BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103A14
Chromosome10 (Build37)
Map Location 88,794,205 - 88,918,831
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGas2l3, Nr1h4
Upstream gene1200002N14Rik, Gnptab, Sycp3, Chpt1, 8030451F13Rik, LOC667046, LOC627414, LOC100042998, EG435236, Spic, EG237433, Arl1, Utp20, Slc5a8, Tmem16d
Downstream geneEG627532, Slc17a8, Scyl2, Actr6, E030041M21Rik, E530015N03Rik, Anks1b, LOC100043039, LOC544719
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103A14.bB6Ng01-103A14.g
ACCDH911751DH911752
length1,2081,101
definitionDH911751|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103A14, 5' end.DH911752|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103A14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,917,619 - 88,918,831)(88,794,205 - 88,795,336)
sequence
gaattcatctcaaaaaacttacagtgatgaggctagatgggaaggaagtg
ggaagagaatggaagttcattagttgtcagggagggctctaaggagagtc
acttgtgcaggaacatcaaagacatggcatacattgtaacattggagaga
ctgatacttgtgctgggatatcaaagacatggtatacattgtaacatagc
agagatccggctatcctttagaaaactctttacagggctcttgttaaaag
ttatgatgttccactgtatgactgctcttcaaaaacatacttaataatca
ctgattgtgtaattatatgcttctaattttattattgttttgaaaattgt
ggacctgaatatctctctgcaaaaaaaaaaaatctattttcaaagttgac
tttaataatttgggtgaaagtactactgcatttgtcgtttgtaaaccata
ccatgctagccttagatgattttttatttatgataaataggcagttgcta
gttgatattctttgggcattaataattatgattgaggggagaaaaaaacc
atttggcagagccacctggcattacacatgcagatcccctatggcccagg
tagtctgggaatgttcccctgagataggatgcctatacctgttgtgtggg
tttccttcaatgactttgattgggaaggacgtttagggggaattctggga
gcattggtgttccctttcttggtcttcatgtaagtccattgtacacatgt
gtgtatatactttttatatgtgtagatatgagtgtatgtacatgcaaata
atttaaattatattgaaaatgttgtacactatatatgtgtgtatatatat
atttatatgtgtatataaatacacacattttaatacacacaatttctctg
gctcaggaaattacaagagccaggggaccagaatgtagattcaagataat
gtctcctagatgtgtcagacactacagccatgccatctcaacactatggc
tgcccacaggagctctgcatagtaatcagtggataagccaacatttaaag
aagcgtagccattgccataattacccctgattactttttttttaactttc
tttaatcttgctattttcttgaaacccccccatgacagacaataaatcag
gaaaagaaagggcggtggaaagctgcaggcccctgtcttggatggtctac
aaagctgt
gaattcttcagccctactagtgaaaggaaataaaacgtgagacctgtgat
tcatgtaatgtatgtcaaatagcccaaagagttgtttgtgagctttgaaa
cctggggctgagaacatagcagaacagaccaggacatgccccggcaggcc
cgtcgcctccctatctcccatccctctgacctaagttaaatgttaacagg
ctgctgatgtttaaatggaccaatcatgtgaaaccttgccaattcctccc
ccagccccactccttttctataaaaacccctagcttccaagcctcgtggt
cgaatccactgtctcctgtgtgagatacgtttcgactcggagctccgcca
ttaaaatacctcgtgttgttacatcaaggtgttgcattctgttcgtgatt
cttgggtacacgcagaatcaggagttgagtgggggtttccccactaggtt
ctttcattagtaatagcagtatgcatcagtggcctaatgctgctatattt
gaaattgtgaggttgatttacataacaaatcactgtttacgaaagtaaca
gctaaaatgagatccaagaaacaccagaagtaaaagatataaaaacatac
ggaaaaagagatgacgtacagcaagcagatattatcccaagtaaaacaaa
ccaaggtatctgtcacctttagatgaaaagactacaagagtcattaatag
tcacagacatttcagggcttaatcctccagggagatacggaaagttcaaa
gctgtacactcaaagtaattacaaaatacataagacagcattgaaattaa
tttattgatatatgacactgtaaggagagattggcaaattcgccatcaaa
gggggaggttttaacttagtttactaattggttggttgaataagtaaaat
gtagtgcaaacacacacacacacacacacacacacacctctaaagaacag
agaccagtcagaaaatgtagtgatcatcagtaccagagagacatagaggt
atggggaggagtgggcgtcagtgatcaaatgcatatgcatattacaaact
catatcataacattactatgctaataaaacgtttaaaagtataggatgag
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_88917619_88918831
seq2: B6Ng01-103A14.b_45_1252 (reverse)

seq1  ACAGCTTTTGTAGCACAT-CAAG-CAGGGGCTCCTGCAGCTTCTCCACCG  48
      ||||| |||||||  ||| |||| ||||||  |||||||||| |||||||
seq2  ACAGC-TTTGTAGACCATCCAAGACAGGGG--CCTGCAGCTT-TCCACCG  46

seq1  -CCTCTCTGTCCTTGATGTATTGTCTGTCTATGTGGGGGGTTTCAAGAAA  97
       ||| ||| | | |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTTTTCCTGATTTATTGTCTGTC-ATG-GGGGGGTTTCAAGAAA  94

seq1  ATAGCAAGATTAAAGAAAGTTTAAAAAAAAGTAATCAGGGGTAATTATGG  147
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAAGATTAAAGAAAGTTAAAAAAAAAGTAATCAGGGGTAATTATGG  144

seq1  CAATGGCTACGCTTCTTTAAATGTTGGCTTATCCACTGATTACTATGCAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGCTACGCTTCTTTAAATGTTGGCTTATCCACTGATTACTATGCAG  194

seq1  AGCTCCTGTGGGCAGCCATAGTGTTGAGATGGCATGGCTGTAGTGTCTGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTGTGGGCAGCCATAGTGTTGAGATGGCATGGCTGTAGTGTCTGA  244

seq1  CACATCTAGGAGACATTATCTTGAATCTGACATTCTGGTCCCCTGGCTCT  297
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTAGGAGACATTATCTTGAATCT-ACATTCTGGTCCCCTGGCTCT  293

seq1  TGTAATTTCCCTGAGCCAGAGAAATTGTGTGTATTAAAATGTGTGTATTT  347
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTT-CCTGAGCCAGAGAAATTGTGTGTATTAAAATGTGTGTATTT  342

seq1  ATATACACATATAAATATATATATACACACATATATAGTGTACAACATTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACATATAAATATATATATACACACATATATAGTGTACAACATTT  392

seq1  TCAATATAATTTAAATTATTTGCATGTACATACACTCATATCTACACATA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATAATTTAAATTATTTGCATGTACATACACTCATATCTACACATA  442

seq1  TAAAAAGTATATACACACATGTGTACAATGGACTTACATGAAGACCAAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTATATACACACATGTGTACAATGGACTTACATGAAGACCAAGA  492

seq1  AAGGGAACACCAATGCTCCCAGAATTCCCCCTAAACGTCCTTCCCAATCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAACACCAATGCTCCCAGAATTCCCCCTAAACGTCCTTCCCAATCA  542

seq1  AAGTCATTGAAGGAAACCCACACAACAGGTATAGGCATCCTATCTCAGGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATTGAAGGAAACCCACACAACAGGTATAGGCATCCTATCTCAGGG  592

seq1  GAACATTCCCAGACTACCTGGGCCATAGGGGATCTGCATGTGTAATGCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTCCCAGACTACCTGGGCCATAGGGGATCTGCATGTGTAATGCCA  642

seq1  GGTGGCTCTGCCAAATGGTTTTTTTCTCCCCTCAATCATAATTATTAATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTCTGCCAAATGGTTTTTTTCTCCCCTCAATCATAATTATTAATG  692

seq1  CCCAAAGAATATCAACTAGCAACTGCCTATTTATCATAAATAAAAAATCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGAATATCAACTAGCAACTGCCTATTTATCATAAATAAAAAATCA  742

seq1  TCTAAGGCTAGCATGGTATGGTTTACAAACGACAAATGCAGTAGTACTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGCTAGCATGGTATGGTTTACAAACGACAAATGCAGTAGTACTTT  792

seq1  CACCCAAATTATTAAAGTCAACTTTGAAAATAGATTTTTTTTTTTTGCAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAAATTATTAAAGTCAACTTTGAAAATAGATTTTTTTTTTTTGCAG  842

seq1  AGAGATATTCAGGTCCACAATTTTCAAAACAATAATAAAATTAGAAGCAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATATTCAGGTCCACAATTTTCAAAACAATAATAAAATTAGAAGCAT  892

seq1  ATAATTACACAATCAGTGATTATTAAGTATGTTTTTGAAGAGCAGTCATA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTACACAATCAGTGATTATTAAGTATGTTTTTGAAGAGCAGTCATA  942

seq1  CAGTGGAACATCATAACTTTTAACAAGAGCCCTGTAAAGAGTTTTCTAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAACATCATAACTTTTAACAAGAGCCCTGTAAAGAGTTTTCTAAA  992

seq1  GGATAGCCGGATCTCTGCTATGTTACAATGTATACCATGTCTTTGATATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGCCGGATCTCTGCTATGTTACAATGTATACCATGTCTTTGATATC  1042

seq1  CCAGCACAAGTATCAGTCTCTCCAATGTTACAATGTATGCCATGTCTTTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACAAGTATCAGTCTCTCCAATGTTACAATGTATGCCATGTCTTTG  1092

seq1  ATGTTCCTGCACAAGTGACTCTCCTTAGAGCCCTCCCTGACAACTAATGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCTGCACAAGTGACTCTCCTTAGAGCCCTCCCTGACAACTAATGA  1142

seq1  ACTTCCATTCTCTTCCCACTTCCTTCCCATCTAGCCTCATCACTGTAAGT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCATTCTCTTCCCACTTCCTTCCCATCTAGCCTCATCACTGTAAGT  1192

seq1  TTTTTGAGATGAATTC  1213
      ||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAGATGAATTC  1208

seq1: chr10_88794205_88795336
seq2: B6Ng01-103A14.g_67_1167

seq1  GAATTCTTCAGCCCTACTAGTGAAAGGAAATAAAACGTGAGACCTGTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGCCCTACTAGTGAAAGGAAATAAAACGTGAGACCTGTGAT  50

seq1  TCATGTAATGTATGTCAAATAGCCCAAAGAGTTGTTTGTGAGCTTTGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTAATGTATGTCAAATAGCCCAAAGAGTTGTTTGTGAGCTTTGAAA  100

seq1  CCTGGGGCTGAGAACATAGCAGAACAGACCAGGACATGCCCCGGCAGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGCTGAGAACATAGCAGAACAGACCAGGACATGCCCCGGCAGGCC  150

seq1  CGTCGCCTCCCTATCTCCCATCCCTCTGACCTAAGTTAAATGTTAACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCGCCTCCCTATCTCCCATCCCTCTGACCTAAGTTAAATGTTAACAGG  200

seq1  CTGCTGATGTTTAAATGGACCAATCATGTGAAACCTTGCCAATTCCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGATGTTTAAATGGACCAATCATGTGAAACCTTGCCAATTCCTCCC  250

seq1  CCAGCCCCACTCCTTTTCTATAAAAACCCCTAGCTTCCAAGCCTCGTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCACTCCTTTTCTATAAAAACCCCTAGCTTCCAAGCCTCGTGGT  300

seq1  CGAATCCACTGTCTCCTGTGTGAGATACGTTTCGACTCGGAGCTCCGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATCCACTGTCTCCTGTGTGAGATACGTTTCGACTCGGAGCTCCGCCA  350

seq1  TTAAAATACCTCGTGTTGTTACATCAAGGTGTTGCATTCTGTTCGTGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATACCTCGTGTTGTTACATCAAGGTGTTGCATTCTGTTCGTGATT  400

seq1  CTTGGGTACACGCAGAATCAGGAGTTGAGTGGGGGTTTCCCCACTAGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTACACGCAGAATCAGGAGTTGAGTGGGGGTTTCCCCACTAGGTT  450

seq1  CTTTCATTAGTAATAGCAGTATGCATCAGTGGCCTAATGCTGCTATATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATTAGTAATAGCAGTATGCATCAGTGGCCTAATGCTGCTATATTT  500

seq1  GAAATTGTGAGGTTGATTTACATAACAAATCACTGTTTACGAAAGTAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGTGAGGTTGATTTACATAACAAATCACTGTTTACGAAAGTAACA  550

seq1  GCTAAAATGAGATCCAAGAAACACCAGAAGTAAAAGATATAAAAACATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAATGAGATCCAAGAAACACCAGAAGTAAAAGATATAAAAACATAC  600

seq1  GGAAAAAGAGATGACGTACAGCAAGCAGATATTATCCCAAGTAAAACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAGAGATGACGTACAGCAAGCAGATATTATCCCAAGTAAAACAAA  650

seq1  CCAAGGTATCTGTCACCTTTAGATGAAAAGACTACAAGAGTCATTAATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTATCTGTCACCTTTAGATGAAAAGACTACAAGAGTCATTAATAG  700

seq1  TCACAGACATTTCAGGGCTTAATCCTCCAGGGAGATACGGAAAGTTCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGACATTTCAGGGCTTAATCCTCCAGGGAGATACGGAAAGTTCAAA  750

seq1  GCTGTACACTCAAAGTAATTACAAAATACATAAGACAGCATTGAAATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTACACTCAAAGTAATTACAAAATACATAAGACAGCATTGAAATTAA  800

seq1  TTTATTGATATATGACACTGTAAGGAGAGATTGGCAAATTCGCCATCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGATATATGACACTGTAAGGAGAGATTGGCAAATTCGCCATCAAA  850

seq1  GGGGGAGGTTTTAACTTAGGTTTACTAATTGGTTGGTTGAATAAGTAAAA  900
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGGGGAGGTTTTAACTTA-GTTTACTAATTGGTTGGTTGAATAAGT-AAA  898

seq1  ATGTAGTGCAAACACACACACACACACACACACACACACCCCTAAAGAAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGTAGTGCAAACACACACACACACACACACACACACACCTCTAAAGAAC  948

seq1  AGGAAGACCAGTCAGAAAAAGGAAGTTGATCATCAGTACCAGGAGGAGGA  1000
      ||  ||||||||||||||| | |   ||||||||||||||| |||   ||
seq2  AG--AGACCAGTCAGAAAATGTA--GTGATCATCAGTACCA-GAG--AGA  991

seq1  CAATAGAGGGTAATGGGGAGGAGTGGGCGTCAGGGTGATCAAAATGCATT  1050
      | |||||||   ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| |
seq2  C-ATAGAGG--TATGGGGAGGAGTGGGCGTCA--GTGATC-AAATGCA-T  1034

seq1  ATGCATATGTACAAAACTCATTATCATATACAATTACCATATGCTAATAA  1100
      |||||||| ||| ||||||| ||||||| || |||||  ||||||||| |
seq2  ATGCATAT-TAC-AAACTCA-TATCATA-AC-ATTAC--TATGCTAAT-A  1076

seq1  AAACATTTTTAAAAAGTTAATAGAGGATGAGG  1132
      |||| |||   |||||    || |||||||||
seq2  AAACGTTT---AAAAG----TATAGGATGAGG  1101