BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172J06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 75,972,236 - 76,109,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMcm3ap, Lss, 1700027D21Rik, Ftcd, Col6a2
Upstream gene1110038D17Rik, Snrpd3, AI646023, Ggt1, Ggtla1, Susd2, Cabin1, Ddt, Gstt3, Gstt1, Gstt4, Gstt2, Mif, Derl3, Smarcb1, Mmp11, Ndg2, Gm867, Vpreb3, EG333669, Suhw2, Slc5a4b, Slc5a4a, LOC100040150, Prmt2, S100b, Dip2a, Pcnt, 2610028H24Rik, A130042E20Rik
Downstream geneCol6a1, Pcbp3, LOC100041099, Slc19a1, Col18a1, LOC665762, Pofut2, Adarb1, 1810008A18Rik, Itgb2, Pttg1ip, Sumo3, Ube2g2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172J06.bB6Ng01-172J06.g
ACCGA001155GA001156
length1,071736
definitionB6Ng01-172J06.b B6Ng01-172J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,972,236 - 75,973,294)(76,109,217 - 76,109,948)
sequence
gaattctgcatgctttcagactgaccactaaaactagccaccacagctac
ctatcataaatctattaaaacaaaaatgcaaaacacaccccagtaaaata
aaagcaacaacaacaacaaagcatcatgctcttccataaagcattaggct
tgaaggccagcaccagtctgtgctgcccgggttgtcactgatgttgcctg
atggccactgatacggggcagataggcataaatatcaaaaatgagaattt
ccacacggtatagtgccagctcagaagaatcagcattgtagccctggtta
cggtccagggttcagcaagctaactatcagaagttcccacagccttgaaa
tatagaatcagtggataagaacactcgctcttttagaggacccaggtttg
attcccagcacccatgtggtggctcacaaccactcatgactccagttcca
aggatctggcaatcacttctgaactctttgggcacaaggcacacatgtaa
tacacatacacatatacaggccaaacactaacatgtaaaataaatcttta
aaacaacaacaataaagatgtacttagtatatagagcttaagagatggct
caggagttaagaacatttgttgttcttccatttttagggatttgatgccc
tcttctggcttccatgtgctcgtgtattcttgtgctacacataagttcat
cacaggcaaacattgtatgcataaaataaatcttaacatacacacatgag
agacagagacagactgggataagaaaacaaaggcctgatttaaagcagct
ctagtggaacgtttggaagcaatagctgtctttgtgtctgtctgtctgtc
tcccttttttccctccctccccccaaccccctctccctttctccctcccc
tctcttttatgttatgtatcccctggctggcctggaactcactatgtagg
tcaggtttgtcttttgaacttcacagaagtctgtctgtctctgcctctgc
tttccagaatgtttgggattaaaggcacattgccagcaagcctgaaccca
cagtgcctcttggttttggtt
gaattcagtgggcatgaagaatccaacaggcatgaaggatccaataggca
taaaggatccagtgggcatgaagggtctagtaggatgaggatctggaggg
gatacaggatccaagggggatgaagaatctagagggtgaagaattcagtg
ggcttgaaggatccatggacaagaaagatctaagcacatgttcaatagaa
aaggcatttgatcttttattgaaccacatgacaatctgtagactctctgg
tctaccttggcagccctgttacctaccccccacccccaaattaagggcaa
gcttgccttcccctcagaatgttagcagtacaccagctatattccagaca
cctggattagcaagaaaatatgcttccggttcagaagtgtgaagattcta
ggcttacctgagttctcaaagccatgttgagttaaattagactgggagag
aatccttattcattttcccaaaaagtatccctcaccatcactgagctagt
cttggcatggtggttcaatttaatgtgccatttttaatggttataaacct
atatcccaagctacaatcatctccctacacacaggcatctattaggccct
ttgaactttccaacaattacttcgttcggctattacatattcttaggaca
atcactaagaactgctctaagtagggccatgaagactcgtttccctaccc
tttctgccatcctataactttgcctcgcctctgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_75972236_75973294
seq2: B6Ng01-172J06.b_44_1114

seq1  GAATTCTGCATGCTTTCAGACTGACCACTAAAACTAGCCACCACAGCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCATGCTTTCAGACTGACCACTAAAACTAGCCACCACAGCTAC  50

seq1  CTATCATAAATCTATTAAAACAAAAATGCAAAACACACCCCAGTAAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCATAAATCTATTAAAACAAAAATGCAAAACACACCCCAGTAAAATA  100

seq1  AAAGCAACAACAACAACAAAGCATCATGCTCTTCCATAAAGCATTAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACAACAACAACAAAGCATCATGCTCTTCCATAAAGCATTAGGCT  150

seq1  TGAAGGCCAGCACCAGTCTGTGCTGCCCGGGTTGTCACTGATGTTGCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCCAGCACCAGTCTGTGCTGCCCGGGTTGTCACTGATGTTGCCTG  200

seq1  ATGGCCACTGATACGGGGCAGATAGGCATAAATATCAAAAATGAGAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCACTGATACGGGGCAGATAGGCATAAATATCAAAAATGAGAATTT  250

seq1  CCACACGGTATAGTGCCAGCTCAGAAGAATCAGCATTGTAGCCCTGGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACGGTATAGTGCCAGCTCAGAAGAATCAGCATTGTAGCCCTGGTTA  300

seq1  CGGTCCAGGGTTCAGCAAGCTAACTATCAGAAGTTCCCACAGCCTTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCCAGGGTTCAGCAAGCTAACTATCAGAAGTTCCCACAGCCTTGAAA  350

seq1  TATAGAATCAGTGGATAAGAACACTCGCTCTTTTAGAGGACCCAGGTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAATCAGTGGATAAGAACACTCGCTCTTTTAGAGGACCCAGGTTTG  400

seq1  ATTCCCAGCACCCATGTGGTGGCTCACAACCACTCATGACTCCAGTTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGCACCCATGTGGTGGCTCACAACCACTCATGACTCCAGTTCCA  450

seq1  AGGATCTGGCAATCACTTCTGAACTCTTTGGGCACAAGGCACACATGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTGGCAATCACTTCTGAACTCTTTGGGCACAAGGCACACATGTAA  500

seq1  TACACATACACATATACAGGCCAAACACTAACATGTAAAATAAATCTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATACACATATACAGGCCAAACACTAACATGTAAAATAAATCTTTA  550

seq1  AAACAACAACAATAAAGATGTACTTAGTATATAGAGCTTAAGAGATGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACAACAATAAAGATGTACTTAGTATATAGAGCTTAAGAGATGGCT  600

seq1  CAGGAGTTAAGAACATTTGTTGTTCTTCCATTTTTAGGGATTTGATGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTTAAGAACATTTGTTGTTCTTCCATTTTTAGGGATTTGATGCCC  650

seq1  TCTTCTGGCTTCCATGTGCTCGTGTATTCTTGTGCTACACATAAGTTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGCTTCCATGTGCTCGTGTATTCTTGTGCTACACATAAGTTCAT  700

seq1  CACAGGCAAACATTGTATGCATAAAATAAATCTTAACATACACACATGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCAAACATTGTATGCATAAAATAAATCTTAACATACACACATGAG  750

seq1  AGACAGAGACAGACTGGGATAAG-AAACAAAGGCCTGATTTAAAGCAGCT  799
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGACAGACTGGGATAAGAAAACAAAGGCCTGATTTAAAGCAGCT  800

seq1  CTAGTGGAACGTTTGGAAGCAATAGCTGTCTTTGTGTCTGTCTGTCTGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGGAACGTTTGGAAGCAATAGCTGTCTTTGTGTCTGTCTGTCTGTC  850

seq1  TCCC-TTTTTCCCTCCCTCCCCCCAACCCCCTCTTCCTTTCTCCCT-CCC  897
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  TCCCTTTTTTCCCTCCCTCCCCCCAACCCCCTCTCCCTTTCTCCCTCCCC  900

seq1  TCTCTTTTATGTTATGTAT-CCCTGGCTGGCCTGGAACTCACTATGTAGG  946
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTATGTTATGTATCCCCTGGCTGGCCTGGAACTCACTATGTAGG  950

seq1  TCAGG-TTGTC-TTTGAAC-TCACAGAAGTCTGTCTGTCTCTGCCTCTGC  993
      ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTTGTCTTTTGAACTTCACAGAAGTCTGTCTGTCTCTGCCTCTGC  1000

seq1  -TTCCAGAATG-TTGGGATTAAAGGCACA-TGCCAGCAAGCCTG-ACCAA  1039
       |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |
seq2  TTTCCAGAATGTTTGGGATTAAAGGCACATTGCCAGCAAGCCTGAACCCA  1050

seq1  CAGTGTCTCTT-GTTTTGTTT  1059
      ||||| ||||| |||||| ||
seq2  CAGTGCCTCTTGGTTTTGGTT  1071

seq1: chr10_76109217_76109948
seq2: B6Ng01-172J06.g_71_806 (reverse)

seq1  ATACAGAGGCGAGGC-AAGTTATAGGATGGCAG-AAGGGTAGGG-AACGA  47
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  ATACAGAGGCGAGGCAAAGTTATAGGATGGCAGAAAGGGTAGGGAAACGA  50

seq1  GTCTTCATGGCCCTACTTAGAGCAGTTCTTAGTGATTGTCCTACGAATAT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTCTTCATGGCCCTACTTAGAGCAGTTCTTAGTGATTGTCCTAAGAATAT  100

seq1  GTAATAGCCGAACGAAGTAATTGTTGGAAAGTTCAAAGGGCCT-ATAGAT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTAATAGCCGAACGAAGTAATTGTTGGAAAGTTCAAAGGGCCTAATAGAT  150

seq1  GCCTGTGTGTAGGGAGATGATTGTAGCTTGGGATATAGGTTTATAACCAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGTGTAGGGAGATGATTGTAGCTTGGGATATAGGTTTATAACCAT  200

seq1  TAAAAATGGCACATTAAATTGAACCACCATGCCAAGACTAGCTCAGTGAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGGCACATTAAATTGAACCACCATGCCAAGACTAGCTCAGTGAT  250

seq1  GGTGAGGGATACTTTTTGGGAAAATGAATAAGGATTCTCTCCCAGTCTAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGGATACTTTTTGGGAAAATGAATAAGGATTCTCTCCCAGTCTAA  300

seq1  TTTAACTCAACATGGCTTTGAGAACTCAGGTAAGCCTAGAATCTTCACAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTCAACATGGCTTTGAGAACTCAGGTAAGCCTAGAATCTTCACAC  350

seq1  TTCTGAACCGGAAGCATATTTTCTTGCTAATCCAGGTGTCTGGAATATAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAACCGGAAGCATATTTTCTTGCTAATCCAGGTGTCTGGAATATAG  400

seq1  CTGGTGTACTGCTAACATTCTGAGGGGAAGGCAAGCTTGCCCTTAATTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTACTGCTAACATTCTGAGGGGAAGGCAAGCTTGCCCTTAATTTG  450

seq1  GGGGTGGGGGGTAGGTAACAGGGCTGCCAAGGTAGACCAGAGAGTCTACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGGGGGTAGGTAACAGGGCTGCCAAGGTAGACCAGAGAGTCTACA  500

seq1  GATTGTCATGTGGTTCAATAAAAGATCAAATGCCTTTTCTATTGAACATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTCATGTGGTTCAATAAAAGATCAAATGCCTTTTCTATTGAACATG  550

seq1  TGCTTAGATCTTTCTTGTCCATGGATCCTTCAAGCCCACTGAATTCTTCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGATCTTTCTTGTCCATGGATCCTTCAAGCCCACTGAATTCTTCA  600

seq1  CCCTCTAGATTCTTCATCCCCCTTGGATCCTGTATCCCCTCCAGATCCTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTAGATTCTTCATCCCCCTTGGATCCTGTATCCCCTCCAGATCCTC  650

seq1  ATCCTACTAGACCCTTCATGCCCACTGGATCCTTTATGCCTATTGGATCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTACTAGACCCTTCATGCCCACTGGATCCTTTATGCCTATTGGATCC  700

seq1  TTCATGCCTGTTGGATTCTTCATGCCCACTGAATTC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCCTGTTGGATTCTTCATGCCCACTGAATTC  736