BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189K07
Chromosome10 (Build37)
Map Location 111,462,380 - 111,629,930
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG639527, Glipr1l1, Glipr1l2, LOC627895, Glipr1l3, Caps2
Upstream geneEG432502, LOC667904, Osbpl8, Bbs10, Nap1l1, EG382421, Phlda1, Krr1, Glipr1
Downstream geneKcnc2, LOC100042639, 4921506J03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189K07.bB6Ng01-189K07.g
ACCGA013611GA013612
length1,1581,061
definitionB6Ng01-189K07.b B6Ng01-189K07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,462,380 - 111,463,560)(111,628,867 - 111,629,930)
sequence
gaattcaaagctacttgatcaatatttgtaatttgaagtctaagcaatgc
attttcttttatggtctttggaaggctaggttgatcacagctcaaaaatg
tcaaggttgcaccctgaggaaatgaacagacaaaaaaatgttttaaagct
agaaaatatccaaaaataaaatacaactcattctgatggaagagacttgg
tttttatcatagttgccttggtatgttctaaatgtggccaaaatatagta
gattcgaagaatatttaaggactatatccaactaatactatagaaaaatg
aagtaatctccccccccccaaaagcccctagcacagtatacaacagtcat
gtgactaaaagagaatccttgtattattagataagaaccacagaagctat
ggcatgagttctgctgaatgtgtggtgatctctgtgatggtcagtttggt
caacatgacataatatgcagaaatgcctgggaaaggagtctcagtttgga
actgtctatattaggctgacctgcgagcatgagggggcgttattttcata
acattgagttggaaagatccatccactgtgggtggcatcattccctaggc
tagatcctaggatgtctaacagtggagaaagcaaggtgagacctaacatg
tgtgcagtattggttcatcattctctgctcttggctgtggatatgacatt
acatgtttcttcaagatcctgccctgccaccttgagttttctgtgatggt
gacttacaatcgggaattgccagccaaataagccttttctccctcctttt
tcatggtattttatcacagcaacagaacaacaacaacaacaacaacaaca
acacaacaacaacagtcctgggtaaagaaaacccaattagttcccggcag
gcatcgcgtctatttctagaaaacaagatgatgccaatgatatttaaaat
agtaattttttaaaagtaagtgataaactaagatcatactctcaagtgca
tactgtaacccccttagtgtgcgtcagttataaggtgctgcagattctgg
ggaaatgtgctatgctacgaatctccaactgagctagattcgaataagaa
aagccattaagcttacagtgggaacggtccagcttgtcacactccaggta
gctatgac
gaattcacttcattgtgtgtgggtttgtttaatgcttgcattaaaactca
aggaagcaaggtcatggaagacaaggcaagcggctgctggccaccatgtg
agcacatgacatggctggaagacaaccttgctctaaccagtgtatttact
catttctcggtggtgagtaacgctgggaggaagagctagttgtatcaagg
agcccggtgtcatcggaaaaggacccaggtaaatccatatttggattatg
aaatgaagagggccacattgaattccaggcgcccagtgagtggtacaaac
gcttccctatataagtctggaaccagtccaaaatgaagaattaagcactt
agaataccaaaggtgacttctttcattcaccaagttggtgaggaagcatg
gtttgggcacacagcaataataggggaagtgtttgtcactagactcacac
agactaattgtttctttgtacagaagagaaacctgcaaagttcaggtcag
gggtgaaatgtgtgtctgcaggaagctgcctccagagggaagagaagaga
gagggctacgctgcacacaccaaccttgctgccaagttatgaagcagaga
gccttccttctcctttggagagaacaaaggagttggaagccatgcttaaa
atcctaatgaagaaaccccatggggtttgtctgagccggattgactttaa
acaagcggcaaggacttgttatgaagcaatactaagacaggtgcaagaaa
ccagagaggagactgaaaagcggggcccaagttatctgcgcagttatgac
agcttgacatgcgacataggaaaactcaaaattcaggtgatatttacttt
caagtaggcttagacttatcaagggaagatacaaaaggcactaacaatgt
aagaagagattagtaagttggtcaaactctgtgaaaggacatctggatga
acaatgcacagatggaaattaatcgccatcatagtccccagtgaatttgc
aaattgaaatcaccatacagtagagaagttcaattaaaaatcatagggac
catcaagtgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_111462380_111463560
seq2: B6Ng01-189K07.b_42_1199

seq1  GAATTCAAAGCTACTTGATCAATATTTGTAATTTGAAGTCTAAGCAATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCTACTTGATCAATATTTGTAATTTGAAGTCTAAGCAATGC  50

seq1  ATTTTCTTTTATGGTCTTTGGAAGGCTAGGTTGATCACAGCTCAAAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTTATGGTCTTTGGAAGGCTAGGTTGATCACAGCTCAAAAATG  100

seq1  TCAAGGTTGCACCCTGAGGAAATGAACAGACAAAAAAATGTTTTAAAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTTGCACCCTGAGGAAATGAACAGACAAAAAAATGTTTTAAAGCT  150

seq1  AGAAAATATCCAAAAATAAAATACAACTCATTCTGATGGAAGAGACTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATATCCAAAAATAAAATACAACTCATTCTGATGGAAGAGACTTGG  200

seq1  TTTTTATCATAGTTGCCTTGGTATGTTCTAAATGTGGCCAAAATATAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATCATAGTTGCCTTGGTATGTTCTAAATGTGGCCAAAATATAGTA  250

seq1  GATTCGAAGAATATTTAAGGACTATATCCAACTAATACTATAGAAAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGAAGAATATTTAAGGACTATATCCAACTAATACTATAGAAAAATG  300

seq1  AAGTAATCTCCCCCCCCCCAAAAGCCCCTAGCACAGTATACAACAGTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATCTCCCCCCCCCCAAAAGCCCCTAGCACAGTATACAACAGTCAT  350

seq1  GTGACTAAAAGAGAATCCTTGTATTATTAGATAAGAACCACAGAAGCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTAAAAGAGAATCCTTGTATTATTAGATAAGAACCACAGAAGCTAT  400

seq1  GGCATGAGTTCTGCTGAATGTGTGGTGATCTCTGTGATGGTCAGTTTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGAGTTCTGCTGAATGTGTGGTGATCTCTGTGATGGTCAGTTTGGT  450

seq1  CAACATGACATAATATGCAGAAATGCCTGGGAAAGGAGTCTCAGTTTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGACATAATATGCAGAAATGCCTGGGAAAGGAGTCTCAGTTTGGA  500

seq1  ACTGTCTATATTAGGCTGACCTGCGAGCATGAGGGGGCGTTATTTTCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTATATTAGGCTGACCTGCGAGCATGAGGGGGCGTTATTTTCATA  550

seq1  ACATTGAGTTGGAAAGATCCATCCACTGTGGGTGGCATCATTCCCTAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAGTTGGAAAGATCCATCCACTGTGGGTGGCATCATTCCCTAGGC  600

seq1  TAGATCCTAGGATGTCTAACAGTGGAGAAAGCAAGGTGAGACCTAACATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCCTAGGATGTCTAACAGTGGAGAAAGCAAGGTGAGACCTAACATG  650

seq1  TGTGCAGTATTGGTTCATCATTCTCTGCTCTTGGCTGTGGATATGACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGTATTGGTTCATCATTCTCTGCTCTTGGCTGTGGATATGACATT  700

seq1  ACATGTTTCTTCAAGATCCTGCCCTGCCACCTTGAGTTTTCTGTGATGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTTCTTCAAGATCCTGCCCTGCCACCTTGAGTTTTCTGTGATGGT  750

seq1  GACTTACAATCGGGAATTGCCAGCCAAATAAGCCTTTTCTCCCTCCTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTACAATCGGGAATTGCCAGCCAAATAAGCCTTTTCTCCCTCCTTTT  800

seq1  TCATGGTATTTTATCACAGCAACAGAACAACAACAACAACAACAACAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTATTTTATCACAGCAACAGAACAACAACAACAACAACAACAACA  850

seq1  ACAACAACAACAACAGTCCTGGGTAAAGAAAAACCCAATTAGTTCCCGGC  900
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AC-ACAACAACAACAGTCCTGGGTAAAG-AAAACCCAATTAGTTCCCGGC  898

seq1  AGGCATCGCGTCTATTTCTAGAAAAACAAGATGATGCCAATGATATTTAA  950
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGGCATCGCGTCTATTTCTAG-AAAACAAGATGATGCCAATGATATTT-A  946

seq1  AAATAGTAATTTTTTTAAAAAGTAAGTGATAAACTAAGATCATACTTCTC  1000
      |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAATAGTAATTTTTT--AAAAGTAAGTGATAAACTAAGATCATAC-TCTC  993

seq1  AAGTGGCAATACTGTAACCCCCTTAGGTGTGCGTCAGTTAATAAGGGTTG  1050
      |||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||
seq2  AAGTG--CATACTGTAACCCCCTTA-GTGTGCGTCAGTT-ATAAGG--TG  1037

seq1  CTGCAGATTCTGGGGAAAATGTGCTATGGCTTACAGAAATCTCCAACTGA  1100
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||   |  |||||||||||||
seq2  CTGCAGATTCTGGGG-AAATGTGCTAT-GCT---ACGAATCTCCAACTGA  1082

seq1  GCTAGATTTCGATAAAGAAAAAGCCA-TAAGCTTAACAGTGGGGAACGTC  1149
      |||||| |||||  ||| |||||||| ||||||| |||||||| |  |||
seq2  GCTAGA-TTCGAATAAG-AAAAGCCATTAAGCTT-ACAGTGGGAACGGTC  1129

seq1  CAGCTATGTCACAACTCAGGTAGCTCAATGAC  1181
      ||||| |||||||   |||||||||  |||||
seq2  CAGCT-TGTCACACTCCAGGTAGCT--ATGAC  1158

seq1: chr10_111628867_111629930
seq2: B6Ng01-189K07.g_66_1126 (reverse)

seq1  AGCACTTGATGTTCCCTATGATTTTTAAATTGAACTTCTCTACTGTATTG  50
      ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  AGCACTTGATGGTCCCTATGATTTTT-AATTGAACTTCTCTACTGTA-TG  48

seq1  GTGATTTCAATTTGC-AATTCACTGGGGACTAATGATGGCGATTAATTTC  99
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTCAATTTGCAAATTCACTGGGGACT-ATGATGGCGATTAATTTC  97

seq1  CATCTGTGCATTGTTCATCCAGATGTCCTTTCACAGAGTTTGACCAACTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGCATTGTTCATCCAGATGTCCTTTCACAGAGTTTGACCAACTT  147

seq1  ACTAATCTCTTCTTACATTGTTAGTGCCTTTTGTATCTTCCTTTGATAAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACTAATCTCTTCTTACATTGTTAGTGCCTTTTGTATCTTCCCTTGATAAG  197

seq1  TCTAAGCCTACTTGAAAGTAAATATCACCCTGAATTTTGAGTTTTCCTAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCCTACTTGAAAGTAAATATCA-CCTGAATTTTGAGTTTTCCTAT  246

seq1  GTCGCATGTCAAGCTGTCATAACTGCGCAGATAACTTGGGCCCCGCTTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCATGTCAAGCTGTCATAACTGCGCAGATAACTTGGGCCCCGCTTTT  296

seq1  CAGTCTCCTCTCTGGTTTCTTGCACCTGTCTTAGTATTGCTTCATAACAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCCTCTCTGGTTTCTTGCACCTGTCTTAGTATTGCTTCATAACAA  346

seq1  GTCCTTGCCGCTTGTTTAAAGTCAATCCGGCTCAGACAAACCCCATGGGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGCCGCTTGTTTAAAGTCAATCCGGCTCAGACAAACCCCATGGGG  396

seq1  TTTCTTCATTAGGATTTTAAGCATGGCTTCCAACTCCTTTGTTCTCTCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCATTAGGATTTTAAGCATGGCTTCCAACTCCTTTGTTCTCTCCA  446

seq1  AAGGAGAAGGAAGGCTCTCTGCTTCATAACTTGGCAGCAAGGTTGGTGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAGGAAGGCTCTCTGCTTCATAACTTGGCAGCAAGGTTGGTGTG  496

seq1  TGCAGCGTAGCCCTCTCTCTTCTCTTCCCTCTGGAGGCAGCTTCCTGCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCGTAGCCCTCTCTCTTCTCTTCCCTCTGGAGGCAGCTTCCTGCAG  546

seq1  ACACACATTTCACCCCTGACCTGAACTTTGCAGGTTTCTCTTCTGTACAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATTTCACCCCTGACCTGAACTTTGCAGGTTTCTCTTCTGTACAA  596

seq1  AGAAACAATTAGTCTGTGTGAGTCTAGTGACAAACACTTCCCCTATTATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAATTAGTCTGTGTGAGTCTAGTGACAAACACTTCCCCTATTATT  646

seq1  GCTGTGTGCCCAAACCATGCTTCCTCACCAACTTGGTGAATGAAAGAAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTGCCCAAACCATGCTTCCTCACCAACTTGGTGAATGAAAGAAGT  696

seq1  CACCTTTGGTATTCTAAGTGCTTAATTCTTCATTTTGGACTGGTTCCAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTGGTATTCTAAGTGCTTAATTCTTCATTTTGGACTGGTTCCAGA  746

seq1  CTTATATAGGGAAGCGTTTGTACCACTCACTGGGCGCCTGGAATTCAATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATAGGGAAGCGTTTGTACCACTCACTGGGCGCCTGGAATTCAATG  796

seq1  TGGCCCTCTTCATTTCATAATCCAAATATGGATTTACCTGGGTCCTTTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCTCTTCATTTCATAATCCAAATATGGATTTACCTGGGTCCTTTTC  846

seq1  CGATGACACCGGGCTCCTTGATACAACTAGCTCTTCCTCCCAGCGTTACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGACACCGGGCTCCTTGATACAACTAGCTCTTCCTCCCAGCGTTACT  896

seq1  CACCACCGAGAAATGAGTAAATACACTGGTTAGAGCAAGGTTGTCTTCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCGAGAAATGAGTAAATACACTGGTTAGAGCAAGGTTGTCTTCCA  946

seq1  GCCATGTCATGTGCTCACATGGTGGCCAGCAGCCGCTTGCCTTGTCTTCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTCATGTGCTCACATGGTGGCCAGCAGCCGCTTGCCTTGTCTTCC  996

seq1  ATGACCTTGCTTCCTTGAGTTTTAATGCAAGCATTAAACAAACCCACACA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTTGCTTCCTTGAGTTTTAATGCAAGCATTAAACAAACCCACACA  1046

seq1  CAATGAAGTGAATTC  1064
      |||||||||||||||
seq2  CAATGAAGTGAATTC  1061