BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161P06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 59,795,638 - 59,955,086
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh23, 4632428N05Rik
Upstream geneP4ha1, LOC100039174, Pla2g12b, Oit3, Ccdc109a, LOC100039225, Cbara1, EG664907, LOC664936, Dnajb12, Ddit4, D10Ertd641e, Ascc1, Spock2, Chst3, LOC100039080, Psap
Downstream geneSlc29a3, Unc5b, Pcbd1, Sgpl1, 1700021K02Rik, Adamts14, Prf1, EG237361, X99384, Nodal, Eif4ebp2, D830039M14Rik, Lrrc20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161P06.bB6Ng01-161P06.g
ACCDH954924DH954925
length734975
definitionDH954924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161P06, 5' end.DH954925|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161P06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,954,353 - 59,955,086)(59,795,638 - 59,796,625)
sequence
gaattcaccatcaagggtgtgtccccactagacaaacagggataggcaag
ggccccactggatggtgcccagcaccgagcagggaccacaacagttgtct
tagctacatctgggcagccaccaattggtgggcacatcccataatccagg
ctctgtcctgacacatcacacctcacacaccttctgcagggaggtcgccc
acttgctccatttgcagactaggagatggagttacatatctgctaagaaa
cgactaaggtcacacggctagtatagaactgagttgatcccacgcggcca
gcctcctgagggcacaattgcagcctcctctagtctgcttttcctctgga
gcctgagcccctggagggctccttctgtcaacagcgggacagtttcataa
agagcagtccttgttgtagactgaaggcaggaccccacacagatggccct
gtgcctcactcatgttcagagctcaagaatgaacttaaagagggtaagtg
agggggctagctgatgaacatgacctttcctacacggggctcacttcaag
ccagtgcccaggccccacagcatcctagtgagtgctacggttgccatggt
gacagtagcagcagccaagtgagcacctcactcaggtggccttggcagct
ccctgggtgtagctgtttttgcctgctggccttaggagcttggaagaaaa
tcacacagagctatggaaagtgtatgtgtgtgtg
gaattctttgcctggtagagataagaacctggaatccttgggcagagcta
gatctcagccagctgtctctagtctccccagcctgccctggtggccaatg
tgactgtgcaggtagggaatcctgtgagaaaagacatataggaaggacga
ccactcctgtgagcaccaggcagcaggctaacaggatgagagaccctggt
tggctcctgttcagacccccagctgaacacagggcgcgatcttccaggcc
tgtggtaatctgatttctttcccctgtggctcagatctcccctggaccct
gcctgcggagggctaacagaaatctaactctgacacaagtgccaatgtct
gtggctcatgatcttcggaacgtgaaggcaggagctggagaagagcatcc
tctgggcttccagtgtgttcatgacaaaacaggcttgaatcccctggggt
tcagaggttttctggataaaacccctcagggctgacagggtagaaatttg
agagaaagaagacagaatgtgaggggtgaagggatccgggggaccaagtg
ggagcctctgtggaggacacagaaggggctggggctctggtgatcggtaa
ggatgtgaggttggcctggaatcctcctgcctcagcctcctaagtgctgg
aatagaagtacgaactttctttgttccttttggtacttggggtctaagcc
cagagtgaggcacacgtcgcagaggcttggcaaaggcagaggcccgggca
tcctggtggcttctgttgtctgtctcacaccccaggacactaactcgggt
gcccagcttcggccatgatagctcccatgcccacctgcagctgggacttc
cgccagctcttcgctcccaggctcctaaggaacttggctctctctgctta
ggggtgaggagttgaagaggcatgattcctggccctagctcaagctcaag
ctcgggaatcctttcttgggttttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_59954353_59955086
seq2: B6Ng01-161P06.b_46_779 (reverse)

seq1  CACACACACATACACTTTCCATAGCTCTGTGTGATTTTCTTCCAAGCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATACACTTTCCATAGCTCTGTGTGATTTTCTTCCAAGCTCC  50

seq1  TAAGGCCAGCAGGCAAAAACAGCTACACCCAGGGAGCTGCCAAGGCCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCCAGCAGGCAAAAACAGCTACACCCAGGGAGCTGCCAAGGCCACC  100

seq1  TGAGTGAGGTGCTCACTTGGCTGCTGCTACTGTCACCATGGCAACCGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAGGTGCTCACTTGGCTGCTGCTACTGTCACCATGGCAACCGTAG  150

seq1  CACTCACTAGGATGCTGTGGGGCCTGGGCACTGGCTTGAAGTGAGCCCCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACTAGGATGCTGTGGGGCCTGGGCACTGGCTTGAAGTGAGCCCCG  200

seq1  TGTAGGAAAGGTCATGTTCATCAGCTAGCCCCCTCACTTACCCTCTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAAAGGTCATGTTCATCAGCTAGCCCCCTCACTTACCCTCTTTAA  250

seq1  GTTCATTCTTGAGCTCTGAACATGAGTGAGGCACAGGGCCATCTGTGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTCTTGAGCTCTGAACATGAGTGAGGCACAGGGCCATCTGTGTGG  300

seq1  GGTCCTGCCTTCAGTCTACAACAAGGACTGCTCTTTATGAAACTGTCCCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGCCTTCAGTCTACAACAAGGACTGCTCTTTATGAAACTGTCCCG  350

seq1  CTGTTGACAGAAGGAGCCCTCCAGGGGCTCAGGCTCCAGAGGAAAAGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGACAGAAGGAGCCCTCCAGGGGCTCAGGCTCCAGAGGAAAAGCAG  400

seq1  ACTAGAGGAGGCTGCAATTGTGCCCTCAGGAGGCTGGCCGCGTGGGATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAGGAGGCTGCAATTGTGCCCTCAGGAGGCTGGCCGCGTGGGATCA  450

seq1  ACTCAGTTCTATACTAGCCGTGTGACCTTAGTCGTTTCTTAGCAGATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTTCTATACTAGCCGTGTGACCTTAGTCGTTTCTTAGCAGATATG  500

seq1  TAACTCCATCTCCTAGTCTGCAAATGGAGCAAGTGGGCGACCTCCCTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCCATCTCCTAGTCTGCAAATGGAGCAAGTGGGCGACCTCCCTGCA  550

seq1  GAAGGTGTGTGAGGTGTGATGTGTCAGGACAGAGCCTGGATTATGGGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGTGTGAGGTGTGATGTGTCAGGACAGAGCCTGGATTATGGGATG  600

seq1  TGCCCACCAATTGGTGGCTGCCCAGATGTAGCTAAGACAACTGTTGTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACCAATTGGTGGCTGCCCAGATGTAGCTAAGACAACTGTTGTGGT  650

seq1  CCCTGCTCGGTGCTGGGCACCATCCAGTGGGGCCCTTGCCTATCCCTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTCGGTGCTGGGCACCATCCAGTGGGGCCCTTGCCTATCCCTGTT  700

seq1  TGTCTAGTGGGGACACACCCTTGATGGTGAATTC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGTGGGGACACACCCTTGATGGTGAATTC  734

seq1: chr10_59795638_59796625
seq2: B6Ng01-161P06.g_69_1043

seq1  GAATTCTTTGCCTGGTAGAGATAAGAACCTGGAATCCTTGGGCAGAGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCCTGGTAGAGATAAGAACCTGGAATCCTTGGGCAGAGCTA  50

seq1  GATCTCAGCCAGCTGTCTCTAGTCTCCCCAGCCTGCCCTGGTGGCCAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCAGCCAGCTGTCTCTAGTCTCCCCAGCCTGCCCTGGTGGCCAATG  100

seq1  TGACTGTGCAGGTAGGGAATCCTGTGAGAAAAGACATATAGGAAGGACGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGCAGGTAGGGAATCCTGTGAGAAAAGACATATAGGAAGGACGA  150

seq1  CCACTCCTGTGAGCACCAGGCAGCAGGCTAACAGGATGAGAGACCCTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCTGTGAGCACCAGGCAGCAGGCTAACAGGATGAGAGACCCTGGT  200

seq1  TGGCTCCTGTTCAGACCCCCAGCTGAACACAGGGCGCGATCTTCCAGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCTGTTCAGACCCCCAGCTGAACACAGGGCGCGATCTTCCAGGCC  250

seq1  TGTGGTAATCTGATTTCTTTCCCCTGTGGCTCAGATCTCCCCTGGACCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTAATCTGATTTCTTTCCCCTGTGGCTCAGATCTCCCCTGGACCCT  300

seq1  GCCTGCGGAGGGCTAACAGAAATCTAACTCTGACACAAGTGCCAATGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCGGAGGGCTAACAGAAATCTAACTCTGACACAAGTGCCAATGTCT  350

seq1  GTGGCTCATGATCTTCGGAACGTGAAGGCAGGAGCTGGAGAAGAGCATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCATGATCTTCGGAACGTGAAGGCAGGAGCTGGAGAAGAGCATCC  400

seq1  TCTGGGCTTCCAGTGTGTTCATGACAAAACAGGCTTGAATCCCCTGGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTTCCAGTGTGTTCATGACAAAACAGGCTTGAATCCCCTGGGGT  450

seq1  TCAGAGGTTTTCTGGATAAAACCCCTCAGGGCTGACAGGGTAGAAATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGTTTTCTGGATAAAACCCCTCAGGGCTGACAGGGTAGAAATTTG  500

seq1  AGAGAAAGAAGACAGAATGTGAGGGGTGAAGGGATCCGGGGGACCAAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGAAGACAGAATGTGAGGGGTGAAGGGATCCGGGGGACCAAGTG  550

seq1  GGAGCCTCTGTGGAGGACACAGAAGGGGCTGGGGCTCTGGTGATCGGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCTCTGTGGAGGACACAGAAGGGGCTGGGGCTCTGGTGATCGGTAA  600

seq1  GGATGTGAGGTTGGCCTGGAATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAGTGCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGAGGTTGGCCTGGAATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAGTGCTGG  650

seq1  AATAGAAGTACGAACTTTCTTTGTTCCTTTTGGTACTTGGGGTCTAAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAGTACGAACTTTCTTTGTTCCTTTTGGTACTTGGGGTCTAAGCC  700

seq1  CAGAGTGAGGCACACGTCGCAGAGGCTTGGCAAAGGCAGAGGCCCGGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGAGGCACACGTCGCAGAGGCTTGGCAAAGGCAGAGGCCCGGGCA  750

seq1  TCCTGGTGGCTTCTGTTGTCTGTCTCACACCCCAGGACACTAACTCGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTGGCTTCTGTTGTCTGTCTCACACCCCAGGACACTAACTCGGGT  800

seq1  GCCCAGCTTCGGCCATGATAGCTCCCATGCCCACCTGCAGCTGGGACTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCTTCGGCCATGATAGCTCCCATGCCCACCTGCAGCTGGGACTTC  850

seq1  CGCCAGCTCTTCCGCTCCCAGGCTCCCTAAGGACCTTGGCTCTCTCTGCT  900
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CGCCAGCTCTT-CGCTCCCAGGCT-CCTAAGGAACTTGGCTCTCTCTGCT  898

seq1  TAGGGGTGAGGAAGTTGAAGAGGCAGGATTTCCTGTGCCCTAGGCTCCAA  950
      ||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||| |||
seq2  TAGGGGTGAGG-AGTTGAAGAGGCATGA-TTCCTG-GCCCTA-GCT-CAA  943

seq1  GGCCTCCAAAGCTCGGGGATTCCCTTTCTTGGGGTTTC  988
      |  |||  ||||||||| ||  ||||||||||| ||||
seq2  G--CTC--AAGCTCGGGAAT--CCTTTCTTGGGTTTTC  975