BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155E12
Chromosome10 (Build37)
Map Location 9,836,195 - 9,938,921
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039238
Upstream geneEG666625, LOC666636, E130306M17Rik, LOC666658, LOC620417, Stxbp5
Downstream geneLOC665110, 9130014G24Rik, Rab32, EG382450, Grm1, Shprh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155E12.bB6Ng01-155E12.g
ACCDH950110DH950111
length1,1071,027
definitionDH950110|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155E12, 5' end.DH950111|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155E12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,937,811 - 9,938,921)(9,836,195 - 9,837,225)
sequence
gaattcagtgtggcagttactcaggaagacagatagcaatctacctaaag
atccagttataccactcttgtacatatacccaaaagatacgtcatcctac
tacagagacccttgatcaaccatattcattgctgatctactcccactatt
cagaaattggaaagaatttagatgatgttcttcaatagaggaatgcataa
agagaatgtggtatatctactcaatgaatattagctgttgagtcaatgat
aaccaaactacaatccttagagaaggaactgattaccattgatttaagag
ctatccacaaatacatattatatttgtctgtctgagtctaggtcactcat
ttgggatgattctttctagtttcatccacttacctgtgaatttcatgctt
tcacctttttaacatctgagtaatgtgtcactgtgtaccacatcaaaatc
aagctgatacctatatatatcaaccctacattttgtatacattctaaagt
tgggtaaaatgactgcaatatttctctgttagtttagatgaacaatggca
gtcagtacccatgagtatagaattgttacacaactcaattctatattgag
catataatttatgtccaatagtaagctcccttgaactatttaaagcaaaa
gaaagactctttcctttctttctatgaagcctatgggacgaggactgaga
atactgagttcagccattttactgtattcaagaactctgagttttaagtg
atcaaaataaataagcttcctgattctttttattggtgacaatgagttct
gtcaaaagctttccaaggatagaataatatattttatgttctacccaaac
ctcaactgtctttagggttctttttcaaatagaaccccactaatgctccc
tcatgaactgtccttttttctgttaaccctgccctcaaggtacttcgagt
ggctattaaattgcagaacattgcaggatcacaatgatgacttggaagct
gacagtaagaaagaaagggaaaatttgttggggtgaacttttgaaatgtt
ggatatactaagctttcttaggatatccagtaaaatgtgggtgggaaatg
gattaca

gaattccaactggtgcctagaaccttcatacatacctacttcatgactag
ccttggtggcagtcaagtccaggactaaagtacatagatagggaaggtat
tataattcagaacagtcaatgtgatcattaaagtgcagtttcagactcct
ctaggaaaatgtaaaacaacaacaacaaactatccatgcaagagaagata
acctttgtcttggacaagtgcctgactagccagatggacacttcttaatg
cccaggactgcaggcttaattttgtgcactggaccagacgtggaaagatt
tcagagctaactcactacctttatttaagagaccatgttctataactcac
taaatccaattctagaatgcttattgtggaccatgaagacaatctccgct
aaggtcagcagactctggtcctagtaggattaaacagattcatgataaag
cccttgcagtgcaacagggaatgaaatcatcagggggctacgaggtgcag
gtgtgaaaccaatccaacagtgggatgtttccgaagtgaattttcaaagc
aagcaagcaaacaaacaagcaagcaagctgtaaatgctatggatttgatt
catttctattgacattaaaggacataatgattataaaggtgttgcaagat
tgttaaaaacaaaaagcattaaacaaacacaaaatggcttgctggggcct
ttgtgtagtaattgataatggtagcactactgtttgtggctagaaaatac
atccattacctgatccttaaaataacctaaataatctgaaattataataa
tgatttctttgaaaacatttccattacaccaactcccctgcagcccttcc
tgaagttgtgggtcacgttagtcactattgtcgcagctgtagcttatggc
tcacagtatgtgctagcaatttggtaatctaggaaatttcagacaagcac
aattttagatgtatcagctgtgcctaagaggcaatctttctctaatcttt
tgtaaattccctgagcacaaagtagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_9937811_9938921
seq2: B6Ng01-155E12.b_47_1153 (reverse)

seq1  TGTATATCCATCT-CCACACACATTTATAACTGGATATACCTAAGAAAGC  49
      |||| |||||| | |||| ||||||  | ||||||||| |||||||||||
seq2  TGTA-ATCCATTTCCCACCCACATT--TTACTGGATAT-CCTAAGAAAGC  46

seq1  TTTAGGTATATCCAACATTTCAAAAGTTCA-CACAACAAATTTTCCCTTT  98
      ||   ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
seq2  TT--AGTATATCCAACATTTCAAAAGTTCACCCCAACAAATTTTCCCTTT  94

seq1  CTTTCTTTACTGTCAGCTTTCAAGTCATCATTGTGATCCTGCAATGTTCT  148
      ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTC-TTACTGTCAGCTTCCAAGTCATCATTGTGATCCTGCAATGTTCT  143

seq1  GCAATTTAATAGCCACTCGAAGTACCTTGAGGGCAGGGTTAACAG-AAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCAATTTAATAGCCACTCGAAGTACCTTGAGGGCAGGGTTAACAGAAAAA  193

seq1  AGGACAGTTCATGAGGGAGCATTAGTGGGGTTCTATTTGAAAAAGAACCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGACAGTTCATGAGGGAGCATTAGTGGGGTTCTATTTGAAAAAGAACCC  243

seq1  TAAAGACAGTTGAGGTTTGGGTAGAACATAAAATATATTATTCTATCCTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACAGTTGAGGTTTGGGTAGAACATAAAATATATTATTCTATCCTT  293

seq1  GGAAAGCTTTTGACAGAACTCATTGTCACCAATAAAAAGAATCAGGAAGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCTTTTGACAGAACTCATTGTCACCAATAAAAAGAATCAGGAAGC  343

seq1  TTATTTATTTTGATCACTTAAAACTCAGAGTTCTTGAATACAGTAAAATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTTGATCACTTAAAACTCAGAGTTCTTGAATACAGTAAAATG  393

seq1  GCTGAACTCAGTATTCTCAGTCCTCGTCCCATAGGCTTCATAGAAAGAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACTCAGTATTCTCAGTCCTCGTCCCATAGGCTTCATAGAAAGAAA  443

seq1  GGAAAGAGTCTTTCTTTTGCTTTAAATAGTTCAAGGGAGCTTACTATTGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAGTCTTTCTTTTGCTTTAAATAGTTCAAGGGAGCTTACTATTGG  493

seq1  ACATAAATTATATGCTCAATATAGAATTGAGTTGTGTAACAATTCTATAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAATTATATGCTCAATATAGAATTGAGTTGTGTAACAATTCTATAC  543

seq1  TCATGGGTACTGACTGCCATTGTTCATCTAAACTAACAGAGAAATATTGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGTACTGACTGCCATTGTTCATCTAAACTAACAGAGAAATATTGC  593

seq1  AGTCATTTTACCCAACTTTAGAATGTATACAAAATGTAGGGTTGATATAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTTACCCAACTTTAGAATGTATACAAAATGTAGGGTTGATATAT  643

seq1  ATAGGTATCAGCTTGATTTTGATGTGGTACACAGTGACACATTACTCAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTATCAGCTTGATTTTGATGTGGTACACAGTGACACATTACTCAGA  693

seq1  TGTTAAAAAGGTGAAAGCATGAAATTCACAGGTAAGTGGATGAAACTAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAAAGGTGAAAGCATGAAATTCACAGGTAAGTGGATGAAACTAGA  743

seq1  AAGAATCATCCCAAATGAGTGACCTAGACTCAGACAGACAAATATAATAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCATCCCAAATGAGTGACCTAGACTCAGACAGACAAATATAATAT  793

seq1  GTATTTGTGGATAGCTCTTAAATCAATGGTAATCAGTTCCTTCTCTAAGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGTGGATAGCTCTTAAATCAATGGTAATCAGTTCCTTCTCTAAGG  843

seq1  ATTGTAGTTTGGTTATCATTGACTCAACAGCTAATATTCATTGAGTAGAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAGTTTGGTTATCATTGACTCAACAGCTAATATTCATTGAGTAGAT  893

seq1  ATACCACATTCTCTTTATGCATTCCTCTATTGAAGAACATCATCTAAATT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCACATTCTCTTTATGCATTCCTCTATTGAAGAACATCATCTAAATT  943

seq1  CTTTCCAATTTCTGAATAGTGGGAGTAGATCAGCAATGAATATGGTTGAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAATTTCTGAATAGTGGGAGTAGATCAGCAATGAATATGGTTGAT  993

seq1  CAAGGGTCTCTGTAGTAGGATGACGTATCTTTTGGGTATATGTACAAGAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGTCTCTGTAGTAGGATGACGTATCTTTTGGGTATATGTACAAGAG  1043

seq1  TGGTATAACTGGATCTTTAGGTAGATTGCTATCTGTCTTCCTGAGTAACT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATAACTGGATCTTTAGGTAGATTGCTATCTGTCTTCCTGAGTAACT  1093

seq1  GCCACACTGAATTC  1111
      ||||||||||||||
seq2  GCCACACTGAATTC  1107


seq1: chr10_9836195_9837225
seq2: B6Ng01-155E12.g_67_1093

seq1  GAATTCCAACTGGTGCCTAGAACCTTCATACATACCTACTTCATGACTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTGGTGCCTAGAACCTTCATACATACCTACTTCATGACTAG  50

seq1  CCTTGGTGGCAGTCAAGTCCAGGACTAAAGTACATAGATAGGGAAGGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTGGCAGTCAAGTCCAGGACTAAAGTACATAGATAGGGAAGGTAT  100

seq1  TATAATTCAGAACAGTCAATGTGATCATTAAAGTGCAGTTTCAGACTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTCAGAACAGTCAATGTGATCATTAAAGTGCAGTTTCAGACTCCT  150

seq1  CTAGGAAAATGTAAAACAACAACAACAAACTATCCATGCAAGAGAAGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAAAATGTAAAACAACAACAACAAACTATCCATGCAAGAGAAGATA  200

seq1  ACCTTTGTCTTGGACAAGTGCCTGACTAGCCAGATGGACACTTCTTAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGTCTTGGACAAGTGCCTGACTAGCCAGATGGACACTTCTTAATG  250

seq1  CCCAGGACTGCAGGCTTAATTTTGTGCACTGGACCAGACGTGGAAAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGACTGCAGGCTTAATTTTGTGCACTGGACCAGACGTGGAAAGATT  300

seq1  TCAGAGCTAACTCACTACCTTTATTTAAGAGACCATGTTCTATAACTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTAACTCACTACCTTTATTTAAGAGACCATGTTCTATAACTCAC  350

seq1  TAAATCCAATTCTAGAATGCTTATTGTGGACCATGAAGACAATCTCCGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCAATTCTAGAATGCTTATTGTGGACCATGAAGACAATCTCCGCT  400

seq1  AAGGTCAGCAGACTCTGGTCCTAGTAGGATTAAACAGATTCATGATAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCAGCAGACTCTGGTCCTAGTAGGATTAAACAGATTCATGATAAAG  450

seq1  CCCTTGCAGTGCAACAGGGAATGAAATCATCAGGGGGCTACGAGGTGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCAGTGCAACAGGGAATGAAATCATCAGGGGGCTACGAGGTGCAG  500

seq1  GTGTGAAACCAATCCAACAGTGGGATGTTTCCGAAGTGAATTTTCAAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAACCAATCCAACAGTGGGATGTTTCCGAAGTGAATTTTCAAAGC  550

seq1  AAGCAAGCAAACAAACAAGCAAGCAAGCTGTAAATGCTATGGATTTGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGCAAACAAACAAGCAAGCAAGCTGTAAATGCTATGGATTTGATT  600

seq1  CATTTCTATTGACATTAAAGGACATAATGATTATAAAGGTGTTGCAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTATTGACATTAAAGGACATAATGATTATAAAGGTGTTGCAAGAT  650

seq1  TGTTAAAAACAAAAAGCATTAAACAAACACAAAATGGCTTGCTGGGGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAAACAAAAAGCATTAAACAAACACAAAATGGCTTGCTGGGGCCT  700

seq1  TTGTGTAGTAATTGATAATGGTAGCACTACTGTTTGTGGCTAGAAAATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAGTAATTGATAATGGTAGCACTACTGTTTGTGGCTAGAAAATAC  750

seq1  ATCCATTACCTGATCCTTAAAATAACCTAAATAATCTGAAATTATAATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTACCTGATCCTTAAAATAACCTAAATAATCTGAAATTATAATAA  800

seq1  TGATTTCTTTGAAAACATTTCCATTACACCAACTCCCCTGCAGCCCTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCTTTGAAAACATTTCCATTACACCAACTCCCCTGCAGCCCTTCC  850

seq1  TGAAGTTGTGGGTCACGTTAGTCACTATTGTCGCAGCTGTAGCTTAGGGC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGAAGTTGTGGGTCACGTTAGTCACTATTGTCGCAGCTGTAGCTTATGGC  900

seq1  TCACAGTATGTGCTAGCAATTTGGTAATCTAGGAAATTTCAGACAAAGCA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCACAGTATGTGCTAGCAATTTGGTAATCTAGGAAATTTCAGAC-AAGCA  949

seq1  CAATTTTAGATGTATCAGCTGTGCCTAAGAGGCAATCTTTCTCTAATCTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAATTTTAGATGTATCAGCTGTGCCTAAGAGGCAATCTTTCTCTAATC-T  998

seq1  TTTGTAAATTCCCTTGGAGCACAAAGTAGAA  1031
      ||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  TTTGTAAATTCCCT--GAGCACAAAGTAGAA  1027


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |