BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111B04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 93,714,025 - 93,793,909
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG215472, LOC100041955
Upstream genePctk2, Elk3, LOC100041854, Lta4h, Hal, Amdhd1, Ccdc38, Snrpf, LOC100041873, Ntn4, LOC667338, LOC100041907, Usp44, Metap2, Vezt, Fgd6, Nr2c1, Ndufa12
Downstream geneTmcc3, EG667315, 4921537D05Rik, Plxnc1, Cradd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111B04.bB6Ng01-111B04.g
ACCDH917517DH917518
length978996
definitionDH917517|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111B04, 5' end.DH917518|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,714,025 - 93,715,018)(93,792,905 - 93,793,909)
sequence
gaattcttgtctcctcccacttgcgggattgttcctccctaactctccgt
ttaccattcagtactgtctgtgcaatgttggtcttgaccactggaagttc
ttttattttatgcagcgattcctagcgctcttttctaatgtctccccata
ctgacttccaggattaaacaaatcacccttctgtgaggaaaaatcacgca
atgtggtttaacgcagtttatttccttccagtcttttaatattttctcct
gacttgagttttttttattagtggtgtgcatatatgtgctactgccatca
cacgtgtgcaggtcagatgacagctctctggagtgggtcctttcctgtct
cccttacatgagctctgggcatcaactcagagcatcagggtgaggcagta
agaacctttgcctgctgaaaacaaagcccctgtttctctgagacaggctt
tcaccatgtagcccaggttggccttgaactcaagttcctcccacctcagc
ctcccaggaactgagatgacaagtctatgctatcaagcaatatgaactca
tatctctgttgttttcctcaagctatggaaaaatattacagatttccatc
cgaatccatgaggaacaggtttaaagagggacagcgaatccccatgggtg
actgtgacacccactctgatggtttgtatatgcttggctcaaggagtggc
actattaggaggtgtggccctgttggaataggtgtggccttattggagtg
ggtgtgccactgtgggcatgggcttaagacctcatcctagctgcctggag
ccagtcttctgcagcagccttcagatgaaatgtaaaattctcagctcctc
ccacacatacctgcctggatgctgtcatgtcctgcctgatgatatgactg
aacctctgaacctgtaagccatcctataatgttgtctttttaaagacttg
ctgtcatggtgtctgctccacgcagtca
gaattcagtgagactctgtaaaataaaagtggctgtgcttatagctcaga
gggagagggcctgcctgtggatgagcccctggattgaatccccaacacca
cacccaaagtgtagcgaagggaagaaggtgtggacaagaaaccacccata
aataaagaacagcaggactgtacagagtgaacagtaattcacgaatatcc
gttacaagaagcacgatggcgtgctttggataaggacaggggaaaggtca
agggggctggggtaagcttgagacaagaaatggatctccaaggggatact
cagggctagcttcctacttaaaatcatcttcccgaggctggggatgtggc
ttggtggtaaagcacttacccaggaggtgtgaggccctgggctcggtttc
catcactaaaaagaacagtcagctttcagctttctggatcttctccctgc
cctggatcactgggtttttctctaggtcatattctcagtgtgctttggcc
aatgccatcaccaccctacgagggtaactgttcctccctgaagtctgaat
ttttggagctgagtggtcatgtgttttggcagccccagccctaactccac
ccaacctttcaagactgttaggtgaacgaggttgaacagatttggccttc
caaaatgagagagaaaagctggttttgaaaaggtcaattaaaccttttta
ggtgtatggaaaacagacatgcatgcattagcaccgtgcatcacacatct
caaacatcgagtcagtggaggttcctttatcagtagtaacaaaccgcgca
agaaccgagctactctattttgaatgcaacactgggcctatggaataaag
atgttcaaaagcatggaaataaagtaaagctaaatttagactagcccctg
cctatcaccaaggcttaggcgcagctactgtcagatgccaaggactgcac
agactctcgcagctgtgctggctctgatactgcagctagcacacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_93714025_93715018
seq2: B6Ng01-111B04.b_49_1026

seq1  GAATTCTTGTCTCCTCCCACTTGCGGGATTGTTCCTCCCTAACTCTCCGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTCTCCTCCCACTTGCGGGATTGTTCCTCCCTAACTCTCCGT  50

seq1  TTACCATTCAGTACTGTCTGTGCAATGTTGGTCTTGACCACTGGAAGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATTCAGTACTGTCTGTGCAATGTTGGTCTTGACCACTGGAAGTTC  100

seq1  TTTTATTTTATGCAGCGATTCCTAGCGCTCTTTTCTAATGTCTCCCCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTATGCAGCGATTCCTAGCGCTCTTTTCTAATGTCTCCCCATA  150

seq1  CTGACTTCCAGGATTAAACAAATCACCCTTCTGTGAGGAAAAATCACGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTCCAGGATTAAACAAATCACCCTTCTGTGAGGAAAAATCACGCA  200

seq1  ATGTGGTTTAACGCAGTTTATTTCCTTCCAGTCTTTTAATATTTTCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTTTAACGCAGTTTATTTCCTTCCAGTCTTTTAATATTTTCTCCT  250

seq1  GACTTGAGTTTTTTTTATTAGTGGTGTGCATATATGTGCTACTGCCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAGTTTTTTTTATTAGTGGTGTGCATATATGTGCTACTGCCATCA  300

seq1  CACGTGTGCAGGTCAGATGACAGCTCTCTGGAGTGGGTCCTTTCCTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGTGCAGGTCAGATGACAGCTCTCTGGAGTGGGTCCTTTCCTGTCT  350

seq1  CCCTTACATGAGCTCTGGGCATCAACTCAGAGCATCAGGGTGAGGCAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACATGAGCTCTGGGCATCAACTCAGAGCATCAGGGTGAGGCAGTA  400

seq1  AGAACCTTTGCCTGCTGAAAACAAAGCCCCTGTTTCTCTGAGACAGGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTTTGCCTGCTGAAAACAAAGCCCCTGTTTCTCTGAGACAGGCTT  450

seq1  TCACCATGTAGCCCAGGTTGGCCTTGAACTCAAGTTCCTCCCACCTCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATGTAGCCCAGGTTGGCCTTGAACTCAAGTTCCTCCCACCTCAGC  500

seq1  CTCCCAGGAACTGAGATGACAAGTCTATGCTATCAAGCAATATGAACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGAACTGAGATGACAAGTCTATGCTATCAAGCAATATGAACTCA  550

seq1  TATCTCTGTTGTTTTCCTCAAGCTATGGAAAAATATTACAGATTTCCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTGTTGTTTTCCTCAAGCTATGGAAAAATATTACAGATTTCCATC  600

seq1  CGAATCCATGAGGAACAGGTTTAAAGAGGGACAGCGAATCCCCATGGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATCCATGAGGAACAGGTTTAAAGAGGGACAGCGAATCCCCATGGGTG  650

seq1  ACTGTGACACCCACTCTGATGGTTTGTATATGCTTGGCTCAAGGAGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGACACCCACTCTGATGGTTTGTATATGCTTGGCTCAAGGAGTGGC  700

seq1  ACTATTAGGAGGTGTGGCCCTGTTGGAATAGGTGTGGCCTTATTGGAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTAGGAGGTGTGGCCCTGTTGGAATAGGTGTGGCCTTATTGGAGTG  750

seq1  GGTGTGCCACTGTGGGCATGGGCTTAAGACCCTCATCCTAGCTGCCTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  GGTGTGCCACTGTGGGCATGGGCTTAAGA-CCTCATCCTAGCTGCCTGG-  798

seq1  AGCCAGTCTTCTGCCAGCAGCCTTCAGATGAAAATGTAGAATTCTCAGCT  850
      ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  AGCCAGTCTTCTG-CAGCAGCCTTCAGATG-AAATGTAAAATTCTCAGCT  846

seq1  CCTCCCACACCATACCTGCCTGGATGCTGTCATGTTCCTGCCTTGATGAT  900
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  CCTCCCACA-CATACCTGCCTGGATGCTGTCATG-TCCTGCC-TGATGAT  893

seq1  AATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCATCCCTAATTAAATGTTGTCC  950
      |   |||||||||||||||||||||||||||||    |  ||||||||| 
seq2  A--TGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCATCC----TATAATGTTGTCT  937

seq1  TTTATAAGACTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGCTCACAGCAGTCA  994
      |||  |||||||||    ||||||||||||||||   |||||||
seq2  TTTTAAAGACTTGC---TGTCATGGTGTCTGCTCCACGCAGTCA  978

seq1: chr10_93792905_93793909
seq2: B6Ng01-111B04.g_67_1062 (reverse)

seq1  TGGT-TGCTAGCTGCAGTTATTCAGGAGCCAGCCACAGGCTGCGGAGAGT  49
      |||| |||||||||||||   ||| ||||||| |||| ||||| ||||| 
seq2  TGGTGTGCTAGCTGCAGT--ATCA-GAGCCAG-CACA-GCTGC-GAGAG-  43

seq1  TCTGTGCAGTCTTTTGGCATCTGGCCAGTAGCTGCGCCCTTAAGCCTTGG  99
      |||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||
seq2  TCTGTGCAGTC-CTTGGCATCT-GACAGTAGCTGCGCC--TAAGCCTTGG  89

seq1  TGATAGGCAGGGGCTAGTCTAAATTTAGCTTTACTTTATTTTCCATGCTT  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGATAGGCAGGGGCTAGTCTAAATTTAGCTTTACTTTA-TTTCCATGCTT  138

seq1  TTGAACATCTTTATTCCATAGG-CCAGTGTTGCATTC-AAATAGAGTAGC  197
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGAACATCTTTATTCCATAGGCCCAGTGTTGCATTCAAAATAGAGTAGC  188

seq1  TCGGTTCTTGCGCGGTTTGTTACTACTGATAAAGGAACCTCCACTGACTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTTCTTGCGCGGTTTGTTACTACTGATAAAGGAACCTCCACTGACTC  238

seq1  GATGTTTGAGATGTGTGATGCACGGTGCTAATGCATGCATGTCTGTTTTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTGAGATGTGTGATGCACGGTGCTAATGCATGCATGTCTGTTTTC  288

seq1  CATACACCTAAAAAGGTTTAATTGACCTTTTCAAAACCAGCTTTTCTCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACCTAAAAAGGTTTAATTGACCTTTTCAAAACCAGCTTTTCTCTC  338

seq1  TCATTTTGGAAGGCCAAATCTGTTCAACCTCGTTCACCTAACAGTCTTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTGGAAGGCCAAATCTGTTCAACCTCGTTCACCTAACAGTCTTGA  388

seq1  AAGGTTGGGTGGAGTTAGGGCTGGGGCTGCCAAAACACATGACCACTCAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGGGTGGAGTTAGGGCTGGGGCTGCCAAAACACATGACCACTCAG  438

seq1  CTCCAAAAATTCAGACTTCAGGGAGGAACAGTTACCCTCGTAGGGTGGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAAATTCAGACTTCAGGGAGGAACAGTTACCCTCGTAGGGTGGTG  488

seq1  ATGGCATTGGCCAAAGCACACTGAGAATATGACCTAGAGAAAAACCCAGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATTGGCCAAAGCACACTGAGAATATGACCTAGAGAAAAACCCAGT  538

seq1  GATCCAGGGCAGGGAGAAGATCCAGAAAGCTGAAAGCTGACTGTTCTTTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGGGCAGGGAGAAGATCCAGAAAGCTGAAAGCTGACTGTTCTTTT  588

seq1  TAGTGATGGAAACCGAGCCCAGGGCCTCACACCTCCTGGGTAAGTGCTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATGGAAACCGAGCCCAGGGCCTCACACCTCCTGGGTAAGTGCTTT  638

seq1  ACCACCAAGCCACATCCCCAGCCTCGGGAAGATGATTTTAAGTAGGAAGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAAGCCACATCCCCAGCCTCGGGAAGATGATTTTAAGTAGGAAGC  688

seq1  TAGCCCTGAGTATCCCCTTGGAGATCCATTTCTTGTCTCAAGCTTACCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGAGTATCCCCTTGGAGATCCATTTCTTGTCTCAAGCTTACCCC  738

seq1  AGCCCCCTTGACCTTTCCCCTGTCCTTATCCAAAGCACGCCATCGTGCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCTTGACCTTTCCCCTGTCCTTATCCAAAGCACGCCATCGTGCTT  788

seq1  CTTGTAACGGATATTCGTGAATTACTGTTCACTCTGTACAGTCCTGCTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAACGGATATTCGTGAATTACTGTTCACTCTGTACAGTCCTGCTGT  838

seq1  TCTTTATTTATGGGTGGTTTCTTGTCCACACCTTCTTCCCTTCGCTACAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTTATGGGTGGTTTCTTGTCCACACCTTCTTCCCTTCGCTACAC  888

seq1  TTTGGGTGTGGTGTTGGGGATTCAATCCAGGGGCTCATCCACAGGCAGGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTGTGGTGTTGGGGATTCAATCCAGGGGCTCATCCACAGGCAGGC  938

seq1  CCTCTCCCTCTGAGCTATAAGCACAGCCACTTTTATTTTACAGAGTCTCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCTCTGAGCTATAAGCACAGCCACTTTTATTTTACAGAGTCTCA  988

seq1  CTGAATTC  1005
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  996