BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-174B16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 72,968,576 - 73,078,432
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039981
Upstream geneZwint, LOC432471, LOC544705
Downstream geneLOC623191, Pcdh15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-174B16.bB6Ng01-174B16.g
ACCGA002276GA002277
length1,123854
definitionB6Ng01-174B16.b B6Ng01-174B16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,968,576 - 72,969,681)(73,077,586 - 73,078,432)
sequence
ggaattcagaatgtctcctagcaacttacgtgccatttcctttttatctt
tttcatctatcacctatctggctttatatgtgtccacaatatattaagct
gctttgcatgccagactgtcctcatcctccagaaattcattgtctctcaa
catctatagtcaggagtgtttttattgtcaacattgcaggaggttttgtt
tttaatgtattctccttgaaaataaaaagcatgcctttaaataataaaac
caaaaaccaggttggatatgatctcccaagaactgaaaacagaacatttc
agctctgtgctatctcacattgagtggggttgggcggcaggcatgaatgg
ctgtaccgtgccactgtgatgtctctggttatagtaccagacagacacca
tgatctaaatatcaggattattatcttcctgttgctcttatgtgaacatg
aaagatcagatagccaatcatccataccatctttccactcctttgtatga
tctatctctattgtggtcccactgtgatggatcacagccctgtcctccat
acacagattaactcaattccctggcgccccacaggtattctcgacaaaga
ttagaagacactttagaattcacagtgaactttctggagcgagcagagca
agctcccactgcagaaggtctacggatagcttgaagagaccagggatgaa
atagcagtgtgatttttattgtgtgaagaaagtagtgcttggacttagga
ctcttctcatctgtaatgtgacttggtggcttgaatgttactatctcata
tatctcatatatatccatatataactcataatatatatatataatcatat
atatctcatatattctctcttagatccccacataggactggtaacaaaat
gggtgtttgactctctgtatctggacctattaaagcttttttagtgtttt
ccgggttcttaaatgttctgcagtgggaaagaagtttcattcttctttgt
ggctaatgatgcaccattagtacacctacaacggctagtgttcccaccgt
gatcacttaggctgctcactcttaaggggtgtccagtctcactaacaata
aaacataggcagtggcagggacc
gaattctgtgaggatttgcaatgtttgtcattcctgttctgtggagctct
gggttctgtgttttcctgccttgcattggcttcacttgaccttagagcac
tgtctctaccttaatactgaaattttctgaagcatcccatttatttccca
tccttatccaactgcagaactcatgcagtgaccaaacatgcacaatttca
acttcccctgttaaacatatcagtagcttgtggttaaagggattatgagc
acttaattaaatgttgccatcattacttaagaaacctaaatctactgcat
taaatggcagagctcctgatattagatttatatttgccagcctttatctg
taccaagtaacacagatctcataattttctgacacatgctttatcaaggc
cagcattaattaatgagaagttggatgaaggaaaaacagtgttcaactct
acaatagtattgtaataatcgcctacagttcaaaatatctcaaagttcaa
atcttctttatcaagtaaaatggaatggagattagcataaaacatacttg
tcaaatttttataaattagaaagtaattttgtgtgttaaaagtcacaaag
cccctcccataaactgaggagatattggccattgatgttacagtggataa
ccccacactcattctcatatggttggcaccaaattgggctcaaaagagag
ggtatggatttcttgaaggagcatgtgggatggcagaggagttgaagaag
gcagtggttgttgaaaatgatcaaaatacatttgtgtacaatttagaaaa
attccccaaagaataaaaacatattacacacacatacacacacacacaca
caca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_72968576_72969681
seq2: B6Ng01-174B16.b_46_1167

seq1  GAATTCAGAATGTCTCCTAGCAACTTACGTGCCATTTCCTTTTTATCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATGTCTCCTAGCAACTTACGTGCCATTTCCTTTTTATCTTT  50

seq1  TTCATCTATCACCTATCTGGCTTTATATGTGTCCACAATATATTAAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTATCACCTATCTGGCTTTATATGTGTCCACAATATATTAAGCTG  100

seq1  CTTTGCATGCCAGACTGTCCTCATCCTCCAGAAATTCATTGTCTCTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCATGCCAGACTGTCCTCATCCTCCAGAAATTCATTGTCTCTCAAC  150

seq1  ATCTATAGTCAGGAGTGTTTTTATTGTCAACATTGCAGGAGGTTTTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAGTCAGGAGTGTTTTTATTGTCAACATTGCAGGAGGTTTTGTTT  200

seq1  TTAATGTATTCTCCTTGAAAATAAAAAGCATGCCTTTAAATAATAAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTATTCTCCTTGAAAATAAAAAGCATGCCTTTAAATAATAAAACC  250

seq1  AAAAACCAGGTTGGATATGATCTCCCAAGAACTGAAAACAGAACATTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCAGGTTGGATATGATCTCCCAAGAACTGAAAACAGAACATTTCA  300

seq1  GCTCTGTGCTATCTCACATTGAGTGGGGTTGGGCGGCAGGCATGAATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTGCTATCTCACATTGAGTGGGGTTGGGCGGCAGGCATGAATGGC  350

seq1  TGTACCGTGCCACTGTGATGTCTCTGGTTATAGTACCAGACAGACACCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCGTGCCACTGTGATGTCTCTGGTTATAGTACCAGACAGACACCAT  400

seq1  GATCTAAATATCAGGATTATTATCTTCCTGTTGCTCTTATGTGAACATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAAATATCAGGATTATTATCTTCCTGTTGCTCTTATGTGAACATGA  450

seq1  AAGATCAGATAGCCAATCATCCATACCATCTTTCCACTCCTTTGTATGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAGATAGCCAATCATCCATACCATCTTTCCACTCCTTTGTATGAT  500

seq1  CTATCTCTATTGTGGTCCCACTGTGATGGATCACAGCCCTGTCCTCCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCTATTGTGGTCCCACTGTGATGGATCACAGCCCTGTCCTCCATA  550

seq1  CACAGATTAACTCAATTCCCTGGCGCCCCACAGGTATTCTCGACAAAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATTAACTCAATTCCCTGGCGCCCCACAGGTATTCTCGACAAAGAT  600

seq1  TAGAAGACACTTTAGAATTCACAGTGAACTTTCTGGAGCGAGCAGAGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGACACTTTAGAATTCACAGTGAACTTTCTGGAGCGAGCAGAGCAA  650

seq1  GCTCCCACTGCAGAAGGTCTACGGATAGCTTGAAGAGACCAGGGATGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCACTGCAGAAGGTCTACGGATAGCTTGAAGAGACCAGGGATGAAA  700

seq1  TAGCAGTGTGA-TTTTATTGTGTGAAGAAAGTAGTGCTTGGACTTAGGAC  749
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTGTGATTTTTATTGTGTGAAGAAAGTAGTGCTTGGACTTAGGAC  750

seq1  TCTTCTCATCTGTAATGTGACTTGGTGGCTTGAATGTTACTATCTCATAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCATCTGTAATGTGACTTGGTGGCTTGAATGTTACTATCTCATAT  800

seq1  ATCTCATATATATCCATATATAACTCAT-ATATATATATAT-ATCATATA  847
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  ATCTCATATATATCCATATATAACTCATAATATATATATATAATCATATA  850

seq1  TATCTCATATATTCTCTCTTAGAT-CCCACATAGGACTGGTAACAAA--T  894
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   
seq2  TATCTCATATATTCTCTCTTAGATCCCCACATAGGACTGGTAACAAAATG  900

seq1  GGTGTTTGACTCTCTGTATCT-GACCTATT-AAGC-TTTTTAGTGTTTTC  941
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  GGTGTTTGACTCTCTGTATCTGGACCTATTAAAGCTTTTTTAGTGTTTTC  950

seq1  C-GGTTC-TAAATGTTCTGCAGT-GGAAAG-AGTTTCATTCTTCTTTGTG  987
      | ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CGGGTTCTTAAATGTTCTGCAGTGGGAAAGAAGTTTCATTCTTCTTTGTG  1000

seq1  GCTAAATGATGCACCATTAGTACACCTACCACCGCTAGTGGTCCACCAGT  1037
      ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||  | ||
seq2  GCT-AATGATGCACCATTAGTACACCTACAACGGCTAGTGTTCCCACCGT  1049

seq1  GATCACTTAGGCTGGTTCACATCTT-AGGGGTG-CCAGTCTCACT-ACAA  1084
      ||||||||||||| | |||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||
seq2  GATCACTTAGGCT-GCTCAC-TCTTAAGGGGTGTCCAGTCTCACTAACAA  1097

seq1  T-AAACATA-GCAGT-GCAGGGACC  1106
      | ||||||| ||||| |||||||||
seq2  TAAAACATAGGCAGTGGCAGGGACC  1122

seq1: chr10_73077586_73078432
seq2: B6Ng01-174B16.g_69_922 (reverse)

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTAATATG-TTTTATTCTTTGGG  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTAATATGTTTTTATTCTTTGGG  50

seq1  --AATTTTCTAAATTGTACAC-AATGTATTTTGATCATTTTCAAC-ACCA  95
        | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAATTTTTCTAAATTGTACACAAATGTATTTTGATCATTTTCAACAACCA  100

seq1  CTGCCTTCTTCAACTCCTCTGCCATCCCACATGCTCCTTCAAG-AATCCA  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGCCTTCTTCAACTCCTCTGCCATCCCACATGCTCCTTCAAGAAATCCA  150

seq1  TACCCTCTCTTTTGAGCCCAA-TTGGTGCCAACCATATGAGAATGAGTGT  193
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCTCTTTTGAGCCCAATTTGGTGCCAACCATATGAGAATGAGTGT  200

seq1  GGGGTTATCCACTGTAACATCAATGGCCAATATCTCCTCAGTTTATGGGA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTATCCACTGTAACATCAATGGCCAATATCTCCTCAGTTTATGGGA  250

seq1  GGGGCTTTGTGACTTTTAACACACAAAATTACTTTCTAATTTATAAAAAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTTGTGACTTTTAACACACAAAATTACTTTCTAATTTATAAAAAT  300

seq1  TTGACAAGTATGTTTTATGCTAATCTCCATTCCATTTTACTTGATAAAGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAGTATGTTTTATGCTAATCTCCATTCCATTTTACTTGATAAAGA  350

seq1  AGATTTGAACTTTGAGATATTTTGAACTGTAGGCGATTATTACAATACTA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGAACTTTGAGATATTTTGAACTGTAGGCGATTATTACAATACTA  400

seq1  TTGTAGAGTTGAACACTGTTTTTCCTTCATCCAACTTCTCATTAATTAAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAGTTGAACACTGTTTTTCCTTCATCCAACTTCTCATTAATTAAT  450

seq1  GCTGGCCTTGATAAAGCATGTGTCAGAAAATTATGAGATCTGTGTTACTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTTGATAAAGCATGTGTCAGAAAATTATGAGATCTGTGTTACTT  500

seq1  GGTACAGATAAAGGCTGGCAAATATAAATCTAATATCAGGAGCTCTGCCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGATAAAGGCTGGCAAATATAAATCTAATATCAGGAGCTCTGCCA  550

seq1  TTTAATGCAGTAGATTTAGGTTTCTTAAGTAATGATGGCAACATTTAATT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGCAGTAGATTTAGGTTTCTTAAGTAATGATGGCAACATTTAATT  600

seq1  AAGTGCTCATAATCCCTTTAACCACAAGCTACTGATATGTTTAACAGGGG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTCATAATCCCTTTAACCACAAGCTACTGATATGTTTAACAGGGG  650

seq1  AAGTTGAAATTGTGCATGTTTGGTCACTGCATGAGTTCTGCAGTTGGATA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGAAATTGTGCATGTTTGGTCACTGCATGAGTTCTGCAGTTGGATA  700

seq1  AGGATGGGAAATAAATGGGATGCTTCAGAAAATTTCAGTATTAAGGTAGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGGAAATAAATGGGATGCTTCAGAAAATTTCAGTATTAAGGTAGA  750

seq1  GACAGTGCTCTAAGGTCAAGTGAAGCCAATGCAAGGCAGGAAAACACAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGCTCTAAGGTCAAGTGAAGCCAATGCAAGGCAGGAAAACACAGA  800

seq1  ACCCAGAGCTCCACAGAACAGGAATGACAAACATTGCAAATCCTCACAGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAGCTCCACAGAACAGGAATGACAAACATTGCAAATCCTCACAGA  850

seq1  ATTC  847
      ||||
seq2  ATTC  854