BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116F18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 9,314,717 - 9,447,630
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE130306M17Rik, LOC666658, LOC620417
Upstream geneSash1, LOC100039173, EG666625, LOC666636
Downstream geneStxbp5, LOC100039238, LOC665110, 9130014G24Rik, Rab32, EG382450, Grm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116F18.bB6Ng01-116F18.g
ACCDH921377DH921378
length1,067527
definitionDH921377|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116F18, 5' end.DH921378|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116F18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,314,717 - 9,315,798)(9,447,098 - 9,447,630)
sequence
gaattcccagggagagtcacagaaggactgtcgaggtgacccacagctcc
tgtaggtttggagcttgagccagaaaagaaggcaggctgctccttgatac
gttctaagacagaacacctccccccccccccatagctctggaattccccg
tgtggaccaggatggccttcaactgctgctaatcctcctgcctctgcctc
ccaaatgctaggattacaagcatgcaccaccatacctgttgctcctaaaa
atttcgtcatggaaaacaatctgactcacaaagaagttgtgacatgtgta
tcaatgaaactgttgctataatgtccttgctttgctacagtaaacaacac
attttatcacaggctgactctttgctttacagctacaatgtttagtttta
taaatacacattctgacatagtgaggtggtatgtctgggaagctattaag
atcttaccaaacattatcaattcatgacagagtatgtcacacatttgaat
gggaaggattgcctgaaataattacaaacagatttttgctcacagcaaac
tcacaacagggtgctcgctctctctctctctctcgctctcttaattagat
attttctttatttacatttcaaatgctatcctgaaagttccctataccct
ccaaccgccctgctcccctacccacccactcccacttcttggccctggca
tttccctgtactggggcatataaagtttgcaataccaaagggcctctctt
cccaatgatggccgactaggccatcttctgctacatatgcagctagagat
atgagctctgggggtactggttagttcatattgttgttctacctataggg
ttgcagactccttcagctccttgggtactttctctaccttctcattggtg
gccctgtgttccatcttatagatgatgtgagcatccacttctgtattcgc
cagcacttgcatagcctcatgcgagacagctataacaggtcctttcagca
aatcttgctgcatatgcatagtgtctgggtttgtgctgatatggatgatc
cccgtgggtagtctctg

tcactgaagaagattgaatatagtatggtgcctcacatggtaaagaaatg
ttcaagtgctatcagctgtctgggaaggatttcataagtgattcagaaaa
agaagacgcagcaaaatatgtaaaacatgatcttttttttgtaaagcaaa
gaatgaaggaaaaggtcaccacacacatctgcatgccatatttcattaga
tctcaggctgcaaggcatatggaagtttcagagatgttaaaatgggaaaa
taattacatctcggatttgatgtaatactccatgtatgcatatagcttat
gagctgaacaaaggaagaaagcacaccagcacactgacacaactctgaga
gcattttgtttagagtataagatagaaggtaaagatggaaaaagaccaaa
cttcacaactcatcaatgctatgtttctatagaatgcatacatgtaaaaa
gaaattagacaaaagaaattagaccaaacaagagataggcatctctgatt
aacttgaaggaatgcctctgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_9314717_9315798
seq2: B6Ng01-116F18.b_45_1111

seq1  GAATTCCCAGGGAGAGTCACAGAAGGACTGTCGAGGTGACCCACAGCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGGGAGAGTCACAGAAGGACTGTCGAGGTGACCCACAGCTCC  50

seq1  TGTAGGTTTGGAGCTTGAGCCAGAAAAGAAGGCAGGCTGCTCCTTGATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTTTGGAGCTTGAGCCAGAAAAGAAGGCAGGCTGCTCCTTGATAC  100

seq1  GTTCTAAGACAGAACACCTCCCCCCCCCCCCATAGCTCTGGAATTCCCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAAGACAGAACACCTCCCCCCCCCCCCATAGCTCTGGAATTCCCCG  150

seq1  TGTGGACCAGGATGGCCTTCAACTGCTGCTAATCCTCCTGCCTCTGCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACCAGGATGGCCTTCAACTGCTGCTAATCCTCCTGCCTCTGCCTC  200

seq1  CCAAATGCTAGGATTACAAGCATGCACCACCATACCTGTTGCTCCTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGCTAGGATTACAAGCATGCACCACCATACCTGTTGCTCCTAAAA  250

seq1  ATTTCGTCATGGAAAACAATCTGACTCACAAAGAAGTTGTGACATGTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCGTCATGGAAAACAATCTGACTCACAAAGAAGTTGTGACATGTGTA  300

seq1  TCAATGAAACTGTTGCTATAATGTCCTTGCTTTGCTACAGTAAACAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGAAACTGTTGCTATAATGTCCTTGCTTTGCTACAGTAAACAACAC  350

seq1  ATTTTATCACAGGCTGACTCTTTGCTTTACAGCTACAATGTTTAGTTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATCACAGGCTGACTCTTTGCTTTACAGCTACAATGTTTAGTTTTA  400

