BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117C09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 69,815,569 - 70,001,799
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1200015N20Rik, LOC665398
Upstream geneCdc2a, LOC100039696, EG382371, Ank3, LOC100039734, 5730416O20Rik, Ccdc6, 2310015B20Rik, Slc16a9, LOC632955
Downstream genePhyhipl, EG665429, Bicc1, LOC622551, C730027H18Rik, Tfam, Ube2d1, LOC665472, Zcd1, Ipmk, LOC100039860
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117C09.bB6Ng01-117C09.g
ACCDH921962DH921963
length8681,162
definitionDH921962|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117C09, 5' end.DH921963|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117C09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,815,569 - 69,816,436)(70,000,632 - 70,001,799)
sequence
gaattccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtcttgaaaaacc
aggaaaacaaaacaaaaaacaagctgagcaagccaggagaagcaatccag
taagtagcatcctctatggcctctgcatcagctcctgcctccaagtttct
atcctgtatgagttccagtcctgacttcctttggtgatgaacagcaatgg
ggaagtgtaagctgaataaaccctttcctctcgaacttgcttcttagtca
tgatgttttgtgcaggaatagaatccctgactaagatacttacaaatgga
agttgttgtagacaacattattcagaaatagataaatggaaatttccttt
tgcaaccagtggagaccactccagcctcaatgaatacaaaacactcctgt
atcccaaggctcagggaacattgcagaagagggcgcagaaaggatgcaag
tgcagggaatgtgctgagagattgtgtctgctagtaatatcagaagctcc
actcatgacttctcacccacatgacggcctaaacatgagctgagcaagga
tgtcagcagtgagcatgctgaggtgaatgtggaaagccggaggcttcagt
cctctacagagaactatgggcaactgtgtaaagtggagggaggagaggtg
gcccttgtcaggaaagaacacaccaactagctgtcttgtgccaaaccgtc
aactctgaaaatacacatacaggtaacattatatgggttgagcatattat
gtttaagaataaatatgcatatacatatttatatatgcacgtgtatgtgt
atatgattgctatatatgaatacatataagtatatgtttattatgtatat
atttatgatgtatatgta
gaattcccagctttgcctgagccatgcctgcccggacgctgccatcctcc
cacttgatgatggactgaacctctgaacctgtaagccggccccatttaaa
tgttgttttttataagacttgccatggtcatggtgtctgttcacagcagt
aaaaccctgactaagacggatgccaaaagaaattctctaagtaaaacaga
tgtggctgtaagagttgaaaaacaataacccatgtgcacagctcaggtgg
ggacccagtgcatctttaacctgcacgagcccccttcctgttctcccaag
acagagcctgtcctgtgacctgctcggtatctctcagacagattaagaag
ttggtggcaactagaaccttttgcttccttcattgccaacactgcagtaa
gtgccacacgggttcctccaacagtgtcctcaaacttcagttactgctgg
atgactcagaacaggaagtagcctgtccagagacacaaggctgctgaggg
tttatattgggtcgaaatctacaacagtcagactcgggaaaggccaggtc
acaggtgttaacaggctcaaaaatagaaccccatttgtcactccttggtg
tccatcatgagggtgtgacaggcctggtaaactccggtagatcaaaggtg
aaaccagctgctcccagaatactggggctgccaaagatagacacgaagaa
ccctacaacaccatcactccaggtctggtcatctttaactcactgctcca
ggcctcaagggatagctcgtagctggttagaagtcttcagtgggtcaggg
cttacttatctgcgggataaagaccgagccaataggcaggggcttccctg
ctgcatggacagagtacagccatgactgaatggaaactacgcagcatctt
gttcagatggccttaaaagccaatctgatggctccctttctataagacta
gataccattccccaaacacgctctctctctgcaaagcatagccaggaagg
acaggaaggaggagcagaccactacttactcaccactctgccaaacttat
cacaacgcttccaggaaacctccagttcgcctctgtatggaatgcttagc
ggagcctttataatttccacaagtttgaaagaatgtttcttgctccagtt
tattcaataaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_69815569_69816436
seq2: B6Ng01-117C09.b_50_917

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACC  50

seq1  AGGAAAACAAAACAAAAAACAAGCTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAATCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAACAAAACAAAAAACAAGCTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAATCCAG  100

seq1  TAAGTAGCATCCTCTATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAAGTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGCATCCTCTATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAAGTTTCT  150

seq1  ATCCTGTATGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTATGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAATGG  200

seq1  GGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCTCGAACTTGCTTCTTAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCTCGAACTTGCTTCTTAGTCA  250

seq1  TGATGTTTTGTGCAGGAATAGAATCCCTGACTAAGATACTTACAAATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTTGTGCAGGAATAGAATCCCTGACTAAGATACTTACAAATGGA  300

seq1  AGTTGTTGTAGACAACATTATTCAGAAATAGATAAATGGAAATTTCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTGTAGACAACATTATTCAGAAATAGATAAATGGAAATTTCCTTT  350

seq1  TGCAACCAGTGGAGACCACTCCAGCCTCAATGAATACAAAACACTCCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACCAGTGGAGACCACTCCAGCCTCAATGAATACAAAACACTCCTGT  400

seq1  ATCCCAAGGCTCAGGGAACATTGCAGAAGAGGGCGCAGAAAGGATGCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAGGCTCAGGGAACATTGCAGAAGAGGGCGCAGAAAGGATGCAAG  450

seq1  TGCAGGGAATGTGCTGAGAGATTGTGTCTGCTAGTAATATCAGAAGCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGAATGTGCTGAGAGATTGTGTCTGCTAGTAATATCAGAAGCTCC  500

seq1  ACTCATGACTTCTCACCCACATGACGGCCTAAACATGAGCTGAGCAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGACTTCTCACCCACATGACGGCCTAAACATGAGCTGAGCAAGGA  550

seq1  TGTCAGCAGTGAGCATGCTGAGGTGAATGTGGAAAGCCGGAGGCTTCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCAGTGAGCATGCTGAGGTGAATGTGGAAAGCCGGAGGCTTCAGT  600

seq1  CCTCTACAGAGAACTATGGGCAACTGTGTAAAGTGGAGGGAGGAGAGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTACAGAGAACTATGGGCAACTGTGTAAAGTGGAGGGAGGAGAGGTG  650

seq1  GCCCTTGTCAGGAAAGAACACACCAACTAGCTGTCTTGTGCCAAACCGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGTCAGGAAAGAACACACCAACTAGCTGTCTTGTGCCAAACCGTC  700

seq1  AACTCTGAAAATACACATACAGGTAACATTATATGGGTTGAGCATATTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGAAAATACACATACAGGTAACATTATATGGGTTGAGCATATTAT  750

seq1  GTTTAAGAATAAATATGCATATACATATTTATATATGCACGTGTATGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGAATAAATATGCATATACATATTTATATATGCACGTGTATGTGT  800

seq1  ATATGATTGCTATATATGAATACATATAAGTATATGTTTATTATGTATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATTGCTATATATGAATACATATAAGTATATGTTTATTATGTATAT  850

seq1  ATTTATGATGTATATGTA  868
      ||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGATGTATATGTA  868

seq1: chr10_70000632_70001799
seq2: B6Ng01-117C09.g_68_1229 (reverse)

seq1  TGTTATTAGAATAAACTGGAGCAGGGAACAATCTCTCAAACATGTTGAAA  50
      ||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||||| ||| ||||
seq2  TGTTATT-GAATAAACTGGAGCAAGAAACATTCTTTCAAACTTGTGGAAA  49

seq1  TATTAAAAGGCT-CGCTAAGCATTCCATACAGAGGCG-ACTGGAGTGTTC  98
      | |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||
seq2  T-TATAAAGGCTCCGCTAAGCATTCCATACAGAGGCGAACTGGAGGTTTC  98

seq1  CTGTGAGCGTTGTGATAAGTTTTGGGGCAGAGTGGTGAGTAGGTAGTGGT  148
      |||  |||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGGAAGCGTTGTGATAAGTTT---GGCAGAGTGGTGAGTAAGTAGTGGT  145

seq1  CTGCTCCTCCCTTCCTGTCCTTCCTGGCTATGGCTTTGCAGAGAGAGAGC  198
      |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCT-CCTTCCTGTCCTTCCTGGCTAT-GCTTTGCAGAGAGAGAGC  193

seq1  GTGTTTGGGGAATGGTATCTAGTCTTATAGAAAGGGAGCCATCAGATTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGGGGAATGGTATCTAGTCTTATAGAAAGGGAGCCATCAGATTGG  243

seq1  CTTTTAAGGCCATCTGAACAAGGATGCTGCGTAGTTTCCATTCAGTCATG  298
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAGGCCATCTGAACAA-GATGCTGCGTAGTTTCCATTCAGTCATG  292

seq1  GCTGTACTCTGTCCATGCAGCAGGGAAGCCCCTGCCTATTGGCTCGGTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTACTCTGTCCATGCAGCAGGGAAGCCCCTGCCTATTGGCTCGGTCT  342

seq1  TTATCCCGCAGATAAGTAAGCCCTGACCCACTGAAGACTTCTAACCAGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCGCAGATAAGTAAGCCCTGACCCACTGAAGACTTCTAACCAGCT  392

seq1  ACGAGCTATCCCTTGAGGCCTGGAGCAGTGAGTTAAAGATGACCAGACCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGCTATCCCTTGAGGCCTGGAGCAGTGAGTTAAAGATGACCAGACCT  442

seq1  GGAGTGATGGTGTTGTAGGGTTCTTCGTGTCTATCTTTGGCAGCCCCAGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGATGGTGTTGTAGGGTTCTTCGTGTCTATCTTTGGCAGCCCCAGT  492

seq1  ATTCTGGGAGCAGCTGGTTTCACCTTTGATCTACCGGAGTTTACCAGGCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGGAGCAGCTGGTTTCACCTTTGATCTACCGGAGTTTACCAGGCC  542

seq1  TGTCACACCCTCATGATGGACACCAAGGAGTGACAAATGGGGTTCTATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACACCCTCATGATGGACACCAAGGAGTGACAAATGGGGTTCTATTT  592

seq1  TTGAGCCTGTTAACACCTGTGACCTGGCCTTTCCCGAGTCTGACTGTTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCTGTTAACACCTGTGACCTGGCCTTTCCCGAGTCTGACTGTTGT  642

seq1  AGATTTCGACCCAATATAAACCCTCAGCAGCCTTGTGTCTCTGGACAGGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCGACCCAATATAAACCCTCAGCAGCCTTGTGTCTCTGGACAGGC  692

seq1  TACTTCCTGTTCTGAGTCATCCAGCAGTAACTGAAGTTTGAGGACACTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCTGTTCTGAGTCATCCAGCAGTAACTGAAGTTTGAGGACACTGT  742

seq1  TGGAGGAACCCGTGTGGCACTTACTGCAGTGTTGGCAATGAAGGAAGCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAACCCGTGTGGCACTTACTGCAGTGTTGGCAATGAAGGAAGCAA  792

seq1  AAGGTTCTAGTTGCCACCAACTTCTTAATCTGTCTGAGAGATACCGAGCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTCTAGTTGCCACCAACTTCTTAATCTGTCTGAGAGATACCGAGCA  842

seq1  GGTCACAGGACAGGCTCTGTCTTGGGAGAACAGGAAGGGGGCTCGTGCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAGGACAGGCTCTGTCTTGGGAGAACAGGAAGGGGGCTCGTGCAG  892

seq1  GTTAAAGATGCACTGGGTCCCCACCTGAGCTGTGCACATGGGTTATTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGATGCACTGGGTCCCCACCTGAGCTGTGCACATGGGTTATTGTT  942

seq1  TTTCAACTCTTACAGCCACATCTGTTTTACTTAGAGAATTTCTTTTGGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACTCTTACAGCCACATCTGTTTTACTTAGAGAATTTCTTTTGGCA  992

seq1  TCCGTCTTAGTCAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGACACCATGACCATGGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTCTTAGTCAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGACACCATGACCATGGC  1042

seq1  AAGTCTTATAAAAAACAACATTTAAATGGGGCCGGCTTACAGGTTCAGAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTATAAAAAACAACATTTAAATGGGGCCGGCTTACAGGTTCAGAG  1092

seq1  GTTCAGTCCATCATCAAGTGGGAGGATGGCAGCGTCCGGGCAGGCATGGC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCCATCATCAAGTGGGAGGATGGCAGCGTCCGGGCAGGCATGGC  1142

seq1  TCAGGCAAAGCTGGGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAAAGCTGGGAATTC  1162