BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102B18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 105,139,197 - 105,294,619
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC067068, Ccdc59
Upstream geneLOC100042383, Tmtc2, EG627573
Downstream geneEG667758, EG639162, Ppfia2, Olfr1556-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102B18.bB6Ng01-102B18.g
ACCDH911092DH911093
length1,1471,194
definitionDH911092|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102B18, 5' end.DH911093|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102B18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,139,197 - 105,140,341)(105,293,414 - 105,294,619)
sequence
gaattcttcactgatgggcaacaagtagttctctcccctgttaggaaggc
acttggagttgaattttccactccccacaaccaaaaaatgttgacacctt
tttcctatagtatttgatgttcctaacagtctgatttctgatttgattac
ttgctatggcagcttacctggataaactgtggtctaatttgtctcgtgct
tgcattcgtttgtttatttatatctacttatttccaggccaaggaagacc
tactaaatacatcttttcatttcatttaaattacttgctcacacttgatt
tttaaaaggattttcgtaagtgtgcatatttgtcaaaggtaggcttctaa
tgccaacaattggccagaactaatcattgatacatggagattagtcatac
tggcaacaggtttctcttgttattctaactcaattgcttttgtgtacaca
tgaccctgtgtctgttttcctctctggcctaattgagcttttgtgctact
accaggcagataccaggaaggaaggaagtaattggtagattaatttccat
gtagaactagaaaacaatgaaccccagaggatttctttattagcaggttg
tacgctctttctccaactatagagtgaattgttactcctacaaagaagat
ctcgctattgctttggagatgggggaatttatgtagcttaaggtagtcac
tcttcctgtctccactgcccaagtgctttgatgacagagggactccatca
catcaggcttccatggagagactgagaacaaaatgatactcctggttgta
gtggtgcatgtctgtaatcccagcactcaggaggcagagacagatggatc
tctgtgagagccaggactacatggagaaaccctgtttgaaaataaataga
tagatagatagatagatagatagatagataaaacttggctgttaaaaaca
gtgacaccatgaaatgttgcaggcaactggatggaactagaaaaaaaaat
catactgagtgctgtaatcaagaagcagaagactaatacagtaaatactc
atttttctggggatattagctgtaaagtaaagataaccatgctacaatcc
acaggacccagaagagctctaagtaacagaaatggctctaagaggga
gaattccacactggatggagcttgagcataggacacctcaaaacccaccc
tcacaatgacacacttcctccaacaaggctgcacaaactccaacaaggcc
acacctccaatagtaccattccttgtggatcaagcattcaaacactggag
tcaatggaggccaaacctattcaaaccatcacgcgtggtttgagagtaaa
atgcaatagagtgacagtagtttatccctttttacttcaaacaacttttg
caaacgtttataacttaatatgctgcactaatatggacactaattaataa
actgattggcactgaagacattcaaaccatatctctcaagaaacaagtat
aaaatataaggcaaccttaatgctaatgcttataaaatgaaaccacactt
cagtctaccattgagaacctgaaaattaaccctcaaaccctaagagtaat
taatttacacataacttctgagacctttttctaagaatggtgagatgaaa
tgggtggcctcaaagacaagtatggtttaatcagtttagacttctatatc
acagttcatcatcaaagaaaattagggcaggaactcaaacagggcagaaa
cttggagacaggaagtgatgcagaggccatggatggtgctgcttactagc
ttgttccttgttgcttgctcagcctactttcttatacaacccaggaccac
cagccaagggattggcaccatccacaatggacttggcccttcccaaccaa
tcacaaattaagaaaatgccctacaggccagcctacagcctgatcttata
gagatcgtttctcaattgaagctccctcctttgttgactccagcttgcat
caatttggcataaaactaggcaatacagagctctagaaatggaagtattt
tattgcaagtagtggctctcattttgacaaatttaaatatgtactacata
catctgagtttaatcattcacaagttcatttgtgcataggcttagattgt
aataggaattatccctaaagtcacagagaggtcactgtacacttatggct
tggtgtacccaaaccagttcaggcccaactggtttggttactgctgtgaa
cagactcatgaccaaggcaactcttaaagagacaacatttaatggggctg
gcttacaggtccgaggttcaggtcctttacaccaagggcaggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_105139197_105140341
seq2: B6Ng01-102B18.b_46_1192

seq1  GAATTCTTCACTGATGGGCAACAAGTAGTTCTCTCCCCTGTTAGGAAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACTGATGGGCAACAAGTAGTTCTCTCCCCTGTTAGGAAGGC  50

seq1  ACTTGGAGTTGAATTTTCCACTCCCCACAACCAAAAAATGTTGACACCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGAGTTGAATTTTCCACTCCCCACAACCAAAAAATGTTGACACCTT  100

seq1  TTTCCTATAGTATTTGATGTTCCTAACAGTCTGATTTCTGATTTGATTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTATAGTATTTGATGTTCCTAACAGTCTGATTTCTGATTTGATTAC  150

seq1  TTGCTATGGCAGCTTACCTGGATAAACTGTGGTCTAATTTGTCTCGTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATGGCAGCTTACCTGGATAAACTGTGGTCTAATTTGTCTCGTGCT  200

seq1  TGCATTCGTTTGTTTATTTATATCTACTTATTTCCAGGCCAAGGAAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCGTTTGTTTATTTATATCTACTTATTTCCAGGCCAAGGAAGACC  250

seq1  TACTAAATACATCTTTTCATTTCATTTAAATTACTTGCTCACACTTGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAATACATCTTTTCATTTCATTTAAATTACTTGCTCACACTTGATT  300

seq1  TTTAAAAGGATTTTCGTAAGTGTGCATATTTGTCAAAGGTAGGCTTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGGATTTTCGTAAGTGTGCATATTTGTCAAAGGTAGGCTTCTAA  350

seq1  TGCCAACAATTGGCCAGAACTAATCATTGATACATGGAGATTAGTCATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAACAATTGGCCAGAACTAATCATTGATACATGGAGATTAGTCATAC  400

seq1  TGGCAACAGGTTTCTCTTGTTATTCTAACTCAATTGCTTTTGTGTACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACAGGTTTCTCTTGTTATTCTAACTCAATTGCTTTTGTGTACACA  450

seq1  TGACCCTGTGTCTGTTTTCCTCTCTGGCCTAATTGAGCTTTTGTGCTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTGTGTCTGTTTTCCTCTCTGGCCTAATTGAGCTTTTGTGCTACT  500

seq1  ACCAGGCAGATACCAGGAAGGAAGGAAGTAATTGGTAGATTAATTTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCAGATACCAGGAAGGAAGGAAGTAATTGGTAGATTAATTTCCAT  550

seq1  GTAGAACTAGAAAACAATGAACCCCAGAGGATTTCTTTATTAGCAGGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAACTAGAAAACAATGAACCCCAGAGGATTTCTTTATTAGCAGGTTG  600

seq1  TACGCTCTTTCTCCAACTATAGAGTGAATTGTTACTCCTACAAAGAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCTCTTTCTCCAACTATAGAGTGAATTGTTACTCCTACAAAGAAGAT  650

seq1  CTCGCTATTGCTTTGGAGATGGGGGAATTTATGTAGCTTAAGGTAGTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCTATTGCTTTGGAGATGGGGGAATTTATGTAGCTTAAGGTAGTCAC  700

seq1  TCTTCCTGTCTCCACTGCCCAAGTGCTTTGATGACAGAGGGACTCCATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTGTCTCCACTGCCCAAGTGCTTTGATGACAGAGGGACTCCATCA  750

seq1  CATCAGGCTTCCATGGAGAGACTGAGAACAAAATGATACTCCTGGTTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGCTTCCATGGAGAGACTGAGAACAAAATGATACTCCTGGTTGTA  800

seq1  GTGGTGCATGTCTGTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGACAGATGGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCATGTCTGTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGACAGATGGATC  850

seq1  TCTGTGAGAGCCAGGACTACATGGAGAAACCCTGTTTGAAAATAAATAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGAGCCAGGACTACATGGAGAAACCCTGTTTGAAAATAAATAGA  900

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAAACTTGGCTGTTAAAAACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAAACTTGGCTGTTAAAAACA  950

seq1  GTGACACCATGAAATG-TGCAGGCAACTGGATGGAACTAGAAAAAAAAAT  999
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACCATGAAATGTTGCAGGCAACTGGATGGAACTAGAAAAAAAAAT  1000

seq1  CATACTGAGTGCTGTAATCAAGAGCCAGAAAGACTAATACAGTACATACT  1049
      |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||
seq2  CATACTGAGTGCTGTAATCAAGAAGCAG-AAGACTAATACAGTAAATACT  1049

seq1  CATTTTTCTGGGGATATTAGCTGTAAAGTAAAGGATAACCATGCTACAAT  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCTGGGGATATTAGCTGTAAAGTAAA-GATAACCATGCTACAAT  1098

seq1  CCACA-GACCCAG-AGAG-GCTAAGTAACAAGAATGGCTCAAAGAGGGA  1145
      ||||| ||||||| ||||  ||||||||||  |||||||| ||||||||
seq2  CCACAGGACCCAGAAGAGCTCTAAGTAACAGAAATGGCTCTAAGAGGGA  1147

seq1: chr10_105293414_105294619
seq2: B6Ng01-102B18.g_64_1257 (reverse)

seq1  CTCCTG-CCTTGGTGATAATGGA-CTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGC  48
      |||||| |||||||| ||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCCTTGGTG-TAAAGGACCTGAACCTC-GGACCTGTAAGCCAGC  48

seq1  CCCAATTAAATGTTGTCCCTTTTAAGAGTTGCCTTGGTCATGATGTCTGT  98
      ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCC-ATTAAATGTTGTCTC-TTTAAGAGTTGCCTTGGTCATGA-GTCTGT  95

seq1  TCACAGCAGTAAAACCCAAACCAGTTGGGCCTGAACTGGTGTTGGGTACA  148
      ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCACAGCAGTAA---CCAAACCAGTTGGGCCTGAACTGGT-TTGGGTACA  141

seq1  -CAAGCCATAAGGTGTACAGTGACCTCTCTGTGGACTTTTAGGGATAATT  197
       |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  CCAAGCCATAA-GTGTACAGTGACCTCTCTGT-GAC-TTTAGGGATAATT  188

seq1  CCTATTACAATCTTAAGCCTATGCACAAATGAACTTGTGAATGATTAAAC  247
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTACAATC-TAAGCCTATGCACAAATGAACTTGTGAATGATTAAAC  237

seq1  TCAGATGTATGTAGTACATAATTTAAATTTGTCAAAATTGAGAGCCACTA  297
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCAGATGTATGTAGTACAT-ATTTAAATTTGTCAAAA-TGAGAGCCACTA  285

seq1  CTTGCAATAAAATACTTCCATTTCTAGAGCTCTGTATTGCCTAGTTTTAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAATAAAATACTTCCATTTCTAGAGCTCTGTATTGCCTAGTTTTAT  335

seq1  GCCAAATTGATGCAAGCTGGAGTCAACAAAGGAGGGAGCTTCAATTGAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATTGATGCAAGCTGGAGTCAACAAAGGAGGGAGCTTCAATTGAGA  385

seq1  AACGATCTCTATAAGATCAGGCTGTAGGCTGGCCTGTAGGGCATTTTCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATCTCTATAAGATCAGGCTGTAGGCTGGCCTGTAGGGCATTTTCTT  435

seq1  AATTTGTGATTGGTTGGGAAGGGCCAAGTCCATTGTGGATGGTGCCAATC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTGATTGGTTGGGAAGGGCCAAGTCCATTGTGGATGGTGCCAATC  485

seq1  CCTTGGCTGGTGGTCCTGGGTTGTATAAGAAAGTAGGCTGAGCAAGCAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCTGGTGGTCCTGGGTTGTATAAGAAAGTAGGCTGAGCAAGCAAC  535

seq1  AAGGAACAAGCTAGTAAGCAGCACCATCCATGGCCTCTGCATCACTTCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACAAGCTAGTAAGCAGCACCATCCATGGCCTCTGCATCACTTCCT  585

seq1  GTCTCCAAGTTTCTGCCCTGTTTGAGTTCCTGCCCTAATTTTCTTTGATG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCAAGTTTCTGCCCTGTTTGAGTTCCTGCCCTAATTTTCTTTGATG  635

seq1  ATGAACTGTGATATAGAAGTCTAAACTGATTAAACCATACTTGTCTTTGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTGTGATATAGAAGTCTAAACTGATTAAACCATACTTGTCTTTGA  685

seq1  GGCCACCCATTTCATCTCACCATTCTTAGAAAAAGGTCTCAGAAGTTATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCCATTTCATCTCACCATTCTTAGAAAAAGGTCTCAGAAGTTATG  735

seq1  TGTAAATTAATTACTCTTAGGGTTTGAGGGTTAATTTTCAGGTTCTCAAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTAATTACTCTTAGGGTTTGAGGGTTAATTTTCAGGTTCTCAAT  785

seq1  GGTAGACTGAAGTGTGGTTTCATTTTATAAGCATTAGCATTAAGGTTGCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACTGAAGTGTGGTTTCATTTTATAAGCATTAGCATTAAGGTTGCC  835

seq1  TTATATTTTATACTTGTTTCTTGAGAGATATGGTTTGAATGTCTTCAGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTTATACTTGTTTCTTGAGAGATATGGTTTGAATGTCTTCAGTG  885

seq1  CCAATCAGTTTATTAATTAGTGTCCATATTAGTGCAGCATATTAAGTTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCAGTTTATTAATTAGTGTCCATATTAGTGCAGCATATTAAGTTAT  935

seq1  AAACGTTTGCAAAAGTTGTTTGAAGTAAAAAGGGATAAACTACTGTCACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGTTTGCAAAAGTTGTTTGAAGTAAAAAGGGATAAACTACTGTCACT  985

seq1  CTATTGCATTTTACTCTCAAACCACGCGTGATGGTTTGAATAGGTTTGGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCATTTTACTCTCAAACCACGCGTGATGGTTTGAATAGGTTTGGC  1035

seq1  CTCCATTGACTCCAGTGTTTGAATGCTTGATCCACAAGGAATGGTACTAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTGACTCCAGTGTTTGAATGCTTGATCCACAAGGAATGGTACTAT  1085

seq1  TGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTTTGTGCAGCCTTGTTGGAGGAAGTGTG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTTTGTGCAGCCTTGTTGGAGGAAGTGTG  1135

seq1  TCATTGTGAGGGTGGGTTTTGAGGTGTCCTATGCTCAAGCTCCATCCAGT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTGAGGGTGGGTTTTGAGGTGTCCTATGCTCAAGCTCCATCCAGT  1185

seq1  GTGGAATTC  1206
      |||||||||
seq2  GTGGAATTC  1194