BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170G11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 48,870,339 - 49,024,591
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrik2
Upstream geneLOC546562, LOC100041689
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170G11.bB6Ng01-170G11.g
ACCDH961123DH961124
length7731,130
definitionDH961123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170G11, 5' end.DH961124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170G11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,023,820 - 49,024,591)(48,870,339 - 48,871,486)
sequence
gaattctctttctcctgtgagtggcggaagcagtccttcactacttctat
tttcttggggtggtgacaaacttctctgggacctccactgaaggaaatac
gatccgaaccttggccccactttaggcgccacttatcccgtccagcagga
ctcagttatttgtgggtgtgaaggggaccacaaacttgggaaaattggga
tgggagagaagacaggagtggagaccaagtagaacattactataaaggtc
tccgtttattaggcagaaacgctgggttttaaagcatacatctagggaaa
tagggaggggttgagggggaattaacaaagaacaaagaagtgggcatcag
gggacacaagggccgaagtcaggctccaggcggtgagcactctgcatttt
atctccggaacatagatcctccttaacagccttgggtgccaggccgggct
caggcggtaactcatgtcctttgaagtcatgggagtcaggaagagataag
gaagagggggctacctgctctttaacacaaggccatttggcttattaggg
tgggaaactgcaaaaggtctattttctcactgtatggtctccaaaaacct
tccctcctaagagaccagccacacaatggtacagtatagaataaagttta
ttcagggcatgtggagggaagttaagagagtagtagaggcagaaaggcaa
agaagaggagagagtagaatagtagaggctggccatagccaggtggagag
atggtgaagggaatggggaaaga
gaattcaaaatgtcttagtgcatgaattatgtacttaaaaataaagatca
ttatctcatatgcacagtgctctcttggggttataatttagaatcttgca
ggaacatgaaaacatgtactatctgccaattatttgctgtgcaagattag
caaaagaacctggagtggcatttttgctgtggagagtagctttgtagctt
ccctggactggaatgccttctgttccaagtgaggagtctcagagggccaa
atgtattgccttctgtagttctcttgcttgcacattcttaccttgtttat
cctagtatgtgttgggcacccacatgatagaatggatcatgccagttact
gcatgttacgggttaaataaaaaacaaaaccaaaaataaaaataaaaaca
aagcataggacctgtcctggaatggcttaaaagactgtatgacaatgtat
gacaagtagactaagaatcttaacaagatcttgtgacttcaggacaaatg
ataaatgatatgtaacctaaccagaaaatgtttggtgtgataatgacaga
aaaaagaaattactccctctataatcagtcacagcatgtccaaatgtctt
acttctctctgcaaccaggtactaacttacaacaaggaactagaatgaat
gaatgtatgaatgaatgagtgaacaaataaatagagaaaggaaagaagaa
ataaaaacaaacaaaaacatttgcatatttgaaagtctcaaaaaagatga
tgtacccatctaccttcactttgtctaaggtttctgatcttccttgattt
catgccaatcttagcataacatgtcaaggatggcatttagacacataata
cctcatatttatatctatattttccttcttcttggtcatgaattaataat
tgtttaacactggatctctgtgttgggagccaaaactaaattctttataa
taattcaaagtggaaaagatactatccagtcttagaacataaagcttgga
cttcttcccaagctgactaagttcagacaaagtcaccacagactgtttca
gttgaccccccttctcagttgactagtcgagagggtaccatggacgtttg
gaatacccacgagatctcgacctgactgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_49023820_49024591
seq2: B6Ng01-170G11.b_48_820 (reverse)

seq1  TCTTTCCCCATTCCCTTCACCATCTCTCCACCTGGCTATGGCCAGCCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCCCATTCCCTTCACCATCTCTCCACCTGGCTATGGCCAGCCTCT  50

seq1  ACTATTCTACTCTCTCCTCTTCTTTGCCTTTCTGCCTCTACTACTCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCTACTCTCTCCTCTTCTTTGCCTTTCTGCCTCTACTACTCTCTT  100

seq1  AACTTCCCTCCACATGCCCTGAATAAACTTTATTCTATACTGTACCATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCCTCCACATGCCCTGAATAAACTTTATTCTATACTGTACCATTG  150

seq1  TGTGGCTGGTCTCTTAGGGGGGAAGG-TTTTGGAGACCATACAGTGAGAA  199
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGGTCTCTTAGGAGGGAAGGTTTTTGGAGACCATACAGTGAGAA  200

seq1  AATAGACCTTTTGCAGTTTCCCACCCTAATAAGCCAAATGGCCTTGTGTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGACCTTTTGCAGTTTCCCACCCTAATAAGCCAAATGGCCTTGTGTT  250

seq1  AAAGAGCAGGTAGCCCCCTCTTCCTTATCTCTTCCTGACTCCCATGACTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCAGGTAGCCCCCTCTTCCTTATCTCTTCCTGACTCCCATGACTT  300

seq1  CAAAGGACATGAGTTACCGCCTGAGCCCGGCCTGGCACCCAAGGCTGTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGACATGAGTTACCGCCTGAGCCCGGCCTGGCACCCAAGGCTGTTA  350

seq1  AGGAGGATCTATGTTCCGGAGATAAAATGCAGAGTGCTCACCGCCTGGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGATCTATGTTCCGGAGATAAAATGCAGAGTGCTCACCGCCTGGAG  400

seq1  CCTGACTTCGGCCCTTGTGTCCCCTGATGCCCACTTCTTTGTTCTTTGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTTCGGCCCTTGTGTCCCCTGATGCCCACTTCTTTGTTCTTTGTT  450

seq1  AATTCCCCCTCAACCCCTCCCTATTTCCCTAGATGTATGCTTTAAAACCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCCCTCAACCCCTCCCTATTTCCCTAGATGTATGCTTTAAAACCC  500

seq1  AGCGTTTCTGCCTAATAAACGGAGACCTTTATAGTAATGTTCTACTTGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTTTCTGCCTAATAAACGGAGACCTTTATAGTAATGTTCTACTTGGT  550

seq1  CTCCACTCCTGTCTTCTCTCCCATCCCAATTTTCCCAAGTTTGTGGTCCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTCCTGTCTTCTCTCCCATCCCAATTTTCCCAAGTTTGTGGTCCC  600

seq1  CTTCACACCCACAAATAACTGAGTCCTGCTGGACGGGATAAGTGGCGCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACACCCACAAATAACTGAGTCCTGCTGGACGGGATAAGTGGCGCCT  650

seq1  AAAGTGGGGCCAAGGTTCGGATCGTATTTCCTTCAGTGGAGGTCCCAGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGGGCCAAGGTTCGGATCGTATTTCCTTCAGTGGAGGTCCCAGAG  700

seq1  AAGTTTGTCACCACCCCAAGAAAATAGAAGTAGTGAAGGACTGCTTCCGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGTCACCACCCCAAGAAAATAGAAGTAGTGAAGGACTGCTTCCGC  750

seq1  CACTCACAGGAGAAAGAGAATTC  772
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACAGGAGAAAGAGAATTC  773

seq1: chr10_48870339_48871486
seq2: B6Ng01-170G11.g_67_1196

seq1  GAATTCAAAATGTCTTAGTGCATGAATTATGTACTTAAAAATAAAGATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATGTCTTAGTGCATGAATTATGTACTTAAAAATAAAGATCA  50

seq1  TTATCTCATATGCACAGTGCTCTCTTGGGGTTATAATTTAGAATCTTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCATATGCACAGTGCTCTCTTGGGGTTATAATTTAGAATCTTGCA  100

seq1  GGAACATGAAAACATGTACTATCTGCCAATTATTTGCTGTGCAAGATTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATGAAAACATGTACTATCTGCCAATTATTTGCTGTGCAAGATTAG  150

seq1  CAAAAGAACCTGGAGTGGCATTTTTGCTGTGGAGAGTAGCTTTGTAGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAACCTGGAGTGGCATTTTTGCTGTGGAGAGTAGCTTTGTAGCTT  200

seq1  CCCTGGACTGGAATGCCTTCTGTTCCAAGTGAGGAGTCTCAGAGGGCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGACTGGAATGCCTTCTGTTCCAAGTGAGGAGTCTCAGAGGGCCAA  250

seq1  ATGTATTGCCTTCTGTAGTTCTCTTGCTTGCACATTCTTACCTTGTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTGCCTTCTGTAGTTCTCTTGCTTGCACATTCTTACCTTGTTTAT  300

seq1  CCTAGTATGTGTTGGGCACCCACATGATAGAATGGATCATGCCAGTTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTATGTGTTGGGCACCCACATGATAGAATGGATCATGCCAGTTACT  350

seq1  GCATGTTACGGGTTAAATAAAAAACAAAACCAAAAATAAAAATAAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTTACGGGTTAAATAAAAAACAAAACCAAAAATAAAAATAAAAACA  400

seq1  AAGCATAGGACCTGTCCTGGAATGGCTTAAAAGACTGTATGACAATGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAGGACCTGTCCTGGAATGGCTTAAAAGACTGTATGACAATGTAT  450

seq1  GACAAGTAGACTAAGAATCTTAACAAGATCTTGTGACTTCAGGACAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTAGACTAAGAATCTTAACAAGATCTTGTGACTTCAGGACAAATG  500

seq1  ATAAATGATATGTAACCTAACCAGAAAATGTTTGGTGTGATAATGACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGATATGTAACCTAACCAGAAAATGTTTGGTGTGATAATGACAGA  550

seq1  AAAAAGAAATTACTCCCTCTATAATCAGTCACAGCATGTCCAAATGTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAATTACTCCCTCTATAATCAGTCACAGCATGTCCAAATGTCTT  600

seq1  ACTTCTCTCTGCAACCAGGTACTAACTTACAACAAGGAACTAGAATGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTCTGCAACCAGGTACTAACTTACAACAAGGAACTAGAATGAAT  650

seq1  GAATGTATGAATGAATGAGTGAACAAATAAATAGAGAAAGGAAAGAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTATGAATGAATGAGTGAACAAATAAATAGAGAAAGGAAAGAAGAA  700

seq1  ATAAAAACAAACAAAAACATTTGCATATTTGAAAGTCTCAAAAAAGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAACAAACAAAAACATTTGCATATTTGAAAGTCTCAAAAAAGATGA  750

seq1  TGTACCCATCTACCTTCACTTTGTCTAAGGTTTCTGATCTTCCTTGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCATCTACCTTCACTTTGTCTAAGGTTTCTGATCTTCCTTGATTT  800

seq1  CATGCCAATCTTAGCATAACATGTCAAGGATGGCATTTAGACACATAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCAATCTTAGCATAACATGTCAAGGATGGCATTTAGACACATAATA  850

seq1  CCTCATATTTATATCTATATTTTCCTTCTTCTTGGTCATGAATTAATAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATATTTATATCTATATTTTCCTTCTTCTTGGTCATGAATTAATAAT  900

seq1  TGTTTAACAACTGGATCTCTGTGTTGGGAGCCAAAACTAAATTCTTTATA  950
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAC-ACTGGATCTCTGTGTTGGGAGCCAAAACTAAATTCTTTATA  949

seq1  ATAA-TCAAAGTGAAAAAGATAACTACCAAGTCTTAAGACATAAAGCTGG  999
      |||| |||||||| ||||||| |||| | |||||||  |||||||||| |
seq2  ATAATTCAAAGTGGAAAAGAT-ACTATCCAGTCTTAGAACATAAAGCTTG  998

seq1  ACCTCCTCCCCAAGCTGACTAAGTCCAGACAAAGGTCACCAACAGACTGT  1049
        || || |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||
seq2  GACTTCTTCCCAAGCTGACTAAGTTCAGACAAA-GTCACC-ACAGACTGT  1046

seq1  TTCAGTTGGACCCCCCTCCCCAAGTTGACTAAGTCCAGATGAAGGTCACC  1099
      ||||||| ||||||||| | | |||||||| |||| ||    |||  |||
seq2  TTCAGTT-GACCCCCCTTCTC-AGTTGACT-AGTCGAG----AGGGTACC  1089

seq1  AATGGACTGTTTTGAGAATTACCACAAGATGACTCCAGACCTGACTGAC  1148
       |||||| ||||   ||||  |||| ||||  |||  ||||||||||||
seq2  -ATGGAC-GTTT--GGAATACCCACGAGAT--CTC--GACCTGACTGAC  1130