BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173N11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 20,784,075 - 20,925,128
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAhi1, Myb
Upstream geneMap3k5, Mtap7, EG621697, Bclaf1, 2610016C23Rik, LOC382344, Pde7b, LOC667202
Downstream geneLOC100039870, Hbs1l, Aldh8a1, LOC100039906, 1700020N01Rik, EG432436, LOC100039936, LOC628133, Sgk, LOC667254, LOC665523, 4930444G20Rik, LOC100039992, E030030I06Rik, LOC665543, Ube2q2l, Raet1e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173N11.bB6Ng01-173N11.g
ACCGA002083GA002084
length797907
definitionB6Ng01-173N11.b B6Ng01-173N11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,924,336 - 20,925,128)(20,784,075 - 20,784,990)
sequence
gaattctcaaatgtgtgagtaacttgacatgttttgatcaataggataga
aaccataaatgatacaaagacctgcaataaggaggtgaaattgtggtagc
ccaagggaggggctgcggccaccacacaagttcccgggagaggggtgctg
agaaatgaagacacagaaatgtcgtaaagagggtctcttacagagtgtga
cagtgcctttttgtcattccaaatttcaacaccctgcattaagtttagat
aagccaagagttcacaatcaaacttaaattgtgaaaagaaacaggtagag
aaataacacctttccacaccctggataagccaacttcgacactcaacagg
gagcgagctaacttatcacaggccagttgtgatgggaagccaatagtgag
acattagttccacttgtggtttggctctacgaactgccaggctgagaagt
gtgagagaagacgtgggccccacttcacgccctttccttcctaacgcaaa
aagtcttcatctacagggcacaatgcacccctcggcactttatccacaaa
agcaggaataaagttcaagggtgcatgcttttgtcttcatctgggtgtga
gggagggaagctatcttagtcatcaagaccttgtgagaggtgacattcaa
agtgagcttaaatgaccaaaacaaaatccccaaagccaggcgtgacgcac
aaaggtcaggcagagtgaaaatgaactcatgccccaaacacaaaagattc
tcgtcttgatgggaagcagcagcttgcttttgtcatgttgtgggtgc
gaattcctaaaattcccaaattattcttagttcataaaacgctgtgctgt
gctgtgctgtgctgtgaaaatgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctg
tgctgtgctgtgctgtgttgatttctgtcagtgctcggctttctctctct
tttaaattttaaaaagcagtactcaactttgaaaaggaccatttatctcc
tctaagtggttcagcactgccagtacacatggcttttgttatagctgcca
aagttagtgaagcttacagacagaaatactggagcacatctgaaggtgca
gcacagtctctggtgcctgggatgttgcttgtaaaactcgttagacacaa
aataatcattagccttgctattccaaaataattctaaagtacacatggtg
gcttatcttcctgtaaaagaaatgtggacgcagtttcagtgttttcctgg
cttgtagagtcagtaagagcaatctggcttaattacaaatggccagtttc
taaaccagagtgcagagtctgtattatatagatattatatgttatatata
ataaggtatatcttatattcagtgacatatgttgttgttgttttgtatag
tccagagtaagaacagagaaccacaatgcatcagataattccatggtagt
tactctacacacacacatacaccacggacatactcacacacatacaacac
acacacaattctatcaatcagctgatagaaattctatcagcttctcatca
aacaataggtacataaaaaccatgatgcttcaatttttatttgtatctct
tagtctcagagaagcttataattgtgctatatgatattattttccaaatc
acttatatagcaaagaaatgtttggtcctataacagtaaatggaatatta
ttcttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_20924336_20925128
seq2: B6Ng01-173N11.b_48_844 (reverse)

seq1  GCACCCACAACATGAC-AAAGC-AGCTGCTGCT--CCATCAAGACGAGAA  46
      |||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||
seq2  GCACCCACAACATGACAAAAGCAAGCTGCTGCTTCCCATCAAGACGAGAA  50

seq1  TCTTTTGTGTTTGGGGCATGAGTTCATTTTCACTCTGCCTGACCTTTGTG  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGTGTTTGGGGCATGAGTTCATTTTCACTCTGCCTGACCTTTGTG  100

seq1  CGTCACGCCTGGCTTT-GGGATTTTGTTTTGGTCATTTAAGCTCACTTTG  145
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCACGCCTGGCTTTGGGGATTTTGTTTTGGTCATTTAAGCTCACTTTG  150

seq1  AATGTCACCTCTCACAAGGTCTTGATGACTAAGATAGCTTCCCTCCCTCA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCACCTCTCACAAGGTCTTGATGACTAAGATAGCTTCCCTCCCTCA  200

seq1  CACCCAGATGAAGACAAAAGCATGCACCCTTGAACTTTATTCCTGCTTTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGATGAAGACAAAAGCATGCACCCTTGAACTTTATTCCTGCTTTT  250

seq1  GTGGATAAAGTGCCGAGGGGTGCATTGTGCCCTGTAGATGAAGACTTTTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATAAAGTGCCGAGGGGTGCATTGTGCCCTGTAGATGAAGACTTTTT  300

seq1  GCGTTAGGAAGGAAAGGGCGTGAAGTGGGGCCCACGTCTTCTCTCACACT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTAGGAAGGAAAGGGCGTGAAGTGGGGCCCACGTCTTCTCTCACACT  350

seq1  TCTCAGCCTGGCAGTTCGTAGAGCCAAACCACAAGTGGAACTAATGTCTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCTGGCAGTTCGTAGAGCCAAACCACAAGTGGAACTAATGTCTC  400

seq1  ACTATTGGCTTCCCATCACAACTGGCCTGTGATAAGTTAGCTCGCTCCCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGGCTTCCCATCACAACTGGCCTGTGATAAGTTAGCTCGCTCCCT  450

seq1  GTTGAGTGTCGAAGTTGGCTTATCCAGGGTGTGGAAAGGTGTTATTTCTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTGTCGAAGTTGGCTTATCCAGGGTGTGGAAAGGTGTTATTTCTC  500

seq1  TACCTGTTTCTTTTCACAATTTAAGTTTGATTGTGAACTCTTGGCTTATC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTTTCTTTTCACAATTTAAGTTTGATTGTGAACTCTTGGCTTATC  550

seq1  TAAACTTAATGCAGGGTGTTGAAATTTGGAATGACAAAAAGGCACTGTCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTAATGCAGGGTGTTGAAATTTGGAATGACAAAAAGGCACTGTCA  600

seq1  CACTCTGTAAGAGACCCTCTTTACGACATTTCTGTGTCTTCATTTCTCAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTAAGAGACCCTCTTTACGACATTTCTGTGTCTTCATTTCTCAG  650

seq1  CACCCCTCTCCCGGGAACTTGTGTGGTGGCCGCAGCCCCTCCCTTGGGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTCTCCCGGGAACTTGTGTGGTGGCCGCAGCCCCTCCCTTGGGCT  700

seq1  ACCACAATCTCACCTCCTTATTGCAGGTCTTTGTATCATTTATGGTTTCT  745
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAATTTCACCTCCTTATTGCAGGTCTTTGTATCATTTATGGTTTCT  750

seq1  ATCCTCTTTGGTCAAAACATGTCAAGTTACTCACACATTTGAGAATTC  793
      |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCT-ATTGATCAAAACATGTCAAGTTACTCACACATTTGAGAATTC  797

seq1: chr10_20784075_20784990
seq2: B6Ng01-173N11.g_73_979

seq1  GAATTCCTAAAATTCCCAGAATATTCTTAGTTCATAAAACGCTGTGCTGT  50
      |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAATTCCCAAATTATTCTTAGTTCATAAAACGCTGTGCTGT  50

seq1  GCTGTGCTGTGCTGTG-CTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTG  99
      ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCTGTGCTGTGAAAATGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTG  100

seq1  TGCTGTGCTGTGCTGTGTTGATTTCTGTCAGTGCTCGGCTTTCTCTCTCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGCTGTGCTGTGTTGATTTCTGTCAGTGCTCGGCTTTCTCTCTCT  150

seq1  TTTAAATTTTAAAAAGCAGTACTCAACTTTGAAAAGGACCATTTATCTCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTTTAAAAAGCAGTACTCAACTTTGAAAAGGACCATTTATCTCC  200

seq1  TCTAAGTGGTTCAGCACTGCCAGTACACATGGCTTTTGTTATAGCTGCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTGGTTCAGCACTGCCAGTACACATGGCTTTTGTTATAGCTGCCA  250

seq1  AAGTTAGTGAAGCTTACAGACAGAAATACTGGAGCACATCTGAAGGTGCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGTGAAGCTTACAGACAGAAATACTGGAGCACATCTGAAGGTGCA  300

seq1  GCACAGTCTCTGGTGCCTGGGATGTTGCTTGTAAAACTCGTTAGACACAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTCTCTGGTGCCTGGGATGTTGCTTGTAAAACTCGTTAGACACAA  350

seq1  AATAATCATTAGCCTTGCTATTCCAAAATAATTCTAAAGTACACATGGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCATTAGCCTTGCTATTCCAAAATAATTCTAAAGTACACATGGTG  400

seq1  GCTTATCTTCCTGTAAAAGAAATGTGGACGCAGTTTCAGTGTTTTCCTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATCTTCCTGTAAAAGAAATGTGGACGCAGTTTCAGTGTTTTCCTGG  450

seq1  CTTGTAGAGTCAGTAAGAGCAATCTGGCTTAATTACAAATGGCCAGTTTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAGAGTCAGTAAGAGCAATCTGGCTTAATTACAAATGGCCAGTTTC  500

seq1  TAAACCAGAGTGCAGAGTCTGTATTATATAGATATTATATGTTATATATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCAGAGTGCAGAGTCTGTATTATATAGATATTATATGTTATATATA  550

seq1  ATAAGGTATATCTTATATTCAGTGACATATGTTGTTGTTGTTTTGTATAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTATATCTTATATTCAGTGACATATGTTGTTGTTGTTTTGTATAG  600

seq1  TCCAGAGTAAGAACAGAGAACCACAATGCATCAGATAATTCCATGGTAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGTAAGAACAGAGAACCACAATGCATCAGATAATTCCATGGTAGT  650

seq1  TACTCTACACACACACATACACCACGGACATACTCACACACATACAAACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TACTCTACACACACACATACACCACGGACATACTCACACACATAC-AACA  699

seq1  CACACACAATTCTATCAATCAGCTGATAGAAATTCTATCAGCTTCTCATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAATTCTATCAATCAGCTGATAGAAATTCTATCAGCTTCTCATC  749

seq1  AAAACAATAGGTACATAAAAACCATGATGCTTTCAATTTTTATTTGTATC  799
       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -AAACAATAGGTACATAAAAACCATGATGC-TTCAATTTTTATTTGTATC  797

seq1  TCTTAGTCTCAAGAGAAGCTTATAATTGTGCTATATGATATTATTTTCAA  849
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TCTTAGTCTC-AGAGAAGCTTATAATTGTGCTATATGATATTATTTTC-C  845

seq1  AAATCACTTTATATAGCAAAAGAAATGTTTTGGTCCTATAACAGTAAATT  899
      ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  AAATCAC-TTATATAGC-AAAGAAATG-TTTGGTCCTATAACAGTAAA-T  891

seq1  GGAATTATTATTCTTAA  916
      |||| ||||||||||||
seq2  GGAA-TATTATTCTTAA  907