BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172L14
Chromosome10 (Build37)
Map Location 16,801,978 - 16,925,711
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC382457, LOC546472, LOC100039576, LOC627511
Downstream geneCited2, Txlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172L14.bB6Ng01-172L14.g
ACCGA001266GA001267
length7371,111
definitionB6Ng01-172L14.b B6Ng01-172L14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,801,978 - 16,802,714)(16,924,580 - 16,925,711)
sequence
gaattctcaactgaggaatattgaatggctttttgtttcttaaaatgcaa
aatcgcttacctgcctcagcttgatttgccctccctctgtagcctaggct
agctttgaacttgttatcctccttcctgtgaccctttgcctcagccccca
aagtaactggagtttcaggcctgtgcaattaggccagctcaagttgcctc
gccatactaaaccccatctctctctctcctttatttaaaagaagccacac
tagcgtcttacttagcataagattgctgtcataagttaaaagatgccata
tatgttatgttgatccatggcaggtgatctacaggacattttttttttca
gactggggcttggcttggctgacaaagcatttgttttataaacatatgga
attagttacatgggttcaatcataattttcacataataatgttgaccatg
gtggcatgtcccaacaccagggagttagaggcaagaagacccataggatc
ctgtaccactcacttaattgttgagctagagactaataaaggactgaaat
gaggttcctgaaaaaacacccaggtcagtcctccagacttgatatatatg
caaacacatgtgcacacacaccaggtcacttgtaaacatgcatgcattac
aaatattctttcatttacttactctctttcaaactaattttcttgacgat
tataccatctctggggtgtgtatgtgtgtgtgtgtgt

gaattccttcatcattcgtgcataaacccttggcaagtgcctatgattta
ctcagtgcatgaatagggatagccattcccgaaagtataagactttaatg
catttaatattgaagcatttcctaaacccacgtttactcaagtctgatcc
ctgagctgattccttatcaaatgcaaggttttgatagattaataatctgt
attcttgaaaagttataaaatggttaaattttgtaaaatctaaaagctat
tattaaccaacactgtattttaattttgatttgttttcccctaatgagat
gaaaagcagcaatttgacatttagcctcactgcagtgaattctctgtggc
tctctgctgtcactgttcgcctctcttttgggtttctgtgtctggtacaa
gtttgttcttcctccagtatccaggtcttttggaattttgatgacagtaa
ggtttaagcacaattgaaaagagaatccaaaatgaactttctgccccttc
aatctaacaaaagacacaacaacaacaacaacaacaacaaaggagccacc
ggaggcattgtgtaatgacttagagcaatggttctcaaccttcctaatgc
tgcaaccctctcataccattcctcatgttgtggtgacccacaactatgga
attattttgttgctacttcataactgtgattttgctactgtaactatctg
atatatggtatacaacctctctgaaagagtcattcaaccctcacaggggt
tgagacccacaggttgagaaacactaacttagagggtgtgtgcagcaaaa
tagctaatttccttgagagaaaaaacaaaacaaacaaacaaacaacaaaa
aacaacaaaaaacaaaaaacttttggtgtctggagcagagggacttaact
tattacctggagaataatattcactaaataaatgtagaaattcaatggtc
tcattggtttaagtaggtaaatactttttttttttttacttttgaaactt
tttcaatgaaaatctactgggagtactaatgtagctgctgacatgttcgt
gagctagtccctttagggatctcaagagaaaccatgctgcctcatactcc
tacagagttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_16801978_16802714
seq2: B6Ng01-172L14.b_54_790

seq1  GAATTCTCAACTGAGGAATATTGAATGGCTTTTTGTTTCTTAAAATGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAACTGAGGAATATTGAATGGCTTTTTGTTTCTTAAAATGCAA  50

seq1  AATCGCTTACCTGCCTCAGCTTGATTTGCCCTCCCTCTGTAGCCTAGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGCTTACCTGCCTCAGCTTGATTTGCCCTCCCTCTGTAGCCTAGGCT  100

seq1  AGCTTTGAACTTGTTATCCTCCTTCCTGTGACCCTTTGCCTCAGCCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGAACTTGTTATCCTCCTTCCTGTGACCCTTTGCCTCAGCCCCCA  150

seq1  AAGTAACTGGAGTTTCAGGCCTGTGCAATTAGGCCAGCTCAAGTTGCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAACTGGAGTTTCAGGCCTGTGCAATTAGGCCAGCTCAAGTTGCCTC  200

seq1  GCCATACTAAACCCCATCTCTCTCTCTCCTTTATTTAAAAGAAGCCACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACTAAACCCCATCTCTCTCTCTCCTTTATTTAAAAGAAGCCACAC  250

seq1  TAGCGTCTTACTTAGCATAAGATTGCTGTCATAAGTTAAAAGATGCCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGTCTTACTTAGCATAAGATTGCTGTCATAAGTTAAAAGATGCCATA  300

seq1  TATGTTATGTTGATCCATGGCAGGTGATCTACAGGACATTTTTTTTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTATGTTGATCCATGGCAGGTGATCTACAGGACATTTTTTTTTTCA  350

seq1  GACTGGGGCTTGGCTTGGCTGACAAAGCATTTGTTTTATAAACATATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGGCTTGGCTTGGCTGACAAAGCATTTGTTTTATAAACATATGGA  400

seq1  ATTAGTTACATGGGTTCAATCATAATTTTCACATAATAATGTTGACCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTACATGGGTTCAATCATAATTTTCACATAATAATGTTGACCATG  450

seq1  GTGGCATGTCCCAACACCAGGGAGTTAGAGGCAAGAAGACCCATAGGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATGTCCCAACACCAGGGAGTTAGAGGCAAGAAGACCCATAGGATC  500

seq1  CTGTACCACTCACTTAATTGTTGAGCTAGAGACTAATAAAGGACTGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACCACTCACTTAATTGTTGAGCTAGAGACTAATAAAGGACTGAAAT  550

seq1  GAGGTTCCTGAAAAAACACCCAGGTCAGTCCTCCAGACTTGATATATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCCTGAAAAAACACCCAGGTCAGTCCTCCAGACTTGATATATATG  600

seq1  CAAACACATGTGCACACACACCAGGTCACTTGTAAACATGCATGCATTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACATGTGCACACACACCAGGTCACTTGTAAACATGCATGCATTAC  650

seq1  AAATATTCTTTCATTTACTTACTCTCTTTCAAACTAATTTTCTTGACGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTCTTTCATTTACTTACTCTCTTTCAAACTAATTTTCTTGACGAT  700

seq1  TATACCATCTCTGGGGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGT  737
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCATCTCTGGGGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGT  737


seq1: chr10_16924580_16925711
seq2: B6Ng01-172L14.g_63_1173 (reverse)

seq1  GGAACTCTGTAGGAGTATAGGAGGCAGCATGTGTTTCTC-TGAGAATCCC  49
      ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||| |||||
seq2  GGAACTCTGTAGGAGTAT--GAGGCAGCATG-GTTTCTCTTGAG-ATCCC  46

seq1  TAAAAAGGGACTAGCTCAACGGAACAATGGTCAGCAGCCTTACATTAGGT  99
      |  |||||||||||||||   |||||   |||||||||  ||||||| ||
seq2  T--AAAGGGACTAGCTCA--CGAACA--TGTCAGCAGC--TACATTA-GT  87

seq1  ACTCCCAGGTAGATTTTCATTTGAAAAAAGTTTCAAAAGTTAAAAAAAAA  149
      ||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTCCCA-GTAGATTTTCATT--GAAAAAGTTTCAAAAGTAAAAAAAAAA  134

seq1  AAAGTTATTTACCTACTTAAACCAATGGAGACCATTGAATTTCTACATTT  199
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAG-TATTTACCTACTTAAACCAAT-GAGACCATTGAATTTCTACATTT  182

seq1  ATTTAGTGAATATTA-TCTCCAGGTAAATAAAGTTAAGTCCCTCTGCTCC  248
      ||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTGAATATTATTCTCCAGGTAA--TAAGTTAAGTCCCTCTGCTCC  230

seq1  AGACACCAAAAGTTTTTTGTTTTTTGTTTGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTG  298
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||
seq2  AGACACCAAAAGTTTTTTGTTTTTTG-TTGTTTTTT--GTTGTTTGTTTG  277

seq1  TTTGTTTTGTTTTTTCTCTCAAGGAAATTAGCTATTTTGCTGCACACACC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTTTTCTCTCAAGGAAATTAGCTATTTTGCTGCACACACC  327

seq1  CTCTAAGTTAGTGTTTCTCAACCTGTGGGTCTCAACCCCTGTGAGGGTTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGTTAGTGTTTCTCAACCTGTGGGTCTCAACCCCTGTGAGGGTTG  377

seq1  AATGACTCTTTCAGAGAGGTTGTATACCATATATCAGATAGTTACAGTAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTCTTTCAGAGAGGTTGTATACCATATATCAGATAGTTACAGTAG  427

seq1  CAAAATCACAGTTATGAAGTAGCAACAAAATAATTCCATAGTTGTGGGTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCACAGTTATGAAGTAGCAACAAAATAATTCCATAGTTGTGGGTC  477

seq1  ACCACAACATGAGGAATGGTATGAGAGGGTTGCAGCATTAGGAAGGTTGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAACATGAGGAATGGTATGAGAGGGTTGCAGCATTAGGAAGGTTGA  527

seq1  GAACCATTGCTCTAAGTCATTACACAATGCCTCCGGTGGCTCCTTTGTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCATTGCTCTAAGTCATTACACAATGCCTCCGGTGGCTCCTTTGTTG  577

seq1  TTGTTGTTGTTGTTGTTGTGTCTTTTGTTAGATTGAAGGGGCAGAAAGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTGTTGTTGTTGTGTCTTTTGTTAGATTGAAGGGGCAGAAAGTT  627

seq1  CATTTTGGATTCTCTTTTCAATTGTGCTTAAACCTTACTGTCATCAAAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGGATTCTCTTTTCAATTGTGCTTAAACCTTACTGTCATCAAAAT  677

seq1  TCCAAAAGACCTGGATACTGGAGGAAGAACAAACTTGTACCAGACACAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAAGACCTGGATACTGGAGGAAGAACAAACTTGTACCAGACACAGA  727

seq1  AACCCAAAAGAGAGGCGAACAGTGACAGCAGAGAGCCACAGAGAATTCAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAAAGAGAGGCGAACAGTGACAGCAGAGAGCCACAGAGAATTCAC  777

seq1  TGCAGTGAGGCTAAATGTCAAATTGCTGCTTTTCATCTCATTAGGGGAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGAGGCTAAATGTCAAATTGCTGCTTTTCATCTCATTAGGGGAAA  827

seq1  ACAAATCAAAATTAAAATACAGTGTTGGTTAATAATAGCTTTTAGATTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCAAAATTAAAATACAGTGTTGGTTAATAATAGCTTTTAGATTTT  877

seq1  ACAAAATTTAACCATTTTATAACTTTTCAAGAATACAGATTATTAATCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTTAACCATTTTATAACTTTTCAAGAATACAGATTATTAATCTA  927

seq1  TCAAAACCTTGCATTTGATAAGGAATCAGCTCAGGGATCAGACTTGAGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACCTTGCATTTGATAAGGAATCAGCTCAGGGATCAGACTTGAGTA  977

seq1  AACGTGGGTTTAGGAAATGCTTCAATATTAAATGCATTAAAGTCTTATAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGGGTTTAGGAAATGCTTCAATATTAAATGCATTAAAGTCTTATAC  1027

seq1  TTTCGGGAATGGCTATCCCTATTCATGCACTGAGTAAATCATAGGCACTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGGGAATGGCTATCCCTATTCATGCACTGAGTAAATCATAGGCACTT  1077

seq1  GCCAAGGGTTTATGCACGAATGATGAAGGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGGTTTATGCACGAATGATGAAGGAATTC  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |