BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154O16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 61,820,550 - 61,946,782
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHk1, Hkdc1, Supv3l1, Vps26a
Upstream geneNodal, Eif4ebp2, D830039M14Rik, Lrrc20, Npffr1, Ppa1, Sar1a, Tysnd1, Aifm2, H2afy2, LOC100039284, Col13a1, EG436164, EG432466, 2010107G23Rik, Neurog3, Tspan15, Tacr2, 2210417K05Rik
Downstream geneSrgn, 2510003E04Rik, Ddx21, Ddx50, Stox1, Ccar1, Cxxc6, Slc25a16, Dna2l, Rufy2, Hnrph3, 3110049J23Rik, Pbld, Atoh7, Mypn, 1700120B22Rik, Herc4, Sirt1, Dnajc12, LOC665182, EG631906, Ctnna3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154O16.bB6Ng01-154O16.g
ACCDH949834DH949835
length1,0641,160
definitionDH949834|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154O16, 5' end.DH949835|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154O16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,820,550 - 61,821,623)(61,945,599 - 61,946,782)
sequence
gaattcagcccaaggggctttctttagagagcaaagccagattcttgctt
atagtccatgcacaggactgtgtagtatagctttacaagaagcaactaac
tacgaggttggtaggctccctgtgggtagaaaccacaggtctgattgaga
aattaacctgtactgagagccagaggccagatggaaggctccagcccacc
ctgtgatgttcttgctatgccttagctctgagctggacctcaggcaacat
cctgagggaataggctgagtctggcatggtatataggaccctctcagagg
ctggggaaagctgggcacatgactcagttgacagagggcttgcctagcac
gcaagaggccctgggcttaatccccaaccccatgtagactgggtatggta
gtgtatgcctgtcatcccaacactttcgaggtggatagcagagcagaagg
attctaggtcctctctggctacatggaagttggggccagcctgggatatg
taagatcctggggtatggggaggcaggcggttacctgtcctcgctggcag
ttctgtcccatagtgtagaggtgatggctacactgtttttccagaggtct
tctgtcctcagaagcggggttttctgatcctagagaaaggttaaagttca
gcaaaaaggctggttagaatctcggcactaccgttctcttctcaccagct
ggagaggtcaataccctgatactgaggactgaccccagatagtgtacagt
ttctagaagaatccattagcccagataaagccctaagcccaagcatacag
ttttccagcagagcattctcctggaagcactgcctgggctctgggctaga
ggtagaagccatgggcttccgggaggtgattagcagacctggggaggaac
caaagcaccttccaaaggccatctttcagaagtgtgaccttcatcctggt
ttctgtctgcccttgcctgtctagcttaatatggtatgtagactgtcaat
tctaaacgatgcattgtgctccctttaaggcccaaaggatcaagcagggt
ttgaagactgaaat
gaattcaattctcggcacccatgtgatcacaaccatctataaagggacct
gatgccctcttctggcatgcagacagagaacacatacattaaaaagaaat
gcataaattttaaaaagatttacacacacacacaaaagaaactatctcct
ttgttaatataggaatactgaaaacaatttggtcattgtgtcacctgtga
cctacataaccttaggaagctccttggtttgtttactgtcattatctgtc
ctccttaggactgatctgatgcataatgagtttcagacttcaactttgcc
ccaactcagcctggttttctgaggaagggcttgcttcaccaacagttact
gattgcagttcatttccttgtgtgtagtcacttattttctattactagag
tggcgtgtgtgtactgaaaagtcgcactccacaggtatttgacggccctg
tagacagtactgtaagcagggttcaggctcttgttctcagtgctgagcaa
agataaaatgtctgtcctcagagtacacagctcggagggagagccatata
cttcctcagcctgtgagaacaaaagggggagaatccagcttgcgttaggg
tatcaggtaaagcccttacagaggtgagtcagtcaataaggggtgagtga
gtcaggtgactctaggacaagggggacaggcaaatctgatgaacttctgc
acaaattattttcatcatttaaggttattgtatctggagggctggtaggt
atatctgtaagccacatcaaataatatattgtatgtgtgtttaaaataac
atatttgaagtcagtgttacctatgaagattttacatattggggctggag
aaatggctcaatagttaagagactggcactttctcagagacctaggttca
attcttagcactcccatgatagctaacatatgagttatatactgtagtgc
aggggttctgatgcttctctgggttctgcaggccctagcatgcatgtgtg
cacagacttatgtgcaggctaagcactcattatacacaacaaattaggtg
aagaaatttatactggatgagtctacaaggacttcaagagtcagaataaa
tatatttattgattaacacttggtgagcatatggtgctttcttacacagc
actcatgagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_61820550_61821623
seq2: B6Ng01-154O16.b_49_1112

seq1  GAATTCAGCCCAAGGGGCTTTCTTTAGAGAGCAAAGCCAGATTCTTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCCAAGGGGCTTTCTTTAGAGAGCAAAGCCAGATTCTTGCTT  50

seq1  ATAGTCCATGCACAGGACTGTGTAGTATAGCTTTACAAGAAGCAACTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCCATGCACAGGACTGTGTAGTATAGCTTTACAAGAAGCAACTAAC  100

seq1  TACGAGGTTGGTAGGCTCCCTGTGGGTAGAAACCACAGGTCTGATTGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAGGTTGGTAGGCTCCCTGTGGGTAGAAACCACAGGTCTGATTGAGA  150

seq1  AATTAACCTGTACTGAGAGCCAGAGGCCAGATGGAAGGCTCCAGCCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACCTGTACTGAGAGCCAGAGGCCAGATGGAAGGCTCCAGCCCACC  200

seq1  CTGTGATGTTCTTGCTATGCCTTAGCTCTGAGCTGGACCTCAGGCAACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATGTTCTTGCTATGCCTTAGCTCTGAGCTGGACCTCAGGCAACAT  250

seq1  CCTGAGGGAATAGGCTGAGTCTGGCATGGTATATAGGACCCTCTCAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGGAATAGGCTGAGTCTGGCATGGTATATAGGACCCTCTCAGAGG  300

seq1  CTGGGGAAAGCTGGGCACATGACTCAGTTGACAGAGGGCTTGCCTAGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAAAGCTGGGCACATGACTCAGTTGACAGAGGGCTTGCCTAGCAC  350

seq1  GCAAGAGGCCCTGGGCTTAATCCCCAACCCCATGTAGACTGGGTATGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGGCCCTGGGCTTAATCCCCAACCCCATGTAGACTGGGTATGGTA  400

seq1  GTGTATGCCTGTCATCCCAACACTTTCGAGGTGGATAGCAGAGCAGAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGCCTGTCATCCCAACACTTTCGAGGTGGATAGCAGAGCAGAAGG  450

seq1  ATTCTAGGTCCTCTCTGGCTACATGGAAGTTGGGGCCAGCCTGGGATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGGTCCTCTCTGGCTACATGGAAGTTGGGGCCAGCCTGGGATATG  500

seq1  TAAGATCCTGGGGTATGGGGAGGCAGGCGGTTACCTGTCCTCGCTGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCCTGGGGTATGGGGAGGCAGGCGGTTACCTGTCCTCGCTGGCAG  550

seq1  TTCTGTCCCATAGTGTAGAGGTGATGGCTACACTGTTTTTCCAGAGGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCCCATAGTGTAGAGGTGATGGCTACACTGTTTTTCCAGAGGTCT  600

seq1  TCTGTCCTCAGAAGCGGGGTTTTCTGATCCTAGAGAAAGGTTAAAGTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTCAGAAGCGGGGTTTTCTGATCCTAGAGAAAGGTTAAAGTTCA  650

seq1  GCAAAAAGGCTGGTTAGAATCTCGGCACTACCGTTCTCTTCTCACCAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAGGCTGGTTAGAATCTCGGCACTACCGTTCTCTTCTCACCAGCT  700

seq1  GGAGAGGTCAATACCCTGATACTGAGGACTGACCCCAGATAGTGTACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGTCAATACCCTGATACTGAGGACTGACCCCAGATAGTGTACAGT  750

seq1  TTCTAGAAGAATCCATTAGCCCAGATAAAGCCCTAAGCCCAAGCATACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAAGAATCCATTAGCCCAGATAAAGCCCTAAGCCCAAGCATACAG  800

seq1  TTTTCCAGCAGAGCATTCTCCTGGAAGCACTGCCTGGGCTCTGGGCTAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGCAGAGCATTCTCCTGGAAGCACTGCCTGGGCTCTGGGCTAGA  850

seq1  GGTAGAAGCCATGGGCTTCCGGGAGGTGATTAGCAGACCTGGGGAGGAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAGCCATGGGCTTCCGGGAGGTGATTAGCAGACCTGGGGAGGAAC  900

seq1  CAAGGCACCTTCCAAAGGCCATCTTTTCAGAAGTGTGACCTTCATCCTGG  950
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCACCTTCCAAAGGCCATC-TTTCAGAAGTGTGACCTTCATCCTGG  949

seq1  TTTCTGTCTGCCCTTGCCTGTCTAGCTTAAAATATGGTATGTAGACTGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTCTGCCCTTGCCTGTCTAGCTT--AATATGGTATGTAGACTGTC  997

seq1  AATTCTAAAAACGATGCATTGTGCTCACTTTAAAGCCCAAAGATACAAGC  1050
      ||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||   |||||
seq2  AATTCT--AAACGATGCATTGTGCTCCCTTTAAGGCCCAAAGGATCAAGC  1045

seq1  AAGGGGTTTTGAAGAACTTGAAAT  1074
      |   || ||||||||   ||||||
seq2  A---GGGTTTGAAGA--CTGAAAT  1064

seq1: chr10_61945599_61946782
seq2: B6Ng01-154O16.g_69_1228 (reverse)

seq1  CCTCATGAGTGCTGGTGTTAAAGGAAAGCACCACTATGCTCAACCCAGGT  50
      ||||||||||||| ||||   | |||||||||| ||||||||  ||| ||
seq2  CCTCATGAGTGCT-GTGT---AAGAAAGCACCA-TATGCTCA--CCAAGT  43

seq1  GTTAATACAATAATAATATTTTATCTGAACTCTTGACAGTCACCTTGTAG  100
      |||||| ||||||  ||||||  |||| |||||||| |||  ||||||||
seq2  GTTAAT-CAATAAATATATTTATTCTG-ACTCTTGA-AGT--CCTTGTAG  88

seq1  AACTCAT-CAGTTTATAAATTTTCTTCACTTATTTTGTTGTGTATAAATG  149
       |||||| |||  |||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||
seq2  -ACTCATCCAG--TATAAA-TTTCTTCACCTAATTTGTTGTGTAT-AATG  133

seq1  AGTGCTTTAGCCTGCACATAAGTCTGTGCACCACATGCATGGCTAGTGCC  199
      ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||
seq2  AGTGC-TTAGCCTGCACATAAGTCTGTGCA-CACATGCAT-GCTAGGGCC  180

seq1  TGCAGAACCCAGAGAAGGCATCAGAACCCCTGGCACTACAGTTATATAAC  249
      |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  TGCAGAACCCAGAGAA-GCATCAGAACCCCT-GCACTACAG-TATATAAC  227

seq1  TCATATGTTAGCTATCATGGGAGTGCTAAGAATTGAACCTAGGTTCTCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCATATGTTAGCTATCATGGGAGTGCTAAGAATTGAACCTAGG-TCTCTG  276

seq1  AGAAAGTTGCCAGTCTCTTAACTATTGAGCCATTTCTCCAGCCCCAATAT  349
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAG-TGCCAGTCTCTTAACTATTGAGCCATTTCTCCAGCCCCAATAT  325

seq1  GTAAAATCTTCATAGGTAACACTGACTTCAAATATGTTATTTTAAACACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATCTTCATAGGTAACACTGACTTCAAATATGTTATTTTAAACACA  375

seq1  CATACAATATATTATTTGATGTGGCTTACAGATATACCTACCAGCCCTCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAATATATTATTTGATGTGGCTTACAGATATACCTACCAGCCCTCC  425

seq1  AGATACAATAACCTTAAATGATGAAAATAATTTGTGCAGAAGTTCATCAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAATAACCTTAAATGATGAAAATAATTTGTGCAGAAGTTCATCAG  475

seq1  ATTTGCCTGTCCCCCTTGTCCTAGAGTCACCTGACTCACTCACCCCTTAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCTGTCCCCCTTGTCCTAGAGTCACCTGACTCACTCACCCCTTAT  525

seq1  TGACTGACTCACCTCTGTAAGGGCTTTACCTGATACCCTAACGCAAGCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGACTCACCTCTGTAAGGGCTTTACCTGATACCCTAACGCAAGCTG  575

seq1  GATTCTCCCCCTTTTGTTCTCACAGGCTGAGGAAGTATATGGCTCTCCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCCCCCTTTTGTTCTCACAGGCTGAGGAAGTATATGGCTCTCCCT  625

seq1  CCGAGCTGTGTACTCTGAGGACAGACATTTTATCTTTGCTCAGCACTGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGCTGTGTACTCTGAGGACAGACATTTTATCTTTGCTCAGCACTGAG  675

seq1  AACAAGAGCCTGAACCCTGCTTACAGTACTGTCTACAGGGCCGTCAAATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGAGCCTGAACCCTGCTTACAGTACTGTCTACAGGGCCGTCAAATA  725

seq1  CCTGTGGAGTGCGACTTTTCAGTACACACACGCCACTCTAGTAATAGAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGAGTGCGACTTTTCAGTACACACACGCCACTCTAGTAATAGAAA  775

seq1  ATAAGTGACTACACACAAGGAAATGAACTGCAATCAGTAACTGTTGGTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGACTACACACAAGGAAATGAACTGCAATCAGTAACTGTTGGTGA  825

seq1  AGCAAGCCCTTCCTCAGAAAACCAGGCTGAGTTGGGGCAAAGTTGAAGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCCCTTCCTCAGAAAACCAGGCTGAGTTGGGGCAAAGTTGAAGTC  875

seq1  TGAAACTCATTATGCATCAGATCAGTCCTAAGGAGGACAGATAATGACAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTCATTATGCATCAGATCAGTCCTAAGGAGGACAGATAATGACAG  925

seq1  TAAACAAACCAAGGAGCTTCCTAAGGTTATGTAGGTCACAGGTGACACAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAACCAAGGAGCTTCCTAAGGTTATGTAGGTCACAGGTGACACAA  975

seq1  TGACCAAATTGTTTTCAGTATTCCTATATTAACAAAGGAGATAGTTTCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAATTGTTTTCAGTATTCCTATATTAACAAAGGAGATAGTTTCTT  1025

seq1  TTGTGTGTGTGTGTAAATCTTTTTAAAATTTATGCATTTCTTTTTAATGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTGTGTGTAAATCTTTTTAAAATTTATGCATTTCTTTTTAATGT  1075

seq1  ATGTGTTCTCTGTCTGCATGCCAGAAGAGGGCATCAGGTCCCTTTATAGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTCTCTGTCTGCATGCCAGAAGAGGGCATCAGGTCCCTTTATAGA  1125

seq1  TGGTTGTGATCACATGGGTGCCGAGAATTGAATTC  1184
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTGATCACATGGGTGCCGAGAATTGAATTC  1160