGGTTTTACATGGTGCTGGGGATCAAACT  950

seq1  CAGGACTTCAGACATGTTAGGCCAGCCCTCTACTAACTGTATCATAGCCC  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGGACTTCAGACATGTTAGG-CAGCCCTCTACTAACTGTATCATAG-CC  998

seq1  GCTTTAGGCTTCTTCCAATACAATTTTTTAAAATGCATCCTTTAAAGCCA  1050
      |||||||||||||||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAGGCTTCTTCC-ATACA---TTTTTAAATGCATCCTTTAAAGCCA  1044

seq1  ATCTTGGTGTTACAGGCTTCTAATTCCAGAATCTGAGAGGCAAAGAGAAG  1100
      ||||||||||||||||||||||  | |||| ||||| ||||||   ||||
seq2  ATCTTGGTGTTACAGGCTTCTA--TTCAGATTCTGAAAGGCAAGAGGAAG  1092

seq1  AGGATCCAGATTCCAATGTCATCTTCAGCT  1130
      ||||| | |||||| |||||||||||||||
seq2  AGGAT-CGGATTCC-ATGTCATCTTCAGCT  1120

seq1: chr10_17366027_17367135
seq2: B6Ng01-097C04.g_68_1163 (reverse)

seq1  AGCACGTA-TGTGCA-CAGTACATATGTGCAAGTAAAAAGAAGGGGTGCC  48
      |||||||| |||||| |||||||||  ||| ||||||||||  |||| ||
seq2  AGCACGTATTGTGCACCAGTACATAATTGC-AGTAAAAAGA--GGGT-CC  46

seq1  CTTAACTGAGCCACCTG-ATAGTTTATAACAGAGTTAAAATTTCAGTTAA  97
      ||| |||||| |||||| ||||||   ||||||||| ||||| ||| |||
seq2  CTT-ACTGAG-CACCTGAATAGTT--AAACAGAGTT-AAATTCCAG-TAA  90

seq1  GGAGACTTCCCAACATCTATAAAACAAGCTGGCCTTCTTTGCTGGCCCGG  147
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||
seq2  GGAGACTTCCC-ACATCTATAAAACAAGCTGGCCT--CTTGCTGG-CCGG  136

seq1  CGAGGGAGGTTAGTTATCCATCCATAGCATATTCTGCAAGCCTAGCAGAT  197
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CGAGGGAGG-TAGTTATCCATCCATAGCATATTCTGCAAG-CTAGCAGAT  184

seq1  GCTCCTAAGTCTAAAAACTATAAATTGTATGGAACATTAAAACTCTGGGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTAAGTCTAAAAACTATAAATTGTATGGAACATTAAAACTCTGGGA  234

seq1  AAGGAAAATAAATACATGCTTATGCTTGGGATACAACTTTATAGGAGTTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAATAAATACATGCTTATGCTTGGGATACAACTTTATAGGAGTTT  284

seq1  ACAAGGAAGAATTTCATCATTACCCTACACTGTGGACTCTGGACCTACAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAAGAATTTCATCATTACCCTACACTGTGGACTCTGGACCTACAG  334

seq1  GGTGAGGTTCTGCTCCCAACGCTCCAGCTTCAAAGCTGTGCAACCCCGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGTTCTGCTCCCAACGCTCCAGCTTCAAAGCTGTGCAACCCCGGC  384

seq1  TGGAACCCTTCCGTCCTCAGTTGTATGATGATTAACTGAGTTAATGAGGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACCCTTCCGTCCTCAGTTGTATGATGATTAACTGAGTTAATGAGGG  434

seq1  TAAATGCTTGTGGTCTCACTAATACTCATGGCTTGTCATAAAGGAAGGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCTTGTGGTCTCACTAATACTCATGGCTTGTCATAAAGGAAGGGA  484

seq1  TGGACTTTACTATAGGCACAAGAGCTGAGGGCCGTGAGAAAACAACAATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTTACTATAGGCACAAGAGCTGAGGGCCGTGAGAAAACAACAATT  534

seq1  TCAATTATGTGTTTACACCTTCACTTTCACTAGTCTTACTGCATGAAGGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTATGTGTTTACACCTTCACTTTCACTAGTCTTACTGCATGAAGGC  584

seq1  TCCCCAACAAGACTGGAAAGCTCTGGCAAGTTGGGGAACACCTCTTATTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAACAAGACTGGAAAGCTCTGGCAAGTTGGGGAACACCTCTTATTT  634

seq1  TTCCTTTCTTAATCTCTCTTAAAATGTCACAGCTTCAATCAGACACCCAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCTTAATCTCTCTTAAAATGTCACAGCTTCAATCAGACACCCAA  684

seq1  TCATCATTAAATTCTTAAGAGAGGAATGGAAGTCCACACATATACTCTAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATTAAATTCTTAAGAGAGGAATGGAAGTCCACACATATACTCTAC  734

seq1  CATAAACATTCCCTTTACTGCAAATACATTCAACTCATTCCGTGGAACTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACATTCCCTTTACTGCAAATACATTCAACTCATTCCGTGGAACTA  784

seq1  TTTTTACTTCAACTTTCCCCACACAGACTCAGTTTGCCCTGCTGCTTCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACTTCAACTTTCCCCACACAGACTCAGTTTGCCCTGCTGCTTCCT  834

seq1  CTATCTCTTCACGGCTTTATTCAGAAATATGCAAGAGGATTCAAACTTTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCTTCACGGCTTTATTCAGAAATATGCAAGAGGATTCAAACTTTC  884

seq1  TGTGACCATATCCCTGCTTGATAAACATTTCTCTCTCTTAGAAGCCTATT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCATATCCCTGCTTGATAAACATTTCTCTCTCTTAGAAGCCTATT  934

seq1  CTTTAAATGCATACAATTTTCCATATCTGCTCCCTGTTCAAAAATCTTGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAATGCATACAATTTTCCATATCTGCTCCCTGTTCAAAAATCTTGC  984

seq1  AGAAACAATTGAGGATCACTCTGACTCATTCCTAGTCTCTTCTTGACTCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAATTGAGGATCACTCTGACTCATTCCTAGTCTCTTCTTGACTCC  1034

seq1  ACTGATGGGCTCTGAATCTGTCATAGTTGACTGATCGCGACCTCTGTGCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGGGCTCTGAATCTGTCATAGTTGACTGATCGCGACCTCTGTGCA  1084

seq1  CACATGGAATTC  1109
      ||||||||||||
seq2  CACATGGAATTC  1096