BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114J03
Chromosome10 (Build37)
Map Location 106,550,947 - 106,687,931
singlet/doubletdoublet
Overlap gene8430416H19Rik
Upstream geneEG639162, Ppfia2, Olfr1556-ps1
Downstream geneLin7a, Myf5, Myf6, Ptprq, EG628870, Ppp1r12a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114J03.bB6Ng01-114J03.g
ACCDH920059DH920060
length1,0791,055
definitionDH920059|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114J03, 5' end.DH920060|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,686,846 - 106,687,931)(106,550,947 - 106,552,007)
sequence
gaattcctaatggtgcacaaatgatagatgagaattttaaaacatttctt
atgcctgaagaattgactccactctattgtagtaagccaaccactgtaaa
cttgaggtacacaaatatgatgtttcttggaaagaggtaataaaggagat
acacgttgcccagcacacagtaggtggtgcttactgggcgtgtatttaaa
ttttgcttgagtagatcgatgtcaacactattcctagaaacaatggagag
atgccctaggctgcttgcacctgatcttttcagtactatttcgagacctt
acagaacaggaacctgtcccatggttttatgtatgaaatgcacctgaatt
caggttagattctcaatccagtccaaaattaaattatactggtagggtgg
ctctacttccctgagatggattaactgtgtgctgctgcaaatctctttag
ctcctacattttatctggtcatatattatggatgtgaaatctccaaagga
gtgattcctctatattgctgcggagctaccaaggtctatgtcagtgtgtg
tgaatgtgtatgcatacatgtgtatacacacacatatgtgtatgtaatat
acatatatacatatatatgtacacacatatataaatctttctatgtatct
atgtatgtatcaatgtatatattagatagatagatagatagatagataga
tagatagagaaagagacagacagacagacaatgagacaaacagacagata
tacttgtcctgtctcacttattgctgacagttctctccctttgtagtcag
cacagactttgagctggcctatgttggaaccaccagacattagcagactc
gctgtctctgttttgtaagggtcatgtttctcttttcttgctgaagagta
atggtacccgtattatattactggcataaccagtctccatctgatgcctc
ttcagtactacaaccccagagattccatagtaagcagccttacacacaag
tttattaacattgctgatctggaggaaatttaaattatttaggaaagttt
ggtgtcctgtatgctctggtatgaactga
gaattctttatttttcacttctcaatattccttttaaatattagcagata
tatatattagaagtgttattatcctaatagccaaacctgaacagaaggta
attctattatccaaagcttacagttttagctggttttatatcaagtttgt
tcatttgctatgttaagtcggttaagcttggttacttacctaaaatatat
acaattataccctacccctctctagcttagtgtttgaaagtccttatgtt
tctggctttgtttgtttgtttgtatttgtttttctttttcttcaactgga
ttctttcacacccagagctcttgtactttaggtttttttaaaaaaataat
ttttattaaaatagtaacttatttttatccaccaccacagacctcattca
gcaacaatagcagaaaaagcaaatataattagcacccttggaataacaat
ctcttgctctgtggtttagataaaggatttgagttctacacaagtatgtt
cataccactgtaatttacagagtttagtgtgcacagatatatttatattg
attatcttgattgtaaagatccattggcctcccagaagttctcctgcact
gactctcgacagggaaagcaatgatctcttctattaaatggcttctaatt
gcttatgaaggtgaatttaaaaaaaatgaagcaagtaactctcaccactg
catctctctctctctccctctcctcctctccctctcctcctctcctctct
tctctctctctcctctctctgtctctctccctcctctctcgctttcttct
ctctctgtcttctctgtctctgtccctcttcctctctgtctcttctctct
ttctcctctctctctctcatccctattctctgtctctcctctctctcttt
ctcctctctcttccttccttcctccctccctccctccctccctcctcccc
tctctgtctttctgggtcctctccctcccctttcttcgtctctgcctctc
tccctctccatttgcttccctgtctcactgctcctctctcaatttcctcc
ttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_106686846_106687931
seq2: B6Ng01-114J03.b_43_1121 (reverse)

seq1  TCAGATTCATACCAGAGGCATACAGGACAACAAACTTTCCTTAATTATTT  50
      |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||
seq2  TCAG-TTCATACCAGA-GCATACAGGACACCAAACTTTCCTAAATAATTT  48

seq1  TAAAATTTCCCTTCCAGATCAGCAATGTT-ATAAACTTGGTGTGTTAAGG  99
        ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
seq2  --AAATTTCC--TCCAGATCAGCAATGTTAATAAACTT-GTGTG-TAAGG  92

seq1  CTGC-TACTATGGAATCTCTGGGGTTGTAGTACTG-AGAGGCATCAGATG  147
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGCTTACTATGGAATCTCTGGGGTTGTAGTACTGAAGAGGCATCAGATG  142

seq1  GAGACTGGTTATGCCAGTAATATAATACGGGTACCATTACTCTTTCAGCA  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGACTGGTTATGCCAGTAATATAATACGGGTACCATTACTC-TTCAGCA  191

seq1  GGAAAAGAGAAACATGACCCTTACAAAAACAGAGACAGCGAGTCTGCTAA  247
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGAGAAACATGACCCTTAC-AAAACAGAGACAGCGAGTCTGCTAA  240

seq1  TGTCTGGTGGTTCCAACATAGGCCAGCTCAAAGTCTGTGCTGACTACAAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGTGGTTCCAACATAGGCCAGCTCAAAGTCTGTGCTGACTACAAA  290

seq1  GGGAGAGAACTGTCAGCAATAAGTGAGACAGGACAAGTATATCTGTCTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGAACTGTCAGCAATAAGTGAGACAGGACAAGTATATCTGTCTGT  340

seq1  TTGTCTCATTGTCTGTCTGTCTGTCTCTTTCTCTATCTATCTATCTATCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCATTGTCTGTCTGTCTGTCTCTTTCTCTATCTATCTATCTATCT  390

seq1  ATCTATCTATCTATCTAATATATACATTGATACATACATAGATACATAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTAATATATACATTGATACATACATAGATACATAGA  440

seq1  AAGATTTATATATGTGTGTACATATATATGTATATATGTATATTACATAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTATATATGTGTGTACATATATATGTATATATGTATATTACATAC  490

seq1  ACATATGTGTGTGTATACACATGTATGCATACACATTCACACACACTGAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTGTGTGTATACACATGTATGCATACACATTCACACACACTGAC  540

seq1  ATAGACCTTGGTAGCTCCGCAGCAATATAGAGGAATCACTCCTTTGGAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACCTTGGTAGCTCCGCAGCAATATAGAGGAATCACTCCTTTGGAGA  590

seq1  TTTCACATCCATAATATATGACCAGATAAAATGTAGGAGCTAAAGAGATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACATCCATAATATATGACCAGATAAAATGTAGGAGCTAAAGAGATT  640

seq1  TGCAGCAGCACACAGTTAATCCATCTCAGGGAAGTAGAGCCACCCTACCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAGCACACAGTTAATCCATCTCAGGGAAGTAGAGCCACCCTACCA  690

seq1  GTATAATTTAATTTTGGACTGGATTGAGAATCTAACCTGAATTCAGGTGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATTTAATTTTGGACTGGATTGAGAATCTAACCTGAATTCAGGTGC  740

seq1  ATTTCATACATAAAACCATGGGACAGGTTCCTGTTCTGTAAGGTCTCGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATACATAAAACCATGGGACAGGTTCCTGTTCTGTAAGGTCTCGAA  790

seq1  ATAGTACTGAAAAGATCAGGTGCAAGCAGCCTAGGGCATCTCTCCATTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACTGAAAAGATCAGGTGCAAGCAGCCTAGGGCATCTCTCCATTGT  840

seq1  TTCTAGGAATAGTGTTGACATCGATCTACTCAAGCAAAATTTAAATACAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGGAATAGTGTTGACATCGATCTACTCAAGCAAAATTTAAATACAC  890

seq1  GCCCAGTAAGCACCACCTACTGTGTGCTGGGCAACGTGTATCTCCTTTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGTAAGCACCACCTACTGTGTGCTGGGCAACGTGTATCTCCTTTAT  940

seq1  TACCTCTTTCCAAGAAACATCATATTTGTGTACCTCAAGTTTACAGTGGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTTTCCAAGAAACATCATATTTGTGTACCTCAAGTTTACAGTGGT  990

seq1  TGGCTTACTACAATAGAGTGGAGTCAATTCTTCAGGCATAAGAAATGTTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTACTACAATAGAGTGGAGTCAATTCTTCAGGCATAAGAAATGTTT  1040

seq1  TAAAATTCTCATCTATCATTTGTGCACCATTAGGAATTC  1086
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCTCATCTATCATTTGTGCACCATTAGGAATTC  1079

seq1: chr10_106550947_106552007
seq2: B6Ng01-114J03.g_71_1125

seq1  GAATTCTTTATTTTTCACTTCTCAATATTCCTTTTAAATATTAGCAGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATTTTTCACTTCTCAATATTCCTTTTAAATATTAGCAGATA  50

seq1  TATATATTAGAAGTGTTATTATCCTAATAGCCAAACCTGAACAGAAGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTAGAAGTGTTATTATCCTAATAGCCAAACCTGAACAGAAGGTA  100

seq1  ATTCTATTATCCAAAGCTTACAGTTTTAGCTGGTTTTATATCAAGTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATTATCCAAAGCTTACAGTTTTAGCTGGTTTTATATCAAGTTTGT  150

seq1  TCATTTGCTATGTTAAGTCGGTTAAGCTTGGTTACTTACCTAAAATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGCTATGTTAAGTCGGTTAAGCTTGGTTACTTACCTAAAATATAT  200

seq1  ACAATTATACCCTACCCCTCTCTAGCTTAGTGTTTGAAAGTCCTTATGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTATACCCTACCCCTCTCTAGCTTAGTGTTTGAAAGTCCTTATGTT  250

seq1  TCTGGCTTTGTTTGTTTGTTTGTATTTGTTTTTCTTTTTCTTCAACTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTTTGTTTGTTTGTTTGTATTTGTTTTTCTTTTTCTTCAACTGGA  300

seq1  TTCTTTCACACCCAGAGCTCTTGTACTTTAGGTTTTTTTAAAAAAATAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCACACCCAGAGCTCTTGTACTTTAGGTTTTTTTAAAAAAATAAT  350

seq1  TTTTATTAAAATAGTAACTTATTTTTATCCACCACCACAGACCTCATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTAAAATAGTAACTTATTTTTATCCACCACCACAGACCTCATTCA  400

seq1  GCAACAATAGCAGAAAAAGCAAATATAATTAGCACCCTTGGAATAACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAATAGCAGAAAAAGCAAATATAATTAGCACCCTTGGAATAACAAT  450

seq1  CTCTTGCTCTGTGGTTTAGATAAAGGATTTGAGTTCTACACAAGTATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTCTGTGGTTTAGATAAAGGATTTGAGTTCTACACAAGTATGTT  500

seq1  CATACCACTGTAATTTACAGAGTTTAGTGTGCACAGATATATTTATATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCACTGTAATTTACAGAGTTTAGTGTGCACAGATATATTTATATTG  550

seq1  ATTATCTTGATTGTAAAGATCCATTGGCCTCCCAGAAGTTCTCCTGCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTTGATTGTAAAGATCCATTGGCCTCCCAGAAGTTCTCCTGCACT  600

seq1  GACTCTCGACAGGGAAAGCAATGATCTCTTCTATTAAATGGCTTCTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCGACAGGGAAAGCAATGATCTCTTCTATTAAATGGCTTCTAATT  650

seq1  GCTTATGAAGGTGAATTTAAAAAAAATGAAGCAAGTAACTCTCACCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATGAAGGTGAATTTAAAAAAAATGAAGCAAGTAACTCTCACCACTG  700

seq1  CATCTCTCTCTCTCTCCCTCTCCTCCTCTCCCTCTCCTCCTCTCCTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCTCTCTCTCCCTCTCCTCCTCTCCCTCTCCTCCTCTCCTCTCT  750

seq1  TCTCTCTCTCTCCTCTCTCTGTCTCTCTCCCTCCTCTCTCGCTTTCTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCCTCTCTCTGTCTCTCTCCCTCCTCTCTCGCTTTCTTCT  800

seq1  CTCTCTGTCTTTCTCTGTCTCTGTCCCTCTTCCTCTCTGTCTCTTCTCTC  850
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGTC-TTCTCTGTCTCTGTCCCTCTTCCTCTCTGTCTCTTCTCTC  849

seq1  TTTCTCCTCTCTCTCTCTCATCCCTATTCTCTGTCTCTCCTCTCTCTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTCTCCTCTCTCTCTCTCATCCCTATTCTCTGTCTCTCCTCTCTCT-CT  898

seq1  TTCTCCTCTCTCTTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTCTCCTCTCTCTTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCT-CCTC  947

seq1  CCCTCTCTGTCTTTCTGTGTCTCTCTCCCTCCCCTTTCTTCTGTCTCTGC  1000
      ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCTCTCTGTCTTTCTGGGTC-CTCTCCCTCCCCTTTCTTC-GTCTCTGC  995

seq1  CTCTCTCCCTCTCC-TTTGCTTTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTCTATT  1049
      |||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||   ||||||| |||
seq2  CTCTCTCCCTCTCCATTTGC-TTCCCTGTCTCACTGCTCCTCTCTCAATT  1044

seq1  TCCTCTCTTTTT  1061
      ||||| ||||||
seq2  TCCTC-CTTTTT  1055