BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182C23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 86,977,976 - 87,116,095
singlet/doubletdoublet
Overlap genePah
Upstream geneEG627035, LOC672902, LOC100041419, EG382395, Hsp90b1, Nt5dc3, Fabp3-ps1, C630002B14Rik, Stab2, 1700113H08Rik, Ascl1
Downstream geneLOC100041517, ENSMUSG00000058934, Igf1, Tyms-ps, Pmch, 4930547N16Rik, EG626115, Nup37, Ccdc53, LOC667000, 1200002N14Rik, Gnptab, Sycp3, Chpt1, 8030451F13Rik, LOC667046, LOC627414
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182C23.bB6Ng01-182C23.g
ACCGA008148GA008149
length1,1171,103
definitionB6Ng01-182C23.b B6Ng01-182C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,977,976 - 86,979,097)(87,114,977 - 87,116,095)
sequence
gaattccaaggattcttaggtctctgccctttttatcgatatagaagtta
agaaatttttatgaatggctaaaggctacatgtctatgtatgtaagattt
gtttggccccatgtgtgagactgtgataggcagcctattttagttgaatg
gggcttgctcctgcgacccaatagagaaatgtacaaaggacagaaaggcg
agacacattcccagaatcgggtgtctgtccataattctgtgactatcagt
catgcagacaatgtcccaagcttctggctttctggctagactgcacccct
acaggtacctgactatagccaggtatgctccgccccacagttacctggca
acagtaagatagcccatcccactataagaggggctgcttggcccctcctc
gctctttttaagccctcacctttcttactctttagccctccttctctctt
tcccttctcttctctctctacgtggccatggccggtctctctctctacct
tctctcctttctccctgcctttctacaataaagctctacaaccatagact
gtctctgctcatcaaggcctgccgtgcctgaatgatgggatgggctttct
cttaactagccacgtctagcctcccaccagaaggccatcctgtgctccag
ccacgcacctgaccaaggactcttgcctgcgtgggaaccatccagcaccc
ctctcccctgccctctcccccttcagccctggggccaatgacccccctcc
caggggcccccattctgttctcagctcttccgcggtatccagcatgggat
gcccaaggctgagaacctggtacctagggctaacacttgtccaccacccg
ctgagatggggtcagtggcttaacacagctagactcgcccccaccccaca
gtcctcgtggaaaatgtgcggcagtcctcccgtgtctgcctgcccaaagc
agcgaaactctggtgggaacacgggcactctcccactcccctctttcccc
acaccacggtcccgccacccatgcagtaaatcaaaggctatgctttgaat
ggtttacattcattctacagaactgctgctgtaaagtgggggagagtttg
gctggagcatacgagaa
gaattcaaccaagttggagaaacaaggaagaaactggttcagaaatggca
gcccacaaaacagcttcatcagatgtgtccagagggcttctgaagcagtc
ttcagacctatcatgcaagagttgataaggatggagcccaagaacagata
ctttaagaggactctcctggtacttaaaattataagtgggaatatctgat
tttttttaaagtttccctacattctagaagccctagtttggattaggctg
cagggatttattgctaaactgctccaggtgcagctgctggcctgagggcc
acactgtaagtaccaagagttcacagggacacaatgaaagaatggatact
cttctctaagttttaccaaagactatgcccaaaacttgctagcacataaa
acctggtttatatttccctctccccttagcaaatatcactttctcttggc
cctgggaatggggctttgtcatctctatatctctggcatctaaacctagg
cttagcacatgttaggcgcccaataaatgcattctgagttcatcaaatac
tgtgatgtccttggggtctgagctggagagccagccgaaggtgggacttt
gcttcaacatgggctgtctgccgcttccactcataaattccaactggatg
ggatccaatgcgaagctgtgtgttagtagagcctgctctgtagggggtag
ggtcaaagcaggcttctggaatattaataattcttcacggtgaccacagt
tatggtatttacagacccatgaagcacaggagacagcctgaggttgctca
cacagctacagactccaagggcttgctctgctccaaatggagcatgtata
ttgccggatcctgccaaaagccatacggctcattagcttttactatacgg
agaaatgcaccaggcctggtgctaaaatgacatgagaaactgattgacag
caatgggtcaaagaaaagtacagcagaagagaggagctctgggggatttg
ctcatgcttgaatgggggtaggtgtgctgtagctctccgtgggggagcca
gcctgattgcatctgaccaggactatacttaaaaactttttctcaggcat
ttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_86977976_86979097
seq2: B6Ng01-182C23.b_49_1165

seq1  GAATTCCAAGGATTCTTAGGTCTCTGCCCTTTTTATCGATATAGAAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGGATTCTTAGGTCTCTGCCCTTTTTATCGATATAGAAGTTA  50

seq1  AGAAATTTTTATGAATGGCTAAAGGCTACATGTCTATGTATGTAAGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTTTTATGAATGGCTAAAGGCTACATGTCTATGTATGTAAGATTT  100

seq1  GTTTGGCCCCATGTGTGAGACTGTGATAGGCAGCCTATTTTAGTTGAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGCCCCATGTGTGAGACTGTGATAGGCAGCCTATTTTAGTTGAATG  150

seq1  GGGCTTGCTCCTGCGACCCAATAGAGAAATGTACAAAGGACAGAAAGGCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTGCTCCTGCGACCCAATAGAGAAATGTACAAAGGACAGAAAGGCG  200

seq1  AGACACATTCCCAGAATCGGGTGTCTGTCCATAATTCTGTGACTATCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATTCCCAGAATCGGGTGTCTGTCCATAATTCTGTGACTATCAGT  250

seq1  CATGCAGACAATGTCCCAAGCTTCTGGCTTTCTGGCTAGACTGCACCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGACAATGTCCCAAGCTTCTGGCTTTCTGGCTAGACTGCACCCCT  300

seq1  ACAGGTACCTGACTATAGCCAGGTATGCTCCGCCCCACAGTTACCTGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTACCTGACTATAGCCAGGTATGCTCCGCCCCACAGTTACCTGGCA  350

seq1  ACAGTAAGATAGCCCATCCCACTATAAGAGGGGCTGCTTGGCCCCTCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAGATAGCCCATCCCACTATAAGAGGGGCTGCTTGGCCCCTCCTC  400

seq1  GCTCTTTTTAAGCCCTCACCTTTCTTACTCTTTAGCCCTCCTTCTCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTTTAAGCCCTCACCTTTCTTACTCTTTAGCCCTCCTTCTCTCTT  450

seq1  TCCCTTCTCTTCTCTCTCTACGTGGCCATGGCCGGTCTCTCTCTCTACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTCTTCTCTCTCTACGTGGCCATGGCCGGTCTCTCTCTCTACCT  500

seq1  TCTCTCCTTTCTCCCTGCCTTTCTACAATAAAGCTCTACAACCATAGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTTTCTCCCTGCCTTTCTACAATAAAGCTCTACAACCATAGACT  550

seq1  GTCTCTGCTCATCAAGGCCTGCCGTGCCTGAATGATGGGATGGGCTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGCTCATCAAGGCCTGCCGTGCCTGAATGATGGGATGGGCTTTCT  600

seq1  CTTAACTAGCCACGTCTAGCCTCCCACCAGAAGGCCATCCTGTGCTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTAGCCACGTCTAGCCTCCCACCAGAAGGCCATCCTGTGCTCCAG  650

seq1  CCACGCACCTGACCAAGGACTCTTGCCTGCGTGGGAACCATCCAGCACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGCACCTGACCAAGGACTCTTGCCTGCGTGGGAACCATCCAGCACCC  700

seq1  CTCTCCCCTGCCCTCTCCCCCTTCAGCCCTGGGGCCAATGACCCCCCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCTGCCCTCTCCCCCTTCAGCCCTGGGGCCAATGACCCCCCTCC  750

seq1  CAGGGGCCCCCATTCTGTTCTCAGCTCTTCCGCGGTATCCAGCATGGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCCCCCATTCTGTTCTCAGCTCTTCCGCGGTATCCAGCATGGGAT  800

seq1  GCCCAAGGCTGAGAACCTGGTACCTAGGGCTAACACTTGTCCACCACCCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAGGCTGAGAACCTGGTACCTAGGGCTAACACTTGTCCACCACCCG  850

seq1  CTGAGATGGGGTCAGTGGCTTAACACAGCTAGACTCGCCCCCCACCCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGAGATGGGGTCAGTGGCTTAACACAGCTAGACTCG-CCCCCACCCCAC  899

seq1  AGTCCTCGTGGAAAATGTGCGGCAGTCCTCCCGTGTCTGCCTGCCCAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCGTGGAAAATGTGCGGCAGTCCTCCCGTGTCTGCCTGCCCAAAG  949

seq1  CAGCGAAACTCTGGTGGG-ACACGGGCACTCTCCCACTCCCCTCTTTCCC  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGCGAAACTCTGGTGGGAACACGGGCACTCTCCCACTCCCCTCTTT-CC  998

seq1  CCACACCCACGGCCCCG-CACCCATGCAGTAAATTCAAAAAGGCTATTGC  1048
      ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||    |||||||| |||
seq2  CCACA-CCACGGTCCCGCCACCCATGCAGTAAAT---CAAAGGCTA-TGC  1043

seq1  TTTGAATGGTTTACATTCATCCTACAGGGACTGGCTGCTGT-AAGT-GGG  1096
      |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |||| |||
seq2  TTTGAATGGTTTACATTCATTCTACA-GAACT-GCTGCTGTAAAGTGGGG  1091

seq1  GAGAGTTT-GCTTGAGCATAAGGAGAA  1122
      |||||||| ||| |||||| | |||||
seq2  GAGAGTTTGGCTGGAGCAT-ACGAGAA  1117

seq1: chr10_87114977_87116095
seq2: B6Ng01-182C23.g_61_1163 (reverse)

seq1  CAAATGCCTGAGAAAAAAAAGTTTTTAAAGTAATAAGTCCTTGTCAGATT  50
      ||||||||||||   ||||||||||| |||||   |||||| |||||| |
seq2  CAAATGCCTGAG---AAAAAGTTTTT-AAGTA--TAGTCCTGGTCAGA-T  43

seq1  CCAATCAGCCTGGCCTCCCCACGGAGAGCTACAGGCACACCTACCCCATT  100
       ||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||  |
seq2  GCAATCAGGCTGGCTCCCCCACGGAGAGCTACA-GCACACCTACCCCCAT  92

seq1  CCAAAAGGCATGAGCAAAATCCCCCAGAGCTCCTCTCTTCCTGCTGTACT  150
       |||   |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  TCAA---GCATGAGC-AAATCCCCCAGAGCTCCTCTCTT-CTGCTGTAC-  136

seq1  TTTTCTTTTGACCATTGCTGTCAAATCAGTTTTCTCATGTCATTTTAGCA  200
      ||||||||   ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTGACCCATTGCTGTC-AATCAG-TTTCTCATGTCATTTTAGCA  184

seq1  CCAGGCCTGGTGCATTTCTCCGTATAGTAAAAGCTAATGAGCCGTATGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCTGGTGCATTTCTCCGTATAGTAAAAGCTAATGAGCCGTATGGC  234

seq1  TTTTGGCAGGATCCGGCAATATACATGCTCCATTTGGAGCAGAGCAAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGCAGGATCCGGCAATATACATGCTCCATTTGGAGCAGAGCAAGCC  284

seq1  CTTGGAGTCTGTAGCTGTGTGAGCAACCTCAGGCTGTCTCCTGTGCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGTCTGTAGCTGTGTGAGCAACCTCAGGCTGTCTCCTGTGCTTCA  334

seq1  TGGGTCTGTAAATACCATAACTGTGGTCACCGTGAAGAATTATTAATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTGTAAATACCATAACTGTGGTCACCGTGAAGAATTATTAATATT  384

seq1  CCAGAAGCCTGCTTTGACCCTACCCCCTACAGAGCAGGCTCTACTAACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGCCTGCTTTGACCCTACCCCCTACAGAGCAGGCTCTACTAACAC  434

seq1  ACAGCTTCGCATTGGATCCCATCCAGTTGGAATTTATGAGTGGAAGCGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTCGCATTGGATCCCATCCAGTTGGAATTTATGAGTGGAAGCGGC  484

seq1  AGACAGCCCATGTTGAAGCAAAGTCCCACCTTCGGCTGGCTCTCCAGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCCCATGTTGAAGCAAAGTCCCACCTTCGGCTGGCTCTCCAGCTC  534

seq1  AGACCCCAAGGACATCACAGTATTTGATGAACTCAGAATGCATTTATTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCAAGGACATCACAGTATTTGATGAACTCAGAATGCATTTATTGG  584

seq1  GCGCCTAACATGTGCTAAGCCTAGGTTTAGATGCCAGAGATATAGAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCTAACATGTGCTAAGCCTAGGTTTAGATGCCAGAGATATAGAGATG  634

seq1  ACAAAGCCCCATTCCCAGGGCCAAGAGAAAGTGATATTTGCTAAGGGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCCCCATTCCCAGGGCCAAGAGAAAGTGATATTTGCTAAGGGGAG  684

seq1  AGGGAAATATAAACCAGGTTTTATGTGCTAGCAAGTTTTGGGCATAGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATATAAACCAGGTTTTATGTGCTAGCAAGTTTTGGGCATAGTCT  734

seq1  TTGGTAAAACTTAGAGAAGAGTATCCATTCTTTCATTGTGTCCCTGTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAAACTTAGAGAAGAGTATCCATTCTTTCATTGTGTCCCTGTGAA  784

seq1  CTCTTGGTACTTACAGTGTGGCCCTCAGGCCAGCAGCTGCACCTGGAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGTACTTACAGTGTGGCCCTCAGGCCAGCAGCTGCACCTGGAGCA  834

seq1  GTTTAGCAATAAATCCCTGCAGCCTAATCCAAACTAGGGCTTCTAGAATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGCAATAAATCCCTGCAGCCTAATCCAAACTAGGGCTTCTAGAATG  884

seq1  TAGGGAAACTTTAAAAAAAATCAGATATTCCCACTTATAATTTTAAGTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAACTTTAAAAAAAATCAGATATTCCCACTTATAATTTTAAGTAC  934

seq1  CAGGAGAGTCCTCTTAAAGTATCTGTTCTTGGGCTCCATCCTTATCAACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAGTCCTCTTAAAGTATCTGTTCTTGGGCTCCATCCTTATCAACT  984

seq1  CTTGCATGATAGGTCTGAAGACTGCTTCAGAAGCCCTCTGGACACATCTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATGATAGGTCTGAAGACTGCTTCAGAAGCCCTCTGGACACATCTG  1034

seq1  ATGAAGCTGTTTTGTGGGCTGCCATTTCTGAACCAGTTTCTTCCTTGTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCTGTTTTGTGGGCTGCCATTTCTGAACCAGTTTCTTCCTTGTTT  1084

seq1  CTCCAACTTGGTTGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACTTGGTTGAATTC  1103