BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112F06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 60,749,734 - 60,893,556
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrf1, EG237361, X99384, Nodal
Upstream genePsap, Cdh23, 4632428N05Rik, Slc29a3, Unc5b, Pcbd1, Sgpl1, 1700021K02Rik, Adamts14
Downstream geneEif4ebp2, D830039M14Rik, Lrrc20, Npffr1, Ppa1, Sar1a, Tysnd1, Aifm2, H2afy2, LOC100039284, Col13a1, EG436164, EG432466, 2010107G23Rik, Neurog3, Tspan15, Tacr2, Hk1, 2210417K05Rik, Hkdc1, Supv3l1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112F06.bB6Ng01-112F06.g
ACCDH918421DH918422
length9211,026
definitionDH918421|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112F06, 5' end.DH918422|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112F06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,892,634 - 60,893,556)(60,749,734 - 60,750,762)
sequence
gaattccacttttttttgtggccatcagcaggattccttccttgatcata
tccccatgggtctcggggtaaagtctgtgccagagcaccctgcttcctcc
tgaatggttgaccccagaggaggtagaagaaagttacagtgcctttaatt
cgccatgccctaaaaggaggaaaagaggagatgagggaggtggaggcagt
cacagccataagctattaggacagacttctatctgcttgtcctagggaga
ggcggcaggaagtgaagattcccagatctacaccctcaactgccatcttc
tcaagaatgcttgctttgcaggtctctgaggcggccgctttaagcattgc
ttaccacttctgtttgcctttagccacgaattgactaaaggaactggggg
cattctggggagctgcttgtcaggcaggtaacaaaggatgttagatgtta
ggttcctgagctgcagaacaaacagcagttccctttcccttctggtgatg
gtgtggaagccaggtgccaggtgagtcagtgcattggtcaaggtctccca
cccagaagcagcgtctctgtgagccaggccagctcagcatgcagaggagc
aaacgaacaaatcacctcctgggtgccttgttggaagtgtgctcttaaag
aaacctgtaagagaagcttgagcggtagctcaccagtgcctcggatctca
cgggatgtctgctgcttcctgctagctggtctcgccatccttcggtggaa
gctcttgttgggattggtgtgctgtccttcactagcagtttctttcttgt
agccatacttgctttagcgtgtgctggaggtcctagtggactgtgggttt
gggccgggggctgcctgggtactttctccttgggcttcttcgaccttccc
agttgagtgggttccactgag
gaattcttattcttaacttctcaccaccaaccaattgtgctttcttttcc
ccatctcccccaaggagactttagatgcctgggtcttgcttctctctgct
cccatttcttttaggcaaatgggaatggttagcagtggctgattagggat
aggctgtgcttaatgggtgggttcgagaatagagcaggacatctgatagg
ctgtggcagagacaggagccgcccaggacacagactgataacccaagagt
ggtgtattaagggagaaatgggctcacagtttgaaggccaggaaggagtg
gcaggactgcatggcagcagggatgtggatagagctcctcacattgtgcc
aggcagaatcagactcccctaacatgctagctgtgaccctacagttttac
gactgccagctagaacttacttccagtagttaaaaaagtctcccgcatca
gtgccaccagccagggatgaagggttcaaacacatgagcttacagaaaat
ttaaacttaatctatgacactctgaacctggtctccatacgctctgcctt
aaactggctctactcagtccctgcagctgtccctggcagatgtaccacag
tctacaatatcctggagacacgacagctactcaggcttcctcttcatggt
tccatacacagtctactcaggtgattcattcaaggaatcagagcatggta
cgtgtgatggtttgtatatgctcggcccagggagtggcactattagaagg
tctggccctgttgaagtaggtgtgtcactgtgggctttaagaccctcatc
ctagctgccaggaactcagtattctgctagcaaccttcagatgaagatgg
agaactctcagctcctcctgcaccatgcctgcctggatgctgccatgttc
ctaccttgatgataatggactgaacctctgaacctgtaaaccagccccaa
ttaaatgttgtccttttgtagagttgcttggtcatggtgtctgttcacag
cagaaaaccctactaagaaagtacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_60892634_60893556
seq2: B6Ng01-112F06.b_45_965 (reverse)

seq1  CTCAGTGGAACCCAACTCAACTGGGAAGGTCCGAGAAGCCCAAGGAGACA  50
      ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |
seq2  CTCAGTGGAACCC-ACTCAACTGGGAAGGTCGAAGAAGCCCAAGGAGAAA  49

seq1  GTACCCAGGCCAGCCCCCGGCCCAAACCCACAGTCCACTAGGACCTCCAG  100
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCAGG-CAGCCCCCGGCCCAAACCCACAGTCCACTAGGACCTCCAG  98

seq1  CACACGCTAAAGCAAGTATGGCTACAAGAAAGAAACTGCTAGTGAAGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGCTAAAGCAAGTATGGCTACAAGAAAGAAACTGCTAGTGAAGGAC  148

seq1  AGCACACCAATCCCAACAAGAGCTTCCACCGAAGGATGGCGAGACCAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACCAATCCCAACAAGAGCTTCCACCGAAGGATGGCGAGACCAGCT  198

seq1  AGCAGGAAGCAGCAGACATCCCGTGAGATCCGAGGCACTGGTGAGCTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAGCAGCAGACATCCCGTGAGATCCGAGGCACTGGTGAGCTACC  248

seq1  GCTCAAGCTTCTCTTACAGGTTTCTTTAAGAGCACACTTCCAACAAGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAGCTTCTCTTACAGGTTTCTTTAAGAGCACACTTCCAACAAGGCA  298

seq1  CCCAGGAGGTGATTTGTTCGTTTGCTCCTCTGCATGCTGAGCTGGCCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAGGTGATTTGTTCGTTTGCTCCTCTGCATGCTGAGCTGGCCTGG  348

seq1  CTCACAGAGACGCTGCTTCTGGGTGGGAGACCTTGACCAATGCACTGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGAGACGCTGCTTCTGGGTGGGAGACCTTGACCAATGCACTGACT  398

seq1  CACCTGGCACCTGGCTTCCACACCATCACCAGAAGGGAAAGGGAACTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGCACCTGGCTTCCACACCATCACCAGAAGGGAAAGGGAACTGCT  448

seq1  GTTTGTTCTGCAGCTCAGGAACCTAACATCTAACATCCTTTGTTACCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTCTGCAGCTCAGGAACCTAACATCTAACATCCTTTGTTACCTGC  498

seq1  CTGACAAGCAGCTCCCCAGAATGCCCCCAGTTCCTTTAGTCAATTCGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAGCAGCTCCCCAGAATGCCCCCAGTTCCTTTAGTCAATTCGTGG  548

seq1  CTAAAGGCAAACAGAAGTGGTAAGCAATGCTTAAAGCGGCCGCCTCAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGGCAAACAGAAGTGGTAAGCAATGCTTAAAGCGGCCGCCTCAGAG  598

seq1  ACCTGCAAAGCAAGCATTCTTGAGAAGATGGCAGTTGAGGGTGTAGATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCAAAGCAAGCATTCTTGAGAAGATGGCAGTTGAGGGTGTAGATCT  648

seq1  GGGAATCTTCACTTCCTGCCGCCTCTCCCTAGGACAAGCAGATAGAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATCTTCACTTCCTGCCGCCTCTCCCTAGGACAAGCAGATAGAAGTC  698

seq1  TGTCCTAATAGCTTATGGCTGTGACTGCCTCCACCTCCCTCATCTCCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTAATAGCTTATGGCTGTGACTGCCTCCACCTCCCTCATCTCCTCT  748

seq1  TTTCCTCCTTTTAGGGCATGGCGAATTAAAGGCACTGTAACTTTCTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCCTTTTAGGGCATGGCGAATTAAAGGCACTGTAACTTTCTTCTA  798

seq1  CCTCCTCTGGGGTCAACCATTCAGGAGGAAGCAGGGTGCTCTGGCACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCTGGGGTCAACCATTCAGGAGGAAGCAGGGTGCTCTGGCACAGA  848

seq1  CTTTACCCCGAGACCCATGGGGATATGATCAAGGAAGGAATCCTGCTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCCCGAGACCCATGGGGATATGATCAAGGAAGGAATCCTGCTGAT  898

seq1  GGCCACAAAAAAAAGTGGAATTC  923
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAAAAAAAAGTGGAATTC  921

seq1: chr10_60749734_60750762
seq2: B6Ng01-112F06.g_67_1092

seq1  GAATTCTTATTCTTAACTTCTCACCACCAACCAATTGTGCTTTCTTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATTCTTAACTTCTCACCACCAACCAATTGTGCTTTCTTTTCC  50

seq1  CCATCTCCCCCAAGGAGACTTTAGATGCCTGGGTCTTGCTTCTCTCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCCCCCAAGGAGACTTTAGATGCCTGGGTCTTGCTTCTCTCTGCT  100

seq1  CCCATTTCTTTTAGGCAAATGGGAATGGTTAGCAGTGGCTGATTAGGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTCTTTTAGGCAAATGGGAATGGTTAGCAGTGGCTGATTAGGGAT  150

seq1  AGGCTGTGCTTAATGGGTGGGTTCGAGAATAGAGCAGGACATCTGATAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTGCTTAATGGGTGGGTTCGAGAATAGAGCAGGACATCTGATAGG  200

seq1  CTGTGGCAGAGACAGGAGCCGCCCAGGACACAGACTGATAACCCAAGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCAGAGACAGGAGCCGCCCAGGACACAGACTGATAACCCAAGAGT  250

seq1  GGTGTATTAAGGGAGAAATGGGCTCACAGTTTGAAGGCCAGGAAGGAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATTAAGGGAGAAATGGGCTCACAGTTTGAAGGCCAGGAAGGAGTG  300

seq1  GCAGGACTGCATGGCAGCAGGGATGTGGATAGAGCTCCTCACATTGTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACTGCATGGCAGCAGGGATGTGGATAGAGCTCCTCACATTGTGCC  350

seq1  AGGCAGAATCAGACTCCCCTAACATGCTAGCTGTGACCCTACAGTTTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAATCAGACTCCCCTAACATGCTAGCTGTGACCCTACAGTTTTAC  400

seq1  GACTGCCAGCTAGAACTTACTTCCAGTAGTTAAAAAAGTCTCCCGCATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCCAGCTAGAACTTACTTCCAGTAGTTAAAAAAGTCTCCCGCATCA  450

seq1  GTGCCACCAGCCAGGGATGAAGGGTTCAAACACATGAGCTTACAGAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACCAGCCAGGGATGAAGGGTTCAAACACATGAGCTTACAGAAAAT  500

seq1  TTAAACTTAATCTATGACACTCTGAACCTGGTCTCCATACGCTCTGCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTTAATCTATGACACTCTGAACCTGGTCTCCATACGCTCTGCCTT  550

seq1  AAACTGGCTCTACTCAGTCCCTGCAGCTGTCCCTGGCAGATGTACCACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGCTCTACTCAGTCCCTGCAGCTGTCCCTGGCAGATGTACCACAG  600

seq1  TCTACAATATCCTGGAGACACGACAGCTACTCAGGCTTCCTCTTCATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAATATCCTGGAGACACGACAGCTACTCAGGCTTCCTCTTCATGGT  650

seq1  TCCATACACAGTCTACTCAGGTGATTCATTCAAGGAATCAGAGCATGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATACACAGTCTACTCAGGTGATTCATTCAAGGAATCAGAGCATGGTA  700

seq1  CGTGTGATGGTTTGTATATGCTCGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGATGGTTTGTATATGCTCGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGAAGG  750

seq1  TCTGGCCCTGTTGAAGTAGGTGTGTCACTGTGGGCTTTAAGACCCTCATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCCTGTTGAAGTAGGTGTGTCACTGTGGGCTTTAAGACCCTCATC  800

seq1  CTAGCTGCCAGGAACTCAGTATTCTGCTAGCAACCTTCAGATGAAGATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGCCAGGAACTCAGTATTCTGCTAGCAACCTTCAGATGAAGATGG  850

seq1  AGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTGGATGCTGCCATGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTGGATGCTGCCATGTTC  900

seq1  CTACCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAACCAGCCCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAACCAGCCCCAA  950

seq1  TTAAATGTTGTCCTTTGTAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACA  1000
      ||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTTGTCCTTTTGTAGAGTTG-CTTGGTCATGGTGTCTGTTCACA  999

seq1  GCAGGAAAACCCTAACTAAGACAGTACAC  1029
      ||| ||||||||| ||||||| |||||||
seq2  GCA-GAAAACCCT-ACTAAGAAAGTACAC  1026