BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158I17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 73,563,501 - 73,574,691
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcdh15
Upstream geneLOC432471, LOC544705, LOC100039981, LOC623191
Downstream geneEG630453, EG623346, Gnaz, LOC100040057, Rab36, Bcr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158I17.bB6Ng01-158I17.g
ACCDH952464DH952465
length1,1591,074
definitionDH952464|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158I17, 5' end.DH952465|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158I17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,563,501 - 73,564,671)(73,573,616 - 73,574,691)
sequence
gaattctaccaaagactggagcttggatagaggataatggctgtcactca
tgcaaacaagcaccaaatacagctctagcctgcagttcactttgacttag
ctctcaccacttgtgtatcttccaaagagacacatccccaatacaaaagc
ttcacacacttctctgatcctcaagattaacagccaccttggcctcagct
gactgtgtgaaagtgaagaccagacaatttaagagtgatccgggtctagt
taatcttctctgtgtaaccaaggagctcagctcatgtcccatttatacac
tccagaaggcaccatgcaccacccaagagacacagtgaggtcttaagtgg
ctctcatgggcctgtgttctgtaatctttgcatgtgatgtattatttaat
tcacaccatagtcatctgagaaaggttagttatcacttgattgattttac
catagaaactctgtacacagtttaaaggacttgaggaggacttagtattt
agttttgcacacaaaagggcatgttccagagaccaccatacatctggcac
agtggtttctaacgtatattcctatatgggcgtagaactaaatatgacag
gttagacactgaggtctaaagttctagacctagtagctgatatggccaca
agggtttgtggctcagtagttaaacccacacggacaaatgaaaacatggt
tgttactgacaagggactctctagttgctgctccctccttcctttgctaa
tactgtacagacagcatgaagaaagttattattttagctttattctgcca
ctatgctaaagacactctgataagacacacaccaggggaggaaaggatat
atttcatcttatactcctaggtcatagtctatctccaagggaaaaggggg
caggaagtcacacaggactttgaagcacaatacatggagaaagccctcct
cccccgtcctagctcgcagactccaccaagaccagctgcccacgaattgt
gctgcctacagtgggcttagcttcttcactcatgagcatcagacatcacg
cacagatatgctcacaaaccagtctgacggacaccttcatctagcttcct
ctctgatgaacttcgaacttgtgtctgatgatacataagctatctaagaa
cagaaatag
gaattcagactatcaaaaatccagtagcactctataaagaaagcaacaga
gaatctatatgataatgattttgacactattttttcactttatatcagaa
agaattcttattgttaaaattcaataaaagaaactataacaaaaagccaa
ctaaatatgatgatatggcatttactttgctagaatattcatacttttat
tttaccagaagacaggctgtgtgtgtgagttctgtgagtactatgccagg
ttctgtgatatgggtgacacatgtattgagtacagttcactcttggctac
ctttctcttgtagatatacacagaagttactcttggacctctacaaggaa
tatccaaatacataaacaatattaatttaataagcgtatccaagctaata
tcagatatttctattatataaattccttcagatgaaaaaatttaaatcca
tctgtttcaattcacactacaaacatattttctgaaaaatattattttaa
tttcataattttcaactttgaaaagcactcaacatcactaaactattttg
gtaccctaaagcatttttgttctagctagtttcttgtgaatgtgatgaag
ttatctgataaggggagaccaaagaacaccttcagaagactggcctgtgg
gtaagttgcggagtactttctgaattagtaattgattggtgttggatggc
ccaatccaacgtgagtgctgccataaaggtggtcctgtgttttataagaa
agcaggctaagtcatgcaggctaagtcatggagagccagccagtatgcaa
tggattttcttggtttctgcttccatcccctacctctaaaggtccttgtc
ctgtatgagtttctgcatgatttcctcagttgtagactcgtatctggaat
tgtaagatgaaataaagactccccccccaaggtattttttttttttgtac
agtattttatcatagcaattgacactctacgaagaaacatggttaaaaca
ggaacagatgatgtgtgaggtggtacacaactgctattcttacttagagc
taaaccaggagaataatcacaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_73563501_73564671
seq2: B6Ng01-158I17.b_47_1205

seq1  GAATTCTACCAAAGACTGGAGCTTGGATAGAGGATAATGGCTGTCACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACCAAAGACTGGAGCTTGGATAGAGGATAATGGCTGTCACTCA  50

seq1  TGCAAACAAGCACCAAATACAGCTCTAGCCTGCAGTTCACTTTGACTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACAAGCACCAAATACAGCTCTAGCCTGCAGTTCACTTTGACTTAG  100

seq1  CTCTCACCACTTGTGTATCTTCCAAAGAGACACATCCCCAATACAAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACCACTTGTGTATCTTCCAAAGAGACACATCCCCAATACAAAAGC  150

seq1  TTCACACACTTCTCTGATCCTCAAGATTAACAGCCACCTTGGCCTCAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACACTTCTCTGATCCTCAAGATTAACAGCCACCTTGGCCTCAGCT  200

seq1  GACTGTGTGAAAGTGAAGACCAGACAATTTAAGAGTGATCCGGGTCTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTGAAAGTGAAGACCAGACAATTTAAGAGTGATCCGGGTCTAGT  250

seq1  TAATCTTCTCTGTGTAACCAAGGAGCTCAGCTCATGTCCCATTTATACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTCTCTGTGTAACCAAGGAGCTCAGCTCATGTCCCATTTATACAC  300

seq1  TCCAGAAGGCACCATGCACCACCCAAGAGACACAGTGAGGTCTTAAGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAGGCACCATGCACCACCCAAGAGACACAGTGAGGTCTTAAGTGG  350

seq1  CTCTCATGGGCCTGTGTTCTGTAATCTTTGCATGTGATGTATTATTTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATGGGCCTGTGTTCTGTAATCTTTGCATGTGATGTATTATTTAAT  400

seq1  TCACACCATAGTCATCTGAGAAAGGTTAGTTATCACTTGATTGATTTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACCATAGTCATCTGAGAAAGGTTAGTTATCACTTGATTGATTTTAC  450

seq1  CATAGAAACTCTGTACACAGTTTAAAGGACTTGAGGAGGACTTAGTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAACTCTGTACACAGTTTAAAGGACTTGAGGAGGACTTAGTATTT  500

seq1  AGTTTTGCACACAAAAGGGCATGTTCCAGAGACCACCATACATCTGGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGCACACAAAAGGGCATGTTCCAGAGACCACCATACATCTGGCAC  550

seq1  AGTGGTTTCTAACGTATATTCCTATATGGGCGTAGAACTAAATATGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTCTAACGTATATTCCTATATGGGCGTAGAACTAAATATGACAG  600

seq1  GTTAGACACTGAGGTCTAAAGTTCTAGACCTAGTAGCTGATATGGCCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGACACTGAGGTCTAAAGTTCTAGACCTAGTAGCTGATATGGCCACA  650

seq1  AGGGTTTGTGGCTCAGTAGTTAAACCCACACGGACAAATGAAAACATGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTGTGGCTCAGTAGTTAAACCCACACGGACAAATGAAAACATGGT  700

seq1  TGTTACTGACAAGGGACTCTCTAGTTGCTGCTCCCTCCTTCCTTTGCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTGACAAGGGACTCTCTAGTTGCTGCTCCCTCCTTCCTTTGCTAA  750

seq1  TACTGTACAGACAGCATGAAGAAAGTTATTATTTTAGCTTTATTCTGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTACAGACAGCATGAAGAAAGTTATTATTTTAGCTTTATTCTGCCA  800

seq1  CTATGCTAAAGACACTCTGATAAGACACACACCAGGGGAGGAAAGGATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTAAAGACACTCTGATAAGACACACACCAGGGGAGGAAAGGATAT  850

seq1  ATTTCATCTTATACTCCTAGGTCATAGTCTATCTCCAAGGGAAAAGGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATCTTATACTCCTAGGTCATAGTCTATCTCCAAGGGAAAAGGGGG  900

seq1  CAGGAAGTCACACAGGACTTTGAAGCACAATACATGGAGGAAAGCCCCCC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  CAGGAAGTCACACAGGACTTTGAAGCACAATACATGGA-GAAAGCCCTCC  949

seq1  CCCCCCGTCCTAGCTCGCAGACTCCACCAAGGACCAGCTGCCCAAGGAAT  1000
       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||
seq2  TCCCCCGTCCTAGCTCGCAGACTCCACCAA-GACCAGCTGCCC-ACGAAT  997

seq1  TGTGCTGCCTACAGTGGGCTTAGCCTTCTTCCACTCATGAGCAATCAAGA  1050
      ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||
seq2  TGTGCTGCCTACAGTGGGCTTAG-CTTCTT-CACTCATGAGC-ATC-AGA  1043

seq1  CAATCACGCACAGATATGCTCACAAACCAGTCTGACAGACAACCCTTCAA  1100
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |
seq2  C-ATCACGCACAGATATGCTCACAAACCAGTCTGACGGACA--CCTTC-A  1089

seq1  TCTAGGCTTTCCTCTCTGATG-ACTGCAGAC-TGTGTCTGATTGATACAT  1148
      |||||   ||||||||||||| ||| |  || ||||||||| ||||||||
seq2  TCTAG--CTTCCTCTCTGATGAACTTCGAACTTGTGTCTGA-TGATACAT  1136

seq1  AAAGCTATCTAAG-ACAGATATAG  1171
       |||||||||||| ||||| ||||
seq2  -AAGCTATCTAAGAACAGAAATAG  1159

seq1: chr10_73573616_73574691
seq2: B6Ng01-158I17.g_66_1139 (reverse)

seq1  ATTTGTGATAATTCTCCTGGTTTAGCCTTCTAAGT-AGGATAGCAGTTGT  49
      ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||
seq2  ATTTGTGATTATTCTCCTGGTTTAGC--TCTAAGTAAGAATAGCAGTTGT  48

seq1  GTACCACCTCACACATCATCTGTTCCTGGTTTTAACATGTGTCTTTGGTA  99
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| || || |||
seq2  GTACCACCTCACACATCATCTGTTCCTGTTTTAACCATGTTTC-TTCGTA  97

seq1  GAGTGTCAATTGCTATGATAAAATACTGTGACAAAAAAAAAAATACCTTG  149
      |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| 
seq2  GAGTGTCAATTGCTATGATAAAATACTGTACAAAAAAAAAAAATACCTT-  146

seq1  GGGGGGGGAGTCTTTATTTCATCTTACAATTCCAGATACGAGTCTACAAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGAGTCTTTATTTCATCTTACAATTCCAGATACGAGTCTACAAC  196

seq1  TGAGGAAATCATGCAGAAACTCATACAGGACAAGGACC-TTAGAGGTAGG  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGAGGAAATCATGCAGAAACTCATACAGGACAAGGACCTTTAGAGGTAGG  246

seq1  GGATGGAAGCAGAAACCAAGAAAATCCATTGCATACTGGCTGGCTCTCCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAAGCAGAAACCAAGAAAATCCATTGCATACTGGCTGGCTCTCCA  296

seq1  TGACTTAGCCTGCATGACTTAGCCTGCTTTCTTATAAAACACAGGACCAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTAGCCTGCATGACTTAGCCTGCTTTCTTATAAAACACAGGACCAC  346

seq1  CTTTATGGCAGCACTCACGTTGGATTGGGCCATCCAACACCAATCAATTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGCAGCACTCACGTTGGATTGGGCCATCCAACACCAATCAATTA  396

seq1  CTAATTCAGAAAGTACTCCGCAACTTACCCACAGGCCAGTCTTCTGAAGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCAGAAAGTACTCCGCAACTTACCCACAGGCCAGTCTTCTGAAGG  446

seq1  TGTTCTTTGGTCTCCCCTTATCAGATAACTTCATCACATTCACAAGAAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTGGTCTCCCCTTATCAGATAACTTCATCACATTCACAAGAAAC  496

seq1  TAGCTAGAACAAAAATGCTTTAGGGTACCAAAATAGTTTAGTGATGTTGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAGAACAAAAATGCTTTAGGGTACCAAAATAGTTTAGTGATGTTGA  546

seq1  GTGCTTTTCAAAGTTGAAAATTATGAAATTAAAATAATATTTTTCAGAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTTCAAAGTTGAAAATTATGAAATTAAAATAATATTTTTCAGAAA  596

seq1  ATATGTTTGTAGTGTGAATTGAAACAGATGGATTTAAATTTTTTCATCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTTGTAGTGTGAATTGAAACAGATGGATTTAAATTTTTTCATCTG  646

seq1  AAGGAATTTATATAATAGAAATATCTGATATTAGCTTGGATACGCTTATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATTTATATAATAGAAATATCTGATATTAGCTTGGATACGCTTATT  696

seq1  AAATTAATATTGTTTATGTATTTGGATATTCCTTGTAGAGGTCCAAGAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATATTGTTTATGTATTTGGATATTCCTTGTAGAGGTCCAAGAGT  746

seq1  AACTTCTGTGTATATCTACAAGAGAAAGGTAGCCAAGAGTGAACTGTACT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTGTGTATATCTACAAGAGAAAGGTAGCCAAGAGTGAACTGTACT  796

seq1  CAATACATGTGTCACCCATATCACAGAACCTGGCATAGTACTCACAGAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACATGTGTCACCCATATCACAGAACCTGGCATAGTACTCACAGAAC  846

seq1  TCACACACACAGCCTGTCTTCTGGTAAAATAAAAGTATGAATATTCTAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACACAGCCTGTCTTCTGGTAAAATAAAAGTATGAATATTCTAGC  896

seq1  AAAGTAAATGCCATATCATCATATTTAGTTGGCTTTTTGTTATAGTTTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAATGCCATATCATCATATTTAGTTGGCTTTTTGTTATAGTTTCT  946

seq1  TTTATTGAATTTTAACAATAAGAATTCTTTCTGATATAAAGTGAAAAAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAATTTTAACAATAAGAATTCTTTCTGATATAAAGTGAAAAAAT  996

seq1  AGTGTCAAAATCATTATCATATAGATTCTCTGTTGCTTTCTTTATAGAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCAAAATCATTATCATATAGATTCTCTGTTGCTTTCTTTATAGAGT  1046

seq1  GCTACTGGATTTTTGATAGTCTGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGGATTTTTGATAGTCTGAATTC  1074