BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156E18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 113,823,709 - 113,971,970
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrhde
Upstream geneLOC100042655, LOC100042666
Downstream gene4930473D10Rik, Tph2, Tbc1d15, LOC668041, Rab21, Tmem19, Thap2, Ccdc131, Lgr5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156E18.bB6Ng01-156E18.g
ACCDH950839DH950840
length1731,121
definitionDH950839|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156E18, 5' end.DH950840|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,971,798 - 113,971,970)(113,823,709 - 113,824,832)
sequence
cctactgcttttcaaatggtcctttaagaataagtatcatcatttaactg
ctggtgacatcattatcaggtcccttcatagtccttatcccaacttcctt
gtctgtgtgtttaccctgttccaacactgctcactgggccataaacacta
tagattcggggggggggggaggg
gaattctaactatagacaaagcccattgttttaaaggggaaatgggggag
acttcatgacatttgaatagaatggtttttctcaaactttgccatgcata
aaagatgcctgggaagcctgttgaaattgaaattttgggaccaccccaag
agatttgtacttaaaagacaatcatgtctaaccaggatctcagttaacag
atactacctcaaagcacaagtagtacttcagggtatgtgttatcacttta
aaaaatgtaataatcttgaatacacagtggcagagggagctgtaattaca
taaatgactgatagaataaaacattgagacagcaaggtggggatatcttc
tgatatctgtgggtctttggaatcctttttgtatccctataaagctactt
agagagaaacagtttattggtgcatattcctacacatttcagactaggag
atcaaccataggagcagtctctattccatgctctccatccataatttgcc
ccataatgatgaaagtgatgtcatatatcaacaagttctccttggattgc
aggcacttctcaccaactgcagggctcctagaggtgaagcaagtccaatg
taatgcttcagaggggaagagaaaagtgtgagctgagttttaaaacaata
cacaggaatatatgtcctgcatctctgctgtttagttgatgccagaaagg
atcatcttacccacctttttgggaacctgtgggcattacatactgttaat
atgtagcaatgtttctgatagccaattgcacatagttggtagtgtcctgt
gaagtcagtgttggatggaacataaactcagattccctcgtttacatttt
attctcttttacatttctactttatgtagtatctgcccttatgtaacatt
taatgcagaacaagagcctggatgactttattgtgctaccacaggctaag
tcagcagacttcagcgtcggagcaaagggaaaacactattatgtttggtc
aatagtacaacatacagaagtcagctccaccaaatgattattgtaaatgg
cccacactgcagaagcttgcaagagtggagaaacaaatatagccaagtct
gatgcaaagagaaagaatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_113971798_113971970
seq2: B6Ng01-156E18.b_51_223 (reverse)

seq1  CCCTCCCCCCCCCCCCGAATCTATAGTGTTTATGGCCCAGTGAGCAGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCCCCCCCCCGAATCTATAGTGTTTATGGCCCAGTGAGCAGTGT  50

seq1  TGGAACAGGGTAAACACACAGACAAGGAAGTTGGGATAAGGACTATGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAGGGTAAACACACAGACAAGGAAGTTGGGATAAGGACTATGAAG  100

seq1  GGACCTGATAATGATGTCACCAGCAGTTAAATGATGATACTTATTCTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGATAATGATGTCACCAGCAGTTAAATGATGATACTTATTCTTAA  150

seq1  AGGACCATTTGAAAAGCAGTAGG  173
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCATTTGAAAAGCAGTAGG  173

seq1: chr10_113823709_113824832
seq2: B6Ng01-156E18.g_65_1185

seq1  GAATTCTAACTATAGACAAAGCCCATTGTTTTAAAGGGGAAATGGGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACTATAGACAAAGCCCATTGTTTTAAAGGGGAAATGGGGGAG  50

seq1  ACTTCATGACATTTGAATAGAATGGTTTTTCTCAAACTTTGCCATGCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATGACATTTGAATAGAATGGTTTTTCTCAAACTTTGCCATGCATA  100

seq1  AAAGATGCCTGGGAAGCCTGTTGAAATTGAAATTTTGGGACCACCCCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGCCTGGGAAGCCTGTTGAAATTGAAATTTTGGGACCACCCCAAG  150

seq1  AGATTTGTACTTAAAAGACAATCATGTCTAACCAGGATCTCAGTTAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGTACTTAAAAGACAATCATGTCTAACCAGGATCTCAGTTAACAG  200

seq1  ATACTACCTCAAAGCACAAGTAGTACTTCAGGGTATGTGTTATCACTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACCTCAAAGCACAAGTAGTACTTCAGGGTATGTGTTATCACTTTA  250

seq1  AAAAATGTAATAATCTTGAATACACAGTGGCAGAGGGAGCTGTAATTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTAATAATCTTGAATACACAGTGGCAGAGGGAGCTGTAATTACA  300

seq1  TAAATGACTGATAGAATAAAACATTGAGACAGCAAGGTGGGGATATCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGACTGATAGAATAAAACATTGAGACAGCAAGGTGGGGATATCTTC  350

seq1  TGATATCTGTGGGTCTTTGGAATCCTTTTTGTATCCCTATAAAGCTACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATCTGTGGGTCTTTGGAATCCTTTTTGTATCCCTATAAAGCTACTT  400

seq1  AGAGAGAAACAGTTTATTGGTGCATATTCCTACACATTTCAGACTAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAACAGTTTATTGGTGCATATTCCTACACATTTCAGACTAGGAG  450

seq1  ATCAACCATAGGAGCAGTCTCTATTCCATGCTCTCCATCCATAATTTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCATAGGAGCAGTCTCTATTCCATGCTCTCCATCCATAATTTGCC  500

seq1  CCATAATGATGAAAGTGATGTCATATATCAACAAGTTCTCCTTGGATTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATGATGAAAGTGATGTCATATATCAACAAGTTCTCCTTGGATTGC  550

seq1  AGGCACTTCTCACCAACTGCAGGGCTCCTAGAGGTGAAGCAAGTCCAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTTCTCACCAACTGCAGGGCTCCTAGAGGTGAAGCAAGTCCAATG  600

seq1  TAATGCTTCAGAGGGGAAGAGAAAAGTGTGAGCTGAGTTTTAAAACAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTCAGAGGGGAAGAGAAAAGTGTGAGCTGAGTTTTAAAACAATA  650

seq1  CACAGGAATATATGTCCTGCATCTCTGCTGTTTAGTTGATGCCAGAAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAATATATGTCCTGCATCTCTGCTGTTTAGTTGATGCCAGAAAGG  700

seq1  ATCATCTTACCCACCTTTTTGGGAACCTGTGGGCATTACATACTGTTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTACCCACCTTTTTGGGAACCTGTGGGCATTACATACTGTTAAT  750

seq1  ATGTAGCAATGTTTCTGATAGCCAATTGCACATAGTTGGTAGTGTCCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCAATGTTTCTGATAGCCAATTGCACATAGTTGGTAGTGTCCTGT  800

seq1  GAAGTCAGTGTTGGATGGAACATAAACTCAGATTCCCTCGTTTACATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAGTGTTGGATGGAACATAAACTCAGATTCCCTCGTTTACATTTT  850

seq1  ATTCTCTTTTACATTTCTACTTTATGTAGTATCTGCCCTTATGTAACATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTTTTACATTTCTACTTTATGTAGTATCTGCCCTTATGTAACATT  900

seq1  TAATGCAGAACAAGAGCCTGGATGACCTTAATTGTGCTACCACAGGGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||
seq2  TAATGCAGAACAAGAGCCTGGATGA-CTTTATTGTGCTACCACA-GGCTA  948

seq1  AGTCAGCAGACTTCAGCGTCGGAGGCAAAGGGAAAACACTA-TATGTTTG  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGTCAGCAGACTTCAGCGTCGGA-GCAAAGGGAAAACACTATTATGTTTG  997

seq1  GTCAATAGTACAACATACAGAAGTCAGGCTCCACCAAATGATAATTTGTA  1049
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||
seq2  GTCAATAGTACAACATACAGAAGTCA-GCTCCACCAAATGATTA-TTGTA  1045

seq1  AATGCCCCACACTGCAAGAAGCTTGCAAGAGTGGAG-AACAAA-ATAGCC  1097
      |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  AATGGCCCACACTGC-AGAAGCTTGCAAGAGTGGAGAAACAAATATAGCC  1094

seq1  AAGGTCTGATGCACAGAG-AAGAATGAA  1124
      || |||||||||| |||| |||||||||
seq2  AA-GTCTGATGCAAAGAGAAAGAATGAA  1121