BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-130J22
Chromosome10 (Build37)
Map Location 18,896,352 - 19,054,017
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG637620
Upstream geneLOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729, D10Bwg1379e, EG237300, Perp, Tnfaip3, Tpi-rs5
Downstream geneOlig3, Ifngr1, Il22ra2, Il20ra, Slc35d3, Pex7, Map3k5, Mtap7, EG621697, Bclaf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-130J22.bB6Ng01-130J22.g
ACCDH931888DH931889
length1,207494
definitionDH931888|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130J22, 5' end.DH931889|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130J22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,896,352 - 18,897,560)(19,053,518 - 19,054,017)
sequence
gaattctgagtcttctatttcctggcagacaggcccattgtcacatacta
tacaggaaggcaatctagatcccaaatttccatacatggtactcatttgc
ataatgatgatacatactgagaaacattgtagcaccttctctaacttgag
acatatcacatgcttgctatactgtttcaaatgaacacaataactttgtg
agattagaaagcaacactgagaccccaccctcccctaagaaggagcactg
cccagctgctggccttaattgacttaaactgttggggaaaatgggaagaa
tccgggagttaagccgaggcaagcctcacagcctagtacagagctgctgt
tgcctgccagacacagcacaaagatctgcacagggatgaacacaaggccc
gtacccagagtatcccagatgtgtgtgcagcaatagcgctgaaggtttca
attaagaattgcggactttggggaatgtgttcacaggtctctagaagtct
gtaagtcctagctgtatttactaaatgtttatatagtatttaacgggttg
gcatttttctaaggacagtatgactcttagcttagttaaccttcatttta
aaagggtacaagacaggtcccactagtgctatgctctcaatgatgaagaa
acggaaagagaacaaggctgtgggacctgttcaaggtcaggatgctccct
aaggtgaagttagttatgattcagccctggaagcctggctctcccgaccc
aagcctctaagagtagattaggatgagagccatgtgccatttcagtaaga
taatttgaaatcagccagcttagggaccacggtgtcttcctaactgtgga
cctccttttacacaaagacggcagacagaatagataataacagcatggac
cctccaggtctgagttccagactctgaccaaagtcacacacaggtgtggt
aggctagagctcaactcctggccaccacagcatgcttttacatgattaaa
ttccctctggtgatctcagccccttaatgtactacacaaatacttcccag
acccaaccaattggagcttctctaagcaatgcactcagggactagttttc
cacttctggtgaaggtgtcttcatttgcatggcccttccttatctgggaa
agggcagtcgggcacagttcctcttgaacattatctgtgtctccagaatc
aattcag
atgttcagctgcatttagttagcaccaaggaccccaggatctataaactt
agttatctaaataaggtgagaagccaatggctataaggtttatttaatgg
tgaggttgcttaattattcatgttgaatgaaggctgagctgttcagattt
tctcatagcagcacccctccccacttgccctttctctgtgcccctatttt
cctgccttagaaagatgaggggaatgtgacacttccttagaaagataagg
ggaatgtgacacttctgggatccccctcaatacctttgcactagaaaatt
attctgagatatcctggtaagatttcagctctggcagggtcagatagtat
ggccaacacctgccatagttggatgaccttgaggggcttagcctcacagt
ggaagaggatccagcaggtgataatcctctttacaaacacaacctcttct
gactgcattggaggtaagggaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_18896352_18897560
seq2: B6Ng01-130J22.b_49_1255

seq1  GAATTCTGAGTCTTCTATTTCCTGGCAGACAGGCCCATTGTCACATACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGTCTTCTATTTCCTGGCAGACAGGCCCATTGTCACATACTA  50

seq1  TACAGGAAGGCAATCTAGATCCCAAATTTCCATACATGGTACTCATTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGAAGGCAATCTAGATCCCAAATTTCCATACATGGTACTCATTTGC  100

seq1  ATAATGATGATACATACTGAGAAACATTGTAGCACCTTCTCTAACTTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGATGATACATACTGAGAAACATTGTAGCACCTTCTCTAACTTGAG  150

seq1  ACATATCACATGCTTGCTATACTGTTTCAAATGAACACAATAACTTTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCACATGCTTGCTATACTGTTTCAAATGAACACAATAACTTTGTG  200

seq1  AGATTAGAAAGCAACACTGAGACCCCACCCTCCCCTAAGAAGGAGCACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGAAAGCAACACTGAGACCCCACCCTCCCCTAAGAAGGAGCACTG  250

seq1  CCCAGCTGCTGGCCTTAATTGACTTAAACTGTTGGGGAAAATGGGAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTGCTGGCCTTAATTGACTTAAACTGTTGGGGAAAATGGGAAGAA  300

seq1  TCCGGGAGTTAAGCCGAGGCAAGCCTCACAGCCTAGTACAGAGCTGCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGGAGTTAAGCCGAGGCAAGCCTCACAGCCTAGTACAGAGCTGCTGT  350

seq1  TGCCTGCCAGACACAGCACAAAGATCTGCACAGGGATGAACACAAGGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCAGACACAGCACAAAGATCTGCACAGGGATGAACACAAGGCCC  400

seq1  GTACCCAGAGTATCCCAGATGTGTGTGCAGCAATAGCGCTGAAGGTTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCAGAGTATCCCAGATGTGTGTGCAGCAATAGCGCTGAAGGTTTCA  450

seq1  ATTAAGAATTGCGGACTTTGGGGAATGTGTTCACAGGTCTCTAGAAGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGAATTGCGGACTTTGGGGAATGTGTTCACAGGTCTCTAGAAGTCT  500

seq1  GTAAGTCCTAGCTGTATTTACTAAATGTTTATATAGTATTTAACGGGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTCCTAGCTGTATTTACTAAATGTTTATATAGTATTTAACGGGTTG  550

seq1  GCATTTTTCTAAGGACAGTATGACTCTTAGCTTAGTTAACCTTCATTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTTCTAAGGACAGTATGACTCTTAGCTTAGTTAACCTTCATTTTA  600

seq1  AAAGGGTACAAGACAGGTCCCACTAGTGCTATGCTCTCAATGATGAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTACAAGACAGGTCCCACTAGTGCTATGCTCTCAATGATGAAGAA  650

seq1  ACGGAAAGAGAACAAGGCTGTGGGACCTGTTCAAGGTCAGGATGCTCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAAAGAGAACAAGGCTGTGGGACCTGTTCAAGGTCAGGATGCTCCCT  700

seq1  AAGGTGAAGTTAGTTATGATTCAGCCCTGGAAGCCTGGCTCTCCCGACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGAAGTTAGTTATGATTCAGCCCTGGAAGCCTGGCTCTCCCGACCC  750

seq1  AAGCCTCTAAGAGTAGATTAGGATGAGAGCCATGTGCCATTTCAGTAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTCTAAGAGTAGATTAGGATGAGAGCCATGTGCCATTTCAGTAAGA  800

seq1  TAATTTGAAATCAGCCAGCTTAGGGACCACGGTGTCTTCCTAACTGTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGAAATCAGCCAGCTTAGGGACCACGGTGTCTTCCTAACTGTGGA  850

seq1  CCTCCTTTTACACAAAGACGGCAGACAGAATAGATAATAACAGCATGGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTTTACACAAAGACGGCAGACAGAATAGATAATAACAGCATGGAC  900

seq1  CCTCCAGGTCTGAGTTCCAGACTCTGACCAAAGTCACACACAGGTGTGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGTCTGAGTTCCAGACTCTGACCAAAGTCACACACAGGTGTGGT  950

seq1  AGGCTAGAGCTCAACTCCTGGCCACCACAGCATGCTTTTACATGATTAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGAGCTCAACTCCTGGCCACCACAGCATGCTTTTACATGATTAAA  1000

seq1  TTCCCCTCTGGTGATCTCAG-CCCTTAATGTACTACACAAATACTTCCCA  1049
      || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-CCCTCTGGTGATCTCAGCCCCTTAATGTACTACACAAATACTTCCCA  1049

seq1  GACACCAACCAATTGGAGC-TCTCTAAGCAAATGCACTCAGGGAACTAGT  1098
      ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| 
seq2  GAC-CCAACCAATTGGAGCTTCTCTAAGC-AATGCACTCAGGG-ACTAG-  1095

seq1  TTTTCCACTTCT-GTGAAGGTTGTCTTCATTTGCATGGGCTCTTCCCTTA  1147
      |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||
seq2  TTTTCCACTTCTGGTGAAGG-TGTCTTCATTTGCAT-GGCCCTT-CCTTA  1142

seq1  TCTGGG--AGGGCAGTCGGCCACAG-TCCTCCTGGACATTATCTGTG-CT  1193
      ||||||  ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||| ||
seq2  TCTGGGAAAGGGCAGTCGGGCACAGTTCCTCTTGAACATTATCTGTGTCT  1192

seq1  CCAAGATCAATGTCAG  1209
      |||  |||||| ||||
seq2  CCAGAATCAAT-TCAG  1207

seq1: chr10_19053518_19054017
seq2: B6Ng01-130J22.g_66_565 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACTTTCCCTTACCTCCAATGCAGTCAGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACTTTCCCTTACCTCCAATGCAGTCAGAAGA  50

seq1  GGTTGTGTTTGTAAAGAGGATTATCACCTGCTGGATCCTCTTCCACTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGTTTGTAAAGAGGATTATCACCTGCTGGATCCTCTTCCACTGTG  100

seq1  AGGCTAAGCCCCTCAAGGTCATCCAACTATGGCAGGTGTTGGCCATACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAAGCCCCTCAAGGTCATCCAACTATGGCAGGTGTTGGCCATACTA  150

seq1  TCTGACCCTGCCAGAGCTGAAATCTTACCAGGATATCTCAGAATAATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCCTGCCAGAGCTGAAATCTTACCAGGATATCTCAGAATAATTTT  200

seq1  CTAGTGCAAAGGTATTGAGGGGGATCCCAGAAGTGTCACATTCCCCTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGCAAAGGTATTGAGGGGGATCCCAGAAGTGTCACATTCCCCTTAT  250

seq1  CTTTCTAAGGAAGTGTCACATTCCCCTCATCTTTCTAAGGCAGGAAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTAAGGAAGTGTCACATTCCCCTCATCTTTCTAAGGCAGGAAAATA  300

seq1  GGGGCACAGAGAAAGGGCAAGTGGGGAGGGGTGCTGCTATGAGAAAATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCACAGAGAAAGGGCAAGTGGGGAGGGGTGCTGCTATGAGAAAATCT  350

seq1  GAACAGCTCAGCCTTCATTCAACATGAATAATTAAGCAACCTCACCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGCTCAGCCTTCATTCAACATGAATAATTAAGCAACCTCACCATTA  400

seq1  AATAAACCTTATAGCCATTGGCTTCTCACCTTATTTAGATAACTAAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACCTTATAGCCATTGGCTTCTCACCTTATTTAGATAACTAAGTTT  450

seq1  ATAGATCCTGGGGTCCTTGGTGCTAACTAAATGCAGCTGAACATGAATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCCTGGGGTCCTTGGTGCTAACTAAATGCAGCTGAACATGAATTC  500