BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111D04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 18,001,083 - 18,131,424
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC627646, Nhsl1
Upstream geneCited2, Txlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a
Downstream geneHebp2, EG627729, D10Bwg1379e, EG237300, Perp, Tnfaip3, Tpi-rs5, EG637620, Olig3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111D04.bB6Ng01-111D04.g
ACCDH917609DH917610
length1,1341,027
definitionDH917609|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111D04, 5' end.DH917610|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111D04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,001,083 - 18,002,227)(18,130,392 - 18,131,424)
sequence
gaattcactcttcctgttagggtggaagaataaatagttcattgagtact
ttagaatgtagtgggctgcaataactagagtaccacctttccttccttcc
ttccttccttacttccttccttccttcctttctttctttctttctttctt
tctttctttctttctttctttctttctttctttctttttgagactggctt
actttgtagcccgggcttgattcaaacttgccaagtagctgatgctgggc
ttgaactcctaatcctcctcaagtggtgggattcctggaatttactacct
ctcctggttttatgtgtttcttggaatcaaacacaagacttggtttgtcc
taggaaggcattttaccaactgggctaccttccaagccctctcccctact
tctttccccttccctttccctttcctttcccctcccttcctcttcccttc
cctttctcttccccctttccttttcacttcctttccccctgcctctctct
cctttcttttctccctcctcttgccccgccccccaagatagagctcatga
agccctgactggcctggaacttgtagttgcagtagtgtgctaccatgcgt
tgctgttggaagattgaacctctgactatttaaacagagggctgaaggat
gaaatcagtctgctagacagcctggcagtgctcagtagatcagttcatat
gtagttgtaatggctaatcattttgttattattaacttaaaatttttatg
tgtatgtgtattttgcctgcgagtatgtgcgtgtaccacaggcacactgt
gttggtggaggttagatgatgtcagcagatcccttggaactggagttgcc
gacagttatgagttgtcatgtcctctgcaaaaacagcacatgctctcact
gcagagccatctctccagcccgcaatgctgaggctctctccagcccgcag
tggctaatctgaattatcacttgacagatcagaatcacctggtgacaatc
tttaggagtgtctcaagggcatctctagatgcttaatgaagagagaagac
ccactctgactgtgatagccctgtccatggggcctgtatctagactcagt
aagaaaataaaaggtaagacccagcatttacctc
gaattcatatatacatatatatatggaaaggagagatattcatttgagtt
cagaaagccctaaagtcccaggacagtgtcagatcccctgcagcgatagt
tacaggcagctgtgagccacctgacctaggtcatgggaatggaattcagg
ttctctgcaagagcagtagggattcttaacctctgagcccttccttcagc
cacacttcaggcaactttttaaaggtcatgtggtagaaagatacctactg
gtcacttctaatctcacaaatagagtcttccgagaaatcttaagctatta
ttttatcttagtttctggagtgtaagtaacaaagtcaaaggctatggctt
tttgcttgcagtgatgcatatcttcaaaagtagccatgcaaagccaagca
tggtgacgcatgtctttaatcctaacactcaggaggcaaaggcagatttc
tgtgagttcgaggccatgctggtctacataatgagttccaggacagccag
ggctatgtagagatactctgtctcaagaaataggtaaataagtacccacc
cacccccacccccaaagtaaccatgtaaaagcttgtattgtggcgttact
gagcagcctagagatacaagtaaaggggcctgctactttgcaaaatgaat
ggatgtgttattcaacttcctatccaccaaggatccagtgagttggctag
gcttcttaagaagtgttacctggtaacaatgggcaacagttacagccagt
ttatccttgaagcagctgggaactagcataaagaaggacctgcagagcca
ggctccccagtccctacagggcacaagcaaggtttatgttcctagtgacc
actggcccatctccatccgtcaaggctgaaggcacagagggaagaggaag
gacaacagctttcaaaacatctatcaatcaaaggctattcatgttctgag
aggtagagatggaagtcaccgcacactcccatcataccagtaagtcttag
tgcttttcatctgtgaccctatcttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_18001083_18002227
seq2: B6Ng01-111D04.b_43_1176

seq1  GAATTCACTCTTCCTGTTAGGGTGGAAGAATAAATAGTTCATTGAGTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTCCTGTTAGGGTGGAAGAATAAATAGTTCATTGAGTACT  50

seq1  TTAGAATGTAGTGGGCTGCAATAACTAGAGTACCACCTTTCCTTCCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATGTAGTGGGCTGCAATAACTAGAGTACCACCTTTCCTTCCTTCC  100

seq1  TTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT  150
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCTTACTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT  150

seq1  TCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTGAGACTGGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTGAGACTGGCTT  200

seq1  ACTTTGTAGCCCGGGCTTGATTCAAACTTGCCAAGTAGCTGATGCTGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTAGCCCGGGCTTGATTCAAACTTGCCAAGTAGCTGATGCTGGGC  250

seq1  TTGAACTCCTAATCCTCCTCAAGTGGTGGGATTCCTGGAATTTACTACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTCCTAATCCTCCTCAAGTGGTGGGATTCCTGGAATTTACTACCT  300

seq1  CTCCTGGTTTTATGTGTTTCTTGGAATCAAACACAAGACTTGGTTTGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGTTTTATGTGTTTCTTGGAATCAAACACAAGACTTGGTTTGTCC  350

seq1  TAGGAAGGCATTTTACCAACTGGGCTACCTTCCAAGCCCTCTCCCCTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGGCATTTTACCAACTGGGCTACCTTCCAAGCCCTCTCCCCTACT  400

seq1  TCTTTCCCCTTCCCTTTCCCTTTCCTTTCCCCTCCCTTCCTCTTCCCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCCCTTCCCTTTCCCTTTCCTTTCCCCTCCCTTCCTCTTCCCTTC  450

seq1  CCTTTCTCTTCCCCCTTTCCTTTTCACTTCCTTTCCCCCTGCCTCTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCTTCCCCCTTTCCTTTTCACTTCCTTTCCCCCTGCCTCTCTCT  500

seq1  CCTTTCTTTTCTCCCTCCTCTTGCCCCGCCCCCCAAGATAGAGCTCATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTTTTCTCCCTCCTCTTGCCCCGCCCCCCAAGATAGAGCTCATGA  550

seq1  AGCCCTGACTGGCCTGGAACTTGTAGTTGCAGTAGTGTGCTACCATGCGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGACTGGCCTGGAACTTGTAGTTGCAGTAGTGTGCTACCATGCGT  600

seq1  TGCTGTTGGAAGATTGAACCTCTGACTATTTAAACAGAGGGCTGAAGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGGAAGATTGAACCTCTGACTATTTAAACAGAGGGCTGAAGGAT  650

seq1  GAAATCAGTCTGCTAGACAGCCTGGCAGTGCTCAGTAGATCAGTTCATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCAGTCTGCTAGACAGCCTGGCAGTGCTCAGTAGATCAGTTCATAT  700

seq1  GTAGTTGTAATGGCTAATCATTTTGTTATTATTAACTTAAAATTTTTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTGTAATGGCTAATCATTTTGTTATTATTAACTTAAAATTTTTATG  750

seq1  TGTATGTGTATTTTGCCTGCGAGTATGTGCGTGTACCACAGGCACACTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTATTTTGCCTGCGAGTATGTGCGTGTACCACAGGCACACTGT  800

seq1  GTTGGTGGAGGTTAGATGATGTCAGCAGATCCCTTGGAACTGGAGTTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGGAGGTTAGATGATGTCAGCAGATCCCTTGGAACTGGAGTTGCC  850

seq1  GACAGTTATGAGTTGTCATGTCCTCTGCAAAAACAGCACATGCTCTCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTATGAGTTGTCATGTCCTCTGCAAAAACAGCACATGCTCTCACT  900

seq1  GCAGAGCCATCTCTCCAGCCCCGCAATGCTGAGGCATCTCTCCAGCCCGC  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCAGAGCCATCTCTCCAG-CCCGCAATGCTGAGGC-TCTCTCCAGCCCGC  948

seq1  AGTGGCTAATCTGAATTATCAACTTGACAGATCCAGAATCACCTGGGTGA  1000
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  AGTGGCTAATCTGAATTATC-ACTTGACAGAT-CAGAATCACCT-GGTGA  995

seq1  CAAATCTTTAGGAGTGTCTCAAGGGCATCTCTAGATGCTTAATGGAAGAG  1050
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  C-AATCTTTAGGAGTGTCTCAAGGGCATCTCTAGATGCTTAAT-GAAGAG  1043

seq1  AGAAGACCCACTCTGACTGTGGATAGCCCTGTTCCAT-GGGCCTGTATCT  1099
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AGAAGACCCACTCTGACTGT-GATAGCCCTG-TCCATGGGGCCTGTATCT  1091

seq1  CAGACTCAGTAAGAAAATAACAGTAAAGGACCCCAGCATTTACCTC  1145
       ||||||||||||||||||| ||  |||   |||||||||||||||
seq2  -AGACTCAGTAAGAAAATAAAAGGTAAG--ACCCAGCATTTACCTC  1134

seq1: chr10_18130392_18131424
seq2: B6Ng01-111D04.g_69_1095 (reverse)

seq1  CTAAGATAGGGTCACAGATGAAAAAGCACCTAAGACTTACTGGTATGATG  50
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATAGGGTCACAGATG-AAAAGCA-CTAAGACTTACTGGTATGATG  48

seq1  GGAGTGTGCGGTGACTTCCATCTCTAACTCTCAGAACATGAATAGGCTTT  100
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||
seq2  GGAGTGTGCGGTGACTTCCATCTCTACCTCTCAGAACATGAATA-GCCTT  97

seq1  TGATTGATAGATGTTTTTGAAAAGCTGTTGTCCTTTCCTCTTCCCTCTGT  150
      |||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGATTGATAGATGTTTT--GAAAGCTGTTGTCC-TTCCTCTTCCCTCTGT  144

seq1  GCCTTCAGCCCTGACGGATGGAGATGGGCCAGTGGTCACTAGGAACATAA  200
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAGCCTTGACGGATGGAGATGGGCCAGTGGTCACTAGGAACATAA  194

seq1  ACCTTGCTTGTGCCCTGTAGGGACTGGGGAGCCTGGCTCTGCAGGTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCTTGTGCCCTGTAGGGACTGGGGAGCCTGGCTCTGCAGGTCCTT  244

seq1  CTTTATGCTAGTTCCCAGCTGCTTCAAGGATAAACTGGCTGTAACTGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGCTAGTTCCCAGCTGCTTCAAGGATAAACTGGCTGTAACTGTTG  294

seq1  CCCATTGTTACCAGGTAACACTTCTTAAGAAGCCTAGCCAACTCACTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGTTACCAGGTAACACTTCTTAAGAAGCCTAGCCAACTCACTGGA  344

seq1  TCCTTGGTGGATAGGAAGTTGAATAACACATCCATTCATTTTGCAAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGTGGATAGGAAGTTGAATAACACATCCATTCATTTTGCAAAGTA  394

seq1  GCAGGCCCCTTTACTTGTATCTCTAGGCTGCTCAGTAACGCCACAATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCCCTTTACTTGTATCTCTAGGCTGCTCAGTAACGCCACAATACA  444

seq1  AGCTTTTACATGGTTACTTTGGGGGTGGGGGTGGGTGGGTACTTATTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTACATGGTTACTTTGGGGGTGGGGGTGGGTGGGTACTTATTTAC  494

seq1  CTATTTCTTGAGACAGAGTATCTCTACATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTTGAGACAGAGTATCTCTACATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACT  544

seq1  CATTATGTAGACCAGCATGGCCTCGAACTCACAGAAATCTGCCTTTGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGTAGACCAGCATGGCCTCGAACTCACAGAAATCTGCCTTTGCCT  594

seq1  CCTGAGTGTTAGGATTAAAGACATGCGTCACCATGCTTGGCTTTGCATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTGTTAGGATTAAAGACATGCGTCACCATGCTTGGCTTTGCATGG  644

seq1  CTACTTTTGAAGATATGCATCACTGCAAGCAAAAAGCCATAGCCTTTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTTGAAGATATGCATCACTGCAAGCAAAAAGCCATAGCCTTTGAC  694

seq1  TTTGTTACTTACACTCCAGAAACTAAGATAAAATAATAGCTTAAGATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTACTTACACTCCAGAAACTAAGATAAAATAATAGCTTAAGATTTC  744

seq1  TCGGAAGACTCTATTTGTGAGATTAGAAGTGACCAGTAGGTATCTTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGAAGACTCTATTTGTGAGATTAGAAGTGACCAGTAGGTATCTTTCTA  794

seq1  CCACATGACCTTTAAAAAGTTGCCTGAAGTGTGGCTGAAGGAAGGGCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGACCTTTAAAAAGTTGCCTGAAGTGTGGCTGAAGGAAGGGCTCA  844

seq1  GAGGTTAAGAATCCCTACTGCTCTTGCAGAGAACCTGAATTCCATTCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTAAGAATCCCTACTGCTCTTGCAGAGAACCTGAATTCCATTCCCA  894

seq1  TGACCTAGGTCAGGTGGCTCACAGCTGCCTGTAACTATCGCTGCAGGGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTAGGTCAGGTGGCTCACAGCTGCCTGTAACTATCGCTGCAGGGGA  944

seq1  TCTGACACTGTCCTGGGACTTTAGGGCTTTCTGAACTCAAATGAATATCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACACTGTCCTGGGACTTTAGGGCTTTCTGAACTCAAATGAATATCT  994

seq1  CTCCTTTCCATATATATATGTATATATGAATTC  1033
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCCATATATATATGTATATATGAATTC  1027