BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128L13
Chromosome10 (Build37)
Map Location 3,284,359 - 3,422,373
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOprm1, A130090K04Rik
Upstream geneCnksr3
Downstream geneLOC237252, LOC100041224
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128L13.bB6Ng01-128L13.g
ACCDH930496DH930497
length3151,051
definitionDH930496|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128L13, 5' end.DH930497|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128L13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,284,359 - 3,284,673)(3,421,322 - 3,422,373)
sequence
caaacacaaactgtctgtagttggcaaaaatcatgtccttcctagagcac
aaggcaatcatagtcagcagatgtggatgctctgaagcagccctgtatcc
cacacctgggattaaaacaaaaatatattcatgtagtatagctgcatttt
aaaagaaacccaaatttttactacaggtgatagtagagagggtttctgga
tggatgatgtgacatcctagacaccaaggattacacctagacaattatta
catagactacacacgtacaggtaatagcagtgatactagggatggtgggg
atgagtggaaggtaa

gaattcatccagttgagaagccaacattgctccactgatggtcataagca
ggtggctgagggattctctgacagcggtgtcccagcatgctctccaaagg
caaatgaccaccctgaaggacatttcactagtgcacacacagagtactaa
ggccacaccaccaataaggacattctctcgaggcagacaccatttatgct
gagattttatgttagttacattttgatgttgcaatagtttgagacttgag
caatggcagtattgatatgtactgtttcagggaagtttacattttttaat
gttatctatacttaaggaaagatccagcaacatcttctacttctaacatt
actcatcaatgaaatccgaacatctatacttattgtgttctgtgttgtcc
tatatgtcccatgcatagcataggacagaaggtagattatggttcagctt
catgttgtcatcctattggctagtcctgtcaattaggcaagtggcaaggt
ggcgatcattataaaaaaaaaacatttggatcctcttgaagacatgtgca
acatggtaaccatgtctcaacacacagcagcactatggatttttggcaat
gtgagctttttaacaggaagaagtgctactgattagtatgtgtctacttt
ggaccctcagcaaacataggccaccaaaggaccaattgtgcaccattgtt
ataagtatgtgcatgtgttgtgcattgcttactgtgtttccacctgcact
ctgagaagtctgaggaccatgtcaggaattagtgtcaatctccccttcca
ctttattcattgagacaggatctctcaatagagcacagagctcaccaaat
gggcttggcttccaaggcaggttgctgtagggatcttctgtctcaccttc
aagcttgagttacagggcagccaccacatctatccaacatttactcagga
tctaagatctgaacctttgtttcatattttgaagcaaacacaattgccca
gcccatctctcctgccccagaaaaaacctacttgtattacccggcattaa
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_3284359_3284673
seq2: B6Ng01-128L13.b_57_371

seq1  CAAACACAAACTGTCTGTAGTTGGCAAAAATCATGTCCTTCCTAGAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACAAACTGTCTGTAGTTGGCAAAAATCATGTCCTTCCTAGAGCAC  50

seq1  AAGGCAATCATAGTCAGCAGATGTGGATGCTCTGAAGCAGCCCTGTATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAATCATAGTCAGCAGATGTGGATGCTCTGAAGCAGCCCTGTATCC  100

seq1  CACACCTGGGATTAAAACAAAAATATATTCATGTAGTATAGCTGCATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTGGGATTAAAACAAAAATATATTCATGTAGTATAGCTGCATTTT  150

seq1  AAAAGAAACCCAAATTTTTACTACAGGTGATAGTAGAGAGGGTTTCTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAACCCAAATTTTTACTACAGGTGATAGTAGAGAGGGTTTCTGGA  200

seq1  TGGATGATGTGACATCCTAGACACCAAGGATTACACCTAGACAATTATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGATGTGACATCCTAGACACCAAGGATTACACCTAGACAATTATTA  250

seq1  CATAGACTACACACGTACAGGTAATAGCAGTGATACTAGGGATGGTGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACTACACACGTACAGGTAATAGCAGTGATACTAGGGATGGTGGGG  300

seq1  ATGAGTGGAAGGTAA  315
      |||||||||||||||
seq2  ATGAGTGGAAGGTAA  315


seq1: chr10_3421322_3422373
seq2: B6Ng01-128L13.g_68_1118 (reverse)

seq1  TTTAATGCCGTGTTAATTCAGAGTAGGTTTATTTCTGGGGCAGAAGAGAT  50
      |||||||||| | |||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TTTAATGCCG-GGTAATACA-AGTAGGTTT-TTTCTGGGGCAGGAGAGAT  47

seq1  GGGCTGTGGCTATTGTGTTTGCTTCAAAAATATGAACACAAGAGTTCAGA  100
      |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||
seq2  GGGCTG-GGCAATTGTGTTTGCTTC-AAAATATGAA-ACAAAGGTTCAGA  94

seq1  TCTTAGATCCTGAGTAAATGTTGGATAGATGTGGTGGCTTGCCTGTAACT  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  TCTTAGATCCTGAGTAAATGTTGGATAGATGTGGTGGCTGCCCTGTAACT  144

seq1  CTAGCTTGAAGGTTGAGACAGAAGATCCCTACAGCAACCTGCCTTGGAAG  200
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTGAAGG-TGAGACAGAAGATCCCTACAGCAACCTGCCTTGGAAG  193

seq1  CCAAG-CCATTTGGTGAGCTCTGTGCTCTATTGAGAGATCCTGTCTCAAT  249
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCCATTTGGTGAGCTCTGTGCTCTATTGAGAGATCCTGTCTCAAT  243

seq1  GAATAAAGTGGAA-GGGAGATTGACACTAATTCCTGACATGGTCCTCAGA  298
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAGTGGAAGGGGAGATTGACACTAATTCCTGACATGGTCCTCAGA  293

seq1  CTTCTCAGAGTGCAGGTGGAAACACAGTAAGCAATGCACAACACATGCAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGAGTGCAGGTGGAAACACAGTAAGCAATGCACAACACATGCAC  343

seq1  ATACTTATAACAATGGTGCACAATTGGTCCTTTGGTGGCCTATGTTTGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTATAACAATGGTGCACAATTGGTCCTTTGGTGGCCTATGTTTGCT  393

seq1  GAGGGTCC-AAGTAGACACATACTAATCAGTAGCACTTCTTCCTGTT-AA  446
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAGGGTCCAAAGTAGACACATACTAATCAGTAGCACTTCTTCCTGTTAAA  443

seq1  AAGCTCACATTGCCAAAAATCCATAGTGCTGCTGTGTGTTGAGACATGGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCACATTGCCAAAAATCCATAGTGCTGCTGTGTGTTGAGACATGGT  493

seq1  TACCATGTTGCACATGTCTTCAAGAGGATCCAAATGTTTTTTTTTTATAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGTTGCACATGTCTTCAAGAGGATCCAAATGTTTTTTTTTTATAA  543

seq1  TGATCGCCACCTTGCCACTTGCCTAATTGACAGGACTAGCCAATAGGATG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCGCCACCTTGCCACTTGCCTAATTGACAGGACTAGCCAATAGGATG  593

seq1  ACAACATGAAGCTGAACCATAATCTACCTTCTGTCCTATGCTATGCATGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATGAAGCTGAACCATAATCTACCTTCTGTCCTATGCTATGCATGG  643

seq1  GACATATAGGACAACACAGAACACAATAAGTATAGATGTTCGGATTTCAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATAGGACAACACAGAACACAATAAGTATAGATGTTCGGATTTCAT  693

seq1  TGATGAGTAATGTTAGAAGTAGAAGATGTTGCTGGATCTTTCCTTAAGTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGTAATGTTAGAAGTAGAAGATGTTGCTGGATCTTTCCTTAAGTA  743

seq1  TAGATAACATTAAAAAATGTAAACTTCCCTGAAACAGTACATATCAATAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAACATTAAAAAATGTAAACTTCCCTGAAACAGTACATATCAATAC  793

seq1  TGCCATTGCTCAAGTCTCAAACTATTGCAACATCAAAATGTAACTAACAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTGCTCAAGTCTCAAACTATTGCAACATCAAAATGTAACTAACAT  843

seq1  AAAATCTCAGCATAAATGGTGTCTGCCTCGAGAGAATGTCCTTATTGGTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTCAGCATAAATGGTGTCTGCCTCGAGAGAATGTCCTTATTGGTG  893

seq1  GTGTGGCCTTAGTACTCTGTGTGTGCACTAGTGAAATGTCCTTCAGGGTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCCTTAGTACTCTGTGTGTGCACTAGTGAAATGTCCTTCAGGGTG  943

seq1  GTCATTTGCCTTTGGAGAGCATGCTGGGACACCGCTGTCAGAGAATCCCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTGCCTTTGGAGAGCATGCTGGGACACCGCTGTCAGAGAATCCCT  993

seq1  CAGCCACCTGCTTATGACCATCAGTGGAGCAATGTTGGCTTCTC-TCT-C  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  
seq2  CAGCCACCTGCTTATGACCATCAGTGGAGCAATGTTGGCTTCTCAACTGG  1043

seq1  ATGAATTC  1052
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1051


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |