BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194L15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 74,877,999 - 75,014,185
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUpb1, 1110038D17Rik, Snrpd3, AI646023
Upstream genePcdh15, EG630453, EG623346, Gnaz, LOC100040057, Rab36, Bcr, Specc1l, LOC100040670, Adora2a, EG544707
Downstream geneGgt1, Ggtla1, Susd2, Cabin1, Ddt, Gstt3, Gstt1, Gstt4, Gstt2, Mif, Derl3, Smarcb1, Mmp11, Ndg2, Gm867, Vpreb3, EG333669, Suhw2, Slc5a4b, Slc5a4a, LOC100040150, Prmt2, S100b, Dip2a, Pcnt, 2610028H24Rik, A130042E20Rik, Mcm3ap, Lss
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194L15.bB6Ng01-194L15.g
ACCGA017342GA017343
length1,1561,180
definitionB6Ng01-194L15.b B6Ng01-194L15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,013,052 - 75,014,185)(74,877,999 - 74,879,191)
sequence
gaattccacatcctggtaatttataaacaatagaagtttacttagcccgt
ggttctaacgtgaagcagaggaggagcatctggtgagggctttcttgctg
cgtcattgtctgtatcacatggctagagagcatgcaaggggcagtcagga
cttccgcgcacccggggagagagagccccgctgacccaatcaccctttaa
acggcagacctgctgggtttcccatgcatgtgctctgagtaggcggcact
cagggtggagaagacagcactgaccaggaaggaagaaggaagcgtggtgg
gggcccaacctggaggcattgaaacatctttggtccagacccatcacttc
ctagcagtgtggtccatttgggagctagggcacaaatatccttgttatcc
tgttgaagtgaggaggagatgaggtttgaaaagaggctgtcacaggactg
gggcaagccagcatgatgcagtgtctgttggtgagtccttcacctgggct
ttctgtgtggtgagatttggcaagagctaggctgaaacacattatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctatctacctacctaccta
cctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatctacctacctatctatctatctatctgactgtctgtctatcat
ctattcatccattcatcatctatcaataaatctacccatcatctatcaat
caatctatccatcatctatcagtcatctatcaatcatctattttagcact
gagaattggactctgggcctgaactatactaggcaaggtgctttttcacc
atactcccccccaccccctctcctttacttagccagtcttatggtgtagc
ctacactgggctcaaacttccaatcccccctgccctctgtcttatgagtg
ctaggatgacagggcctgtgttcactgtttctagcgcatctctctgagaa
ccccagaatcggtgggccagcttggtttcctggatgcactcaaggttttt
cttctggggtgaaaggaaagctccacttcgtcctgggaagaggggcctcg
gatcgcaatccacccggcttgctgtcggtctccactaagaaacttctgta
ccttct
gaattcacttggtagaccaggctggcctcaattcacagagagttgcctgt
ttctgcctccctcgtgctaggattaaaggcgtgcactgccacatctgcca
tggataagcatcaaaatgttttaaaggcaatagctagctaagtacctttg
gctagcctggaacttgcaacatccccctgcctctgcctctcaagtactga
gattacaagcccctgccaggatggctggtctagacactgtatctcacaac
accagaaaccaaggagcctgtgtctccggttcacccctccctgtccacca
ctgtggacccaggtgagatcagcagtcgccaggattgagcctcatctcct
ttagccctgaagagtcaaaccctgggccttgcatcacccacccgcttctc
tggctgccctccttggagaaaactgagttttctgttgtatccactgttag
taccatgggcctttttgttttattatgttatgttttctgttgtatataca
ttgtcatgttttctgttgtatccattgttggtaccatgggccttttggtc
atattatttgttatgttttaactgtcagggagataaaatgagcccctggt
ctattaccaaaaataaaaataaaagtaagagttctctgcctggtggtggt
gaggcactcacctttaatcccaggactcgggagacagaggtaagcagata
gatctctgtgagttcaagggcagcctggtctacagagcaagttgcagcat
agccagggctccacactgaagccctgtttccaaaacaaaaacaaacaaaa
aaaaaaccaaaaaagcaaaaagcaaaacaaacaagtaagggctgcttctt
aattcttagcttttcagacattatttgtgatgtctatggagacgcacata
cctctcatggaggtcagaggacaccctgtaggaatccgctctgtcccttt
cagcatgtgggacctgcaggctgaacttaaggctgccaggcaactccttc
gtccactgagccatcttggcagtcccttgatttttcagttttcatctcgt
gcatcctcaccacaacaaaacattcacgtcccccttcaaggaccagctgc
ctgcctttattcgcgatcagctctgcaagcattgttctcagcctgtattc
ttgcagtttgccttgggtttctaacacaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_75013052_75014185
seq2: B6Ng01-194L15.b_46_1201 (reverse)

seq1  AGAAAGTACAGAAGGTTTCTTTAGTGGAGA-CGACAGC-AGC--GGTGG-  45
      |||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||  ||||| 
seq2  AGAAGGTACAGAA-GTTTC-TTAGTGGAGACCGACAGCAAGCCGGGTGGA  48

seq1  TGGCGATCCGAGG-CCCTC-TCCCAGGACG-AGT-GAGCTTTCCTTTTCA  91
      | ||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||   
seq2  TTGCGATCCGAGGCCCCTCTTCCCAGGACGAAGTGGAGCTTTCCTTTCAC  98

seq1  CCCAGA--GAAAACCTTG-GTGCAT-CAGGAA--CCAGCT-GCCCA-CGA  133
      ||||||   ||||||||| |||||| ||||||  | |||| ||||| |||
seq2  CCCAGAAGAAAAACCTTGAGTGCATCCAGGAAACCAAGCTGGCCCACCGA  148

seq1  TTCT-GGGTTCTCAGAGAGATTGCGCTAGAAACAGTG-ACACAGG-CCTG  180
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  TTCTGGGGTTCTCAGAGAGA-TGCGCTAGAAACAGTGAACACAGGCCCTG  197

seq1  TCATCCTAGCACTCATAAGACAGA-GGCA-GGGGGATTGGAAGTTTGAGC  228
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTAGCACTCATAAGACAGAGGGCAGGGGGGATTGGAAGTTTGAGC  247

seq1  CCAGTGTAGGCTACACCATAAGACTGGCTAAGT-AAGGAGAGGGGGT-GG  276
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  CCAGTGTAGGCTACACCATAAGACTGGCTAAGTAAAGGAGAGGGGGTGGG  297

seq1  GGGGAGTATGGTGAAAAAGCA-CTTGCCTAGTATAGTTCAGGCCCAGAGT  325
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTATGGTGAAAAAGCACCTTGCCTAGTATAGTTCAGGCCCAGAGT  347

seq1  CCAATTCTCAGTGCTAAAATAGATGATTGATAGATGACTGATAGATGATG  375
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCTCAGTGCTAAAATAGATGATTGATAGATGACTGATAGATGATG  397

seq1  GATAGATTGATTGATAGATGATGGGTAGATTTATTGATAGATGATGAATG  425
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATTGATTGATAGATGATGGGTAGATTTATTGATAGATGATGAATG  447

seq1  GATGAATAGATGATAGACAGACAGTCAGATAGATAGATAGATAGGTAGGT  475
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATAGATGATAGACAGACAGTCAGATAGATAGATAGATAGGTAGGT  497

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  525
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  547

seq1  ATAGATAGGTAGGTAGGTAGGTACATACATANATAGATAGATAGATAGAT  575
      ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  597

seq1  AGATAGATAGATAGATAATGTGTTTCAGCCTAGCTCTTGCCAAATCTCAC  625
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAATGTGTTTCAGCCTAGCTCTTGCCAAATCTCAC  647

seq1  CACACAGAAAGCCCAGGTGAAGGACTCACCAACAGACACTGCATCATGCT  675
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGAAAGCCCAGGTGAAGGACTCACCAACAGACACTGCATCATGCT  697

seq1  GGCTTGCCCCAGTCCTGTGACAGCCTCTTTTCAAACCTCATCTCCTCCTC  725
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCCCCAGTCCTGTGACAGCCTCTTTTCAAACCTCATCTCCTCCTC  747

seq1  ACTTCAACAGGATAACAAGGATATTTGTGCCCTAGCTCCCAAATGGACCA  775
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAACAGGATAACAAGGATATTTGTGCCCTAGCTCCCAAATGGACCA  797

seq1  CACTGCTAGGAAGTGATGGGTCTGGACCAAAGATGTTTCAATGCCTCCAG  825
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTAGGAAGTGATGGGTCTGGACCAAAGATGTTTCAATGCCTCCAG  847

seq1  GTTGGGCCCCCACCACGCTTCCTTCTTCCTTCCTGGTCAGTGCTGTCTTC  875
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGCCCCCACCACGCTTCCTTCTTCCTTCCTGGTCAGTGCTGTCTTC  897

seq1  TCCACCCTGAGTGCCGCCTACTCAGAGCACATGCATGGGAAACCCAGCAG  925
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCTGAGTGCCGCCTACTCAGAGCACATGCATGGGAAACCCAGCAG  947

seq1  GTCTGCCGTTTAAAGGGTGATTGGGTCAGGGGGGCTCTCTCTCCCCGGGT  975
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCGTTTAAAGGGTGATTGGGTCAGCGGGGCTCTCTCTCCCCGGGT  997

seq1  GCGCGGAAGTCCTGACTGCCCCTTGCATGCTCTCTAGCCATGTGATACAG  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCGGAAGTCCTGACTGCCCCTTGCATGCTCTCTAGCCATGTGATACAG  1047

seq1  ACAATGACGCAGCAAGAAAGCCCTCACCAGATGCTCCTCCTCTGCTTCAC  1075
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGACGCAGCAAGAAAGCCCTCACCAGATGCTCCTCCTCTGCTTCAC  1097

seq1  GTTAGAACCACGGGCTAAGTAAACTTCTATTGTTTATAAATTACCAGGAT  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAACCACGGGCTAAGTAAACTTCTATTGTTTATAAATTACCAGGAT  1147

seq1  GTGGAATTC  1134
      |||||||||
seq2  GTGGAATTC  1156

seq1: chr10_74877999_74879191
seq2: B6Ng01-194L15.g_68_1247

seq1  GAATTCACTTGGTAGACCAGGCTGGCCTCAATTCACAGAGAGTTGCCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGGTAGACCAGGCTGGCCTCAATTCACAGAGAGTTGCCTGT  50

seq1  TTCTGCCTCCCTCGTGCTAGGATTAAAGGCGTGCACTGCCACATCTGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTCCCTCGTGCTAGGATTAAAGGCGTGCACTGCCACATCTGCCA  100

seq1  TGGATAAGCATCAAAATGTTTTAAAGGCAATAGCTAGCTAAGTACCTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAAGCATCAAAATGTTTTAAAGGCAATAGCTAGCTAAGTACCTTTG  150

seq1  GCTAGCCTGGAACTTGCAACATCCCCCTGCCTCTGCCTCTCAAGTACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCTGGAACTTGCAACATCCCCCTGCCTCTGCCTCTCAAGTACTGA  200

seq1  GATTACAAGCCCCTGCCAGGATGGCTGGTCTAGACACTGTATCTCACAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACAAGCCCCTGCCAGGATGGCTGGTCTAGACACTGTATCTCACAAC  250

seq1  ACCAGAAACCAAGGAGCCTGTGTCTCCGGTTCACCCCTCCCTGTCCACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAACCAAGGAGCCTGTGTCTCCGGTTCACCCCTCCCTGTCCACCA  300

seq1  CTGTGGACCCAGGTGAGATCAGCAGTCGCCAGGATTGAGCCTCATCTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGACCCAGGTGAGATCAGCAGTCGCCAGGATTGAGCCTCATCTCCT  350

seq1  TTAGCCCTGAAGAGTCAAACCCTGGGCCTTGCATCACCCACCCGCTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCTGAAGAGTCAAACCCTGGGCCTTGCATCACCCACCCGCTTCTC  400

seq1  TGGCTGCCCTCCTTGGAGAAAACTGAGTTTTCTGTTGTATCCACTGTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCCCTCCTTGGAGAAAACTGAGTTTTCTGTTGTATCCACTGTTAG  450

seq1  TACCATGGGCCTTTTTGTTTTATTATGTTATGTTTTCTGTTGTATATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGGGCCTTTTTGTTTTATTATGTTATGTTTTCTGTTGTATATACA  500

seq1  TTGTCATGTTTTCTGTTGTATCCATTGTTGGTACCATGGGCCTTTTGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATGTTTTCTGTTGTATCCATTGTTGGTACCATGGGCCTTTTGGTC  550

seq1  ATATTATTTGTTATGTTTTAACTGTCAGGGAGATAAAATGAGCCCCTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATTTGTTATGTTTTAACTGTCAGGGAGATAAAATGAGCCCCTGGT  600

seq1  CTATTACCAAAAATAAAAATAAAAGTAAGAGTTCTCTGCCTGGTGGTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTACCAAAAATAAAAATAAAAGTAAGAGTTCTCTGCCTGGTGGTGGT  650

seq1  GAGGCACTCACCTTTAATCCCAGGACTCGGGAGACAGAGGTAAGCAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACTCACCTTTAATCCCAGGACTCGGGAGACAGAGGTAAGCAGATA  700

seq1  GATCTCTGTGAGTTCAAGGGCAGCCTGGTCTACAGAGCAAGTTGCAGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTGTGAGTTCAAGGGCAGCCTGGTCTACAGAGCAAGTTGCAGCAT  750

seq1  AGCCAGGGCTCCACACTGAAGCCCTGTTTCCAAAAACAAAAACAAAACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  AGCCAGGGCTCCACACTGAAGCCCTGTTTCC-AAAACAAAAAC-AAACAA  798

seq1  AAAAAAAACCAAAAAAGCAAAAAGCAAAACAAAACAAAGTAAGGGCTGCT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  AAAAAAAACCAAAAAAGCAAAAAGCAAAACAAA--CAAGTAAGGGCTGCT  846

seq1  TCTTAATTCTTAGCTTTTCAGACATTTATTTGTGATGTCTATGGAGACGC  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATTCTTAGCTTTTCAGACA-TTATTTGTGATGTCTATGGAGACGC  895

seq1  ACATACCTCTCATGGAGGTCAGAGGACAACCTGTAGGAATCCGCTCTGTC  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCTCTCATGGAGGTCAGAGGACACCCTGTAGGAATCCGCTCTGTC  945

seq1  CC-TTCAGCATGTGGGACCTGCAGGCTGAACTT-AGGCTGCCAGGCAAAC  998
      || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CCTTTCAGCATGTGGGACCTGCAGGCTGAACTTAAGGCTGCCAGGC-AAC  994

seq1  TCCTTCGTCCACTGAGCCATCTTGGCAGTCCCTTGATTTTTCAGTTTTCC  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCCTTCGTCCACTGAGCCATCTTGGCAGTCCCTTGATTTTTCAGTTTT-C  1043

seq1  ATCCTCCGTGCATCCTCACCACAAC-AAACATCACCGTCCCCCTCACAGG  1097
      |||   ||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||   |||
seq2  ATC--TCGTGCATCCTCACCACAACAAAACATTCACGTCCCCCTTCAAGG  1091

seq1  CACAGCTGCCCTGCC-TTATCCGCGTTCAGCCTCTGCCAAGGCATTTGTT  1146
        |||||| |||||| |||| |||| |||| ||||||  | ||| |||||
seq2  ACCAGCTG-CCTGCCTTTATTCGCGATCAG-CTCTGC--AAGCA-TTGTT  1136

seq1  CCTCAGCCCCTGTTTTCCCTGCAGTTTGCTTTGTG-TTCTAACACAAG  1193
       |||||  ||||| || | |||||||||| ||| | ||||||||||||
seq2  -CTCAG--CCTGTATT-CTTGCAGTTTGCCTTGGGTTTCTAACACAAG  1180