BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188A10
Chromosome10 (Build37)
Map Location 45,733,720 - 45,845,094
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePrep, Popdc3, Bves, Lin28b, Dbil5-ps, LOC100042364, Hace1, LOC664781
Downstream geneLOC100041632
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188A10.bB6Ng01-188A10.g
ACCGA012441GA012442
length1,1501,127
definitionB6Ng01-188A10.b B6Ng01-188A10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,843,942 - 45,845,094)(45,733,720 - 45,734,855)
sequence
gaattccaggaagttttaaatttctttatttttttccctgactcagagat
catggagtagagagttgtttactttctgtctaaccaaatttttaagcttc
aggtgcagggaaaagtcttgtctcaaaagaataagatgaagtatgattaa
ggatgatacttgatattgactcctgggatccacacacatttacacaaagg
caggtatcaatatatatgtacaaacactgaacacacacacatacacacac
acatacacacacacacacacacacatacacacacacattatgcatgtgtt
atacatgcacacataccacactaaccacaaacatgcttactatattaagc
tgagaaaataataaaagttttatagataagataataattttataatgtag
tatttactataaggattgtgagctggtggaaaaatatcatcatcttaacc
tgtaaattctgtgatcactccagactgacatttttcatcaaatagaaagg
ataaaatattcacacagagaacaactctttctaatgtgtaactttatata
tgtgctattacttacacttgcaactcatactttataatttgtcggccata
gctataagagaggtgtggaaacagtctccatgcaagtatgcacagaaaaa
ccacagaggattcaatatgcaacattttaaaggtgggaaatggacattga
tgttaactcagtaatccatctagccaaccaaatatccatgttcttacttc
ttcccacagactacaatcatcccctaaataagggagttttttagtttctt
ttctattgcagtaataaaacactatacccaaggaaatttataaaagaaaa
catttaatttggagcacacagtcccagaggcttagagcccatgactccca
tggcaggaagcatatcaccagtttccctgtcatacaaataaaaatcagga
atggacactggattgtactcaaaagtctccacagcccaaccaggaagcta
tggcactggggcagtagctgagagcttgcatctccctctacagcataatg
gagtggtgtgggcattgaagctcaaaacaccaccacagtacagctctaac
accagggtcacaagctgcctatccctctaaacagttcaatcaacttgaga


gaattctcaggcagtgctgatcttatatgggtggtccagttgccggccca
gcatgctggttcccttcctacttcaacttgcagatagatccctgctctct
caagacctagagtgatatgtttgggcgtccactgtctgtgtttgtcttat
tccacatccttagtgtgaactcacctaaagagcaaatagaaaactgacat
acagaaggacacatccacttcctattcattcgtgatggtgaccttggcca
aggttgagattacatgttaagaaagaaaggacgggtttacatagtgacaa
agagtgaaatgacgttttcaagtctgcttcttatcattccaggcatcctg
aaatttatgtggttacatgtaagtaagccattgttgactggttgatctgg
gtggtagtgaggaatgatgctgttttgtagatatgttaggagaaaatacc
caagcccaggcaacccagcagctgatgttcacaatcagcatacaccaagg
atgttgcctttcaccatgggaccttaagatgaacaaattatgcgtttctt
catgtattagttgacactatgcagattactgttttaaaaataagttactg
aaaaatgtccaaaatatttcaaaatgcaaatcacacttctttttctgtta
ttgcgtcaatacctctgaaactgggtgaaatatgagtgcatttttacctt
taaaacttggagttcaaatcagacatggcggttcatgtgtgtattctcag
ggcttgggaagatgaagaagactgctgtgaatttgaggctagtctaaggc
acagaatgagaccttgtctaaacaacaaaacaacaaatgcagcataataa
attaatagaaaatacaaataaaaataaaaaagtggaattaaaatagtttc
ttaatagtttgtttgtttattttattttattattaattgtcaaaagcaga
aaaaggcaaccctgtcctctagacttcaagttatttaggtagtaaaactc
aattgaattgggttagttgctttataggaaactatggagcctgacataca
ggctttgggattagcccatatagtttggaattagttccccaatacttgca
ttaactccatggagtattaccccttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_45843942_45845094
seq2: B6Ng01-188A10.b_45_1194 (reverse)

seq1  TCTCCAGTTGATGGAACTGTTTAGGAGGGATTAGCAGC-TGTGACCTGGT  49
      |||| ||||||| |||||||||| |||||||  ||||| |||||||  | 
seq2  TCTCAAGTTGATTGAACTGTTTA-GAGGGATAGGCAGCTTGTGACCCTGG  49

seq1  TGTAGGAGCTTGTTACTGGTGGT-GTGTTTTGAGGCTTCAAATGCCCACA  98
      |||  |||||   |||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  TGTTAGAGCT--GTACT-GTGGTGGTGTTTTGA-GCTTC-AATGCCCACA  94

seq1  CCACTCCATTATGCTTGTAGAGGGAGATGCAAGCTCTCAGCTACTGCCCC  148
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCATTATGC-TGTAGAGGGAGATGCAAGCTCTCAGCTACTGCCCC  143

seq1  AGTGCCATAGCTTCCTGGTT-GGCTGTGGAGACTTTTGAGTACAATCCAG  197
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCATAGCTTCCTGGTTGGGCTGTGGAGACTTTTGAGTACAATCCAG  193

seq1  TGTCCATTCCTGATTTTTATTTGTATGACAGGG-AACTGGTGATATGCTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTCCTGATTTTTATTTGTATGACAGGGAAACTGGTGATATGCTT  243

seq1  CCTGCCATGGGAGTCATGGGCTCTAAGCCTCTGGGACTGTGTGCTCCAAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCATGGGAGTCATGGGCTCTAAGCCTCTGGGACTGTGTGCTCCAAA  293

seq1  TTAAATGTTTTCTTTTATAAATTTCCTTGGGTATAGTGTTTTATTACTGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTTTTCTTTTATAAATTTCCTTGGGTATAGTGTTTTATTACTGC  343

seq1  AATAGAAAAGAAACTAAAAAACTCCCTTATTTAGGGGATGATTGTAGTCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAAAGAAACTAAAAAACTCCCTTATTTAGGGGATGATTGTAGTCT  393

seq1  GTGGGAAGAAGTAAGAACATGGATATTTGGTTGGCTAGATGGATTACTGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAGAAGTAAGAACATGGATATTTGGTTGGCTAGATGGATTACTGA  443

seq1  GTTAACATCAATGTCCATTTCCCACCTTTAAAATGTTGCATATTGAATCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACATCAATGTCCATTTCCCACCTTTAAAATGTTGCATATTGAATCC  493

seq1  TCTGTGGTTTTTCTGTGCATACTTGCATGGAGACTGTTTCCACACCTCTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTTTTTCTGTGCATACTTGCATGGAGACTGTTTCCACACCTCTC  543

seq1  TTATAGCTATGGCCGACAAATTATAAAGTATGAGTTGCAAGTGTAAGTAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCTATGGCCGACAAATTATAAAGTATGAGTTGCAAGTGTAAGTAA  593

seq1  TAGCACATATATAAAGTTACACATTAGAAAGAGTTGTTCTCTGTGTGAAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACATATATAAAGTTACACATTAGAAAGAGTTGTTCTCTGTGTGAAT  643

seq1  ATTTTATCCTTTCTATTTGATGAAAAATGTCAGTCTGGAGTGATCACAGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATCCTTTCTATTTGATGAAAAATGTCAGTCTGGAGTGATCACAGA  693

seq1  ATTTACAGGTTAAGATGATGATATTTTTCCACCAGCTCACAATCCTTATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAGGTTAAGATGATGATATTTTTCCACCAGCTCACAATCCTTATA  743

seq1  GTAAATACTACATTATAAAATTATTATCTTATCTATAAAACTTTTATTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATACTACATTATAAAATTATTATCTTATCTATAAAACTTTTATTAT  793

seq1  TTTCTCAGCTTAATATAGTAAGCATGTTTGTGGTTAGTGTGGTATGTGTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAGCTTAATATAGTAAGCATGTTTGTGGTTAGTGTGGTATGTGTG  843

seq1  CATGTATAACACATGCATAATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATAACACATGCATAATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTG  893

seq1  TGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTTCAGTGTTTGTACATATATATTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTTCAGTGTTTGTACATATATATTG  943

seq1  ATACCTGCCTTTGTGTAAATGTGTGTGGATCCCAGGAGTCAATATCAAGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGCCTTTGTGTAAATGTGTGTGGATCCCAGGAGTCAATATCAAGT  993

seq1  ATCATCCTTAATCATACTTCATCTTATTCTTTTGAGACAAGACTTTTCCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCCTTAATCATACTTCATCTTATTCTTTTGAGACAAGACTTTTCCC  1043

seq1  TGCACCTGAAGCTTAAAAATTTGGTTAGACAGAAAGTAAACAACTCTCTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGAAGCTTAAAAATTTGGTTAGACAGAAAGTAAACAACTCTCTA  1093

seq1  CTCCATGATCTCTGAGTCAGGGAAAAAAATAAAGAAATTTAAAACTTCCT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGATCTCTGAGTCAGGGAAAAAAATAAAGAAATTTAAAACTTCCT  1143

seq1  GGAATTC  1153
      |||||||
seq2  GGAATTC  1150


seq1: chr10_45733720_45734855
seq2: B6Ng01-188A10.g_66_1192

seq1  GAATTCTCAGGCAGTGCTGATCTTATATGGGTGGTCCAGTTGCCGGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGCAGTGCTGATCTTATATGGGTGGTCCAGTTGCCGGCCCA  50

seq1  GCATGCTGGTTCCCTTCCTACTTCAACTTGCAGATAGATCCCTGCTCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTGGTTCCCTTCCTACTTCAACTTGCAGATAGATCCCTGCTCTCT  100

seq1  CAAGACCTAGAGTGATATGTTTGGGCGTCCACTGTCTGTGTTTGTCTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCTAGAGTGATATGTTTGGGCGTCCACTGTCTGTGTTTGTCTTAT  150

seq1  TCCACATCCTTAGTGTGAACTCACCTAAAGAGCAAATAGAAAACTGACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATCCTTAGTGTGAACTCACCTAAAGAGCAAATAGAAAACTGACAT  200

seq1  ACAGAAGGACACATCCACTTCCTATTCATTCGTGATGGTGACCTTGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGGACACATCCACTTCCTATTCATTCGTGATGGTGACCTTGGCCA  250

seq1  AGGTTGAGATTACATGTTAAGAAAGAAAGGACGGGTTTACATAGTGACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGAGATTACATGTTAAGAAAGAAAGGACGGGTTTACATAGTGACAA  300

seq1  AGAGTGAAATGACGTTTTCAAGTCTGCTTCTTATCATTCCAGGCATCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAAATGACGTTTTCAAGTCTGCTTCTTATCATTCCAGGCATCCTG  350

seq1  AAATTTATGTGGTTACATGTAAGTAAGCCATTGTTGACTGGTTGATCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATGTGGTTACATGTAAGTAAGCCATTGTTGACTGGTTGATCTGG  400

seq1  GTGGTAGTGAGGAATGATGCTGTTTTGTAGATATGTTAGGAGAAAATACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGTGAGGAATGATGCTGTTTTGTAGATATGTTAGGAGAAAATACC  450

seq1  CAAGCCCAGGCAACCCAGCAGCTGATGTTCACAATCAGCATACACCAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCAGGCAACCCAGCAGCTGATGTTCACAATCAGCATACACCAAGG  500

seq1  ATGTTGCCTTTCACCATGGGACCTTAAGATGAACAAATTATGCGTTTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCCTTTCACCATGGGACCTTAAGATGAACAAATTATGCGTTTCTT  550

seq1  CATGTATTAGTTGACACTATGCAGATTACTGTTTTAAAAATAAGTTACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATTAGTTGACACTATGCAGATTACTGTTTTAAAAATAAGTTACTG  600

seq1  AAAAATGTCCAAAATATTTCAAAATGCAAATCACACTTCTTTTTCTGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTCCAAAATATTTCAAAATGCAAATCACACTTCTTTTTCTGTTA  650

seq1  TTGCGTCAATACCTCTGAAACTGGGTGAAATATGAGTGCATTTTTACCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTCAATACCTCTGAAACTGGGTGAAATATGAGTGCATTTTTACCTT  700

seq1  TAAAACTTGGAGTTCAAATCAGACATGGCGGTTCATGTGTGTATTCTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTGGAGTTCAAATCAGACATGGCGGTTCATGTGTGTATTCTCAG  750

seq1  GGCTTGGGAAGATGAAGAAGACTGCTGTGAATTTGAGGCTAGTCTAAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGGAAGATGAAGAAGACTGCTGTGAATTTGAGGCTAGTCTAAGGC  800

seq1  ACAGAATGAGACCTTGTCTAAAACAACAAAACAACAAATGCAGCATAAAT  850
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAGAATGAGACCTTGTCT-AAACAACAAAACAACAAATGCAGCAT-AAT  848

seq1  AAATTAATAGAAAATACAAATAAAAATAAAAAAGTGGAATTAAAATAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATAGAAAATACAAATAAAAATAAAAAAGTGGAATTAAAATAGTT  898

seq1  TCTTAATAGTTTGTTTGTTTA-TTTATTTATTTATTTATTTGTCAAAAGC  949
      ||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| |||||||||||
seq2  TCTTAATAGTTTGTTTGTTTATTTTATTTTATTA-TTAATTGTCAAAAGC  947

seq1  AGAAAAAGGCAA-CCTGT-CTCTAGACTTCAAGTTATTTAGTTAGTAAAA  997
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAAAAAGGCAACCCTGTCCTCTAGACTTCAAGTTATTTAGGTAGTAAAA  997

seq1  CTCAAATTTGGAATTTGGTTAAGTTGCTTTATAGGAAAATATGGAGCCCT  1047
      |||||   | ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  CTCAA---TTGAATTGGGTT-AGTTGCTTTATAGGAAACTATGGAG-CCT  1042

seq1  GACATACAGGCTTTGGAATTTAGCCCATTATAGGTTTGAATTAGTTCCCC  1097
      |||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||||||| |||
seq2  GACATACAGGCTTTGGGA-TTAGCCCA-TATAGTTTGGAATTAGTT-CCC  1089

seq1  CAATAACTGCATTTAACCTCATGAAGTATTACCCCTTAA  1136
      |||||  |||| |||||  |||| |||||||||||||||
seq2  CAATACTTGCA-TTAACTCCATGGAGTATTACCCCTTAA  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |