BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180H10
Chromosome10 (Build37)
Map Location 125,338,690 - 125,469,264
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrig3
Upstream geneSlc16a7, LOC100042987, EG668313, LOC100042992, LOC668317, LOC100042994
Downstream geneLOC100043547, LOC668336, Xrcc6bp1, LOC622567, Ctdsp2, Avil, Tsfm
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180H10.bB6Ng01-180H10.g
ACCGA006887GA006888
length1,0631,126
definitionB6Ng01-180H10.b B6Ng01-180H10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,338,690 - 125,339,756)(125,468,128 - 125,469,264)
sequence
gaattcagcaagcatgtgtgaatccctcaaggatcccaagtccacccata
aaacagatgcgcacatacaaatttacagtatacgtgagtgcatgtatagg
cacacatatttacacattattttatattttagtatttcaatataaatata
ttttaataaaataggtatgcaatatattatttaaaataatgatataataa
aagggaactgccacccaggggacacaatggatagctgtaatatcctttat
attctgatatgacttgagattactctgtgaaatataacatgacatattgg
aatgccatggttgttattgctcatgttctcttagcatctcaaaagtgtca
ttggctctcacaaaatgagtctggaagcacatacctcctcttagcaagct
gcacgtctttttctttgcagtttttccacttctgtatgttacaccatgtg
aagttatttgtattactctcttaaatatttaagttatgtgaacctaaatt
tgcatttccatgaattcacagaggcctcctattatatggttttgtattag
gagaattctaccatctacacacacacaaacacacacacacacaaaagtac
cccatgaaatatttatgttattcgattgcctgctttattatggtacaaat
gaataaaagctttgaacaaatcttgctatgcagtcctttttctacattta
cagtatatttttaaggaaatatccccagggtccactattaactgtgtcct
taggcacaggctggggatacagtgcttctctcgttcttcctttcaaaaag
acccactgtgcatttactgatctttttaaatgaccaggtagactgttatt
taaatgagtgtcatgagacatgggtcaaagttaaaaggaacctgatctgg
tttgaactgtggaagagtgggtcttcactatcagatgtgaggcacaggac
cctcacatccgatgtagacatgggattttcatcatcagatgtgaagcacg
gcatcatcacatcagatggtggcatgggctctgtatgaccttcttctcta
tggattcaagcaa
gaattctcatgaggaaaggtcttcaggttccttggactctgagatgtaac
acacctaggtactcaggaaatacccagacacaggtgattgaaagcaagct
ggctactcaatctagcctaattggcaagcgtttggttcaagtgaccctgg
gttcagtatgtaaggtagtgtagaattggaaggatggagccaagaaatgc
aaatgaccaacgtctcgtgcaacagccaactttattcagagcatcagaca
attcatgctctgaaggttaagaaaggtcacatgagtaaagttcccatgag
ttcaagctgttcccaatcacaaggacaagctgtatgtggtaaagccatgt
ttttctatagaggcatctaaacaaagaacaatagccaattatgatgaata
atctgaagtgaattcactcctatcctctacacttccaagaacaatcctga
aaacaactgatgtcacaagactcacctggtcttggagtattcccacaagc
actcaggattctcctcacacgaccccattcttggaccatgctccaaaagt
gaatgattgacaaagatattcaatattagccttggaccaccatgagtaaa
cacacacacacacacacacacatacatacacacctatacacatgcgcccc
aaaatacacatacacacatgcatgcatattatgtatacatacacagaaca
aacaaacaaacaaaaaaaccaaagcaaaacaaaaacccataagtccatta
ggtttcaagttaactcagtaaatgttaaaacccaggattggctggagatg
acacttcactctctgctcctccagaaatctggagttccattcccagcacc
tatgtggtggatcacaatcatctgtaactcaaatctcagggatccaatac
cctcttctggtctccaagggcaccaggcacacgcatgggtacacatacaa
acatgcaggtaaagcgtctatacacacaacaaacaaaaaaacaacaacaa
cacaattacaccttagaaacacccccccatacaagctaattctgacatag
atacgttttcgttgacagtttagatcatgagaagtattagatgtgttcat
gatcccatggcctgtgttataaagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_125338690_125339756
seq2: B6Ng01-180H10.b_43_1102

seq1  GAATTCAGCAAGCATGTGTGAATCCCTCAAGGATCCCAAGTCCACCCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAAGCATGTGTGAATCCCTCAAGGATCCCAAGTCCACCCATA  50

seq1  AAACAGATGCGCACATACAAATTTACAGTATACGTGAGTGCATGTATAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATGCGCACATACAAATTTACAGTATACGTGAGTGCATGTATAGG  100

seq1  CACACATATTTACACATTATTTTATATTTTAGTATTTCAATATAAATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATATTTACACATTATTTTATATTTTAGTATTTCAATATAAATATA  150

seq1  TTTTAATAAAATAGGTATGCAATATATTATTTAAAATAATGATATAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAAAATAGGTATGCAATATATTATTTAAAATAATGATATAATAA  200

seq1  AAGGGAACTGCCACCCAGGGGACACAATGGATAGCTGTAATATCCTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAACTGCCACCCAGGGGACACAATGGATAGCTGTAATATCCTTTAT  250

seq1  ATTCTGATATGACTTGAGATTACTCTGTGAAATATAACATGACATATTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATATGACTTGAGATTACTCTGTGAAATATAACATGACATATTGG  300

seq1  AATGCCATGGTTGTTATTGCTCATGTTCTCTTAGCATCTCAAAAGTGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCATGGTTGTTATTGCTCATGTTCTCTTAGCATCTCAAAAGTGTCA  350

seq1  TTGGCTCTCACAAAATGAGTCTGGAAGCACATACCTCCTCTTAGCAAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCTCACAAAATGAGTCTGGAAGCACATACCTCCTCTTAGCAAGCT  400

seq1  GCACGTCTTTTTCTTTGCAGTTTTTCCACTTCTGTATGTTACACCATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGTCTTTTTCTTTGCAGTTTTTCCACTTCTGTATGTTACACCATGTG  450

seq1  AAGTTATTTGTATTACTCTCTTAAATATTTAAGTTATGTGAACCTAAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATTTGTATTACTCTCTTAAATATTTAAGTTATGTGAACCTAAATT  500

seq1  TGCATTTCCATGAATTCACAGAGGCCTCCTATTATATGGTTTTGTATTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTCCATGAATTCACAGAGGCCTCCTATTATATGGTTTTGTATTAG  550

seq1  GAGAATTCTACCATCTACACACACACAAACACACACACACACAAAAGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTCTACCATCTACACACACACAAACACACACACACACAAAAGTAC  600

seq1  CCCATGAAATATTTATGTTATTCGATTGCCTGCTTTATTATGGTACAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGAAATATTTATGTTATTCGATTGCCTGCTTTATTATGGTACAAAT  650

seq1  GAATAAAAGCTTTGAACAAATCTTGCTATGCAGTCCTTTTTCTACATTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAAGCTTTGAACAAATCTTGCTATGCAGTCCTTTTTCTACATTTA  700

seq1  CAGTATA-TTTTAAGGAAATATCCCCAGGGTCCACTATTAACTGTGTCCT  749
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATATTTTTAAGGAAATATCCCCAGGGTCCACTATTAACTGTGTCCT  750

seq1  TAGGCACAGGCTGGGGATACAGTGCTTCTCTCGTTCTTCCTTTCAAAAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCACAGGCTGGGGATACAGTGCTTCTCTCGTTCTTCCTTTCAAAAAG  800

seq1  ACCCACTGTGCATTTACTGATCTTTTTAAATGACCAGGTAAGACTGTTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACCCACTGTGCATTTACTGATCTTTTTAAATGACCAGGT-AGACTGTTAT  849

seq1  TTAAATGAGTGTCATGAGACATGGGTCCAAAGTTAAAAGGAACCTGATCT  899
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGAGTGTCATGAGACATGGGT-CAAAGTTAAAAGGAACCTGATCT  898

seq1  GGTTTGAACTGTGGAAGAGTGGGGTCTTCACTATCAGATGTGAGGCACAG  949
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGAACTGTGGAAGAGT-GGGTCTTCACTATCAGATGTGAGGCACAG  947

seq1  GACCCTCACCATCAGATGTAAGACATGGGATTTTCATCATCAGATGTGAA  999
      |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTCA-CATCCGATGT-AGACATGGGATTTTCATCATCAGATGTGAA  995

seq1  GCACGGGATCATCACCATCAGATGTGTGGCATGGGGCTCTGTAATGACCT  1049
      |||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||
seq2  GCACGGCATCATCA-CATCAGATG-GTGGCAT-GGGCTCTGT-ATGACCT  1041

seq1  TC-TCTCTAAGGATTCAAG  1067
      || |||||| |||||||||
seq2  TCTTCTCTATGGATTCAAG  1060

seq1: chr10_125468128_125469264
seq2: B6Ng01-180H10.g_64_1189 (reverse)

seq1  GTCTTTATAACACAGG-CAAGGGAACATGGAAACACAATCTAAATACTTT  49
      |||||||||||||||| || |||| ||||  ||||| |||| ||||| ||
seq2  GTCTTTATAACACAGGCCATGGGATCATG--AACAC-ATCT-AATAC-TT  45

seq1  CTCATGATCTAAACTGTCAAACGGAAAACGTATTCTATGTTAAGAATTAG  99
      ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||| | ||||||||
seq2  CTCATGATCTAAACTGTCAA--CGAAAACGTA-TCTATG-TCAGAATTAG  91

seq1  CTTGTAGTTGAGCCTGTTTTCTAAGGTTTTATTGTTGTTGTTGTTTGTTT  149
      ||||||   | |  || |||||||||| | |||| |||||||| ||||||
seq2  CTTGTATGGGGGGGTG-TTTCTAAGGTGTAATTG-TGTTGTTG-TTGTTT  138

seq1  TTTTGTTTGTTGTGTGTATAGACGCTTTACCTGCATGTTTGTATGTGTA-  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTGTTTGTTGTGTGTATAGACGCTTTACCTGCATGTTTGTATGTGTAC  188

seq1  CCATGCGTGTGCCTGGTGCCCTTGGAGACCAGAAGAGGGTATTGGATCCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCATGCGTGTGCCTGGTGCCCTTGGAGACCAGAAGAGGGTATTGGAT-CC  237

seq1  CTGAGATTTGAGTTACAGATGATTGTGATCCACCACATAGGTGCTGGGAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATTTGAGTTACAGATGATTGTGATCCACCACATAGGTGCTGGGAA  287

seq1  TGGAACTCCAGATTTCTGGAGGAGCAGAGAGTGAAGTGTCATCTCCAGCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTCCAGATTTCTGGAGGAGCAGAGAGTGAAGTGTCATCTCCAGCC  337

seq1  AATCCTGGGTTTTAACATTTACTGAGTTAACTTGAAACCTAATGGACTTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGGGTTTTAACATTTACTGAGTTAACTTGAAACCTAATGGACTTA  387

seq1  TGGGTTTTTGTTTTGCTTTGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTCTGTGTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTTTGTTTTGCTTTGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTCTGTGTA  437

seq1  TGTATACATAATATGCATGCATGTGTGTATGTGTATTTTGGGGCGCATGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACATAATATGCATGCATGTGTGTATGTGTATTTTGGGGCGCATGT  487

seq1  GTATAGGTGTGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTACTCATGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGGTGTGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTACTCATGG  537

seq1  TGGTCCAAGGCTAATATTGAATATCTTTGTCAATCATTCACTTTTGGAGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCAAGGCTAATATTGAATATCTTTGTCAATCATTCACTTTTGGAGC  587

seq1  ATGGTCCAAGAATGGGGTCGTGTGAGGAGAATCCTGAGTGCTTGTGGGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCAAGAATGGGGTCGTGTGAGGAGAATCCTGAGTGCTTGTGGGAA  637

seq1  TACTCCAAGACCAGGTGAGTCTTGTGACATCAGTTGTTTTCAGGATTGTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCAAGACCAGGTGAGTCTTGTGACATCAGTTGTTTTCAGGATTGTT  687

seq1  CTTGGAAGTGTAGAGGATAGGAGTGAATTCACTTCAGATTATTCATCATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGTGTAGAGGATAGGAGTGAATTCACTTCAGATTATTCATCATA  737

seq1  ATTGGCTATTGTTCTTTGTTTAGATGCCTCTATAGAAAAACATGGCTTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTATTGTTCTTTGTTTAGATGCCTCTATAGAAAAACATGGCTTTA  787

seq1  CCACATACAGCTTGTCCTTGTGATTGGGAACAGCTTGAACTCATGGGAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATACAGCTTGTCCTTGTGATTGGGAACAGCTTGAACTCATGGGAAC  837

seq1  TTTACTCATGTGACCTTTCTTAACCTTCAGAGCATGAATTGTCTGATGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTCATGTGACCTTTCTTAACCTTCAGAGCATGAATTGTCTGATGCT  887

seq1  CTGAATAAAGTTGGCTGTTGCACGAGACGTTGGTCATTTGCATTTCTTGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATAAAGTTGGCTGTTGCACGAGACGTTGGTCATTTGCATTTCTTGG  937

seq1  CTCCATCCTTCCAATTCTACACTACCTTACATACTGAACCCAGGGTCACT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCCTTCCAATTCTACACTACCTTACATACTGAACCCAGGGTCACT  987

seq1  TGAACCAAACGCTTGCCAATTAGGCTAGATTGAGTAGCCAGCTTGCTTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCAAACGCTTGCCAATTAGGCTAGATTGAGTAGCCAGCTTGCTTTC  1037

seq1  AATCACCTGTGTCTGGGTATTTCCTGAGTACCTAGGTGTGTTACATCTCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCTGTGTCTGGGTATTTCCTGAGTACCTAGGTGTGTTACATCTCA  1087

seq1  GAGTCCAAGGAACCTGAAGACCTTTCCTCATGAGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAAGGAACCTGAAGACCTTTCCTCATGAGAATTC  1126