BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161C17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 114,585,410 - 114,714,376
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTph2, Tbc1d15, LOC668041
Upstream geneTrhde, 4930473D10Rik
Downstream geneRab21, Tmem19, Thap2, Ccdc131, Lgr5, A930009A15Rik, LOC668071, EG668073, Tspan8, Ptprr, 4933416C03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161C17.bB6Ng01-161C17.g
ACCDH954359DH954360
length804784
definitionDH954359|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161C17, 5' end.DH954360|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161C17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,585,410 - 114,586,208)(114,713,593 - 114,714,376)
sequence
gaattctacactgactgacatgaaaatagcaacctgagagacagatatgg
caaaaaaaaaaaaaactgtgagataatatacttatgactaaggctgagaa
acaagagagcaaaacatggatcctaggtatgagaaatgggtcccattata
aacatgcagattcctgcatctcggtgggaagcagcagggtatgtgggaga
acagagtctaactaaaccacagcagaatgcactatgaagagatgctgatc
ggggctttctatctctcctcctcattaacaaatgcagggtggtggacaac
gttcactctcaagctccttcttcatggtcagggctagccgtggctctcgg
cgtcagctgtcagactatcttgcatcctgagcccatatgatacagaatta
aagcagagggtggggtcgtgataactatcataaccaagaatcacaggttg
agcagttcatacatgtccaaattcagctcctggtctgtgtctgtgtgtcc
tagtgtttagtaggcagggagatattagtaaacttggaagacctgaggat
cagacacaaccctctcagtcaacagcctataaaccaagagatggaacaac
aggaatctaattttgttttaaggtttatttcttttatgtgtctgagtaca
ctgtagctgtctttaagacacaccagaagagggcatcagatcccattcct
tgatggttgtgagccattatgtggttctaggaaattgaactcaaggacct
ctgaaaaagcagtcggtgtagtagaaaacatttttaataaagaacaaaga
cact
gaattcattagtcagaactccaaatttcagttatctgtccttcatgagtt
ggttttaatcttcaaaatagtgcattttggaaatgtgtgcctcttttaag
agtagaaagtgaggctgggcatggtggcacacgcccttaatcctagcact
gggaggtaggcagaactctgtgggtttgaggtcagcctggtctacaacat
gagttccagaataggcagagccgtcacacagagaagccctatcttgataa
aaccaaacaagcaaacaagacatggaggtggcacacggtcagtgtggcgt
tcgaggactctaagggacagggcagaatgacttgctgaagttataaaagg
acatgcgcagctaaagtggctctgcaggatggcgttgcacagggtgggga
ggttggtgagggccgaatccaccacagcgctagctgtttttctagacact
ttggacagctgcctcctgtctgtgttcccttgagcattcagcttttactc
ctcttctgaaagacgtgtagctgttagcattttgatgacatttgaaaatg
acatggaagatgagcacttgattcatcaaagtagaacttgggattttatt
taggtttttttttttttttaaagatggatgccttaagtctggttataggt
ctagaagcaactgttggtgggccgtgaggcatctcctttagagaagtcac
tgctcttttagcagactattgaaggattagtttccttaatcaaggtggga
aaagcaatattttcagggggtagaagtgggagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_114585410_114586208
seq2: B6Ng01-161C17.b_46_848

seq1  GAATTCTACACTGACTGACATGAAAATAGCAACCTGAGAGACAGATATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACACTGACTGACATGAAAATAGCAACCTGAGAGACAGATATGG  50

seq1  CAAAAAAAAAAAAAACTGTGAGATAATATACTTATGACTAAGGCTGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAAAAAAAACTGTGAGATAATATACTTATGACTAAGGCTGAGAA  100

seq1  ACAAGAGAGCAAAACATGGATCCTAGGTATGAGAAATGGGTCCCATTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAGCAAAACATGGATCCTAGGTATGAGAAATGGGTCCCATTATA  150

seq1  AACATGCAGATTCCTGCATCTCGGTGGGAAGCAGCAGGGTATGTGGGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCAGATTCCTGCATCTCGGTGGGAAGCAGCAGGGTATGTGGGAGA  200

seq1  ACAGAGTCTAACTAAACCACAGCAGAATGCACTATGAAGAGATGCTGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCTAACTAAACCACAGCAGAATGCACTATGAAGAGATGCTGATC  250

seq1  GGGGCTTTCTATCTCTCCTCCTCATTAACAAATGCAGGGTGGTGGACAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTTCTATCTCTCCTCCTCATTAACAAATGCAGGGTGGTGGACAAC  300

seq1  GTTCACTCTCAAGCTCCTTCTTCATGGTCAGGGCTAGCCGTGGCTCTCGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTCTCAAGCTCCTTCTTCATGGTCAGGGCTAGCCGTGGCTCTCGG  350

seq1  CGTCAGCTGTCAGACTATCTTGCATCCTGAGCCCATATGATACAGAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAGCTGTCAGACTATCTTGCATCCTGAGCCCATATGATACAGAATTA  400

seq1  AAGCAGAGGGTGGGGTCGTGATAACTATCATAACCAAGAATCACAGGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGGGTGGGGTCGTGATAACTATCATAACCAAGAATCACAGGTTG  450

seq1  AGCAGTTCATACATGTCCAAATTCAGCTCCTGGTCTGTGTCTGTGTGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTCATACATGTCCAAATTCAGCTCCTGGTCTGTGTCTGTGTGTCC  500

seq1  TAGTGTTTAGTAGGCAGGGAGATATTAGTAAACTTGGAAGACCTGAGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTTAGTAGGCAGGGAGATATTAGTAAACTTGGAAGACCTGAGGAT  550

seq1  CAGACACAACCCTCTCAGTCAACAGCCTATAAACCAAGAGATGGAACAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACAACCCTCTCAGTCAACAGCCTATAAACCAAGAGATGGAACAAC  600

seq1  AGGAATCTAATTTTGTTTTAAGGTTTATTTCTTTTATGTGTCTGAGTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCTAATTTTGTTTTAAGGTTTATTTCTTTTATGTGTCTGAGTACA  650

seq1  CTGTAGCTGTC-TTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTCC-  698
      ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTGTAGCTGTCTTTAAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTCCT  700

seq1  TGATGGTTGTGAGCCATTATGTGGTTTCTAGG-AATTGAACTC-AGGACC  746
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||
seq2  TGATGGTTGTGAGCCATTATGTGG-TTCTAGGAAATTGAACTCAAGGACC  749

seq1  TCTGAAAGAGCAGTCGGTGTAGTAGGAGACA-TTTTAATAAAGAACAAAG  795
      ||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAAAGCAGTCGGTGTAGTAGAAAACATTTTTAATAAAGAACAAAG  799

seq1  ACAC  799
      ||||
seq2  ACAC  803

seq1: chr10_114713593_114714376
seq2: B6Ng01-161C17.g_68_851 (reverse)

seq1  TACTCCCACTCCTACCCCCTG-AAATATTGCTTTTCCCACCTTTGATTAA  49
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TACTCCCACTTCTACCCCCTGAAAATATTGCTTTTCCCACC-TTGATTAA  49

seq1  GGAAACTAATCCTTC-ATTGTCTGCTAAATGAGCAGTGACTTTCTCTAAA  98
      ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  GGAAACTAATCCTTCAATAGTCTGCTAAAAGAGCAGTGAC-TTCTCTAAA  98

seq1  GGAGATGCCTCACGGCCCACCAACAGTTGCTTCTAGACCTATAACCAGAC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGCCTCACGGCCCACCAACAGTTGCTTCTAGACCTATAACCAGAC  148

seq1  TTAAGGCATCCATCTTTAAAAAAAAAAAAAAACCTAAATAAAATCCCAAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCATCCATCTTTAAAAAAAAAAAAAAACCTAAATAAAATCCCAAG  198

seq1  TTCTACTTTGATGAATCAAGTGCTCATCTTCCATGTCATTTTCAAATGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTTTGATGAATCAAGTGCTCATCTTCCATGTCATTTTCAAATGTC  248

seq1  ATCAAAATGCTAACAGCTACACGTCTTTCAGAAGAGGAGTAAAAGCTGAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAATGCTAACAGCTACACGTCTTTCAGAAGAGGAGTAAAAGCTGAA  298

seq1  TGCTCAAGGGAACACAGACAGGAGGCAGCTGTCCAAAGTGTCTAGAAAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAAGGGAACACAGACAGGAGGCAGCTGTCCAAAGTGTCTAGAAAAA  348

seq1  CAGCTAGCGCTGTGGTGGATTCGGCCCTCACCAACCTCCCCACCCTGTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAGCGCTGTGGTGGATTCGGCCCTCACCAACCTCCCCACCCTGTGC  398

seq1  AACGCCATCCTGCAGAGCCACTTTAGCTGCGCATGTCCTTTTATAACTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCATCCTGCAGAGCCACTTTAGCTGCGCATGTCCTTTTATAACTTC  448

seq1  AGCAAGTCATTCTGCCCTGTCCCTTAGAGTCCTCGAACGCCACACTGACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTCATTCTGCCCTGTCCCTTAGAGTCCTCGAACGCCACACTGACC  498

seq1  GTGTGCCACCTCCATGTCTTGTTTGCTTGTTTGGTTTTATCAAGATAGGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCACCTCCATGTCTTGTTTGCTTGTTTGGTTTTATCAAGATAGGG  548

seq1  CTTCTCTGTGTGACGGCTCTGCCTATTCTGGAACTCATGTTGTAGACCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTGTGTGACGGCTCTGCCTATTCTGGAACTCATGTTGTAGACCAG  598

seq1  GCTGACCTCAAACCCACAGAGTTCTGCCTACCTCCCAGTGCTAGGATTAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCTCAAACCCACAGAGTTCTGCCTACCTCCCAGTGCTAGGATTAA  648

seq1  GGGCGTGTGCCACCATGCCCAGCCTCACTTTCTACTCTTAAAAGAGGCAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTGTGCCACCATGCCCAGCCTCACTTTCTACTCTTAAAAGAGGCAC  698

seq1  ACATTTCCAAAATGCACTATTTTGAAGATTAAAACCAACTCATGAAGGAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCAAAATGCACTATTTTGAAGATTAAAACCAACTCATGAAGGAC  748

seq1  AGATAACTGAAATTTGGAGTTCTGACTAATGAATTC  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACTGAAATTTGGAGTTCTGACTAATGAATTC  784