BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135L11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 8,699,871 - 8,814,351
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039046, Ust, Sash1, LOC100039173
Downstream geneEG666625, LOC666636, E130306M17Rik, LOC666658, LOC620417, Stxbp5, LOC100039238
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135L11.bB6Ng01-135L11.g
ACCDH935684DH935685
length1,1711,167
definitionDH935684|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135L11, 5' end.DH935685|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135L11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,699,871 - 8,701,053)(8,813,176 - 8,814,351)
sequence
gaattctatttgttttctctaagactatggaggggcacctagagactttt
gataattatgtaattctttgattaatgttgtgctctcatcatgaaagtag
gtatagttttctccctcatttttttcttttacctgtagtactggggatgg
atctcaggttgtgtgtcctaggtatgtgctctcctattgagctatatctc
ctgctatctcttttaccttcccgcctccatggcatgatctcactaggttg
cccagactggctttgaatggagttgatttttttgtctttctctatgatca
aagattgacagacagaacatctgcagtatgtattctcaaagatgtgggag
gctgtttggatggctagaaagtaaaaggaggaaagagagaaggtagggac
tggttggttgaagactccaatccccgaaagagtgtctgcatctcatatct
catgagtctgagatcaactgaaacaattcgaatgaagttcctgtttctta
tcagagtcatgatctttcatccaatgctggaatgtcttcatagcattcct
aacagttaggtcaacaggccttggcttgaatctttaaaacatgagttgac
tagagtgtgtgaaaatctcatctatatatgaacaaatttaattgttctaa
ggtttcccttgtctatggggctgagactccctgctcagtcattgaaacca
tctggggtaatgaggaattcattttccacatcaaaagaacatttaaggct
atgattcatttctcatgctccactttttatttcactgtactgattaatta
ccacaaagctttgtaatctttctcttagcgacctctggctccaatccact
ttatgagtatcctgcttaaagctcccatcataagtcaatcatgaaaacct
ccatgggctcagaataagcaaagcaatcatgacaagagggtttctaaaac
acagtacaaagtgacagaattaaacttgtatggtattgacttaggattag
acttagtggggataatgagatagcttatctggttaagagcttgctgctag
ctggcacttaggcttcacccttgggaactctaggtgtaaggagagcacca
acattgttctctgatttgcactcccactattggtacacacacatattccg
cacccacacaatacagtacac

gaattcaaagccagcctggactacagaatgaatttaagaccaaaagaagc
aacttaataaaaccttgtctcaaaataaaaataaaaaaatcaagaaaagg
gctgggtctctacccagtggtagagcactggcctacaatacttgaaatac
tagtttcaaccactattactgaacatgtgttaaagaagaatcacatttga
gcaagacagagaagggaaaaagaattctaaggtcccaagaaaatagggac
ctctagcctccatgtgtctgagtagaaattgctactttaaagtacaatta
ggctaaagttgtgtgtgtagtgtgtgtatacaggccttgttcagagagct
aagtacatattcatgattatgctaagtgctccttaatttataggtaattc
tcttcaaagtatgcaatcctcctcttcctcaggctcttttaatctcctga
agatcagaggctccattctattcaacactcgaggctcagtaattaaatca
ataaggaaagcacaccagatacttaaaaataattgtttaataagtgtttc
caatgtcctatttaaaactccatgttcatgtgtcattttcaagcagactg
agctgagccaatgttcccattaaaagctccatgtggtcctaggacacaca
cacacacacacacacacacacacagagtggagctccctcacccatgagga
agatgatctagaaccccccaaaggttcagaaattaaataaccttactgtt
actgctttttctctttgtatttaggcctatagtaaagcatactttataaa
ttaaatacaataagagataacagtaataaaggatagaaaaattatagtgt
aatgcattatgtgaatgttctctttgtctccatttctctgtctctgtcta
tctctctgactccctctgtgtgtgcacacacatgcacatgcagacacacc
atgcacatgcctgtgtgcacactttctcccttctccttgaagcactgtgc
atcttccttctgaagcagctcagtcgccagcaacactactgaatcatccg
ttattcattgctaagaaaacacttgaaaaagagcaccttagggagaacgg
tttttctgtaatcaatcattctcttgttcgatggggaaggattcatgtac
agtgcctgggaaactca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_8699871_8701053
seq2: B6Ng01-135L11.b_43_1213

seq1  GAATTCTATTTGTTTTCTCTAAGACTATGGAGGGGCACCTAGAGACTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTTGTTTTCTCTAAGACTATGGAGGGGCACCTAGAGACTTTT  50

seq1  GATAATTATGTAATTCTTTGATTAATGTTGTGCTCTCATCATGAAAGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATTATGTAATTCTTTGATTAATGTTGTGCTCTCATCATGAAAGTAG  100

seq1  GTATAGTTTTCTCCCTCATTTTTTTCTTTTACCTGTAGTACTGGGGATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGTTTTCTCCCTCATTTTTTTCTTTTACCTGTAGTACTGGGGATGG  150

