BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106P05
Chromosome10 (Build37)
Map Location 60,842,229 - 60,971,377
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNodal, Eif4ebp2, D830039M14Rik, Lrrc20
Upstream geneCdh23, Slc29a3, Unc5b, Pcbd1, Sgpl1, 1700021K02Rik, Adamts14, Prf1, EG237361, X99384
Downstream geneNpffr1, Ppa1, Sar1a, Tysnd1, Aifm2, H2afy2, LOC100039284, Col13a1, EG436164, EG432466, 2010107G23Rik, Neurog3, Tspan15, Tacr2, Hk1, 2210417K05Rik, Hkdc1, Supv3l1, Vps26a, Srgn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106P05.bB6Ng01-106P05.g
ACCDH914547DH914548
length1,1631,160
definitionDH914547|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106P05, 5' end.DH914548|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,970,200 - 60,971,377)(60,842,229 - 60,843,421)
sequence
gaattcatgcatgtatggcccttggcatggaagcagccctgggctgacac
tcaggaggcctaagctttggcctgggtggcacctaagttttcccattggc
atctctacggtcaaccactgagcctcagagatctccagcctcagctctat
ctatctgtcttagccccatctattaaacggggcctgggtgtgcgcatgcg
ctcacgagcacatacggaggtgcatgtgtggaggacagaggacaacctta
ggagccagttccctccttccaccactgtgggtttcagtgactggactcag
cttgtcaacctggcagcaagggccactgagctatctctccagccccaaat
ggggtttggattatgtgacttgtgggtgttgtcacccaggccaaacagaa
ctgggacctgagcccagagtggcccaacccaaacctaagatcttttcata
aagcccattagtctatacaatactgccgtggtcagaagacagccctgaaa
gggttttaaaaagtaaaaagataatggctctcttttacatggcctgagac
tttggggacaggagggaagcagagtctcaggtagcccaggctagcctcaa
attccatgacttatctctccatccttggttgatacatatactccagggcc
tggggagatagctccgcaattgtttttgtagagggcccaaatgtggtttc
tagcatccacatggcggcttacaaccttctgtaattccagttccaatgga
tccaactctcttctgatctccaagggcaccaggtaagaacatagtataca
tacatgcatgtaagcaaaacactcatattcataaaatacaagtaataaat
ctaacctcagtgtagtagcatacaccttttcatgccagcactcagaggca
gaggcaggtggatctctgagaacttgtggccagcctagtctacgtagtgg
agtttcaggacagccaaggctacatagtgagacccgcactcaagctaaat
aatatacaaataataaataatctaacttataggatatcgttttattacta
tatgacgagaagaaacccttacagcattgcaggggagacgcttccttcag
tgccaagggactggtcagcgaaatggtctgtcaagaaagaatcggagatc
tccgctcccagca
gaattctcctctccatttccctagcactaaacaagcctgcagccagcact
ttggtggggtttagtgatgggacttacgggtgttcttgcgtgagacccaa
ctttaccaactgagccatatatctgactgctgctggatgctccgtccgtc
ggatgggacccacacggaagaacccaaatcaaaatgacatttggtccttt
gtccccattcaacacaatgcaatcattggtgtctctggtgtcaacagcca
ctctgctagaaaatgtaatcctaaagatggctgtggcacccactgtctcc
ctagaacatcctgggagccagacagtctccagccatctccgtacacaccg
gccttacgctcttggacacgcttacaggggaatccctctccctagcctgt
tacataaggaaaataagccacagagacggtaagtgtgctttttttggagg
gtcacagagctaggacagggattcagatctgatggtctgctacagaactg
tcttcttcaggttagggaagctggacagggatggcgctgtcaggacacac
tgtggaggtaagatctccaagtgacaaggatgttcctcacttactttttc
tttaccaagtcccagacaaaggcctggctgggcaacgttgcaaagccagc
tgcagccaggagcctacagatcctatgtcccaggcccaaccctatgccat
gctggccacatgaaacatgcaaagccggtctccaaatgccttgctatgcg
agagaggcagagagaggcagcgctgcccaccgggaggccagagccatgat
ttggggctattcttagcgaaccactggctctcctcccagaggcccagcag
gcagaaagcccaagcttccacacacccagcctgccacttcctgacccttt
ctgagaccccagacaagaagagccactggcagagataagagagggaggga
cagagggggctgccgctcacaagactgtacgtgtctacacacagaattgc
ccggctcctgcaacacctgctgctagacctctggcagtcctgaatcacag
cctgtgactgatgaagtcactaacttgtcatgactgcttcagttaacttc
cagaggctgggctaagatgaattaccgccccagtaagtactggaagtcac
caagatcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_60970200_60971377
seq2: B6Ng01-106P05.b_45_1207 (reverse)

seq1  TGCTGGGAGCGGAGATCTCCCGTATCTTCTTTGACAGCACTTTCTGCTGA  50
      |||||||||||||||||| |||  ||||  |||||||  | ||  |||||
seq2  TGCTGGGAGCGGAGATCT-CCGATTCTTTCTTGACAGACCATTTCGCTGA  49

seq1  CCCAGTCTCCTTGGCACTGGAGGGAGCGTCTTCCCCCTGGCAAATGCTGT  100
       |||||| ||||||||||| ||| |||||||  ||||||   ||||||||
seq2  -CCAGTC-CCTTGGCACTGAAGGAAGCGTCT--CCCCTG--CAATGCTGT  93

seq1  TAGGGTTTCTCTCT-GTCATAATTAAGTAATTAAAACGATATCCTATAAG  149
       ||||||||| ||| ||||||    ||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTTCT-TCTCGTCATA---TAGTAA-TAAAACGATATCCTATAAG  138

seq1  TTTAGATTTATTTATTTATTTGTATATTTATTTAGCTTTGAGGTGCGGGT  199
       ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||
seq2  -TTAGA-TTATTTA-TTATTTGTATA-TTATTTAGC-TTGA-GTGCGGGT  182

seq1  CTCACTATGTAGCCTTGGCTGTCCTGAAACT-CACTACGTAGACTAGGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTCACTATGTAGCCTTGGCTGTCCTGAAACTCCACTACGTAGACTAGGCT  232

seq1  GGCCACAAGTTCTCAGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCTGAGTGCTGGCAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAAGTTCTCAGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCTGAGTGCTGGCAT  282

seq1  G-AAAGGTGTATGCTACTACACTGAGGTTAGATTTATTACTTGTATTTTA  347
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGTGTATGCTACTACACTGAGGTTAGATTTATTACTTGTATTTTA  332

seq1  TGAATATGAGTGTTTTGCTTACATGCATGTATGTATACTATGTTCTTACC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATGAGTGTTTTGCTTACATGCATGTATGTATACTATGTTCTTACC  382

seq1  TGGTGCCCTTGGAGATCAGAAGAGAGTTGGATCCATTGGAACTGGAATTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCCTTGGAGATCAGAAGAGAGTTGGATCCATTGGAACTGGAATTA  432

seq1  CAGAAGGTTGTAAGCCGCCATGTGGATGCTAGAAACCACATTTGGGCCCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGTTGTAAGCCGCCATGTGGATGCTAGAAACCACATTTGGGCCCT  482

seq1  CTACAAAAACAATTGCGGAGCTATCTCCCCAGGCCCTGGAGTATATGTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAAACAATTGCGGAGCTATCTCCCCAGGCCCTGGAGTATATGTAT  532

seq1  CAACCAAGGATGGAGAGATAAGTCATGGAATTTGAGGCTAGCCTGGGCTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAAGGATGGAGAGATAAGTCATGGAATTTGAGGCTAGCCTGGGCTA  582

seq1  CCTGAGACTCTGCTTCCCTCCTGTCCCCAAAGTCTCAGGCCATGTAAAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGACTCTGCTTCCCTCCTGTCCCCAAAGTCTCAGGCCATGTAAAAG  632

seq1  AGAGCCATTATCTTTTTACTTTTTAAAACCCTTTCAGGGCTGTCTTCTGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCATTATCTTTTTACTTTTTAAAACCCTTTCAGGGCTGTCTTCTGA  682

seq1  CCACGGCAGTATTGTATAGACTAATGGGCTTTATGAAAAGATCTTAGGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGCAGTATTGTATAGACTAATGGGCTTTATGAAAAGATCTTAGGTT  732

seq1  TGGGTTGGGCCACTCTGGGCTCAGGTCCCAGTTCTGTTTGGCCTGGGTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGGGCCACTCTGGGCTCAGGTCCCAGTTCTGTTTGGCCTGGGTGA  782

seq1  CAACACCCACAAGTCACATAATCCAAACCCCATTTGGGGCTGGAGAGATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCCACAAGTCACATAATCCAAACCCCATTTGGGGCTGGAGAGATA  832

seq1  GCTCAGTGGCCCTTGCTGCCAGGTTGACAAGCTGAGTCCAGTCACTGAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGGCCCTTGCTGCCAGGTTGACAAGCTGAGTCCAGTCACTGAAA  882

seq1  CCCACAGTGGTGGAAGGAGGGAACTGGCTCCTAAGGTTGTCCTCTGTCCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGTGGTGGAAGGAGGGAACTGGCTCCTAAGGTTGTCCTCTGTCCT  932

seq1  CCACACATGCACCTCCGTATGTGCTCGTGAGCGCATGCGCACACCCAGGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACATGCACCTCCGTATGTGCTCGTGAGCGCATGCGCACACCCAGGC  982

seq1  CCCGTTTAATAGATGGGGCTAAGACAGATAGATAGAGCTGAGGCTGGAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTTTAATAGATGGGGCTAAGACAGATAGATAGAGCTGAGGCTGGAGA  1032

seq1  TCTCTGAGGCTCAGTGGTTGACCGTAGAGATGCCAATGGGAAAACTTAGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGGCTCAGTGGTTGACCGTAGAGATGCCAATGGGAAAACTTAGG  1082

seq1  TGCCACCCAGGCCAAAGCTTAGGCCTCCTGAGTGTCAGCCCAGGGCTGCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCCAGGCCAAAGCTTAGGCCTCCTGAGTGTCAGCCCAGGGCTGCT  1132

seq1  TCCATGCCAAGGGCCATACATGCATGAATTC  1178
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCCAAGGGCCATACATGCATGAATTC  1163

seq1: chr10_60842229_60843421
seq2: B6Ng01-106P05.g_69_1228

seq1  GAATTCTCCTCTCCATTTCCCTAGCACTAAACAAGCCTGCAGCCAGCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTCTCCATTTCCCTAGCACTAAACAAGCCTGCAGCCAGCACT  50

seq1  TTGGTGGGGTTTAGTGATGGGACTTACGGGTGTTCTTGCGTGAGACCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGGGTTTAGTGATGGGACTTACGGGTGTTCTTGCGTGAGACCCAA  100

seq1  CTTTACCAACTGAGCCATATATCTGACTGCTGCTGGATGCTCCGTCCGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCAACTGAGCCATATATCTGACTGCTGCTGGATGCTCCGTCCGTC  150

seq1  GGATGGGACCCACACGGAAGAACCCAAATCAAAATGACATTTGGTCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGACCCACACGGAAGAACCCAAATCAAAATGACATTTGGTCCTTT  200

seq1  GTCCCCATTCAACACAATGCAATCATTGGTGTCTCTGGTGTCAACAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCATTCAACACAATGCAATCATTGGTGTCTCTGGTGTCAACAGCCA  250

seq1  CTCTGCTAGAAAATGTAATCCTAAAGATGGCTGTGGCACCCACTGTCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTAGAAAATGTAATCCTAAAGATGGCTGTGGCACCCACTGTCTCC  300

seq1  CTAGAACATCCTGGGAGCCAGACAGTCTCCAGCCATCTCCGTACACACCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACATCCTGGGAGCCAGACAGTCTCCAGCCATCTCCGTACACACCG  350

seq1  GCCTTACGCTCTTGGACACGCTTACAGGGGAATCCCTCTCCCTAGCCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTACGCTCTTGGACACGCTTACAGGGGAATCCCTCTCCCTAGCCTGT  400

seq1  TACATAAGGAAAATAAGCCACAGAGACGGTAAGTGTGCTTTTTTTGGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAGGAAAATAAGCCACAGAGACGGTAAGTGTGCTTTTTTTGGAGG  450

seq1  GTCACAGAGCTAGGACAGGGATTCAGATCTGATGGTCTGCTACAGAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGAGCTAGGACAGGGATTCAGATCTGATGGTCTGCTACAGAACTG  500

seq1  TCTTCTTCAGGTTAGGGAAGCTGGACAGGGATGGCGCTGTCAGGACACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCAGGTTAGGGAAGCTGGACAGGGATGGCGCTGTCAGGACACAC  550

seq1  TGTGGAGGTAAGATCTCCAAGTGACAAGGATGTTCCTCACTTACTTTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGGTAAGATCTCCAAGTGACAAGGATGTTCCTCACTTACTTTTTC  600

seq1  TTTACCAAGTCCCAGACAAAGGCCTGGCTGGGCAACGTTGCAAAGCCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCAAGTCCCAGACAAAGGCCTGGCTGGGCAACGTTGCAAAGCCAGC  650

seq1  TGCAGCCAGGAGCCTACAGATCCTATGTCCCAGGCCCAACCCTATGCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCAGGAGCCTACAGATCCTATGTCCCAGGCCCAACCCTATGCCAT  700

seq1  GCTGGCCACATGAAACATGCAAAGCCGGTCTCCAAATGCCTTGCTATGCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCACATGAAACATGCAAAGCCGGTCTCCAAATGCCTTGCTATGCG  750

seq1  AGAGAGGCAGAGAGAGGCAGCGCTGCCCACCGGGAGGCCAGAGCCATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCAGAGAGAGGCAGCGCTGCCCACCGGGAGGCCAGAGCCATGAT  800

seq1  TTGGGGCTATTCTTAGCGAACCACTGGCTCTCCTCCCAGAGGCCCAGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGCTATTCTTAGCGAACCACTGGCTCTCCTCCCAGAGGCCCAGCAG  850

seq1  GCAGAAAGCCCAAGCTTCCACACACCCAGCCTGCCACTTCCTGACCCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAGCCCAAGCTTCCACACACCCAGCCTGCCACTTCCTGACCCTTT  900

seq1  CTGAGGACCCCAGGACAAGGAGGAGCCACTGGCAGAGATAAAGAGAGGGG  950
      |||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  CTGA-GACCCCA-GACAA-GAAGAGCCACTGGCAGAGAT-AAGAGAGGG-  945

seq1  AGGGGACAGAGGGGGCTGCCGCTTCCAACAAAGACTTGTACGGTGTCTAC  1000
        |||||||||||||||||||||  |    ||||| ||||| ||||||||
seq2  -AGGGACAGAGGGGGCTGCCGCTCAC----AAGAC-TGTAC-GTGTCTAC  988

seq1  ACACCAGAATTTGCCCGGGCTCCCGGCCAAACACCTGGCTGCTAAAGACT  1050
      ||| ||||| |||||| |||||| |    ||||||| ||||||| |  ||
seq2  ACA-CAGAA-TTGCCC-GGCTCCTG---CAACACCT-GCTGCTAGA-CCT  1030

seq1  CTGGGCAGTCCTG-ATCACAGCCCTGTGGACTGATGGAAAGTCACTAACT  1099
      || |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||
seq2  CT-GGCAGTCCTGAATCACAG-CCTGT-GACTGATG--AAGTCACTAACT  1075

seq1  TGTCATGAACTGTCTTCCAGTTAACCCTCCAGAGAGCTGGGGCTAAGAAT  1149
      ||||||| |||| ||| ||||||| | ||||||| ||| |||||||| ||
seq2  TGTCATG-ACTG-CTT-CAGTTAA-CTTCCAGAG-GCT-GGGCTAAG-AT  1118

seq1  GAAGTAACCGCCACAGTAAGTGACTGGAAGGTCA-CAAGAGCATT  1193
      ||| | |||||| |||||||| ||||||| |||| ||||| ||||
seq2  GAA-TTACCGCCCCAGTAAGT-ACTGGAA-GTCACCAAGATCATT  1160