BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176A23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 17,150,708 - 17,286,780
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC546472, LOC100039576, LOC627511
Downstream geneCited2, Txlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176A23.bB6Ng01-176A23.g
ACCGA003700GA003701
length1,0361,117
definitionB6Ng01-176A23.b B6Ng01-176A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,285,743 - 17,286,780)(17,150,708 - 17,151,824)
sequence
gaattctcttcctcctgcttcttcatcacttatttatctctgcctgattc
tcagtgtatgtaggacatggcctctgttcctgcctccaccattacacaag
gtagctgacattctttttttgacctgaaaaatttttagaatctttttaga
ggaggactcttggatatttcctgctttgggctgagtattggatgggtgta
atcctgacacgtcagttgactgttcttgcaatttagaattagactgagga
caagtgtcaaggtagacacacaaaaggaagcagttagtattgggaaatgg
ggtcaaatcataactaaagttgttttataagacttatttgtgagtgtgtg
tgtgtgtatgtgtgcatatatgctacatgtgtgtaggtgtctatgaaggt
cccaacatggcactggatctgctgggctggagttacaggcagttgtgagc
tacttgatgtgggtgctgagaatcaaactctggtcctctgtaagagcagc
aaacattcttaactagaaagtcatctctcgattactctagttaaagtttt
tatatctcatagacacaagtgataaaaatagcaagagccaacagtgttga
gtcagatccctgagaggtctttgagaaggtgagaaaccagaaacaatact
gaggtgaaccgtggtgggagctgtcaggaacctgagctatatgagaacag
ggacccagaccctcattgttctgaacaacggagaactgaccacattgcag
atgctcacgtggggcttctggtatatacacagaatcctcaatggtttcct
agatgagaagttgctttaagaggagacaaattaatgatgcatagtgccta
ggtttagtggcagtcacactggctctatattgtccttgtacccatcatag
gtttttggttattattgttattgtattatattattatgtcattaaacaat
cgttgaagcatgagttcagcctgtgtagtgttttctgaaggaaaattgcc
tcatgtttttttgttcctggagttccatttttctga
gaattcaaatttccaaatgaatgagaaaggaaaaagacagaaaccacctg
cttttagactctggggaactaactatggtctcagagcaagcaatgttatc
cttgtttttttttttttctttttcagtaatgataacaaagtaggcttcat
gctacttcaagcactccagaccagtgagctatggtctcagaccttaagca
atactatcttaagtcacgtggtacgcactaatgagaaagggacactagta
tacttgttaaggcgtcagcacaaagaatgcacggagcagccatctaaacg
gttgtgagttccctggccaaactccatgagatctcacttccctcctgcag
atggactgtgcctgtttcctctggtttcctccggtgtaaatgctgtgttg
cctgcacccattcctcggctgtgtctcctactcacttccccctcatgccc
tctcaaccagcactcagatgcatctctctgtgcctctcacatcacctatg
cattcgtggcttctagtcctccttcagggcaggtaggaccttaatgtaac
ttttcatgggcacattaagagagcctggtatcaagtaataatcacactat
ggtcttatatatccgaggccagtgttttagcttagcagctattgtccaaa
tacctaggtaaagaaattgtcatgccagtgttaaatgactccctcaaggt
tatacaactagcatcaaagtcaaattccacccactgtgtaaagtgcatta
ctcttactgagtgaaagacacttccaccatgttttgaagagaataagtat
actgggaaagaatgtgtctaacaaggggctttaatcttgagttcactgca
tacgcaggagcaaatgcctaaaaatgcataaatacatccatattgcataa
ggactgataggctatacagaacaattcccaatttcatgtatcataattgc
cctaatggtaagtgattgtatgggtgcagaatcctttgttctacagaagc
aatatcacaaagaaagcagacatcacatggttgccactactgcaaagttc
attgaaccacatatctagcctttgttttccttctgaaacaagtgctagat
tggcctaggatctctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_17285743_17286780
seq2: B6Ng01-176A23.b_45_1080 (reverse)

seq1  TCAGAAAAAGGAAACTCCAGGAACAAAAAAACATGA-GCAATTTTCCTTC  49
      ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCAGAAAAATGGAACTCCAGGAACAAAAAAACATGAGGCAATTTTCCTTC  50

seq1  AGAAAACACTACACAGGCTGAACTCATGCTTCAACGATTGTTTAATGACA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGAAAACACTACACAGGCTGAACTCATGCTTCAACGATTGTTTAATGAC-  99

seq1  ATAATAATAATAATAACAATAACAATAATAACCAAAAACCTATGATGGGT  149
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAT-ATAAT-ACAATAACAATAATAACCAAAAACCTATGATGGGT  147

seq1  ACAAGGACAATATAGAGCCAGTGTGACTGCCACTAAACCTAGGCACTATG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGACAATATAGAGCCAGTGTGACTGCCACTAAACCTAGGCACTATG  197

seq1  CATCATTAATTTGTCTCCTCTTAAAGCAACTTCTCATCTAGGAAACCATT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTAATTTGTCTCCTCTTAAAGCAACTTCTCATCTAGGAAACCATT  247

seq1  GAGGATTCTGTGTATATACCAGAAGCCCCACGTGAGCATCTGCAATGTGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTCTGTGTATATACCAGAAGCCCCACGTGAGCATCTGCAATGTGG  297

seq1  TCAGTTCTCCGTTGTTCAGAACAATGAGGGTCTGGGTCCCTGTTCTCATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCTCCGTTGTTCAGAACAATGAGGGTCTGGGTCCCTGTTCTCATA  347

seq1  TAGCTCAGGTTCCTGACAGCTCCCACCACGGTTCACCTCAGTATTGTTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCAGGTTCCTGACAGCTCCCACCACGGTTCACCTCAGTATTGTTTC  397

seq1  TGGTTTCTCACCTTCTCAAAGACCTCTCAGGGATCTGACTCAACACTGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCTCACCTTCTCAAAGACCTCTCAGGGATCTGACTCAACACTGTT  447

seq1  GGCTCTTGCTATTTTTATCACTTGTGTCTATGAGATATAAAAACTTTAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTGCTATTTTTATCACTTGTGTCTATGAGATATAAAAACTTTAAC  497

seq1  TAGAGTAATCGAGAGATGACTTTCTAGTTAAGAATGTTTGCTGCTCTTAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAATCGAGAGATGACTTTCTAGTTAAGAATGTTTGCTGCTCTTAC  547

seq1  AGAGGACCAGAGTTTGATTCTCAGCACCCACATCAAGTAGCTCACAACTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACCAGAGTTTGATTCTCAGCACCCACATCAAGTAGCTCACAACTG  597

seq1  CCTGTAACTCCAGCCCAGCAGATCCAGTGCCATGTTGGGACCTTCATAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAACTCCAGCCCAGCAGATCCAGTGCCATGTTGGGACCTTCATAGA  647

seq1  CACCTACACACATGTAGCATATATGCACACATACACACACACACACTCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACACACATGTAGCATATATGCACACATACACACACACACACTCAC  697

seq1  AAATAAGTCTTATAAAACAACTTTAGTTATGATTTGACCCCATTTCCCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGTCTTATAAAACAACTTTAGTTATGATTTGACCCCATTTCCCAA  747

seq1  TACTAACTGCTTCCTTTTGTGTGTCTACCTTGACACTTGTCCTCAGTCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACTGCTTCCTTTTGTGTGTCTACCTTGACACTTGTCCTCAGTCTA  797

seq1  ATTCTAAATTGCAAGAACAGTCAACTGACGTGTCAGGATTACACCCATCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAATTGCAAGAACAGTCAACTGACGTGTCAGGATTACACCCATCC  847

seq1  AATACTCAGCCCAAAGCAGGAAATATCCAAGAGTCCTCCTCTAAAAAGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTCAGCCCAAAGCAGGAAATATCCAAGAGTCCTCCTCTAAAAAGAT  897

seq1  TCTAAAAATTTTTCAGGTCAAAAAAAGAATGTCAGCTACCTTGTGTAATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAATTTTTCAGGTCAAAAAAAGAATGTCAGCTACCTTGTGTAATG  947

seq1  GTGGAGGCAGGAACAGAGGCCATGTCCTACATACACTGAGAATCAGGCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGCAGGAACAGAGGCCATGTCCTACATACACTGAGAATCAGGCAG  997

seq1  AGATAAATAAGTGATGAAGAAGCAGGAGGAAGAGAATTC  1038
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAATAAGTGATGAAGAAGCAGGAGGAAGAGAATTC  1036

seq1: chr10_17150708_17151824
seq2: B6Ng01-176A23.g_56_1172

seq1  GAATTCAAATTTCCAAATGAATGAGAAAGGAAAAAGACAGAAACCACCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATTTCCAAATGAATGAGAAAGGAAAAAGACAGAAACCACCTG  50

seq1  CTTTTAGACTCTGGGGAACTAACTATGGTCTCAGAGCAAGCAATGTTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGACTCTGGGGAACTAACTATGGTCTCAGAGCAAGCAATGTTATC  100

seq1  CTTGTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCAGTAATGATAACAAAGTAGGCTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCAGTAATGATAACAAAGTAGGCTTCAT  150

seq1  GCTACTTCAAGCACTCCAGACCAGTGAGCTATGGTCTCAGACCTTAAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTCAAGCACTCCAGACCAGTGAGCTATGGTCTCAGACCTTAAGCA  200

seq1  ATACTATCTTAAGTCACGTGGTACGCACTAATGAGAAAGGGACACTAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATCTTAAGTCACGTGGTACGCACTAATGAGAAAGGGACACTAGTA  250

seq1  TACTTGTTAAGGCGTCAGCACAAAGAATGCACGGAGCAGCCATCTAAACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTTAAGGCGTCAGCACAAAGAATGCACGGAGCAGCCATCTAAACG  300

seq1  GTTGTGAGTTCCCTGGCCAAACTCCATGAGATCTCACTTCCCTCCTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGAGTTCCCTGGCCAAACTCCATGAGATCTCACTTCCCTCCTGCAG  350

seq1  ATGGACTGTGCCTGTTTCCTCTGGTTTCCTCCGGTGTAAATGCTGTGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGTGCCTGTTTCCTCTGGTTTCCTCCGGTGTAAATGCTGTGTTG  400

seq1  CCTGCACCCATTCCTCGGCTGTGTCTCCTACTCACTTCCCCCTCATGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACCCATTCCTCGGCTGTGTCTCCTACTCACTTCCCCCTCATGCCC  450

seq1  TCTCAACCAGCACTCAGATGCATCTCTCTGTGCCTCTCACATCACCTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACCAGCACTCAGATGCATCTCTCTGTGCCTCTCACATCACCTATG  500

seq1  CATTCGTGGCTTCTAGTCCTCCTTCAGGGCAGGTAGGACCTTAATGTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCGTGGCTTCTAGTCCTCCTTCAGGGCAGGTAGGACCTTAATGTAAC  550

seq1  TTTTCATGGGCACATTAAGAGAGCCTGGTATCAAGTAATAATCACACTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGGGCACATTAAGAGAGCCTGGTATCAAGTAATAATCACACTAT  600

seq1  GGTCTTATATATCCGAGGCCAGTGTTTTAGCTTAGCAGCTATTGTCCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTATATATCCGAGGCCAGTGTTTTAGCTTAGCAGCTATTGTCCAAA  650

seq1  TACCTAGGTAAAGAAATTGTCATGCCAGTGTTAAATGACTCCCTCAAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGGTAAAGAAATTGTCATGCCAGTGTTAAATGACTCCCTCAAGGT  700

seq1  TATACAACTAGCATCAAAGTCAAATTCCACCCACTGTGTAAAGTGCATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAACTAGCATCAAAGTCAAATTCCACCCACTGTGTAAAGTGCATTA  750

seq1  CTCTTACTGAGTGAAAGACACTTCCACCATGTTTTGAAGAGAATAAGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACTGAGTGAAAGACACTTCCACCATGTTTTGAAGAGAATAAGTAT  800

seq1  ACTGGG-AAGAATGTGTCTAACAAGGGGCTTTAATCTTGAGTTCACTGCA  849
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAAAGAATGTGTCTAACAAGGGGCTTTAATCTTGAGTTCACTGCA  850

seq1  TACGCAGGAGCAAATGCCTAAAAATGCATAAATACATCCATATTGCATAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCAGGAGCAAATGCCTAAAAATGCATAAATACATCCATATTGCATAA  900

seq1  GGACTGATAGGCTATACAG-ACAATTCCCAA-TTCATGTATCATAATTG-  946
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  GGACTGATAGGCTATACAGAACAATTCCCAATTTCATGTATCATAATTGC  950

seq1  CCTAATGGTAAGTGATTTGTATTGGGTGCAGAATCCTTTG-TCTACAGAA  995
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCTAATGGTAAGTGA-TTGTA-TGGGTGCAGAATCCTTTGTTCTACAGAA  998

seq1  GCAATATCCACAAAGAAAGCAAGACATCACATGG-TGCCACTACCTGCAA  1044
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  GCAATAT-CACAAAGAAAGC-AGACATCACATGGTTGCCACTA-CTGCAA  1045

seq1  GGTTTCATTTGAACACATATTCTTAGCTTTGTTTT-CTTCTGAACCAAGT  1093
       | ||||||  | |||||| |||   ||||||||| |||||||| |||||
seq2  AG-TTCATTGAACCACATA-TCTAGCCTTTGTTTTCCTTCTGAAACAAGT  1093

seq1  GCTAGGATTGCCCAAGATCTCTGA  1117
      |||||  | ||| | |||||||||
seq2  GCTAGATTGGCCTAGGATCTCTGA  1117