BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138L17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 83,631,431 - 83,780,581
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC432482
Upstream geneChst11, Slc41a2, D10Wsu102e, LOC666748, Aldh1l2, A230046K03Rik, Appl2, 1500009L16Rik, LOC100041225, C230099D08Rik
Downstream geneNuak1, Ckap4, Tcp11l2, Polr3b, Rfx4, EG625690, Ric8b, Fhl4, AI597468, Mterfd3, Cry1, EG666974
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138L17.bB6Ng01-138L17.g
ACCDH937908DH937909
length1,197898
definitionDH937908|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138L17, 5' end.DH937909|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138L17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,631,431 - 83,632,651)(83,779,816 - 83,780,581)
sequence
gaattctgtctgcatttcaaaccgtgaatcctaacttctttaaatataaa
tgaacatatatcgatgcatttttatttattataagatataaatgtccgga
aaacatcatttataataacattagtatataataggaaagtatatctatgc
ccatgttgtatattgcttgtataagtattttatatcaaatgaaatgggat
ctcatatatttaatatacttataaataaagtataagaatatacattatgt
tatttagtcacaagctggttcaagaagcccagtgaaggtatttccatcta
tggtttggagtcctccttagagattctgatttcatagctctatagactga
ttctcagcaaacatagagagaatgtgcacactaaccaaacacttggaagc
atttgagaatatgtgaagatgtctcttctctgggttgcttgaagatcatt
ctatagtgttattcacttcccacaagccctaaagaaaggctttacctttc
aaaattgaattttatccaagctgatgcttagcattatcatggagatcaag
tttgcagagtgaaactatagctgacacagacaaagattacaaggtgcctg
gctttgtgctaggcactctatttgaagcactgcattagatcttcccattt
cctcaggactcggtatagccaggattcctcagttgagttgaagaaaggta
tttggttaggtagggaacatgtggttgaaaaggtattggagcccagatgt
ttttgagcctttaatctgagctcttttaaacaacttccacaccaagtatt
atggacagttctactgagttccctgacacccatgcagggcactgatattc
agtgatcagctacattggaaggattattctaagtgtctaggacatagcag
tgactgtgatggaaggccctcagggcatttatatctccaagacagggatt
ggtaggagacagacaatgcaaaatagcgatacctaagtgtctcattccct
agcactagagagaaaaataaagcagagtgataataggccaaatggattga
aaggagaggtggcatcttttcatctgcagaggagtaggtccttttgaaga
aaaacttggaaggtgaggaatgagcatcattatcctatagggacctctta
cgaaactgttcttcatgtcaagaactcatgtgagcctctaagtcatt
gaattcagtcccatacctcacatgctcagagaatccctggacaatgggaa
ggtttagtcttttgggtacccccttttcaagatgtgtttattttgaagtt
gttggagatctgtaggaaagatgtcactgaatggaaagattttctgaata
tctctcacctacctttccacagaccaacctctgtgcccactatccttcct
ctggacgcaacatcatgtctttctgagcggcttgagaaggcacatgcgcc
cttgtcacgacacatttccacacagaagctcggctggtaaagtttttgtt
ttgaaagcctaaaggcttgagtttgatccccagcatccaggtaagaagct
gggtatggtgatttgagcttgcaatcctagccctgggggatctttagatc
ttgctggatggcctgcctgacctaaccaacgagctctgagtccttgagaa
ggagaacatgcccctctcaaaagggtggccagtaactaaggaatgacctc
tggtctccatccacaaatggatgagcaaacacacacacacacacacacac
atgctctcacacacacatgctcacacatgcacacacacatatacacacag
ttcacacacacacatgctcacacatacatgctcacacatacacatgctca
cacacacatacatacacacacaatgctcccacacacatataaacatatac
acatgttctcacacacacatatacacacacatgctcacacactcatatac
acatatgctcacatacatatacacacatgctcacatacacacatgctcat
acacacactaacgcacaaatgctcacacacacacacatatgcacatatgc
tcacacacacatgctcacatacacacatactcacacacacacatacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_83631431_83632651
seq2: B6Ng01-138L17.b_46_1242

seq1  GAATTCTGTCTGCATTTCAAACCGTGAATCCTAACTTCTTTAAATATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCTGCATTTCAAACCGTGAATCCTAACTTCTTTAAATATAAA  50

seq1  TGAACATATATCGATGCATTTTTATTTATTATAAGATATAAATGTCCGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATATATCGATGCATTTTTATTTATTATAAGATATAAATGTCCGGA  100

seq1  AAACATCATTTATAATAACATTAGTATATAATAGGAAAGTATATCTATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCATTTATAATAACATTAGTATATAATAGGAAAGTATATCTATGC  150

seq1  CCATGTTGTATATTGCTTGTATAAGTATTTTATATCAAATGAAATGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTGTATATTGCTTGTATAAGTATTTTATATCAAATGAAATGGGAT  200

seq1  CTCATATATTTAATATACTTATAAATAAAGTATAAGAATATACATTATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATATTTAATATACTTATAAATAAAGTATAAGAATATACATTATGT  250

seq1  TATTTAGTCACAAGCTGGTTCAAGAAGCCCAGTGAAGGTATTTCCATCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGTCACAAGCTGGTTCAAGAAGCCCAGTGAAGGTATTTCCATCTA  300

seq1  TGGTTTGGAGTCCTCCTTAGAGATTCTGATTTCATAGCTCTATAGACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGGAGTCCTCCTTAGAGATTCTGATTTCATAGCTCTATAGACTGA  350

seq1  TTCTCAGCAAACATAGAGAGAATGTGCACACTAACCAAACACTTGGAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGCAAACATAGAGAGAATGTGCACACTAACCAAACACTTGGAAGC  400

seq1  ATTTGAGAATATGTGAAGATGTCTCTTCTCTGGGTTGCTTGAAGATCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGAATATGTGAAGATGTCTCTTCTCTGGGTTGCTTGAAGATCATT  450

seq1  CTATAGTGTTATTCACTTCCCACAAGCCCTAAAGAAAGGCTTTACCTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTGTTATTCACTTCCCACAAGCCCTAAAGAAAGGCTTTACCTTTC  500

seq1  AAAATTGAATTTTATCCAAGCTGATGCTTAGCATTATCATGGAGATCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGAATTTTATCCAAGCTGATGCTTAGCATTATCATGGAGATCAAG  550

seq1  TTTGCAGAGTGAAACTATAGCTGACACAGACAAAGATTACAAGGTGCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGAGTGAAACTATAGCTGACACAGACAAAGATTACAAGGTGCCTG  600

seq1  GCTTTGTGCTAGGCACTCTATTTGAAGCACTGCATTAGATCTTCCCATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTGCTAGGCACTCTATTTGAAGCACTGCATTAGATCTTCCCATTT  650

seq1  CCTCAGGACTCGGTATAGCCAGGATTCCTCAGTTGAGTTGAAGAAAGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGACTCGGTATAGCCAGGATTCCTCAGTTGAGTTGAAGAAAGGTA  700

seq1  TTTGGTTAGGTAGGGAACATGTGGTTGAAAAGGTATTGGAGCCCAGATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTAGGTAGGGAACATGTGGTTGAAAAGGTATTGGAGCCCAGATGT  750

seq1  TTTTGAGCCTTTAATCTGAGCTCTTTTAAACAACTTCCACACCAAGTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGCCTTTAATCTGAGCTCTTTTAAACAACTTCCACACCAAGTATT  800

seq1  ATGGACAGTTCTACTGAGTTCCCTGACACCCATGCAGGGCACTGATATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACAGTTCTACTGAGTTCCCTGACACCCATGCAGGGCACTGATATTC  850

seq1  AGTGATCAGCTACATTGGAAGGATTATTCTAAGTGTCTAGGACATAGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATCAGCTACATTGGAAGGATTATTCTAAGTGTCTAGGACATAGCAG  900

seq1  TGACTGTGATGGAAAGGCCCTCAGGGCATTTATATCTCCAAGACAGGGAT  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGATGG-AAGGCCCTCAGGGCATTTATATCTCCAAGACAGGGAT  949

seq1  TGGTAGGAGACAGACAAATGCAAAAATAGCGAATACCTAAGTGTCTCATT  1000
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGAGACAGAC-AATGC-AAAATAGCG-ATACCTAAGTGTCTCATT  996

seq1  CCCTAGCACTAGAGAGAAAAAATAAAGCAAGAGTGATAAATAGGCAAAAT  1050
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||
seq2  CCCTAGCACTAGAGAG-AAAAATAAAGC-AGAGTGAT-AATAGGCCAAAT  1043

seq1  GGATTGAAAGGAGAGGTGGCCATC-TTTCATCTGCAGAGGAGTAGGCCCT  1099
      ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGATTGAAAGGAGAGGTGG-CATCTTTTCATCTGCAGAGGAGTAGGTCCT  1092

seq1  GTTGAAGAAAAACTTTGAAAAGGTGAGGAAATGAAGGCATCATTTACCCA  1149
       |||||||||||||| |  ||||||||| |||||  ||||||||  || |
seq2  TTTGAAGAAAAACTTGG--AAGGTGAGG-AATGA--GCATCATTATCCTA  1137

seq1  TAAGGAAACCTTCTTACGAAAACTGCTCTTCATGTCAAGAGAACACTTCA  1199
      || |||   | ||||||| |||||| ||||||||||||||    |||   
seq2  TAGGGA---CCTCTTACG-AAACTGTTCTTCATGTCAAGA----ACT---  1176

seq1  AATGTGAGCCTTCTAAGTCATT  1221
       ||||||||| |||||||||||
seq2  CATGTGAGCC-TCTAAGTCATT  1197

seq1: chr10_83779816_83780581
seq2: B6Ng01-138L17.g_70_835 (reverse)

seq1  GTATGTGAGCATATGTGTATATGAGTGTGTGAGCATGTGTGTGTATATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGAGCATATGTGTATATGAGTGTGTGAGCATGTGTGTGTATATGT  50

seq1  GTGTGTGAGAACATGTGTATATGTTTATATGTGTGTGGGAGCATTGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGAGAACATGTGTATATGTTTATATGTGTGTGGGAGCATTGTGTG  100

seq1  TGTATGTATGTGTGTGTGAGCATGTGTATGTGTGAGCATGTATGTGTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTGTGTGTGAGCATGTGTATGTGTGAGCATGTATGTGTGAG  150

seq1  CATGTGTGTGTGTGAACTGTGTGTATATGTGTGTGTGCATGTGTGAGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTGTGTGAACTGTGTGTATATGTGTGTGTGCATGTGTGAGCAT  200

seq1  GTGTGTGTGAGAGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGCTCATCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGAGAGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGCTCATCCAT  250

seq1  TTGTGGATGGAGACCAGAGGTCATTCCTTAGTTACTGGCCACCCTTTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGATGGAGACCAGAGGTCATTCCTTAGTTACTGGCCACCCTTTTGA  300

seq1  GAGGGGCATGTTCTCCTTCTCAAGGACTCAGAGCTCGTTGGTTAGGTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCATGTTCTCCTTCTCAAGGACTCAGAGCTCGTTGGTTAGGTCAG  350

seq1  GCAGGCCATCCAGCAAGATCTAAAGATCCCCCAGGGCTAGGATTGCAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCATCCAGCAAGATCTAAAGATCCCCCAGGGCTAGGATTGCAAGC  400

seq1  TCAAATCACCATACCCAGCTTCTTACCTGGATGCTGGGGATCAAACTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCACCATACCCAGCTTCTTACCTGGATGCTGGGGATCAAACTCAA  450

seq1  GCCTTTAGGCTTTCAAAACAAAAACTTTACCAGCCGAGCTTCTGTGTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTAGGCTTTCAAAACAAAAACTTTACCAGCCGAGCTTCTGTGTGGA  500

seq1  AATGTGTCGTGACAAGGGCGCATGTGCCTTCTCAAGCCGCTCAGAAAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTCGTGACAAGGGCGCATGTGCCTTCTCAAGCCGCTCAGAAAGAC  550

seq1  ATGATGTTGCGTCCAGAGGAAGGATAGTGGGCACAGAGGTTGGTCTGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTTGCGTCCAGAGGAAGGATAGTGGGCACAGAGGTTGGTCTGTGG  600

seq1  AAAGGTAGGTGAGAGATATTCAGAAAATCTTTCCATTCAGTGACATCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAGGTGAGAGATATTCAGAAAATCTTTCCATTCAGTGACATCTTT  650

seq1  CCTACAGATCTCCAACAACTTCAAAATAAACACATCTTGAAAAGGGGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGATCTCCAACAACTTCAAAATAAACACATCTTGAAAAGGGGGTA  700

seq1  CCCAAAAGACTAAACCTTCCCATTGTCCAGGGATTCTCTGAGCATGTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAAGACTAAACCTTCCCATTGTCCAGGGATTCTCTGAGCATGTGAG  750

seq1  GTATGGGACTGAATTC  766
      ||||||||||||||||
seq2  GTATGGGACTGAATTC  766