BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166G02
Chromosome10 (Build37)
Map Location 62,325,853 - 62,408,209
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCxxc6, Slc25a16
Upstream geneCol13a1, EG436164, EG432466, 2010107G23Rik, Neurog3, Tspan15, Tacr2, Hk1, 2210417K05Rik, Hkdc1, Supv3l1, Vps26a, Srgn, 2510003E04Rik, Ddx21, Ddx50, Stox1, Ccar1
Downstream geneDna2l, Rufy2, Hnrph3, 3110049J23Rik, Pbld, Atoh7, Mypn, 1700120B22Rik, Herc4, Sirt1, Dnajc12, LOC665182, EG631906, Ctnna3, Lrrtm3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166G02.bB6Ng01-166G02.g
ACCDH958179DH958180
length1,1541,074
definitionDH958179|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166G02, 5' end.DH958180|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166G02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,325,853 - 62,327,024)(62,407,133 - 62,408,209)
sequence
gaattcagtcctgcttgctgggacagaagaaattaggccaccacagggtc
acagtctactgcatgagtccacaaagaaacacatgctgcatttacttctg
acaggcacaggtgacaggagacacatagactaacaaaacatagactcccc
ccacccccacacatacaccccaacacggtctatgattagttctatacata
atctgtctcttgcatgggcatttaaacttacagtgtgcatgtgagcacac
ctgtaaacatacctatccatttatgagccattaacaacagcaagactaaa
taaaatagcttccttatggttttaagactgggtatcaagtaacccaggct
agcctcaaactcattatgtagctgaggctagccctgaatgcctaatcctt
cagcttctacctccaaagtggtaggattacaggcaatatagggatttaag
tcaatgatggtctacagttgggaggtataaaaggtataaaacataaattg
gttcatgtatcctacaaacaatccctacctgatttgctcaggcctcatga
aaatgcatgccaacctggtcacactcattccacagagcctacaactctgc
tgactctgtggtcaatttctagtaagcacttcttctttgatgactaaata
ttcttgcccttgctgtgtgcacacaggaaacagaaacctcaaggtggtca
gtgaaaccagcaagcaaggcaatgcctggctctcagtgccagcatttaaa
agtcacacaacgggggtagcaaatgaagtcggcatctgccacagttcagc
acgctggagggctacaactttatttgcaaacaccaagctacaattacact
taaacccctttacattaaacacacggaacaattctgtagacacgtggttc
tgctgcttaatattccctccatgctgaaacaattgctaacacctagagta
tctgcagtgtagagcttgagatctgaaagctgtgagcggtgggcgaggct
aagctagccttgactctagtgagccatagcttttaatactcttcatacca
taacaaactgcaacagatcccagctagcagcaatcagaattggcgtgacc
ctcagcatgcatcttttacgagtacgtaaacacgcctgatttcctaatct
atgg
gaattctgagaagaaacataataagaacactactttgttgctggctctgt
ttcacagaccttacattttcagttctcattctgctacaataaaaggaagt
cagctgatttaaataacattacacaatgttagaaggctggagatgtagtt
cagaggtagagcgcttatctagcaagataggcagagagaccctgagttta
ctccccagaacaagtagagaagggacagagtgggaggggaaataacgagc
ggggttagcgggctggggtgtggaccattggcagtgtgcgattacacaat
cagcatgcatgaatgtgatccccagcaccatcctaagaaaggaagaggcc
agtgacatagctcagtggcatggcgctggcaggctggggatgtggcctag
tgggtacatgtgcttggcatgcaaaggccctgggttcgattccagcccct
ccccctcagtaaccacaattacaatgcagagtttggaaagtatggtagga
ctaagggcaatctcttgaactcaaatgcgaaccttcttttccttccaaat
aacactttacccaagatggcttttcaaggtgctaaggtataacgtttgcc
attaataaatatgttggagcaggcatggtgacccatgcctggaatttcag
tatgtgggaggcagagacaagaggattgcctctctacaaagaggaggtct
ctccacagtgaggtccaagccagccagggcaacatacagagatcccatca
aaaagaaaaaaacaaattatgctaagaatttttgatctgtgattttaaaa
ctcaaaagaaatcaagtattaaaataccagtggttcctgtatcagggcga
acgtccccttcaagtaatgtttccttcacaattaaggtatcatcatatat
atatgcatgcgcacacacacacacacacacacacacatccttctgagaat
ttactgaggaaaataactacaatcatgattttttttttctttcagttagg
tgaaaaattgcttcatcagctcatacgttgtgaaagcacagcttgagagg
gatacagcggatgtagttcagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_62325853_62327024
seq2: B6Ng01-166G02.b_49_1202

seq1  GAATTCAGTCCTGCTTGCTGGGACAGAAGAAATTAGGCCACCACAGGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCTGCTTGCTGGGACAGAAGAAATTAGGCCACCACAGGGTC  50

seq1  ACAGTCTACTGCATGAGTCCACAAAGAAACACATGCTGCATTTACTTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTACTGCATGAGTCCACAAAGAAACACATGCTGCATTTACTTCTG  100

seq1  ACAGGCACAGGTGACAGGAGACACATAGACTAACAAAACATAGACTCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCACAGGTGACAGGAGACACATAGACTAACAAAACATAGACTCCCC  150

seq1  CCACCCCCACACATACACCCCAACACGGTCTATGATTAGTTCTATACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCCACACATACACCCCAACACGGTCTATGATTAGTTCTATACATA  200

seq1  ATCTGTCTCTTGCATGGGCATTTAAACTTACAGTGTGCATGTGAGCACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCTCTTGCATGGGCATTTAAACTTACAGTGTGCATGTGAGCACAC  250

seq1  CTGTAAACATACCTATCCATTTATGAGCCATTAACAACAGCAAGACTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAACATACCTATCCATTTATGAGCCATTAACAACAGCAAGACTAAA  300

seq1  TAAAATAGCTTCCTTATGGTTTTAAGACTGGGTATCAAGTAACCCAGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGCTTCCTTATGGTTTTAAGACTGGGTATCAAGTAACCCAGGCT  350

seq1  AGCCTCAAACTCATTATGTAGCTGAGGCTAGCCCTGAATGCCTAATCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAAACTCATTATGTAGCTGAGGCTAGCCCTGAATGCCTAATCCTT  400

seq1  CAGCTTCTACCTCCAAAGTGGTAGGATTACAGGCAATATAGGGATTTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCTACCTCCAAAGTGGTAGGATTACAGGCAATATAGGGATTTAAG  450

seq1  TCAATGATGGTCTACAGTTGGGAGGTATAAAAGGTATAAAACATAAATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGATGGTCTACAGTTGGGAGGTATAAAAGGTATAAAACATAAATTG  500

seq1  GTTCATGTATCCTACAAACAATCCCTACCTGATTTGCTCAGGCCTCATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTATCCTACAAACAATCCCTACCTGATTTGCTCAGGCCTCATGA  550

seq1  AAATGCATGCCAACCTGGTCACACTCATTCCACAGAGCCTACAACTCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATGCCAACCTGGTCACACTCATTCCACAGAGCCTACAACTCTGC  600

seq1  TGACTCTGTGGTCAATTTCTAGTAAGCACTTCTTCTTTGATGACTAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTGTGGTCAATTTCTAGTAAGCACTTCTTCTTTGATGACTAAATA  650

seq1  TTCTTGCCCTTGCTGTGTGCACACAGGAAACAGAAACCTCAAGGTGGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCCCTTGCTGTGTGCACACAGGAAACAGAAACCTCAAGGTGGTCA  700

seq1  GTGAAACCAGCAAGCAAGGCAATGCCTGGCTCTCAGTGCCAGCATTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAACCAGCAAGCAAGGCAATGCCTGGCTCTCAGTGCCAGCATTTAAA  750

seq1  AGTCACACAACGGGGGTAGCAAATGAAGTCGGCATCTGCCACAGTTCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACACAACGGGGGTAGCAAATGAAGTCGGCATCTGCCACAGTTCAGC  800

seq1  ACGCTGGAGGGCTACAACTTTATTTGCAAACACCAAGCTACAATTACACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTGGAGGGCTACAACTTTATTTGCAAACACCAAGCTACAATTACACT  850

seq1  TAAACCCCTTTACATTAAACACACGGAACAATTCTGTAGACACGTGGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCCTTTACATTAAACACACGGAACAATTCTGTAGACACGTGGTTC  900

seq1  TGCTGCTTAATATTCCCTCCATGCTGAAAACAATTGCTAACACCTAGAGT  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTTAATATTCCCTCCATGCTG-AAACAATTGCTAACACCTAGAGT  949

seq1  ATCTGCAGTGTAGAGCTTGAGATCTGAAAGCTGTGAGCGGTGGGCGAGGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCAGTGTAGAGCTTGAGATCTGAAAGCTGTGAGCGGTGGGCGAGGC  999

seq1  TAAGGCTAGCCTTGAACTTCTAGTGAGGCCATAGGCTTTTAAATTAACTC  1050
      ||| |||||||||||   |||||||| |||||| ||||||||    ||||
seq2  TAA-GCTAGCCTTGA--CTCTAGTGA-GCCATA-GCTTTTAA---TACTC  1041

seq1  TTCCATACCATAACAAAACTGCAAACAGATCCCAAGCTAGCAAGCAAATC  1100
      || ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||
seq2  TT-CATACCATAAC-AAACTGC-AACAGATCCC-AGCTAGC-AGC-AATC  1085

seq1  AG-ATTGCCGTTGAACCCTCAGCATGCAATCTATACGAAGTACGTAAAAC  1149
      || |||| |||   ||||||||||||||   | |||| ||||||| ||||
seq2  AGAATTGGCGT--GACCCTCAGCATGCATCTTTTACG-AGTACGT-AAAC  1131

seq1  ACG-CTGATTCCTTAAATCTATGG  1172
      ||| |||||| | | |||||||||
seq2  ACGCCTGATTTCCT-AATCTATGG  1154

seq1: chr10_62407133_62408209
seq2: B6Ng01-166G02.g_69_1142 (reverse)

seq1  TCTCTGAACTACATCCGCTGTATCCCCTCTCAAGCTGTGGCTTTCACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTCTGAACTACATCCGCTGTAT-CCCTCTCAAGCTGT-GCTTTCACAAC  48

seq1  GTATGAGCTGATGAAGCAATTTTTTCACCTTAACTGAAAG-AAAAAAAAA  99
      ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  GTATGAGCTGATGAAGCAA-TTTTTCACC-TAACTGAAAGAAAAAAAAAA  96

seq1  TCATGATTTGTAGTTATTTTCCTCAGTAAATTCTCAGAAGGATGTGTGTG  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGA-TTGTAGTTATTTTCCTCAGTAAATTCTCAGAAGGATGTGTGTG  145

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCATGCATATATATATGATGATACCTTAATT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCATGCATATATATATGATGATACCTTAATT  195

seq1  GTGAAGGAAACATTACTTGAAGGGGACGTTCGCCCTGATACAGGAACCAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGAAACATTACTTGAAGGGGACGTTCGCCCTGATACAGGAACCAC  245

seq1  TGGTATTTTAATACTTGATTTC-TTTGAGTTTTAAAATCACAGATCAAAA  298
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTTTAATACTTGATTTCTTTTGAGTTTTAAAATCACAGATCAAAA  295

seq1  ATTCTTAGCATAATTTGTTTTTTTCTTTTTGATGGGATCTCTGTATGTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAGCATAATTTGTTTTTTTCTTTTTGATGGGATCTCTGTATGTTG  345

seq1  CCCTGGCTGGCTTGGACCTCACTGTGGAGAGACCTCCTCTTTGTAGAGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTGGCTTGGACCTCACTGTGGAGAGACCTCCTCTTTGTAGAGAG  395

seq1  GCAATCCTCTTGTCTCTGCCTCCCACATACTGAAATTCCAGGCATGGGTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCCTCTTGTCTCTGCCTCCCACATACTGAAATTCCAGGCATGGGTC  445

seq1  ACCATGCCTGCTCCAACATATTTATTAATGGCAAACGTTATACCTTAGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCCTGCTCCAACATATTTATTAATGGCAAACGTTATACCTTAGCA  495

seq1  CCTTGAAAAGCCATCTTGGGTAAAGTGTTATTTGGAAGGAAAAGAAGGTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAAAGCCATCTTGGGTAAAGTGTTATTTGGAAGGAAAAGAAGGTT  545

seq1  CGCATTTGAGTTCAAGAGATTGCCCTTAGTCCTACCATACTTTCCAAACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATTTGAGTTCAAGAGATTGCCCTTAGTCCTACCATACTTTCCAAACT  595

seq1  CTGCATTGTAATTGTGGTTACTGAGGGGGAGGGGCTGGAATCGAACCCAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTGTAATTGTGGTTACTGAGGGGGAGGGGCTGGAATCGAACCCAG  645

seq1  GGCCTTTGCATGCCAAGCACATGTACCCACTAGGCCACATCCCCAGCCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTGCATGCCAAGCACATGTACCCACTAGGCCACATCCCCAGCCTG  695

seq1  CCAGCGCCATGCCACTGAGCTATGTCACTGGCCTCTTCCTTTCTTAGGAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCGCCATGCCACTGAGCTATGTCACTGGCCTCTTCCTTTCTTAGGAT  745

seq1  GGTGCTGGGGATCACATTCATGCATGCTGATTGTGTAATCGCACACTGCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGGGGATCACATTCATGCATGCTGATTGTGTAATCGCACACTGCC  795

seq1  AATGGTCCACACCCCAGCCCGCTAACCCCGCTCGTTATTTCCCCTCCCAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCCACACCCCAGCCCGCTAACCCCGCTCGTTATTTCCCCTCCCAC  845

seq1  TCTGTCCCTTCTCTACTTGTTCTGGGGAGTAAACTCAGGGTCTCTCTGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCCTTCTCTACTTGTTCTGGGGAGTAAACTCAGGGTCTCTCTGCC  895

seq1  TATCTTGCTAGATAAGCGCTCTACCTCTGAACTACATCTCCAGCCTTCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGCTAGATAAGCGCTCTACCTCTGAACTACATCTCCAGCCTTCTA  945

seq1  ACATTGTGTAATGTTATTTAAATCAGCTGACTTCCTTTTATTGTAGCAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTGTAATGTTATTTAAATCAGCTGACTTCCTTTTATTGTAGCAGA  995

seq1  ATGAGAACTGAAAATGTAAGGTCTGTGAAACAGAGCCAGCAACAAAGTAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAACTGAAAATGTAAGGTCTGTGAAACAGAGCCAGCAACAAAGTAG  1045

seq1  TGTTCTTATTATGTTTCTTCTCAGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTATTATGTTTCTTCTCAGAATTC  1074