seq1  ATCTCAGGTTGTGTGTCCTAGGTATGTGCTCTCCTATTGAGCTATATCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGGTTGTGTGTCCTAGGTATGTGCTCTCCTATTGAGCTATATCTC  200

seq1  CTGCTATCTCTTTTACCTTCCCGCCTCCATGGCATGATCTCACTAGGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATCTCTTTTACCTTCCCGCCTCCATGGCATGATCTCACTAGGTTG  250

seq1  CCCAGACTGGCTTTGAATGGAGTTGATTTTTTTGTCTTTCTCTATGATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACTGGCTTTGAATGGAGTTGATTTTTTTGTCTTTCTCTATGATCA  300

seq1  AAGATTGACAGACAGAACATCTGCAGTATGTATTCTCAAAGATGTGGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGACAGACAGAACATCTGCAGTATGTATTCTCAAAGATGTGGGAG  350

seq1  GCTGTTTGGATGGCTAGAAAGTAAAAGGAGGAAAGAGAGAAGGTAGGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTGGATGGCTAGAAAGTAAAAGGAGGAAAGAGAGAAGGTAGGGAC  400

seq1  TGGTTGGTTGAAGACTCCAATCCCCGAAAGAGTGTCTGCATCTCATATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTTGAAGACTCCAATCCCCGAAAGAGTGTCTGCATCTCATATCT  450

seq1  CATGAGTCTGAGATCAACTGAAACAATTCGAATGAAGTTCCTGTTTCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTCTGAGATCAACTGAAACAATTCGAATGAAGTTCCTGTTTCTTA  500

seq1  TCAGAGTCATGATCTTTCATCCAATGCTGGAATGTCTTCATAGCATTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCATGATCTTTCATCCAATGCTGGAATGTCTTCATAGCATTCCT  550

seq1  AACAGTTAGGTCAACAGGCCTTGGCTTGAATCTTTAAAACATGAGTTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTAGGTCAACAGGCCTTGGCTTGAATCTTTAAAACATGAGTTGAC  600

seq1  TAGAGTGTGTGAAAATCTCATCTATATATGAACAAATTTAATTGTTCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGTGTGAAAATCTCATCTATATATGAACAAATTTAATTGTTCTAA  650

seq1  GGTTTCCCTTGTCTATGGGGCTGAGACTCCCTGCTCAGTCATTGAAACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCCTTGTCTATGGGGCTGAGACTCCCTGCTCAGTCATTGAAACCA  700

seq1  TCTGGGGTAATGAGGAATTCATTTTCCACATCAAAAGAACATTTAAGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGTAATGAGGAATTCATTTTCCACATCAAAAGAACATTTAAGGCT  750

seq1  ATGATTCATTTCTCATGCTCCACTTTTTATTTCACTGTACTGATTAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCATTTCTCATGCTCCACTTTTTATTTCACTGTACTGATTAATTA  800

seq1  CCACAAAGCTTTGTAATCTTTCTCTTAGCGACCTCTGGCTCCAATCCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAGCTTTGTAATCTTTCTCTTAGCGACCTCTGGCTCCAATCCACT  850

seq1  TTATGAGTATCCTGCTTAAAGCTCCCATCATAAGTCAATCATG-AAACCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTATGAGTATCCTGCTTAAAGCTCCCATCATAAGTCAATCATGAAAACCT  900

seq1  CCATGGGCTCAGAATAAGCAAAGCAATCATGACAAAGAAGGGTTTCTAAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  CCATGGGCTCAGAATAAGCAAAGCAATCATGACAA--GAGGGTTTCTAAA  948

seq1  ACACAGTACAAAGTGACAGAAATTAAACTTGTATGGTATTGACTTAAGAT  999
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACACAGTACAAAGTGACAG-AATTAAACTTGTATGGTATTGACTTAGGAT  997

seq1  TAGACTTAGTGGGGATAATGAGATAGCTTATCTGGTTAAAGAGCTTGCTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGACTTAGTGGGGATAATGAGATAGCTTATCTGGTT-AAGAGCTTGCTG  1046

seq1  CTAAGCCTGGCAACTTAGGCTCAACCCCTGGGAACCTCTAGGTGTAAGGA  1099
      |||   ||||| |||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||
seq2  CTA--GCTGGC-ACTTAGGCTTCACCCTTGGGAA-CTCTAGGTGTAAGGA  1092

seq1  GAGCACCAACAAATTGTTCTCTGATATTGCACTCACACTA-TGGTACACA  1148
      ||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||
seq2  GAGCACCAAC--ATTGTTCTCTGAT-TTGCACTCCCACTATTGGTACACA  1139

seq1  CACATA---CGCACACACACACACATACACATGTACAC  1183
      ||||||   ||||| ||||||   |||||   ||||||
seq2  CACATATTCCGCACCCACACA---ATACA---GTACAC  1171


seq1: chr10_8813176_8814351
seq2: B6Ng01-135L11.g_71_1237 (reverse)

seq1  TGAGGTTCCCAGGCACTGTAACCATGGAGTCCTCTCCACTCTGAC-AGAG  49
      |||| |||||||||||||||  ||| || ||||  ||  ||  || ||||
seq2  TGAGTTTCCCAGGCACTGTA--CAT-GAATCCTTCCCCATCGAACAAGAG  47

seq1  AATGATTTTGAATTACAGGAAAACCGTCCTCCCCTAAGGTGCTTCTTTTC  99
      |||||||    ||||||| |||||||| || ||||||||||||  |||||
seq2  AATGATT---GATTACAGAAAAACCGTTCT-CCCTAAGGTGCTCTTTTTC  93

seq1  AGGTGTTTTCTTAGCAATGAATAACGGGATGAATACAGTAGTGTTGCTGG  149
      | ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTTCTTAGCAATGAATAAC-GGATG-ATTCAGTAGTGTTGCTGG  141

seq1  CGACTGGGCTGCTTCAGAGGGAAGATGCACAGTGCTTCAAGTGAG-AGGG  198
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  CGACTGAGCTGCTTCAGAAGGAAGATGCACAGTGCTTCAAG-GAGAAGGG  190

seq1  AGAAAGTGTGCACACAGGCATGTGCATGGGTGTGTCTGCATGTGCATGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTGTGCACACAGGCATGTGCAT-GGTGTGTCTGCATGTGCATGTG  239

seq1  TGTGCACACACAGAGGGAGTCAGAGAGATAGACAGAGACAAGAGAAATGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTGCACACACAGAGGGAGTCAGAGAGATAGACAGAGAC-AGAGAAATGG  288

seq1  AGACAAAGAGAACATTCACATAATGCATTACACTATAATTTTTCTATCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAGAGAACATTCACATAATGCATTACACTATAATTTTTCTATCCT  338

seq1  TTATTACTGTTATCTCTTATTGTATTTAATTTATAAAGTATGCTTTACTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTGTTATCTCTTATTGTATTTAATTTATAAAGTATGCTTTACTA  388

seq1  TAGGCCTAAATACAAAGAGAAAAAGCAGTAACAGTAAGGTTATTTAATTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCTAAATACAAAGAGAAAAAGCAGTAACAGTAAGGTTATTTAATTT  438

seq1  CTGAACC-TTGGGGGGTTCTAGATCATCTTCCTCATGGGTGAGGGAGCTC  497
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCTTTGGGGGGTTCTAGATCATCTTCCTCATGGGTGAGGGAGCTC  488

seq1  CACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCTAGGACCACATG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCTAGGACCACATG  538

seq1  GAGCTTTTAATGGGAACATTGGCTCAGCTCAGTCTGCTTGAAAATGACAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTTAATGGGAACATTGGCTCAGCTCAGTCTGCTTGAAAATGACAC  588

seq1  ATGAACATGGAGTTTTAAATAGGACATTGGAAACACTTATTAAACAATTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACATGGAGTTTTAAATAGGACATTGGAAACACTTATTAAACAATTA  638

seq1  TTTTTAAGTATCTGGTGTGCTTTCCTTATTGATTTAATTACTGAGCCTCG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAGTATCTGGTGTGCTTTCCTTATTGATTTAATTACTGAGCCTCG  688

seq1  AGTGTTGAATAGAATGGAGCCTCTGATCTTCAGGAGATTAAAAGAGCCTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGAATAGAATGGAGCCTCTGATCTTCAGGAGATTAAAAGAGCCTG  738

seq1  AGGAAGAGGAGGATTGCATACTTTGAAGAGAATTACCTATAAATTAAGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGGAGGATTGCATACTTTGAAGAGAATTACCTATAAATTAAGGA  788

seq1  GCACTTAGCATAATCATGAATATGTACTTAGCTCTCTGAACAAGGCCTGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTAGCATAATCATGAATATGTACTTAGCTCTCTGAACAAGGCCTGT  838

seq1  ATACACACACTACACACACAACTTTAGCCTAATTGTACTTTAAAGTAGCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACACTACACACACAACTTTAGCCTAATTGTACTTTAAAGTAGCA  888

seq1  ATTTCTACTCAGACACATGGAGGCTAGAGGTCCCTATTTTCTTGGGACCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTACTCAGACACATGGAGGCTAGAGGTCCCTATTTTCTTGGGACCT  938

seq1  TAGAATTCTTTTTCCCTTCTCTGTCTTGCTCAAATGTGATTCTTCTTTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTCTTTTTCCCTTCTCTGTCTTGCTCAAATGTGATTCTTCTTTAA  988

seq1  CACATGTTCAGTAATAGTGGTTGAAACTAGTATTTCAAGTATTGTAGGCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTTCAGTAATAGTGGTTGAAACTAGTATTTCAAGTATTGTAGGCC  1038

seq1  AGTGCTCTACCACTGGGTAGAGACCCAGCCCTTTTCTTGATTTTTTTATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTCTACCACTGGGTAGAGACCCAGCCCTTTTCTTGATTTTTTTATT  1088

seq1  TTTATTTTGAGACAAGGTTTTATTAAGTTGCTTCTTTTGGTCTTAAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTGAGACAAGGTTTTATTAAGTTGCTTCTTTTGGTCTTAAATTC  1138

seq1  ATTCTGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAATTC  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |