BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190N19
Chromosome10 (Build37)
Map Location 101,458,739 - 101,516,132
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneMgat4c, LOC667652, Nts, Pamci, LOC382413, Cart1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190N19.bB6Ng01-190N19.g
ACCGA014512GA014513
length1,1471,108
definitionB6Ng01-190N19.b B6Ng01-190N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,458,739 - 101,459,895)(101,515,026 - 101,516,132)
sequence
gaattcctcacaggtggtattatcatatatgctccaagcacctgaggtga
agccagatgacacatagagttaaaagactctcattgagaaggctggctaa
atgaatgtctcattaactccttatcataagttcttaagaaacaaactctc
tgaaatcacatacacaagtatatagaactaacagaacacaggaacaatga
agtattgattaaagtattttttttccaaattccattctgttttaatcagt
ttccatttttgtcagccatacatcaacagatgcagattttaaaggaaacg
ggtcttggctgcaaaggtggttcagtgattaaaagcacttgctgttttgt
agatggccagactttggtttagagcacccaaattaaacagcatccaattg
agtggaactctagttccaggggatccaatgacctgtttggattttgtggc
acctcctctcaatgtatatgcacaaacatatttataattaaagaaattaa
agaagaaattaggcaagtaaagatatattatatttaattaatgagtatat
ctgatgtttcattttattaaatgactaatttctatacttacaattcggtg
aatattcagcaaggatttgaatgaccaaagatgaaaaatattcctctaaa
gtcagtttttctaaatgaatttgtttgacttgatgttaaccttgctttga
tgtcaggaaagataagcataataaaagcaactttaagtgaatgactagtc
tgtgagtacgaatttgcatataattgctttgaattacattgagtatgctc
ctaagtagccccatgtcattgtcaatatcatattgaaaggactacagaca
agggggtattctagattcaaactacaaacaatataagatttatacagttt
gtacaaaatataaattcttataatgatataggatgaataacctattcagg
atatgataatgtccaagaaaaagatttcaagaaactgtttaaggctgcct
agtgctttgttataggtctatttttgtgtgtatgtttcaaatgctactca
tagatatctcttcctttaaatatactagtagatgatcgagatattttgaa
gcatttattcctaggtatgtttgttttgctccttaagcttctcaagc

gaattctgtcttgcatgagcttggccatttcttacatatgctgtaacatt
tcttgtgagttcatatctgtagctcccctgctgtctacagaaaacgcacg
ctgtttccttataaccacccactgcctgtggcactgtcttcttagatcac
tgaacattgcaaagggtgtatgatggagatgtgtcatttagagctgaaat
ctctgtagtcagatattctctgcatccttgaccaaatcatcactattgac
actattactccaaaacaaagaatcttcatgagtctttttagtttttttta
gagtatatcttactagaccagctaacaaactagaatatgtatgcatgagt
tataaggatttctatgttcaaattctaaattgtgtaagctaacttaaatc
ataaaatgttagcaattactgagtatatgaaacattgaagtgtaggaaag
aatagaaacatatgatatcaaataattagaagtcataataatgccatcct
gtggaaaatgttgaaatcagtaaagatatttactataatttcttcttttc
aaactctgtagtggaataaaagttttggtacattgtggaagttcataaaa
ttgtataagacaagaaagctgcatgtctgtattatactgctccctttccc
ctaaatatttaagtgaatagatatacttcagcaaaatataaagtattaat
acatatatacaatatattaatatataatttaagagtaataacatattcta
taaaataatacataacacaagttagtatataatttattatttgtatatta
taaatatgcatataatattaacttacaatttaaacacatttctgtgtatt
gtcatacttctctttctggttagagaaaatttatcaaaatacaattaata
ccagtaggtgaataagtgtggtgacatccccattatatttcatagcacat
actaacattatgtcaaataattgaaaatcattcttattgtttggtgagca
tcaccatttttctactacatgtttttatttatttagatttctattttagc
ttttttctcttcccccatgacccctgaaagtcatcaatccctcgttctct
cctccttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_101458739_101459895
seq2: B6Ng01-190N19.b_45_1191

seq1  GAATTCCTCACAGGTGGTATTATCATATATGCTCCAAGCACCTGAGGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCACAGGTGGTATTATCATATATGCTCCAAGCACCTGAGGTGA  50

seq1  AGCCAGATGACACATAGAGTTAAAAGACTCTCATTGAGAAGGCTGGCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGATGACACATAGAGTTAAAAGACTCTCATTGAGAAGGCTGGCTAA  100

seq1  ATGAATGTCTCATTAACTCCTTATCATAAGTTCTTAAGAAACAAACTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGTCTCATTAACTCCTTATCATAAGTTCTTAAGAAACAAACTCTC  150

seq1  TGAAATCACATACACAAGTATATAGAACTAACAGAACACAGGAACAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCACATACACAAGTATATAGAACTAACAGAACACAGGAACAATGA  200

seq1  AGTATTGATTAAAGTATTTTTTTTCCAAATTCCATTCTGTTTTAATCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGATTAAAGTATTTTTTTTCCAAATTCCATTCTGTTTTAATCAGT  250

seq1  TTCCATTTTTGTCAGCCATACATCAACAGATGCAGATTTTAAAGGAAACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTTTGTCAGCCATACATCAACAGATGCAGATTTTAAAGGAAACG  300

seq1  GGTCTTGGCTGCAAAGGTGGTTCAGTGATTAAAAGCACTTGCTGTTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGGCTGCAAAGGTGGTTCAGTGATTAAAAGCACTTGCTGTTTTGT  350

seq1  AGATGGCCAGACTTTGGTTTAGAGCACCCAAATTAAACAGCATCCAATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCCAGACTTTGGTTTAGAGCACCCAAATTAAACAGCATCCAATTG  400

seq1  AGTGGAACTCTAGTTCCAGGGGATCCAATGACCTGTTTGGATTTTGTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAACTCTAGTTCCAGGGGATCCAATGACCTGTTTGGATTTTGTGGC  450

seq1  ACCTCCTCTCAATGTATATGCACAAACATATTTATAATTAAAGAAATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTCTCAATGTATATGCACAAACATATTTATAATTAAAGAAATTAA  500

seq1  AGAAGAAATTAGGCAAGTAAAGATATATTATATTTAATTAATGAGTATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAATTAGGCAAGTAAAGATATATTATATTTAATTAATGAGTATAT  550

seq1  CTGATGTTTCATTTTATTAAATGACTAATTTCTATACTTACAATTCGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTTTCATTTTATTAAATGACTAATTTCTATACTTACAATTCGGTG  600

seq1  AATATTCAGCAAGGATTTGAATGACCAAAGATGAAAAATATTCCTCTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCAGCAAGGATTTGAATGACCAAAGATGAAAAATATTCCTCTAAA  650

seq1  GTCAGTTTTTCTAAATGAATTTGTTTGACTTGATGTTAACCTTGCTTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTTTTCTAAATGAATTTGTTTGACTTGATGTTAACCTTGCTTTGA  700

seq1  TGTCAGGAAAGATAAGCATAATAAAAGCAACTTTAAGTGAATGACTAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGAAAGATAAGCATAATAAAAGCAACTTTAAGTGAATGACTAGTC  750

seq1  TGTGAGTACGAATTTGCATATAATTGCTTTGAATTACATTGAGTATGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTACGAATTTGCATATAATTGCTTTGAATTACATTGAGTATGCTC  800

seq1  CTAAGTAGCCCCATGTCATTGTCAATATCATATTGAAAGGACTACAGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAGCCCCATGTCATTGTCAATATCATATTGAAAGGACTACAGACA  850

seq1  AGGGGGTATTCTAGATTCAAACTACAAACAATATAAGATTTATACAGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGTATTCTAGATTCAAACTACAAACAATATAAGATTTATACAGTTT  900

seq1  GTACAAAATATAAATTCTTATAATGATATAGGATGAATAACCTATTCAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAAATATAAATTCTTATAATGATATAGGATGAATAACCTATTCAGG  950

seq1  ATATGATAATGTCCAAG-AAAAGATTTCAAGAAAACTG-TTAAGGCTGCC  998
      ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  ATATGATAATGTCCAAGAAAAAGATTTCAAG-AAACTGTTTAAGGCTGCC  999

seq1  TAGTGCTTTGTTATAGGTCTATTTTTGTGTGTATGTTTCAAATGCTACTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTTTGTTATAGGTCTATTTTTGTGTGTATGTTTCAAATGCTACTC  1049

seq1  ATTATTTATTATCTCTTTTCCTTTACATATACTAGTAGGAAAAGAAACAG  1098
      ||        || ||| |||||||| ||||||||||||   | |  |  |
seq2  AT------AGATATCTCTTCCTTTAAATATACTAGTAG---ATG--ATCG  1088

seq1  AGAATATTTGAAGCATTTATTCCTAGGTTATGTTTG-TTTGCTCCTTTAG  1147
      |||   ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||
seq2  AGATATTTTGAAGCATTTATTCCTAGG-TATGTTTGTTTTGCTCCTTAAG  1137

seq1  CTTCTCAAGC  1157
      ||||||||||
seq2  CTTCTCAAGC  1147


seq1: chr10_101515026_101516132
seq2: B6Ng01-190N19.g_67_1174 (reverse)

seq1  GAAGGA--AGAGAAGGAGGGA-TGATGGACTTTCAGGGGTCATGGGGGAA  47
      ||||||  |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGGAGAGAACGAGGGATTGAT-GACTTTCAGGGGTCATGGGGGAA  49

seq1  GAGAAAAAGCTTAAAATAGGAAATCTAAAT-AATAAAAACATGTAGGTAG  96
      ||||||||   ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  GAGAAAAAAGCTAAAATA-GAAATCTAAATAAATAAAAACATGTA-GTAG  97

seq1  -AAAATGGTGATGCTCACCAAACAATAAGAATGATTTTCAATTATTTGAC  145
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGGTGATGCTCACCAAACAATAAGAATGATTTTCAATTATTTGAC  147

seq1  ATAATGTTAGTATGTGCTTATGAAATATAATGGGGATGTCACCACACTTA  195
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTTAGTATGTGC-TATGAAATATAATGGGGATGTCACCACACTTA  196

seq1  TTCACCTACTGGTATTAATTGTATTTTGATAAATTTTCTCTAACCAGAAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTACTGGTATTAATTGTATTTTGATAAATTTTCTCTAACCAGAAA  246

seq1  GAGAAGTATGACAATACACAGAAATGTGTTTAAATTGTAAGTTAATATTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTATGACAATACACAGAAATGTGTTTAAATTGTAAGTTAATATTA  296

seq1  TATGCATATTTATAATATACAAATAATAAATTATATACTAACTTGTGTTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATATTTATAATATACAAATAATAAATTATATACTAACTTGTGTTA  346

seq1  TGTATTATTTTATAGAATATGTTATTACTCTTAAATTATATATTAATATA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTATTTTATAGAATATGTTATTACTCTTAAATTATATATTAATATA  396

seq1  TTGTATATATGTATTAATACTTTATATTTTGCTGAAGTATATCTATTCAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATATATGTATTAATACTTTATATTTTGCTGAAGTATATCTATTCAC  446

seq1  TTAAATATTTAGGGGAAAGGGAGCAGTATAATACAGACATGCAGCTTTCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATATTTAGGGGAAAGGGAGCAGTATAATACAGACATGCAGCTTTCT  496

seq1  TGTCTTATACAATTTTATGAACTTCCACAATGTACCAAAACTTTTATTCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTATACAATTTTATGAACTTCCACAATGTACCAAAACTTTTATTCC  546

seq1  ACTACAGAGTTTGAAAAGAAGAAATTATAGTAAATATCTTTACTGATTTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGAGTTTGAAAAGAAGAAATTATAGTAAATATCTTTACTGATTTC  596

seq1  AACATTTTCCACAGGATGGCATTATTATGACTTCTAATTATTTGATATCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTCCACAGGATGGCATTATTATGACTTCTAATTATTTGATATCA  646

seq1  TATGTTTCTATTCTTTCCTACACTTCAATGTTTCATATACTCAGTAATTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTCTATTCTTTCCTACACTTCAATGTTTCATATACTCAGTAATTG  696

seq1  CTAACATTTTATGATTTAAGTTAGCTTACACAATTTAGAATTTGAACATA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATTTTATGATTTAAGTTAGCTTACACAATTTAGAATTTGAACATA  746

seq1  GAAATCCTTATAACTCATGCATACATATTCTAGTTTGTTAGCTGGTCTAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCTTATAACTCATGCATACATATTCTAGTTTGTTAGCTGGTCTAG  796

seq1  TAAGATATACTCTAAAAAAAACTAAAAAGACTCATGAAGATTCTTTGTTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATATACTCTAAAAAAAACTAAAAAGACTCATGAAGATTCTTTGTTT  846

seq1  TGGAGTAATAGTGTCAATAGTGATGATTTGGTCAAGGATGCAGAGAATAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAATAGTGTCAATAGTGATGATTTGGTCAAGGATGCAGAGAATAT  896

seq1  CTGACTACAGAGATTTCAGCTCTAAATGACACATCTCCATCATACACCCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTACAGAGATTTCAGCTCTAAATGACACATCTCCATCATACACCCT  946

seq1  TTGCAATGTTCAGTGATCTAAGAAGACAGTGCCACAGGCAGTGGGTGGTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATGTTCAGTGATCTAAGAAGACAGTGCCACAGGCAGTGGGTGGTT  996

seq1  ATAAGGAAACAGCGTGCGTTTTCTGTAGACAGCAGGGGAGCTACAGATAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAAACAGCGTGCGTTTTCTGTAGACAGCAGGGGAGCTACAGATAT  1046

seq1  GAACTCACAAGAAATGTTACAGCATATGTAAGAAATGGCCAAGCTCATGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCACAAGAAATGTTACAGCATATGTAAGAAATGGCCAAGCTCATGC  1096

seq1  AAGACAGAATTC  1107
      ||||||||||||
seq2  AAGACAGAATTC  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |