BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112H23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 73,873,277 - 73,967,458
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcdh15
Upstream geneLOC432471, LOC100039981, LOC623191
Downstream geneEG630453, EG623346, Gnaz, LOC100040057, Rab36, Bcr, Specc1l, LOC100040670, Adora2a, EG544707, Upb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112H23.bB6Ng01-112H23.g
ACCDH918544DH918545
length1,1221,129
definitionDH918544|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H23, 5' end.DH918545|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,966,372 - 73,967,458)(73,873,277 - 73,874,421)
sequence
gaattcacatagatgaccccagtgacattgttgattccaaacttgtctgg
aatccagcatacaactcattagattcttcacatggtaaggagctattctc
tttaaaagctattatggtttcaaaagcactagagtcatccagaagaatag
tcaagcttaaaggagataggatttcagtctttggaagtgtattacggata
ctgggattatccagatgatacattccctgaatgatgtgtttggtagtttt
ggctgtgtgttatttgagactctgctgggcgtaggtatgtagctggtgac
cttcctgtcactatggttttagatggtcctactttagaaggagtcttctt
ttacaaaagcccattgcattatgcttagctgggtatttggttttaaccct
ctaccgcacatggctaatcttgtagttttagtgcttggctaagaacatcg
aagatcatgtttgtaatttagcttctaggtcacttttacaaagtgcttta
tgattatgggcatttagaaatctctgcccttgtctttctgttttttaagc
tggtatgtaagaattttaaatggaaggaaagacacatgtttatttgtatg
atatcccacctcttccttccccatatcctccctcaccagtctctgtagta
ataatgaccattccttgatatattctatatacacacctaacagttattat
tcacatgcatgcttaataggtatttctcatctgttgatggtctgtttaat
tctaagatcataaagaacatgattgtttcttgtttccatattcctagtgc
ctgggagactcattatcacataaccggcctttgtttgatgaatgagtaaa
tggataaactatacaaaatgcttcacactgtggtggaagcagttgataaa
tgcagacttgttactaccttcaaacccaaggacagggcaagcatcagaac
agttgaaacttacagctttttttttttttaaacattttgtgagcagtggg
gaagaaggttcatttctttcagaaggagtgaagcagtggagaaagaaaag
agggtcaaataattgtcagtcatggagtgctccctgaggggcaccaatta
tattgaagtgttcagtgagtgc
gaattcacagaaatcattagctttcaatccacctgttttagatgttttta
agtaatttaaaccaaagcaatgacattgttgactttaggaacatgattga
ttacttctgattaatgtctacagatagctgtacttcatgaatgtttagtt
ataattccttccttgtggtaattagagcattcatatggccatgccataac
ttgacctaaagcattggtccaggagcaatgaaagaagtaagggctgagtt
gtgaggtgtaaatgcataagccatctcaagaggatgctattgaaagcaca
gtgtatcacctcttgcccagtggataccaatgccctgtagtagtagaaac
tgtgtgtttattttatttgtctttaatgaattgtctattttattttacat
gcataaatgcttgcctgcatcaatgtagttgcaccatgtgcatatatggt
gcctcctgagactacaacagtgtcagattgcctagaactggtggtgaccc
accatgtatgttctgagaatagtagtctggttctctataacagcagcaag
tgcaattaaacactaagccatcttattttttaactcttctactctgtgtt
ttaaatcacttctgggttttttttctataagcacccagacaggcaaaaat
ataaatttattagtaattcttcctgagatgactaaactaatattctaatg
agtttcctcttttatttgctactttttctagaatcctttaacactaatac
ttatgatattaatagttgtgatctaatgttgataaaccagtgactttttc
tttagaattctttatagaattaaatgattttagaattcatcattgggaat
ttgctagatttttaagggactgtgtcaaatttcaggctgaccttattctg
tgtgttcttctctcttacataactgttaggtttatattttagaaagtaac
aactggactctactggcaaatttatctctatatatttaattcttttaaga
aagttacattgcttaactatgtggacttattgtgggaagaaaggacatgc
acattttatttatctctcactggtaacatagcatgtaagagtcatcaagg
acttttttataaagcagattcagtcattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_73966372_73967458
seq2: B6Ng01-112H23.b_47_1168 (reverse)

seq1  ------------------------------------------GCACTCAC  8
                                                ||||||  
seq2  GCACTCACTGAACACTTCAATATAATTGGTGCCCCTCAGGGAGCACTCCA  50

seq1  TGACTGGCCATTTATTGACCCTCTTTTCTTTTCCTCCACTGCTTCACCTC  58
      |||||| | |||  |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||
seq2  TGACTGACAATTATTTGACCCTCTTTTCTTT--CTCCACTGCTTCA-CTC  97

seq1  CTTCCTGAAAGAAATGGAACCTTCTTTCCCCACTGCTCAC-AAATGTTTA  107
      ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTT-CTGAAAGAAAT-GAACCTTC-TTCCCCACTGCTCACAAAATGTTTA  144

seq1  AAAAAAAAAAAAGCTGTAAGTTTTCAACCTGTTCTGATGCTTGCCCTGTC  157
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAGCTGTAAG-TTTCAA-CTGTTCTGATGCTTGCCCTGTC  192

seq1  CTTGGGTTTGAAGGTAGTAACAAGTCTGCATTTATCAACTGCTTCCACCA  207
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTTTGAAGGTAGTAACAAGTCTGCATTTATCAACTGCTTCCACCA  242

seq1  CAGTGTGAAGCATTTTGTATAGTTTATCCATTTACTCATTCATCAAACAA  257
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGAAGCATTTTGTATAGTTTATCCATTTACTCATTCATCAAACAA  292

seq1  AGGCCGGTTATGTGATAATGAGTCTCCCAGGCACTAGGAATATGGAAACA  307
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCGGTTATGTGATAATGAGTCTCCCAGGCACTAGGAATATGGAAACA  342

seq1  AGAAACAATCATGTTCTTTATGATCTTAGAATTAAACAGACCATCAACAG  357
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAATCATGTTCTTTATGATCTTAGAATTAAACAGACCATCAACAG  392

seq1  ATGAGAAATACCTATTAAGCATGCATGTGAATAATAACTGTTAGGTGTGT  407
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAATACCTATTAAGCATGCATGTGAATAATAACTGTTAGGTGTGT  442

seq1  ATATAGAATATATCAAGGAATGGTCATTATTACTACAGAGACTGGTGAGG  457
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGAATATATCAAGGAATGGTCATTATTACTACAGAGACTGGTGAGG  492

seq1  GAGGATATGGGGAAGGAAGAGGTGGGATATCATACAAATAAACATGTGTC  507
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATATGGGGAAGGAAGAGGTGGGATATCATACAAATAAACATGTGTC  542

seq1  TTTCCTTCCATTTAAAATTCTTACATACCAGCTTAAAAAACAGAAAGACA  557
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCCATTTAAAATTCTTACATACCAGCTTAAAAAACAGAAAGACA  592

seq1  AGGGCAGAGATTTCTAAATGCCCATAATCATAAAGCACTTTGTAAAAGTG  607
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGAGATTTCTAAATGCCCATAATCATAAAGCACTTTGTAAAAGTG  642

seq1  ACCTAGAAGCTAAATTACAAACATGATCTTCGATGTTCTTAGCCAAGCAC  657
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGAAGCTAAATTACAAACATGATCTTCGATGTTCTTAGCCAAGCAC  692

seq1  TAAAACTACAAGATTAGCCATGTGCGGTAGAGGGTTAAAACCAAATACCC  707
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTACAAGATTAGCCATGTGCGGTAGAGGGTTAAAACCAAATACCC  742

seq1  AGCTAAGCATAATGCAATGGGCTTTTGTAAAAGAAGACTCCTTCTAAAGT  757
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGCATAATGCAATGGGCTTTTGTAAAAGAAGACTCCTTCTAAAGT  792

seq1  AGGACCATCTAAAACCATAGTGACAGGAAGGTCACCAGCTACATACCTAC  807
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCATCTAAAACCATAGTGACAGGAAGGTCACCAGCTACATACCTAC  842

seq1  GCCCAGCAGAGTCTCAAATAACACACAGCCAAAACTACCAAACACATCAT  857
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCAGAGTCTCAAATAACACACAGCCAAAACTACCAAACACATCAT  892

seq1  TCAGGGAATGTATCATCTGGATAATCCCAGTATCCGTAATACACTTCCAA  907
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAATGTATCATCTGGATAATCCCAGTATCCGTAATACACTTCCAA  942

seq1  AGACTGAAATCCTATCTCCTTTAAGCTTGACTATTCTTCTGGATGACTCT  957
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAAATCCTATCTCCTTTAAGCTTGACTATTCTTCTGGATGACTCT  992

seq1  AGTGCTTTTGAAACCATAATAGCTTTTAAAGAGAATAGCTCCTTACCATG  1007
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTTTGAAACCATAATAGCTTTTAAAGAGAATAGCTCCTTACCATG  1042

seq1  TGAAGAATCTAATGAGTTGTATGCTGGATTCCAGACAAGTTTGGAATCAA  1057
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAATCTAATGAGTTGTATGCTGGATTCCAGACAAGTTTGGAATCAA  1092

seq1  CAATGTCACTGGGGTCATCTATGTGAATTC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCACTGGGGTCATCTATGTGAATTC  1122

seq1: chr10_73873277_73874421
seq2: B6Ng01-112H23.g_65_1193

seq1  GAATTCACAGAAATCATTAGCTTTCAATCCACCTGTTTTAGATGTTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAAATCATTAGCTTTCAATCCACCTGTTTTAGATGTTTTTA  50

seq1  AGTAATTTAAACCAAAGCAATGACATTGTTGACTTTAGGAACATGATTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTTAAACCAAAGCAATGACATTGTTGACTTTAGGAACATGATTGA  100

seq1  TTACTTCTGATTAATGTCTACAGATAGCTGTACTTCATGAATGTTTAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCTGATTAATGTCTACAGATAGCTGTACTTCATGAATGTTTAGTT  150

seq1  ATAATTCCTTCCTTGTGGTAATTAGAGCATTCATATGGCCATGCCATAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCCTTCCTTGTGGTAATTAGAGCATTCATATGGCCATGCCATAAC  200

seq1  TTGACCTAAAGCATTGGTCCAGGAGCAATGAAAGAAGTAAGGGCTGAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTAAAGCATTGGTCCAGGAGCAATGAAAGAAGTAAGGGCTGAGTT  250

seq1  GTGAGGTGTAAATGCATAAGCCATCTCAAGAGGATGCTATTGAAAGCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTGTAAATGCATAAGCCATCTCAAGAGGATGCTATTGAAAGCACA  300

seq1  GTGTATCACCTCTTGCCCAGTGGATACCAATGCCCTGTAGTAGTAGAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATCACCTCTTGCCCAGTGGATACCAATGCCCTGTAGTAGTAGAAAC  350

seq1  TGTGTGTTTATTTTATTTGTCTTTAATGAATTGTCTATTTTATTTTACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTATTTTATTTGTCTTTAATGAATTGTCTATTTTATTTTACAT  400

seq1  GCATAAATGCTTGCCTGCATCAATGTAGTTGCACCATGTGCATATATGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAATGCTTGCCTGCATCAATGTAGTTGCACCATGTGCATATATGGT  450

seq1  GCCTCCTGAGACTACAACAGTGTCAGATTGCCTAGAACTGGTGGTGACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTGAGACTACAACAGTGTCAGATTGCCTAGAACTGGTGGTGACCC  500

seq1  ACCATGTATGTTCTGAGAATAGTAGTCTGGTTCTCTATAACAGCAGCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTATGTTCTGAGAATAGTAGTCTGGTTCTCTATAACAGCAGCAAG  550

seq1  TGCAATTAAACACTAAGCCATCTTATTTTTTAACTCTTCTACTCTGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTAAACACTAAGCCATCTTATTTTTTAACTCTTCTACTCTGTGTT  600

seq1  TTAAATCACTTCTGGGTTTTTTTTCTATAAGCACCCAGACAGGCAAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCACTTCTGGGTTTTTTTTCTATAAGCACCCAGACAGGCAAAAAT  650

seq1  ATAAATTTATTAGTAATTCTTCCTGAGATGACTAAACTAATATTCTAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTATTAGTAATTCTTCCTGAGATGACTAAACTAATATTCTAATG  700

seq1  AGTTTCCTCTTTTATTTGCTACTTTTTCTAGAATCCTTTAACACTAATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCTCTTTTATTTGCTACTTTTTCTAGAATCCTTTAACACTAATAC  750

seq1  TTATGATATTAATAGTTGTGATCTAATGTTGATAAACCAGTGACTTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATATTAATAGTTGTGATCTAATGTTGATAAACCAGTGACTTTTTC  800

seq1  TTTAGAATTCTTTATAGAATTAAATGATTTTAGAATTCATCATTGGGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAATTCTTTATAGAATTAAATGATTTTAGAATTCATCATTGGGAAT  850

seq1  TTGCTAGATTTTTAAGGGACTGTGTCAAATTTCAGGCTGACCTTATTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGATTTTTAAGGGACTGTGTCAAATTTCAGGCTGACCTTATTCTG  900

seq1  TGTGTTCTTCTCTCTTACATAACTGTTAGGTTTTATATTTTAAGAAAGTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TGTGTTCTTCTCTCTTACATAACTGTTAGG-TTTATATTTT-AGAAAGTA  948

seq1  ACAACTGGACTCTTACTGGCAAATTTATCTCTTATTATATTTAATTTCTT  1000
      |||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||   |
seq2  ACAACTGGACTC-TACTGGCAAATTTATCTCT--ATATATTTAATT--CT  993

seq1  TTTAAGAAAGTTACATTGCTTAAACTATGTGGACTTA-TGTGGGAAGAAA  1049
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTAAGAAAGTTACATTGCTT-AACTATGTGGACTTATTGTGGGAAGAAA  1042

seq1  GACAATGCCACATTTTATTTAATCTCTCACTGGTAACATAGCATGGTAAA  1099
      |   ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  GGACATG-CACATTTTATTT-ATCTCTCACTGGTAACATAGCATG--TAA  1088

seq1  GAGTCATCCAGGGACTGTTTTATAAAATGTAGATTCCAGGTCATTT  1145
      ||||||| || ||||| |||||||||  | ||||||   |||||||
seq2  GAGTCAT-CAAGGACTTTTTTATAAA--GCAGATTC--AGTCATTT  1129