BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099D11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 34,783,915 - 34,926,670
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBB146404, A630077B13Rik, Dse, Tspyl1, Tspyl4, Nt5dc1, Col10a1, Frk, LOC667824
Downstream geneLOC100041585, LOC667860
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099D11.bB6Ng01-099D11.g
ACCDH909072DH909073
length1,1451,075
definitionDH909072|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099D11, 5' end.DH909073|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,925,503 - 34,926,670)(34,783,915 - 34,784,995)
sequence
gaattcaactgaactgagataaaaattacttgacccccaacccctgaatg
atgcttgggcagtgacctaggctgtagcagtatggatttgaagctgactg
ggatttaggggccaacagagaatggcagacaggcatctatgtctgagaga
gcctttctgtatttgcttcccagtatccttctctccccactctgcctccc
ccatcttcaaacagagacacagacaacttagatatttttacactcaactt
ctccctgtgaataaataattgggagacaaaggtgtaaaggactctggacc
atgtaatgcatttctataaagagagaaatataaccttttcatacttgaag
aaggtaaaaagatatattcctctaataagtcttacccgatactcatatca
tgtctaatgtgggctccaagggaattttgggtttaaatcctggtttgaca
agctgcctcctataagtaggtgtagtagctaaagatgggaaatttcacct
gtggttcagaaccagctaaagaatattagtcactgactccaagtagagtg
agcagtgataatcacttgctatgaacaggtattaattaatagaagtctgt
ggctctaggtaaagagcacaacagatattataataagtattaattaaata
aatgtctgtggttcctggtagagagcacaagagatagaaagtataaataa
atgtctgtggttcccggcagagagcacaagtcaggctacctgctttaggc
agacagcttattatttatgagaaatttcatgttcatttctagatagggaa
tattagtcactgactccaagtagagacagcagtgataatcacctgctatg
aacaggtattaattaatagaagtctgtggctccaggttgagagcataaca
aatagatattataatggatattaattaaataaatgtctgtagctcaaggt
agagagtgccctaataatcttatgggatactcatattcgtcgagtggtac
catgggattttgtattaaatctgaacatgacaattacaaaggctaataga
ctaatgggtggtgattgagatatgtgatgtctattgtcctctggaacaag
gcagctacaggtgctctgttactgcctaagaattgctgaattggg
gaattcaccaggaaaatgaaaagttggcacctgtggtatgattaaggcct
tttattatcctcattgtgaagcaaaaagaccctgtatgttataggggggg
gaagcttttgaattgtttttgttctggggcctgactcatttaatttatga
gaggtgaggttacagacagtttttaaaacatgaggagaaaaaaagataga
ctttctgtcatttaggagtttacaacttactgagagaagatttataatgt
gagatgttctctgtagagatattttaaaaaattacattctattagaggat
gaaggacatgaaatagaaaaaagtgaattattgagatattctggttgatt
acctcctgctcccccttttcccctggcttagagaaaaagaagaaatgtct
ttgattatcttcctgcttactcttatagctgtggtggccttggattgacg
ttgcctctgacagtttcaggcttggttgcttttatgcagtgcacaaatag
catcaaaaagaggatttacaaaaggagcgagtgcacattcagtgatcaga
gtttgaaaaaaaaaacacttgagcttacttttaaaaatatcatgtttaaa
aatattaccggtacatcaatattactatgcatgtcacatcaacaagtgcg
ctgctcattggaaacttaggaagtggcctttgtctaagatatgacattat
aaatgtattgctataatatctcgaacattttctttgtgttgtcattttaa
ttatacttttatctactagatgttacaacaatgagttaccattttatgat
tttttaaaaattctttatcataacttgtttactgtctacttgatattcat
tggttgctaattataagtgcattgcaatacattaccttcttcccagtggt
gcaaaaatgacacctatgttatgatcttcttgcatgttctagctcagatt
ttggaaagtactttcttggaatggctaactctgttgtgtgttaattagta
ctctgggcgagaaataacagagctctagaatatccgaaaggtgaaatcaa
tgaagaagcctgcctcagatcttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_34925503_34926670
seq2: B6Ng01-099D11.b_46_1190 (reverse)

seq1  CCCAAATCAGCATATTCTTTAGCCAGTAACCAGGAGCACCTGTAGCTTGC  50
      ||||| |||||| |||| |||| |||||||   ||||||||||||| |||
seq2  CCCAATTCAGCA-ATTC-TTAGGCAGTAAC--AGAGCACCTGTAGC-TGC  45

seq1  CCTCTGTCCCAGAGGAACAATAGAACCATCACAATACTCAAAATCACACA  100
      |   ||| ||||||| ||||||||  |||||||   |||  |||||| ||
seq2  C--TTGTTCCAGAGG-ACAATAGA--CATCACATATCTC--AATCAC-CA  87

seq1  CATTTTAGTCTATTTAGGCCTTTGTAATTTGTCATGTCAGGATTTAAATA  150
      |   ||||||||||   |||||||||| |||||||||   ||||| ||||
seq2  CCCATTAGTCTATT--AGCCTTTGTAA-TTGTCATGTTCAGATTT-AATA  133

seq1  CAAAATTCCCATGGTACCCACCTTCGACCGAATATGAGTATCCCATAAGA  200
      ||||| |||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAA-TCCCATGGTA-CCAC--TCGA-CGAATATGAGTATCCCATAAGA  178

seq1  TTTATTAGGGCACTCTCTACCTTGAGCTACAGACATTTATTTAATTAATA  250
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTATTAGGGCACTCTCTACCTTGAGCTACAGACATTTATTTAATTAATA  227

seq1  TCCATTATAATATCTATTTGTTATGCTCTCAACCTGGAGCCACAGACTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTATAATATCTATTTGTTATGCTCTCAACCTGGAGCCACAGACTTC  277

seq1  TATTAATTAATACCTGTTCATAGCAGGTGATTATCACTGCTGTCTCTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATTAATACCTGTTCATAGCAGGTGATTATCACTGCTGTCTCTACT  327

seq1  TGGAGTCAGTGACTAATATTCCCTATCTAGAAATGAACATGAAATTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCAGTGACTAATATTCCCTATCTAGAAATGAACATGAAATTTCTC  377

seq1  ATAAATAATAAGCTGTCTGCCTAAAGCAGGTAGCCTGACTTGTGCTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAATAAGCTGTCTGCCTAAAGCAGGTAGCCTGACTTGTGCTCTCT  427

seq1  GCCGGGAACCACAGACATTTATTTATACTTTCTATCTCTTGTGCTCTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGAACCACAGACATTTATTTATACTTTCTATCTCTTGTGCTCTCTA  477

seq1  CCAGGAACCACAGACATTTATTTAATTAATACTTATTATAATATCTGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAACCACAGACATTTATTTAATTAATACTTATTATAATATCTGTTG  527

seq1  TGCTCTTTACCTAGAGCCACAGACTTCTATTAATTAATACCTGTTCATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTACCTAGAGCCACAGACTTCTATTAATTAATACCTGTTCATAG  577

seq1  CAAGTGATTATCACTGCTCACTCTACTTGGAGTCAGTGACTAATATTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGATTATCACTGCTCACTCTACTTGGAGTCAGTGACTAATATTCTT  627

seq1  TAGCTGGTTCTGAACCACAGGTGAAATTTCCCATCTTTAGCTACTACACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGTTCTGAACCACAGGTGAAATTTCCCATCTTTAGCTACTACACC  677

seq1  TACTTATAGGAGGCAGCTTGTCAAACCAGGATTTAAACCCAAAATTCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATAGGAGGCAGCTTGTCAAACCAGGATTTAAACCCAAAATTCCCT  727

seq1  TGGAGCCCACATTAGACATGATATGAGTATCGGGTAAGACTTATTAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCCACATTAGACATGATATGAGTATCGGGTAAGACTTATTAGAGG  777

seq1  AATATATCTTTTTACCTTCTTCAAGTATGAAAAGGTTATATTTCTCTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATCTTTTTACCTTCTTCAAGTATGAAAAGGTTATATTTCTCTCTT  827

seq1  TATAGAAATGCATTACATGGTCCAGAGTCCTTTACACCTTTGTCTCCCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAATGCATTACATGGTCCAGAGTCCTTTACACCTTTGTCTCCCAA  877

seq1  TTATTTATTCACAGGGAGAAGTTGAGTGTAAAAATATCTAAGTTGTCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTCACAGGGAGAAGTTGAGTGTAAAAATATCTAAGTTGTCTGT  927

seq1  GTCTCTGTTTGAAGATGGGGGAGGCAGAGTGGGGAGAGAAGGATACTGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTTTGAAGATGGGGGAGGCAGAGTGGGGAGAGAAGGATACTGGG  977

seq1  AAGCAAATACAGAAAGGCTCTCTCAGACATAGATGCCTGTCTGCCATTCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAATACAGAAAGGCTCTCTCAGACATAGATGCCTGTCTGCCATTCT  1027

seq1  CTGTTGGCCCCTAAATCCCAGTCAGCTTCAAATCCATACTGCTACAGCCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGCCCCTAAATCCCAGTCAGCTTCAAATCCATACTGCTACAGCCT  1077

seq1  AGGTCACTGCCCAAGCATCATTCAGGGGTTGGGGGTCAAGTAATTTTTAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACTGCCCAAGCATCATTCAGGGGTTGGGGGTCAAGTAATTTTTAT  1127

seq1  CTCAGTTCAGTTGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTCAGTTGAATTC  1145

seq1: chr10_34783915_34784995
seq2: B6Ng01-099D11.g_70_1144

seq1  GAATTCACCAGGAAAATGAAAAGTTGGCACCTGTGGTATGATTAAGGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAGGAAAATGAAAAGTTGGCACCTGTGGTATGATTAAGGCCT  50

seq1  TTTATTATCCTCATTGTGAAGCAAAAAGACCCTGTATGTTATAGGGGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATCCTCATTGTGAAGCAAAAAGACCCTGTATGTTATAGGGGGGG  100

seq1  GAAGCTTTTGAATTGTTTTTGTTCTGGGGCCTGACTCATTTAATTTATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTTTGAATTGTTTTTGTTCTGGGGCCTGACTCATTTAATTTATGA  150

seq1  GAGGTGAGGTTACAGACAGTTTTTAAAACATGAGGAGAAAAAAAGATAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAGGTTACAGACAGTTTTTAAAACATGAGGAGAAAAAAAGATAGA  200

seq1  CTTTCTGTCATTTAGGAGTTTACAACTTACTGAGAGAAGATTTATAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTCATTTAGGAGTTTACAACTTACTGAGAGAAGATTTATAATGT  250

seq1  GAGATGTTCTCTGTAGAGATATTTTAAAAAATTACATTCTATTAGAGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTTCTCTGTAGAGATATTTTAAAAAATTACATTCTATTAGAGGAT  300

seq1  GAAGGACATGAAATAGAAAAAAGTGAATTATTGAGATATTCTGGTTGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACATGAAATAGAAAAAAGTGAATTATTGAGATATTCTGGTTGATT  350

seq1  ACCTCCTGCTCCCCCTTTTCCCCTGGCTTAGAGAAAAAGAAGAAATGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTGCTCCCCCTTTTCCCCTGGCTTAGAGAAAAAGAAGAAATGTCT  400

seq1  TTGATTATCTTCCTGCTTACTCTTATAGCTGTGGTGGCCTTGGATTGACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTATCTTCCTGCTTACTCTTATAGCTGTGGTGGCCTTGGATTGACG  450

seq1  TTGCCTCTGACAGTTTCAGGCTTGGTTGCTTTTATGCAGTGCACAAATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCTGACAGTTTCAGGCTTGGTTGCTTTTATGCAGTGCACAAATAG  500

seq1  CATCAAAAAGAGGATTTACAAAAGGAGCGAGTGCACATTCAGTGATCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAAAGAGGATTTACAAAAGGAGCGAGTGCACATTCAGTGATCAGA  550

seq1  GTTTGAAAAAAAAAACACTTGAGCTTACTTTTAAAAATATCATGTTTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAAAAAAAAACACTTGAGCTTACTTTTAAAAATATCATGTTTAAA  600

seq1  AATATTACCGGTACATCAATATTACTATGCATGTCACATCAACAAGTGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTACCGGTACATCAATATTACTATGCATGTCACATCAACAAGTGCG  650

seq1  CTGCTCATTGGAAACTTAGGAAGTGGCCTTTGTCTAAGATATGACATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCATTGGAAACTTAGGAAGTGGCCTTTGTCTAAGATATGACATTAT  700

seq1  AAATGTATTGCTATAATATCTCGAACATTTTCTTTGTGTTGTCATTTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATTGCTATAATATCTCGAACATTTTCTTTGTGTTGTCATTTTAA  750

seq1  TTATACTTTTATCTACTAGATGTTACAACAATGAGTTACCATTTTATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTTTTATCTACTAGATGTTACAACAATGAGTTACCATTTTATGAT  800

seq1  TTTTTAAAAATTCTTTATCATAACTTGTTTACTGTCTACTTGATTATTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTTTAAAAATTCTTTATCATAACTTGTTTACTGTCTACTTGA-TATTCA  849

seq1  TTGGTTGGCTAATTATAAGTGCATTGCAATACATTACCTTCTTCCCAGTG  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTT-GCTAATTATAAGTGCATTGCAATACATTACCTTCTTCCCAGTG  898

seq1  GTGCAAAAATGACACCTATGTTATGATCTTCTTGCATGTTCTAGCTCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAAAATGACACCTATGTTATGATCTTCTTGCATGTTCTAGCTCAGA  948

seq1  TTTTGGAAAGTACTTTCTTGGAATGGCTTACCTCTGTTGTGTGTTAATTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAAGTACTTTCTTGGAATGGC-TAACTCTGTTGTGTGTTAATTA  997

seq1  GTACTCTGGCCGAGAAATAACAGAGCTTCCTAGAATATCCCAGAGGTGAA  1050
      ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||
seq2  GTACTCTGGGCGAGAAATAACAGAGCT--CTAGAATATCCGAAAGGTGAA  1045

seq1  ATCAATGAAGAAGCCTGCCCTCAGATCTTCT  1081
      ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATCAATGAAGAAGCCTG-CCTCAGATCTTCT  1075