seq1  TAAATACACATTCTGACATAGTGAGGTGGTATGTCTGGGAAGCTATTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACACATTCTGACATAGTGAGGTGGTATGTCTGGGAAGCTATTAAG  450

seq1  ATCTTACCAAACATTATCAATTCATGACAGAGTATGTCACACATTTGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACCAAACATTATCAATTCATGACAGAGTATGTCACACATTTGAAT  500

seq1  GGGAAGGATTGCCTGAAATAATTACAAACAGATTTTTGCTCACAGCAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGATTGCCTGAAATAATTACAAACAGATTTTTGCTCACAGCAAAC  550

seq1  TCACAACAGGGTGCTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTTAATTAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACAGGGTGCTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTTAATTAGAT  600

seq1  ATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGCTATCCTGAAAGTTCCCTATACCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGCTATCCTGAAAGTTCCCTATACCCT  650

seq1  CCAACCGCCCTGCTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCGCCCTGCTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGCA  700

seq1  TTTCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAATACCAAAGGGCCTCTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAATACCAAAGGGCCTCTCTT  750

seq1  CCCAATGATGGCCGACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGATGGCCGACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGAT  800

seq1  ATGAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCTACCTATAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCTACCTATAGGG  850

seq1  TTGCAGACTCCTTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTACCTTCTCCATTGGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGCAGACTCCTTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTACCTTCT-CATTGGT  899

seq1  GGCCCTGTGTTCCATCTTATAGATGATTGTGAGCATCCACTTCTGTATTC  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGTGTTCCATCTTATAGATGA-TGTGAGCATCCACTTCTGTATTC  948

seq1  GCCAGGCACTTGCATAGCCTCATGCGAGACAGCTATAACAGGGTCCTTTC  1000
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCCA-GCACTTGCATAGCCTCATGCGAGACAGCTATAACA-GGTCCTTTC  996

seq1  AGCAAAATCTTGCTGGCATATGCAATAGTGTCTGGGTTTGGTGGCTGATT  1050
      ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||   ||||| |
seq2  AGC-AAATCTTGCT-GCATATGC-ATAGTGTCTGGGTTTG--TGCTGA-T  1040

seq1  ATGGGATGGATCCCCGGGTGGGGTAGTCTCTG  1082
      || |||| ||||||||    ||||||||||||
seq2  AT-GGAT-GATCCCCG---TGGGTAGTCTCTG  1067


seq1: chr10_9447098_9447630
seq2: B6Ng01-116F18.g_69_601 (reverse)

seq1  ACACACACAGAGGCATTCCTTCAAGTTAATCAGAGATGCCTATCTCTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAGAGGCATTCCTTCAAGTTAATCAGAGATGCCTATCTCTTGT  50

seq1  TTGGTCTAATTTCTTTTGTCTAATTTCTTTTTACATGTATGCATTCTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTAATTTCTTTTGTCTAATTTCTTTTTACATGTATGCATTCTATA  100

seq1  GAAACATAGCATTGATGAGTTGTGAAGTTTGGTCTTTTTCCATCTTTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATAGCATTGATGAGTTGTGAAGTTTGGTCTTTTTCCATCTTTACC  150

seq1  TTCTATCTTATACTCTAAACAAAATGCTCTCAGAGTTGTGTCAGTGTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTTATACTCTAAACAAAATGCTCTCAGAGTTGTGTCAGTGTGCT  200

seq1  GGTGTGCTTTCTTCCTTTGTTCAGCTCATAAGCTATATGCATACATGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGCTTTCTTCCTTTGTTCAGCTCATAAGCTATATGCATACATGGAG  250

seq1  TATTACATCAAATCCGAGATGTAATTATTTTCCCATTTTAACATCTCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACATCAAATCCGAGATGTAATTATTTTCCCATTTTAACATCTCTGA  300

seq1  AACTTCCATATGCCTTGCAGCCTGAGATCTAATGAAATATGGCATGCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCATATGCCTTGCAGCCTGAGATCTAATGAAATATGGCATGCAGA  350

seq1  TGTGTGTGGTGACCTTTTCCTTCATTCTTTGCTTTACAAAAAAAAGATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGTGACCTTTTCCTTCATTCTTTGCTTTACAAAAAAAAGATCA  400

seq1  TGTTTTACATATTTTGCTGCGTCTTCTTTTTCTGAATCACTTATGAAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTACATATTTTGCTGCGTCTTCTTTTTCTGAATCACTTATGAAATC  450

seq1  CTTCCCAGACAGCTGATAGCACTTGAACATTTCTTTACCATGTGAGGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCAGACAGCTGATAGCACTTGAACATTTCTTTACCATGTGAGGCAC  500

seq1  CATACTATATTCAATCTTCTTCAGTGAGAATTC  533
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTATATTCAATCTTCTTCAGTGAGAATTC  533


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |