BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129D01
Chromosome10 (Build37)
Map Location 65,384,804 - 65,519,691
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCtnna3, LOC665206, LOC216036
Downstream gene1700023F02Rik, 4930407I19Rik, Reep3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129D01.bB6Ng01-129D01.g
ACCDH930841DH930842
length1,1171,027
definitionDH930841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129D01, 5' end.DH930842|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129D01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,518,606 - 65,519,691)(65,384,804 - 65,385,833)
sequence
gaattcaactagatcaccttcattacacagactttgataatatctaagac
aagtgttcaatgattggatttcagtggctcatggatgctgtttggatgga
tggtgagagaacaatgaaactgaaattgtttgcagaattgtgagtccatg
tactgtgttaattttaaatggataactgccctagcatctcatagattaca
tgactgtctcttcaccagaatttctggtaccacataattaatgaaaaact
agggtattttcttgcattttttatgcagcaaaacatactttcctgcgatc
atgaaataataatacaaaatagggattctgacacctaaaaagcacaaaat
aaaatctttatatgattaactatatgaaacctcaaagatactctatagtc
agaaaaaaactgagtgaatatgtgaaacataaacacatatggtaactcat
gaattaacagctctttaaaaacactaaaacagttgtaatggtgagaactt
gattcatttatttgggccacataaaattatgaattgagatattagttgtt
tagaagtttggcattttagtatatttaaaagctaatcaaactctaggaaa
tagcttggaggtatgtatagagaggacattttcttgtttcttttttaatt
ttcaatttttattcttaacatatgtgatatcctgaccagtttcctttatc
tctatgcctcaaaactcgcccccctcaccagatccattctgcttctattt
cccttaaaaaaaaaaaaggcaggcctcccagggatatcaactgaacatgg
cataacaagttacaaaaaggctaggcacacacccctcatattagggctgg
atgaggcaatgtggtatttagagaagtttactaaagctcagacaaacaca
tcagagacagctccagctttcactgttcggagtcccacatggacacaagc
tctacatcaaaagtatttgcagagattgagctcagccccaaaacaggtca
ttggtgttggaccctctgatccctataagtctgatagttgattcgtggtc
atgttcttgtgatgtcctggaccctctggattctagatccttctccaatg
tctgcctggggcttccc
gaattcacttagtgttgcatatgtgcatatatgtatttagagatgccttc
tgggattagataacttagcaggggacttaccattagagaagaatgattct
ccatctcagcaataattaatcacctagatctctttatcatagagtgatgc
cttgtgacagttgctgcatccatgttgggtcgcaactggtactaagatta
cagaagtgtgccaccatatttgctgaaatgaaaaattgctatcacggtgt
cttataaataagtgattatgttcctctcctttgtgtgtcctacagcactt
acttctctgcatacaacaggactaatgttcagataattagttttattaaa
aactaacttttctttatgtcgtcaccagtgcctatcacagtacatgtgtc
tgttctctggtctatgttgctaggatagacccctgcccgcccacccacac
acatacaaatgtcagtctctacaaaacactttagaatgactttagctcag
taactatgtatcagatctatcattcaaccaccttttctaatttccagaaa
cattaagagttcatgggtctagtttggtgtggatttaaatagtttatata
gacacagactattgccaaatgccattaaataccctgaccaaaattaaaaa
aaaaaaaagaaaaaaaacagaattgttatgggtacatatttccacagtga
atcccagcaccctaaacaccttttgttaagcaaagtggcacctgccataa
caagtcccataatcatgacacacacacacaacattacagacaaaacctct
ccaacatgccaatgtgtgtgtttacgcctcggatctactaacacttccca
agcagaaaatattttgcttgttgaaacaaatagttcttttataaatcccc
agctgggctgtgaaggcgctgactattgctgttgatttgagaatatcatc
actcatgtctcgtccagtaaaatgaggggttttatttatttagtttgctc
cacagaaaggctgtgctatctaaatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_65518606_65519691
seq2: B6Ng01-129D01.b_91_1166 (reverse)

seq1  GGGAAGCCCACAGCAGACATTGAGGAAGGATTCTAGAAACCAGAGGGGTC  50
      |||||||||   ||||||||||  |||||| ||||||| ||||| |||||
seq2  GGGAAGCCCCAGGCAGACATTGGAGAAGGA-TCTAGAATCCAGA-GGGTC  48

seq1  AAGGACACCACAAGAACATGACCCACAGAATCAACTAATCAGACCTTATA  100
       |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||
seq2  CAGGACATCACAAGAACATGA-CCAC-GAATCAACT-ATCAGA-CTTATA  94

seq1  GGGGATCAGAGGGTCCAAACAACCAATGACCCTGTTTGGGGCTGAGCTCA  150
       |||||||||||||||||   ||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  -GGGATCAGAGGGTCCAA--CACCAATGACCTGTTTTGGGGCTGAGCTCA  141

seq1  ATCTTCTGCAAATACTTTATGATTGTAGAGCTTGTGTCCATGTGGGACTC  200
      ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATC-TCTGCAAATACTTT-TGA-TGTAGAGCTTGTGTCCATGTGGGACTC  188

seq1  CGAACAGTGAAAGCTGGAGCTGTCTCTGATGTGTTTGTCTGAGC-TTAGT  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CGAACAGTGAAAGCTGGAGCTGTCTCTGATGTGTTTGTCTGAGCTTTAGT  238

seq1  AAACTTCTCTAAATACCACATTGCCTCATCCAGCCCTAATATGA-GGGTG  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAACTTCTCTAAATACCACATTGCCTCATCCAGCCCTAATATGAGGGGTG  288

seq1  TGTGCCTAGCCTTTTTGTAACTTGTTATGCCATGTTCAGTTGATATCCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTAGCCTTTTTGTAACTTGTTATGCCATGTTCAGTTGATATCCCT  338

seq1  GGGAGGCCTGCCTTTTTTTTTTTTAAGGGAAATAGAAGCAGAATGGATCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCCTGCCTTTTTTTTTTTTAAGGGAAATAGAAGCAGAATGGATCT  388

seq1  GGTGAGGGGGGCGAGTTTTGAGGCATAGAGATAAAGGAAACTGGTCAGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGGGGGCGAGTTTTGAGGCATAGAGATAAAGGAAACTGGTCAGGA  438

seq1  TATCACATATGTTAAGAATAAAAATTGAAAATTAAAAAAGAAACAAGAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACATATGTTAAGAATAAAAATTGAAAATTAAAAAAGAAACAAGAAA  488

seq1  ATGTCCTCTCTATACATACCTCCAAGCTATTTCCTAGAGTTTGATTAGCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTCTCTATACATACCTCCAAGCTATTTCCTAGAGTTTGATTAGCT  538

seq1  TTTAAATATACTAAAATGCCAAACTTCTAAACAACTAATATCTCAATTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATATACTAAAATGCCAAACTTCTAAACAACTAATATCTCAATTCA  588

seq1  TAATTTTATGTGGCCCAAATAAATGAATCAAGTTCTCACCATTACAACTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTATGTGGCCCAAATAAATGAATCAAGTTCTCACCATTACAACTG  638

seq1  TTTTAGTGTTTTTAAAGAGCTGTTAATTCATGAGTTACCATATGTGTTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTGTTTTTAAAGAGCTGTTAATTCATGAGTTACCATATGTGTTTA  688

seq1  TGTTTCACATATTCACTCAGTTTTTTTCTGACTATAGAGTATCTTTGAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCACATATTCACTCAGTTTTTTTCTGACTATAGAGTATCTTTGAGG  738

seq1  TTTCATATAGTTAATCATATAAAGATTTTATTTTGTGCTTTTTAGGTGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATATAGTTAATCATATAAAGATTTTATTTTGTGCTTTTTAGGTGTC  788

seq1  AGAATCCCTATTTTGTATTATTATTTCATGATCGCAGGAAAGTATGTTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCCTATTTTGTATTATTATTTCATGATCGCAGGAAAGTATGTTTT  838

seq1  GCTGCATAAAAAATGCAAGAAAATACCCTAGTTTTTCATTAATTATGTGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATAAAAAATGCAAGAAAATACCCTAGTTTTTCATTAATTATGTGG  888

seq1  TACCAGAAATTCTGGTGAAGAGACAGTCATGTAATCTATGAGATGCTAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGAAATTCTGGTGAAGAGACAGTCATGTAATCTATGAGATGCTAGG  938

seq1  GCAGTTATCCATTTAAAATTAACACAGTACATGGACTCACAATTCTGCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTATCCATTTAAAATTAACACAGTACATGGACTCACAATTCTGCAA  988

seq1  ACAATTTCAGTTTCATTGTTCTCTCACCATCCATCCAAACAGCATCCATG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTCAGTTTCATTGTTCTCTCACCATCCATCCAAACAGCATCCATG  1038

seq1  AGCCACTGAAATCCAATCATTGAACACTTGTCTTAGAT  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTGAAATCCAATCATTGAACACTTGTCTTAGAT  1076

seq1: chr10_65384804_65385833
seq2: B6Ng01-129D01.g_66_1092

seq1  GAATTCACTTAGTGTTGCATATGTGCATATATGTATTTAGAGATGCCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTAGTGTTGCATATGTGCATATATGTATTTAGAGATGCCTTC  50

seq1  TGGGATTAGATAACTTAGCAGGGGACTTACCATTAGAGAAGAATGATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAGATAACTTAGCAGGGGACTTACCATTAGAGAAGAATGATTCT  100

seq1  CCATCTCAGCAATAATTAATCACCTAGATCTCTTTATCATAGAGTGATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCAGCAATAATTAATCACCTAGATCTCTTTATCATAGAGTGATGC  150

seq1  CTTGTGACAGTTGCTGCATCCATGTTGGGTCGCAACTGGTACTAAGATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGACAGTTGCTGCATCCATGTTGGGTCGCAACTGGTACTAAGATTA  200

seq1  CAGAAGTGTGCCACCATATTTGCTGAAATGAAAAATTGCTATCACGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTGTGCCACCATATTTGCTGAAATGAAAAATTGCTATCACGGTGT  250

seq1  CTTATAAATAAGTGATTATGTTCCTCTCCTTTGTGTGTCCTACAGCACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAATAAGTGATTATGTTCCTCTCCTTTGTGTGTCCTACAGCACTT  300

seq1  ACTTCTCTGCATACAACAGGACTAATGTTCAGATAATTAGTTTTATTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTGCATACAACAGGACTAATGTTCAGATAATTAGTTTTATTAAA  350

seq1  AACTAACTTTTCTTTATGTCGTCACCAGTGCCTATCACAGTACATGTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACTTTTCTTTATGTCGTCACCAGTGCCTATCACAGTACATGTGTC  400

seq1  TGTTCTCTGGTCTATGTTGCTAGGATAGACCCCTGCCCGCCCACCCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCTGGTCTATGTTGCTAGGATAGACCCCTGCCCGCCCACCCACAC  450

seq1  ACATACAAATGTCAGTCTCTACAAAACACTTTAGAATGACTTTAGCTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAAATGTCAGTCTCTACAAAACACTTTAGAATGACTTTAGCTCAG  500

seq1  TAACTATGTATCAGATCTATCATTCAACCACCTTTTCTAATTTCCAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATGTATCAGATCTATCATTCAACCACCTTTTCTAATTTCCAGAAA  550

seq1  CATTAAGAGTTCATGGGTCTAGTTTGGTGTGGATTTAAATAGTTTATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGAGTTCATGGGTCTAGTTTGGTGTGGATTTAAATAGTTTATATA  600

seq1  GACACAGACTATTGCCAAATGCCATTAAATACCCTGACCAAAATTAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGACTATTGCCAAATGCCATTAAATACCCTGACCAAAATTAAAAA  650

seq1  AAAAAAAAGAAAAAAAACAGAATTGTTATGGGTACATATTTCCACAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGAAAAAAAACAGAATTGTTATGGGTACATATTTCCACAGTGA  700

seq1  ATCCCAGCACCCTAAACACCTTTTGTTAAGCAAAGTGGCACCTGCCATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCACCCTAAACACCTTTTGTTAAGCAAAGTGGCACCTGCCATAA  750

seq1  CAAGTCCCATAATCATGACACACACACACAACATTACAGACAAAACCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCCATAATCATGACACACACACACAACATTACAGACAAAACCTCT  800

seq1  CCAACATGCCAATGTGTGTGTTTACGCCTCGGGATCTACTAACACTTCCC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCAACATGCCAATGTGTGTGTTTACGCCTC-GGATCTACTAACACTTCCC  849

seq1  AAGCAGAAAATA-TTTGC-TGTTGAAACAAATAGTTCTTTTATAAATCCC  898
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAAAATATTTTGCTTGTTGAAACAAATAGTTCTTTTATAAATCCC  899

seq1  CAGCTGGGCTGTGAAGGCGCTGACTA-TGCTGTTGATTTGAGGAAATATC  947
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||
seq2  CAGCTGGGCTGTGAAGGCGCTGACTATTGCTGTTGATTTGAG--AATATC  947

seq1  ATCACTCATGTCTCGTCCAAGTAAAAATGAGGGGTTTTATTTATTTAGTT  997
      |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  
seq2  ATCACTCATGTCTCGTCC-AGT-AAAATGAGGGGTTTTATTTATTTAG--  993

seq1  TTTGCTCCACAGAAA-GCTGTGCTATCTAAATAT  1030
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCCACAGAAAGGCTGTGCTATCTAAATAT  1027