BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106M17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 5,874,877 - 6,032,194
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700052N19Rik, Rmnd1, Zbtb2, Akap12
Upstream geneSyne1, Esr1, LOC100041310, Gm221
Downstream geneMthfd1l, Plekhg1, Iyd, Ppp1r14c, EG666520
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106M17.bB6Ng01-106M17.g
ACCDH914435DH914436
length1,1751,143
definitionDH914435|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106M17, 5' end.DH914436|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106M17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,031,017 - 6,032,194)(5,874,877 - 5,876,049)
sequence
gaattctcattagaaagatgcttgctttataaaagtgagggtccaacacc
tgatccaactaaaaatgaaagcgacagtttagcatcattccaaagatgcc
tgtgtcacacgcacagatctcctggcatgtacatatatctccttccctca
gctgtgatcagggaagtcacatctagctcttgagtgcagtggggaagaag
ggacaatgggctgctgcatctttagccaaagtgttgcttccatgtttgtt
catggggcagtagtgctggggccatttgccattcaattcaggatatagag
gagccattgagatactcagcaggtacaggtgattgccgttgaggcttgca
gtctgagttgttttcaggacttgcacgatagaaggaaagaagtggttcct
gaaagttgtcctctctgccctatacactctacacacacgcacatacacac
acacttaaaacatacatacacacttaaaacatacacacacacacacactt
aaaacatacacacacacttaaaacatacacacacacacttaaaacataca
tacacacttaaaacatacatacacacttaaaacatacacatacacacaca
cttaaaacatacatacacacttaaaacatacatacacacttaaaacatac
acacacacacacacttaaaacatacatacacacttaaaacatacacacac
acttaaaacatacatacacacacacacttaaaacatacacacacacttaa
aacatacatacacacacacacttaaaacatacacacacacttaaaacata
cacacacacacacacacttaaaacatacacacacacacagatatatacat
atataaatgtagttttaaagggtatattcccatgtagtaacttggctctt
ctgtgtaatatagataaggcacagatgaaagcactgggcattgcctcgct
ggataaagatcctctgaacacatggaacccgtttctcctataccccacag
tgctgcatcaagcaggagctgctttgaagttggtgggaagaactgatctt
tatattcaccacaggcaccatattaagttagaaatgcatacatagtttca
cagaatgaagtattcccgactgatgtgagactttcaaataattccccacc
agaagcgtggctgaaccaaaatcaa

gaattccgagcaccaacttctttaatttcatttgataaatgagcctgctc
aatacacacattgatcagaaagccaatgagttaaaaagagcacagcgagg
tagttaatattactatcctcttgaattcagattattgaaatagtgagata
taaaaagcaaaaacacctaatccctttttgcacggttgctaaaagaatga
taaagcatccttcaaagtaatttatttaaaaatatgatcaaggagggttt
tattttgtttttgttttcagaaacagagtttccctgccccctggctatcc
ttgaactctcttcgtagaccaggctggccccgaactcaaaagatctgctt
gcctctgctttccaattaaagatgtgcagagtgcacctccactcttgttt
atttttaaacaaagcttaaaaaaaaaaaaaaggagtgcagaatagcccag
ctcaaagaacccaaacctagtttctcgaacagggaaggtgaactttgaga
aatgggagctaacattttataattctgtgagaggcggagagtgaactgag
gcaaacccagcacaaatgagggtggtaagaaatctcacattgcacattgc
acattggaatggccaggtcaagaggcaagccagtcaatctggaatttctc
aaactttccaaggtgttttcagaagtctggaaaattgttccctctggtga
attcagtttccagcataatctctgtgtggcaatttagccctgttggtaaa
accactgacatgaaagagatttttgctccttttgctcattctgcggccat
tttgatagttatgctatcagtaatagtttgatgacaggctagaaaatgac
ttcccagggaagcagatatataccctgtcaaagacagacaagaacttccc
tccctttaacgatggggctcagacaccaattggaccgcccatgagcaccc
aggtctcatcgactcagcgctattcacctaagtccactcttcagtctcac
acggaaagcaggcaaaacataaatcagccccagatttatagattcatctt
ttttctacatagcagatgttgctgttgcgttcacaaaggtagttagttgg
acttgaatctgaactagggagtgctaagtaatactattagtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_6031017_6032194
seq2: B6Ng01-106M17.b_47_1221 (reverse)

seq1  TTGATTTGGGTCCACGCCA-GCTGTCTGGTGGGG-ATTATTTGAAAGTCT  48
      ||||||| ||| || |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGATTTTGGTTCA-GCCACGCT-TCTGGTGGGGAATTATTTGAAAGTCT  48

seq1  CACACTCAGTCGGGGAAATACTTCA-TCTGTGAGACTATGTATGCATTTC  97
      |||| |||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACA-TCAGTCGGG--AATACTTCATTCTGTGAAACTATGTATGCATTTC  95

seq1  TAACTTTATATGGTGCCTGTGGTGATATATAAAGATCAGTTCTTCCCACC  147
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTAATATGGTGCCTGTGGTGA-ATATAAAGATCAGTTCTTCCCACC  144

seq1  AACTTCAAAGCAGCTCCTGGCTTGATGCAGCACTGTGGGGGTATAGGAGA  197
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AACTTCAAAGCAGCTCCT-GCTTGATGCAGCACTGT-GGGGTATAGGAGA  192

seq1  AACGGGTTCCATGTGTTCAGAGGATC-TTATCCAGCGAGGCAATGCCCAG  246
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGGTTCCATGTGTTCAGAGGATCTTTATCCAGCGAGGCAATGCCCAG  242

seq1  TGCTTTCATCTGTGCCTTATCTATATTACACAGAAGAGCCAAGTTACTAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCATCTGTGCCTTATCTATATTACACAGAAGAGCCAAGTTACTAC  292

seq1  AT-GGAATATACCCTTTAAAACTACATTTATATATGTATATATCTGTGTG  345
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAATATACCCTTTAAAACTACATTTATATATGTATATATCTGTGTG  342

seq1  TGTGTGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTTTTAAGTGTGTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTTTTAAGTGTGTG  392

seq1  TGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATG  442

seq1  TTTTAAGTGTGTGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATGTTTTAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGTGTGTGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATGTTTTAA  492

seq1  GTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTGTGTGTATGTTTTAAGTGTGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTGTGTGTATGTTTTAAGTGTGT  542

seq1  ATGTATGTTTTAAGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATGTGTAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTTTTAAGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATGTGTAT  592

seq1  GTTTTAAGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTG  642

seq1  TGTGTGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTGTGTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTGTGTG  692

seq1  TATGTTTTAAGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATGTGCGTGTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTTAAGTGTGTATGTATGTTTTAAGTGTGTGTGTATGTGCGTGTG  742

seq1  TGTAGAGTGTATAGGGCAGAGAGGACAACTTTCAGGAACCACTTCTTTCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGTGTATAGGGCAGAGAGGACAACTTTCAGGAACCACTTCTTTCC  792

seq1  TTCTATCGTGCAAGTCCTGAAAACAACTCAGACTGCAAGCCTCAACGGCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCGTGCAAGTCCTGAAAACAACTCAGACTGCAAGCCTCAACGGCA  842

seq1  ATCACCTGTACCTGCTGAGTATCTCAATGGCTCCTCTATATCCTGAATTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTGTACCTGCTGAGTATCTCAATGGCTCCTCTATATCCTGAATTG  892

seq1  AATGGCAAATGGCCCCAGCACTACTGCCCCATGAACAAACATGGAAGCAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCAAATGGCCCCAGCACTACTGCCCCATGAACAAACATGGAAGCAA  942

seq1  CACTTTGGCTAAAGATGCAGCAGCCCATTGTCCCTTCTTCCCCACTGCAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGGCTAAAGATGCAGCAGCCCATTGTCCCTTCTTCCCCACTGCAC  992

seq1  TCAAGAGCTAGATGTGACTTCCCTGATCACAGCTGAGGGAAGGAGATATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGCTAGATGTGACTTCCCTGATCACAGCTGAGGGAAGGAGATATA  1042

seq1  TGTACATGCCAGGAGATCTGTGCGTGTGACACAGGCATCTTTGGAATGAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATGCCAGGAGATCTGTGCGTGTGACACAGGCATCTTTGGAATGAT  1092

seq1  GCTAAACTGTCGCTTTCATTTTTAGTTGGATCAGGTGTTGGACCCTCACT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACTGTCGCTTTCATTTTTAGTTGGATCAGGTGTTGGACCCTCACT  1142

seq1  TTTATAAAGCAAGCATCTTTCTAATGAGAATTC  1178
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAAGCAAGCATCTTTCTAATGAGAATTC  1175


seq1: chr10_5874877_5876049
seq2: B6Ng01-106M17.g_69_1211

seq1  GAATTCAGAGCACCAACTTCTTTAATTTCATTTGATAAATGAGCCTGCTC  50
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGAGCACCAACTTCTTTAATTTCATTTGATAAATGAGCCTGCTC  50

seq1  AATACACACATTGATCAGAAAGCCAATGAGTTAAAAAGAGCACAGCGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACACATTGATCAGAAAGCCAATGAGTTAAAAAGAGCACAGCGAGG  100

seq1  TAGTTAATATTACTATCCTCTTGAATTCAGATTATTGAAATAGTGAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAATATTACTATCCTCTTGAATTCAGATTATTGAAATAGTGAGATA  150

seq1  TAAAAAGCAAAAACACCTAATCCCTTTTTGCACGGTTGCTAAAAGAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGCAAAAACACCTAATCCCTTTTTGCACGGTTGCTAAAAGAATGA  200

seq1  TAAAGCATCCTTCAAAGTAATTTATTTAAAAATATGATCAAGGAGGGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCATCCTTCAAAGTAATTTATTTAAAAATATGATCAAGGAGGGTTT  250

seq1  TATTTTGTTTTTGTTTTCAGAAACAGAGTTTCCCTGCCCCCTGGCTATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTTTTTGTTTTCAGAAACAGAGTTTCCCTGCCCCCTGGCTATCC  300

seq1  TTGAACTCTCTTCGTAGACCAGGCTGGCCCCGAACTCAAAAGATCTGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTCTCTTCGTAGACCAGGCTGGCCCCGAACTCAAAAGATCTGCTT  350

seq1  GCCTCTGCTTTCCAATTAAAGATGTGCAGAGTGCACCTCCACTCTTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCTTTCCAATTAAAGATGTGCAGAGTGCACCTCCACTCTTGTTT  400

seq1  ATTTTTAAACAAAGCTTAAAAAAAAAAAAAAGGAGTGCAGAATAGCCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAACAAAGCTTAAAAAAAAAAAAAAGGAGTGCAGAATAGCCCAG  450

seq1  CTCAAAGAACCCAAACCTAGTTTCTCGAACAGGGAAGGTGAACTTTGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGAACCCAAACCTAGTTTCTCGAACAGGGAAGGTGAACTTTGAGA  500

seq1  AATGGGAGCTAACATTTTATAATTCTGTGAGAGGCGGAGAGTGAACTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAGCTAACATTTTATAATTCTGTGAGAGGCGGAGAGTGAACTGAG  550

seq1  GCAAACCCAGCACAAATGAGGGTGGTAAGAAATCTCACATTGCACATTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCCAGCACAAATGAGGGTGGTAAGAAATCTCACATTGCACATTGC  600

seq1  ACATTGGAATGGCCAGGTCAAGAGGCAAGCCAGTCAATCTGGAATTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGAATGGCCAGGTCAAGAGGCAAGCCAGTCAATCTGGAATTTCTC  650

seq1  AAACTTTCCAAGGTGTTTTCAGAAGTCTGGAAAATTGTTCCCTCTGGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTCCAAGGTGTTTTCAGAAGTCTGGAAAATTGTTCCCTCTGGTGA  700

seq1  ATTCAGTTTCCAGCATAATCTCTGTGTGGCAATTTAGCCCTGTTGGTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTTTCCAGCATAATCTCTGTGTGGCAATTTAGCCCTGTTGGTAAA  750

seq1  ACCACTGACATGAAAGAGATTTTTGCTCCTTTTGCTCATTCTGCGGCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGACATGAAAGAGATTTTTGCTCCTTTTGCTCATTCTGCGGCCAT  800

seq1  TTTGATAGTTATGCTATCAGTAATAGTTTGATGACAGGCTAGAAAATGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGTTATGCTATCAGTAATAGTTTGATGACAGGCTAGAAAATGAC  850

seq1  TTCCCAGGGAAGCAGATATTATACCCTGTCAAAGACAGACAAGAACTTCC  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGGGAAGCAGATA-TATACCCTGTCAAAGACAGACAAGAACTTCC  899

seq1  CTCCCTTAAACGATGGGGCCTCAGGACAACCAATTGGACCGCCCATGAGC  950
      ||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTTAACGATGGGG-CTCA-GAC-ACCAATTGGACCGCCCATGAGC  946

seq1  ACCCAGGTCTCCATCCGACTCAGCGCTTATTCACCTAAGTTCCCACTC-T  999
      |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||| |
seq2  ACCCAGGTCT-CAT-CGACTCAGCGC-TATTCACCTAAGT--CCACTCTT  991

seq1  CAGTCTCAACCACGGAAAGCAAGGCAAAAACATAAATCAGGCCCCAGATT  1049
      ||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAGTCTCA--CACGGAAAGC-AGGC-AAAACATAAATCA-GCCCCAGATT  1036

seq1  TATAGATTCATC-TTTTTCTACCATAGCCAGAATGTGGCTGGTTTGCTGT  1098
      |||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| ||||  |||| ||
seq2  TATAGATTCATCTTTTTTCTA-CATAG-CAG-ATGTTGCTG--TTGC-GT  1080

seq1  TCACAAAAGGTAGTTAGGTGTGAACTTGAAAATCTGACCTTAGGGATGTG  1148
      |||| ||||||||||||   || |||||  ||||||| | |||||| || 
seq2  TCAC-AAAGGTAGTTAG--TTGGACTTG--AATCTGAAC-TAGGGA-GT-  1122

seq1  GCTAAAGTGAAATACTATTATGTGA  1173
      |||||   | |||||||||| ||||
seq2  GCTAA---GTAATACTATTA-GTGA  1143


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |