BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188J01
Chromosome10 (Build37)
Map Location 45,802,034 - 45,938,806
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePrep, Popdc3, Bves, Lin28b, Dbil5-ps, LOC100042364, Hace1, LOC664781
Downstream geneLOC100041632
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188J01.bB6Ng01-188J01.g
ACCGA012834GA012835
length1,140737
definitionB6Ng01-188J01.b B6Ng01-188J01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,802,034 - 45,803,181)(45,938,053 - 45,938,806)
sequence
gaattcttggacattcagttaggagatagctattgttgggataggtggac
cacagcctgtaaaccattctaataaacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacattatacatattcattttaagagttct
gttcctctagagaaccctaagtaatacacataactatgacatcctttaga
aaactatttcttcacaagtaactcccatggtgaaggagaaaaataatttt
aaaattatctataattccccactcagctttgtgggcatctctgcctgtta
tgtggagttagagaagggaacaacaacaacaacaaaatgaccatgtcaga
agtgtgacaagtgtcacgaggcccagctgtctctgtaagggatgtcaagc
cccacgcaccaggtttgtgtcttggttaataaatgattacaggtaaaatg
atgagtttgctcttgtgaacttgaatttgctcttgctaaaataaacaggt
aaaatatgttaacctagaaaaatgggatgttttgtacgattgacagtaga
aatagtgttatataaaacagtatcatgcaggcaaatgtatttatgactat
cactatgtagaaaatgcatctctctctctctctctctctttctctgtatg
tatgtgtgtgtgtttctagtcttagagactcagggcaaactaccggcagt
atacatagatgtatttaaaactgatgattaaaatattttgtttgttttgt
ttttcatctaaaaatgaaacttagttttgatcattataatttttccaggt
tttgaaactgctttcccttgttttcatgggacacaccaaactgagcgcaa
cagtgtgaaatacatgtctgtggggtgggaagttgaaaccattgaacact
ctcagtctgcccagtgtgtctcagtggcagaagctcttgtgctagcattg
tgtgtgccgtttcaactgtgaaaatgcagcggtcaatagcctctttgcat
ttcctcatttactcccacagagagagctcttgtgctgctattgctctcct
gctgtgaacatataacagatggtctagttcaaggttctttaaagcacaga
gggaagatacttggtctgctattttcgatttatgtacatc

gaattctgtgctaaaaccgtctggccctgggctttttttgcttgggagac
ttttaatgattgcttctatttcctctggggttacagacctatttaacttg
tttatcttatcttggtttaaatattttcaagtctcactgtggtcactcta
agtggtaactggtaaacacacacacacacacacacacacacgaagcgtgt
tctctctaaattgacttgcacttgacggacatgtatagattttaagagat
ctgtagaatcttcactgaatcttcaaaacacaaaatgggggggggggatc
ctatcaatcatgactatgaaaggggtttaagttcaaaaggaaggctttct
tgggacttcaagaatataaacttgagttagttgtcaatggtgtatgttta
aatggtgatcacttttgcctgacatttccactgaaattagacaccatgaa
caagttttaagagttttctatggtcattatagaaatacattgatggagtg
ttgtgtgcatttgcattaggatagagtgaatttacacatattcccaaata
aatcttccatggaatataacctctatcacacattttattggaggaatctc
taccttgtcctggtaagttgcaccaggcagctatcatagaatgtttcatt
ccaatttagttagaaactctttttgaaaaagcatgattcaccaatctgag
agagaaagagagagaaaggatgaaggatagggagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_45802034_45803181
seq2: B6Ng01-188J01.b_48_1187

seq1  GAATTCTTGGACATTCAGTTAGGAGATAGCTATTGTTGGGATAGGTGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGACATTCAGTTAGGAGATAGCTATTGTTGGGATAGGTGGAC  50

seq1  CACAGCCTGTAAACCATTCTAATAAACACACACACACACACACACACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCTGTAAACCATTCTAATAAACACACACACACACACACACACACA  100

seq1  CACACACACACACACACACACACATTATACATATTCATTTTAAGAGTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACATTATACATATTCATTTTAAGAGTTCT  150

seq1  GTTCCTCTAGAGAACCCTAAGTAATACACATAACTATGACATCCTTTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCTAGAGAACCCTAAGTAATACACATAACTATGACATCCTTTAGA  200

seq1  AAACTATTTCTTCACAAGTAACTCCCATGGTGAAGGAGAAAAATAATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATTTCTTCACAAGTAACTCCCATGGTGAAGGAGAAAAATAATTTT  250

seq1  AAAATTATCTATAATTCCCCACTCAGCTTTGTGGGCATCTCTGCCTGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATCTATAATTCCCCACTCAGCTTTGTGGGCATCTCTGCCTGTTA  300

seq1  TGTGGAGTTAGAGAAGGGAACAACAACAACAACAAAATGACCATGTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGTTAGAGAAGGGAACAACAACAACAACAAAATGACCATGTCAGA  350

seq1  AGTGTGACAAGTGTCACGAGGCCCAGCTGTCTCTGTAAGGGATGTCAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGACAAGTGTCACGAGGCCCAGCTGTCTCTGTAAGGGATGTCAAGC  400

seq1  CCCACGCACCAGGTTTGTGTCTTGGTTAATAAATGATTACAGGTAAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACGCACCAGGTTTGTGTCTTGGTTAATAAATGATTACAGGTAAAATG  450

seq1  ATGAGTTTGCTCTTGTGAACTTGAATTTGCTCTTGCTAAAATAAACAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTTGCTCTTGTGAACTTGAATTTGCTCTTGCTAAAATAAACAGGT  500

seq1  AAAATATGTTAACCTAGAAAAATGGGATGTTTTGTACGATTGACAGTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGTTAACCTAGAAAAATGGGATGTTTTGTACGATTGACAGTAGA  550

seq1  AATAGTGTTATATAAAACAGTATCATGCAGGCAAATGTATTTATGACTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGTTATATAAAACAGTATCATGCAGGCAAATGTATTTATGACTAT  600

seq1  CACTATGTAGAAAATGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTGTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGTAGAAAATGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTGTATG  650

seq1  TATGTGTGTGTGTTTCTAGTCTTAGAGACTCAGGGCAAACTACCGGCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTGTGTTTCTAGTCTTAGAGACTCAGGGCAAACTACCGGCAGT  700

seq1  ATACATAGATGTATTTAAAACTGATGATTAAAATATTTTGTTTGTTTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAGATGTATTTAAAACTGATGATTAAAATATTTTGTTTGTTTTGT  750

seq1  TTTTCATCTAAAAATGAAACTTAGTTTTGATCATTATAATTTTTCCAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCTAAAAATGAAACTTAGTTTTGATCATTATAATTTTTCCAGGT  800

seq1  TTTGAAACTGCTTTCCCTTGTTTTCATGGGACACACCAAACTGAGCGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAACTGCTTTCCCTTGTTTTCATGGGACACACCAAACTGAGCGCAA  850

seq1  CAGTGTGAAATACATGTCTGTGGGGTGGGAAGTTGAAACCATTGAACACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGAAATACATGTCTGTGGGGTGGGAAGTTGAAACCATTGAACACT  900

seq1  CTCAGTCTGCCCAGTGTGTCTCAGTGGCAGAAGCTCTTGTGCTAAGCA-T  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  CTCAGTCTGCCCAGTGTGTCTCAGTGGCAGAAGCTCTTGTGCT-AGCATT  949

seq1  GTGTGTGCCG-TTCCACTGTGAAAATGCAGCGTTCAATAG-CTCTTTGCA  997
      |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GTGTGTGCCGTTTCAACTGTGAAAATGCAGCGGTCAATAGCCTCTTTGCA  999

seq1  TTT-CTCATTTTACTCCCACAGAGAAGAGGCTCTGTGGCTGCCTATTGCT  1046
      ||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||   |||| ||||||||
seq2  TTTCCTCA-TTTACTCCCACAGAG-AGA-GCTCTTGTGCTG-CTATTGCT  1045

seq1  CT-CTGCTGTGAAACATAT-ACAGATGGTCTAGTTCAAGGTTCTTTAAAA  1094
      || |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCCTGCTGTG-AACATATAACAGATGGTCTAGTTCAAGGTTCTTTAAA-  1093

seq1  GGCACAGAGGGAAGATACTTTGTGTCTGCTTATTTTTCGTATTTTATGTA  1144
       |||||||||||||||||||   |||||||   ||||||   ||||||||
seq2  -GCACAGAGGGAAGATACTT--GGTCTGCT--ATTTTCG--ATTTATGTA  1136

seq1  CATC  1148
      ||||
seq2  CATC  1140


seq1: chr10_45938053_45938806
seq2: B6Ng01-188J01.g_69_805 (reverse)

seq1  TCTCTCCCTCTCCTTCTCCTTCTCTCTCTCCCTCTCC-TCCTCC-TTCTC  48
                              ||||||||| ||| || ||| |||||
seq2  ------------------------TCTCTCCCTATCCTTCATCCTTTCTC  26

seq1  TCTCTTTCTCTCTCAGATTGGTGAATCATGCTTTT--CAAAAGAG-TTCT  95
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||
seq2  TCTCTTTCTCTCTCAGATTGGTGAATCATGCTTTTTCAAAAAGAGTTTCT  76

seq1  AACTAAATTGGAATG-AACATTCTATGATAGCTGCCTGGTGCAACTTACC  144
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAATTGGAATGAAACATTCTATGATAGCTGCCTGGTGCAACTTACC  126

seq1  AGGACAAGGTAGAGATTCCTCCAATAAAATGTGTGATAGAGGTTATATTC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAGGTAGAGATTCCTCCAATAAAATGTGTGATAGAGGTTATATTC  176

seq1  CATGGAAGATTTA-TTGGGAATATGTGTAAATTCACTCTTTCCTAATGCA  243
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CATGGAAGATTTATTTGGGAATATGTGTAAATTCACTCTATCCTAATGCA  226

seq1  AATGCACACAACACTCCATCAATGTATTTCTATAATGACCATAGAAAACT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACACAACACTCCATCAATGTATTTCTATAATGACCATAGAAAACT  276

seq1  CTTAAAACTTGTTCATGGTGTCTAATTTCAGTGGAAATGTCAGGCAAAAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAACTTGTTCATGGTGTCTAATTTCAGTGGAAATGTCAGGCAAAAG  326

seq1  TGATCACCATTTAAACATACACCATTGACAACTAACTCAAGTTTATATTC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCACCATTTAAACATACACCATTGACAACTAACTCAAGTTTATATTC  376

seq1  TTGAAGTCCCAAGAAAGCCTTCCTTTTGAACTTAAACCCCTTTCATAGTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTCCCAAGAAAGCCTTCCTTTTGAACTTAAACCCCTTTCATAGTC  426

seq1  ATGATTGATAGGATCCCCCCCCCCCATTTTGTGTTTTGAAGATTCAGTGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTGATAGGATCCCCCCCCCCCATTTTGTGTTTTGAAGATTCAGTGA  476

seq1  AGATTCTACAGATCTCTTAAAATCTATACATGTCCGTCAAGTGCAAGTCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTACAGATCTCTTAAAATCTATACATGTCCGTCAAGTGCAAGTCA  526

seq1  ATTTAGAGAGAACACGCTTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAGAGAACACGCTTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAC  576

seq1  CAGTTACCACTTAGAGTGACCACAGTGAGACTTGAAAATATTTAAACCAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTACCACTTAGAGTGACCACAGTGAGACTTGAAAATATTTAAACCAA  626

seq1  GATAAGATAAACAAGTTAAATAGGTCTGTAACCCCAGAGGAAATAGAAGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGATAAACAAGTTAAATAGGTCTGTAACCCCAGAGGAAATAGAAGC  676

seq1  AATCATTAAAAGTCTCCCAAGCAAAAAAAGCCCAGGGCCAGACGGTTTTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTAAAAGTCTCCCAAGCAAAAAAAGCCCAGGGCCAGACGGTTTTA  726

seq1  GCACAGAATTC  754
      |||||||||||
seq2  GCACAGAATTC  737


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |