BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158P05
Chromosome10 (Build37)
Map Location 61,022,053 - 61,162,063
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrc20, Npffr1, Ppa1, Sar1a, Tysnd1
Upstream geneCdh23, Slc29a3, Unc5b, Pcbd1, Sgpl1, 1700021K02Rik, Adamts14, Prf1, EG237361, X99384, Nodal, Eif4ebp2, D830039M14Rik
Downstream geneAifm2, H2afy2, LOC100039284, Col13a1, EG436164, EG432466, 2010107G23Rik, Neurog3, Tspan15, Tacr2, Hk1, 2210417K05Rik, Hkdc1, Supv3l1, Vps26a, Srgn, 2510003E04Rik, Ddx21, Ddx50, Stox1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158P05.bB6Ng01-158P05.g
ACCDH952759DH952760
length1,133744
definitionDH952759|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158P05, 5' end.DH952760|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,160,925 - 61,162,063)(61,022,053 - 61,022,796)
sequence
gaattcatcctgttcccagttgcatgtatccaaccagtgctctggggcat
cagcatcgggcaggccctcagccctcactcctttactgagtggggtagtc
acttttcaggctgtggtcacctagctcatgcctgtagtcactatccatct
ctctgggaccaaatctcttggtgaagacatggtgatgtggccacacccag
cgctggctccattctccaagtgctgagaaggaacacggcacatctcaccc
agtcctcactgcacccgaaggcgcaccagccccatttgacaaaagggcaa
actgagatggtgtgtgtatgtgtgtgttaagaatgtacggcagaggacag
atgctaatctagaggacctctctctcttttgtcaccatatgaaatagaat
ctttggggctggagactgctggggcagtcagtggtgtgcttgcctagcgt
gcacaaaccctgggtatcccatgaaatgagtgtgatagcacatgtgtgac
cccagaagaagaggcaggagaatcagaagtttatggttagccttggccgt
ctggggtgtttaccgcccacttgggctatttatgatgatgctgtctcaaa
acataaaaaaatctaagacatgccacccaaattatggcactggagttccc
aaggcccaggaccccatatcaccctgcttcaggccctcaataaggtatcc
acttggctcagcacttgaggtgtcaacgtctgatatacagggaagtctaa
gaagccccaaaccctacctaagctcccaactctcttgcttggcaggcttt
gcccatttctgcctgctggctatcagtctctctctcacacacacacacac
acacaccaccatcacttcagtccctttgtcctctaccttcatggaagtgc
ccagcagggacaggcgtgggaaccaccattcagctcctctccaggctcac
cactgctatgtcatatgaagagtcctcctgaatggcaaacacccacttgt
cccagattgccaccattcctggggacaccagaacaattgacaagctagcc
ttctgttgtctagccactgggaagagagcaatacgaagacaagctcttga
atggcctgctatgtgctcatatcttgatcctaa
gaattccacagtgggcagagcctgaacacaggaaacctcaaagctcaccc
cacaatgatgcacttcttccaacaaggtcacacctactccaacaaggcaa
cacctcctaatggtgccactcactgtggggcaaacattcaaacatacaag
tctattggagccattcctattcaaaccaccataagcctctaggattcaat
ccctgatattggggaaaggaacatacaggtatgaaagtggagaacaagaa
gccacagggcaactggttgactccagtcctttgtaaaaggccttgtttgg
gtgactacccaagacagaaacccattctgatactgcagtgacattagttg
ccaagcctaactgccaaggtttaagaaaatataggcttcctttccagttt
gtttagttttttttttcttcagtgtgtgggtgtcaccatttcctgcagtg
actaaaagaatagattaaatgaattcattttatctaactggtaggcagga
agttgtctattcagagttgcctgaaatatagtcaaacaggggcttgcaga
atgtaactatgttatctagttatttttctattgttaagaaacaccctgac
taaggcaacttagaagagttactaggactcatggttcctgaaggtttgag
ttcatgatcattgtgatggtttgtatatttttgggccagggagtggcacc
atttggaggtatggccttgtttgaataggtgtgaccttgttgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_61160925_61162063
seq2: B6Ng01-158P05.b_46_1178 (reverse)

seq1  TTAGGATCAAAGATATGAGCCACCATAGCCAGCCCATTCCAAGA-CTTGT  49
      |||||||| |||||||||||   ||||| ||| ||||| ||||| |||||
seq2  TTAGGATC-AAGATATGAGC--ACATAG-CAGGCCATT-CAAGAGCTTGT  45

seq1  CTCTCGTATTGCTCTCTTCCCAGTGCTAAGACAACAGAAGGCTAGCTTGT  99
      || ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  CT-TCGTATTGCTCTCTTCCCAGTGGCTAGACAACAGAAGGCTAGCTTGT  94

seq1  CAATTGTTTCCTGTGTCCCCAGGAAT-GTGGCAATCTGGGGACAAGT-GG  147
      |||||| |||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||
seq2  CAATTG-TTCTGGTGTCCCCAGGAATGGTGGCAATCT-GGGACAAGTGGG  142

seq1  TGTTTGCCACTCAGGAGACCTCTCCATATGACATAGCAGTGGTGAGCCTG  197
      ||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCCATTCAGGAGGACTCTTCATATGACATAGCAGTGGTGAGCCTG  192

seq1  GAAGAGGAGCTGAATGGT-GTTCCCACGCCTGTCCCTGCTGGGCACTTCC  246
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-AGAGGAGCTGAATGGTGGTTCCCACGCCTGTCCCTGCTGGGCACTTCC  241

seq1  ATGAAGGTAGAGGACAAAGGGACTGAAGTGATGGTGGTGTGTGTGTGTGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGTAGAGGACAAAGGGACTGAAGTGATGGTGGTGTGTGTGTGTGT  291

seq1  GTGTGTGAGAGAGAGACCTGATAGCCAGCAGGCAGAAATGGGCAAAGCCT  346
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGAGAGAGAGA-CTGATAGCCAGCAGGCAGAAATGGGCAAAGCCT  340

seq1  GCCAAGCAAGAGAGTTGGGAGCTTAGGTAGGGTTTGGGGCTTCTTAGACT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGCAAGAGAGTTGGGAGCTTAGGTAGGGTTTGGGGCTTCTTAGACT  390

seq1  TCCCTGTATATCAGACGTTGACACCTCAAGTGCTGAGCCAAGTGGATACC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTATATCAGACGTTGACACCTCAAGTGCTGAGCCAAGTGGATACC  440

seq1  TTATTGAGGGCCTGAAGCAGGGTGATATGGGGTCCTGGGCCTTGGGAACT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAGGGCCTGAAGCAGGGTGATATGGGGTCCTGGGCCTTGGGAACT  490

seq1  CCAGTGCCATAATTTGGGTGGCATGTCTTAGATTTTTTTATGTTTTGAGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCCATAATTTGGGTGGCATGTCTTAGATTTTTTTATGTTTTGAGA  540

seq1  CAGCATCATCATAAATAGCCCAAGTGGGCGGTAAACACCCCAGACGGCCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCATCATAAATAGCCCAAGTGGGCGGTAAACACCCCAGACGGCCA  590

seq1  AGGCTAACCATAAACTTCTGATTCTCCTGCCTCTTCTTCTGGGGTCACAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAACCATAAACTTCTGATTCTCCTGCCTCTTCTTCTGGGGTCACAC  640

seq1  ATGTGCTATCACACTCATTTCATGGGATACCCAGGGTTTGTGCACGCTAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTATCACACTCATTTCATGGGATACCCAGGGTTTGTGCACGCTAG  690

seq1  GCAAGCACACCACTGACTGCCCCAGCAGTCTCCAGCCCCAAAGATTCTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCACACCACTGACTGCCCCAGCAGTCTCCAGCCCCAAAGATTCTAT  740

seq1  TTCATATGGTGACAAAAGAGAGAGAGGTCCTCTAGATTAGCATCTGTCCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATGGTGACAAAAGAGAGAGAGGTCCTCTAGATTAGCATCTGTCCT  790

seq1  CTGCCGTACATTCTTAACACACACATACACACACCATCTCAGTTTGCCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCGTACATTCTTAACACACACATACACACACCATCTCAGTTTGCCCT  840

seq1  TTTGTCAAATGGGGCTGGTGCGCCTTCGGGTGCAGTGAGGACTGGGTGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCAAATGGGGCTGGTGCGCCTTCGGGTGCAGTGAGGACTGGGTGAG  890

seq1  ATGTGCCGTGTTCCTTCTCAGCACTTGGAGAATGGAGCCAGCGCTGGGTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCGTGTTCCTTCTCAGCACTTGGAGAATGGAGCCAGCGCTGGGTG  940

seq1  TGGCCACATCACCATGTCTTCACCAAGAGATTTGGTCCCAGAGAGATGGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACATCACCATGTCTTCACCAAGAGATTTGGTCCCAGAGAGATGGA  990

seq1  TAGTGACTACAGGCATGAGCTAGGTGACCACAGCCTGAAAAGTGACTACC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGACTACAGGCATGAGCTAGGTGACCACAGCCTGAAAAGTGACTACC  1040

seq1  CCACTCAGTAAAGGAGTGAGGGCTGAGGGCCTGCCCGATGCTGATGCCCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCAGTAAAGGAGTGAGGGCTGAGGGCCTGCCCGATGCTGATGCCCC  1090

seq1  AGAGCACTGGTTGGATACATGCAACTGGGAACAGGATGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACTGGTTGGATACATGCAACTGGGAACAGGATGAATTC  1133

seq1: chr10_61022053_61022796
seq2: B6Ng01-158P05.g_67_810

seq1  GAATTCCACAGTGGGCAGAGCCTGAACACAGGAAACCTCAAAGCTCACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGTGGGCAGAGCCTGAACACAGGAAACCTCAAAGCTCACCC  50

seq1  CACAATGATGCACTTCTTCCAACAAGGTCACACCTACTCCAACAAGGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGATGCACTTCTTCCAACAAGGTCACACCTACTCCAACAAGGCAA  100

seq1  CACCTCCTAATGGTGCCACTCACTGTGGGGCAAACATTCAAACATACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTAATGGTGCCACTCACTGTGGGGCAAACATTCAAACATACAAG  150

seq1  TCTATTGGAGCCATTCCTATTCAAACCACCATAAGCCTCTAGGATTCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGGAGCCATTCCTATTCAAACCACCATAAGCCTCTAGGATTCAAT  200

seq1  CCCTGATATTGGGGAAAGGAACATACAGGTATGAAAGTGGAGAACAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGATATTGGGGAAAGGAACATACAGGTATGAAAGTGGAGAACAAGAA  250

seq1  GCCACAGGGCAACTGGTTGACTCCAGTCCTTTGTAAAAGGCCTTGTTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGGGCAACTGGTTGACTCCAGTCCTTTGTAAAAGGCCTTGTTTGG  300

seq1  GTGACTACCCAAGACAGAAACCCATTCTGATACTGCAGTGACATTAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTACCCAAGACAGAAACCCATTCTGATACTGCAGTGACATTAGTTG  350

seq1  CCAAGCCTAACTGCCAAGGTTTAAGAAAATATAGGCTTCCTTTCCAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCTAACTGCCAAGGTTTAAGAAAATATAGGCTTCCTTTCCAGTTT  400

seq1  GTTTAGTTTTTTTTTTCTTCAGTGTGTGGGTGTCACCATTTCCTGCAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTTTTTTTTTTCTTCAGTGTGTGGGTGTCACCATTTCCTGCAGTG  450

seq1  ACTAAAAGAATAGATTAAATGAATTCATTTTATCTAACTGGTAGGCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAGAATAGATTAAATGAATTCATTTTATCTAACTGGTAGGCAGGA  500

seq1  AGTTGTCTATTCAGAGTTGCCTGAAATATAGTCAAACAGGGGCTTGCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTCTATTCAGAGTTGCCTGAAATATAGTCAAACAGGGGCTTGCAGA  550

seq1  ATGTAACTATGTTATCTAGTTATTTTTCTATTGTTAAGAAACACCCTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACTATGTTATCTAGTTATTTTTCTATTGTTAAGAAACACCCTGAC  600

seq1  TAAGGCAACTTAGAAGAGTTACTAGGACTCATGGTTCCTGAAGGTTTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCAACTTAGAAGAGTTACTAGGACTCATGGTTCCTGAAGGTTTGAG  650

seq1  TTCATGATCATTGTGATGGTTTGTATATTTTTGGGCCAGGGAGTGGCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGATCATTGTGATGGTTTGTATATTTTTGGGCCAGGGAGTGGCACC  700

seq1  ATTTGGAGGTATGGCCTTGTTTGAATAGGTGTGACCTGGTTGGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATTTGGAGGTATGGCCTTGTTTGAATAGGTGTGACCTTGTTGGA  744