BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198H20
Chromosome10 (Build37)
Map Location 124,382,313 - 124,541,098
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930503E24Rik, LOC671416
Downstream geneSlc16a7, LOC100042987, EG668313, LOC100042992, LOC668317, LOC100042994, Lrig3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198H20.bB6Ng01-198H20.g
ACCGA020072GA020073
length1,1511,065
definitionB6Ng01-198H20.b B6Ng01-198H20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,382,313 - 124,383,460)(124,540,039 - 124,541,098)
sequence
gaattcattaaggtctatggcacctcacccacaagccagggagggtcggg
cgcacaggacgcagagcaagacttcagtgaatgtcttcaaaatgagtgag
tgaacacattaaaagctcacacctggagcagccttttggtcacagcacat
aaaatgtggtctaaagggcacaccacaagcatgggcgtgaccctctctta
tctctcttgcactaccttcagtttctctcacaaggtactctatatctcac
agggctctgtctctcccagctcctcaagcaagcaaatgacagacactgca
gtcttcatccattttcggcacactgacgtgttcctttcatacaggaacat
ccctaggctcttatctttctcccttaaatctgtccagcattacagtctct
actccccatcaacagctcacctcaatcctattctgagcacttcctggaat
aggtagaaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaaacaaaacaaacaaa
caaacaaaactttatagtctcaataagtggctgttgattgacagtgagat
attgaaaatgaaaaagaataactataccaaaattgaccacttgaatgtct
tcatgttcttacttaactgttcatgttttattcatttttgtaaattaaag
ttaattctctttcatttgcttcaaatacttgattcttttttcttttcctt
gccagtcatctgaacaatgtttctgatataaaattgcttttcattatcag
acactgcaaatatccattgtggatacattgaatcgacacacatatctctg
actaataataatggcaaaagagaaaaagtcatgatggcagttacactaga
actggagatccaccaattcattcatcctgacctagaactacttatctctg
aagctcaccttctttcaaacataaaatagattaaaacaaaaacaaaaaca
aaaataccctgcagtgttttgggaagagtgtgtagtgacttaatgtctgg
agctgtttaagcctgaccaccagtttattttcacagtcgttgctgctaag
atcccatgtggtaggaatcattttttcatggaaaaactacgagaaattga
gatgaggatcacatgatcatagcgttgtgatcttcctaaagtcacttgtc
t

gaattctgcgattgcattaaggagtaagtgtataagagtaaaaggcgata
tgaagtcactggataataaagcaggccatagcttgattgcctggagatca
taagaactgatcatagtatggctcaaagaattgagtgtgtcaggtggatt
gagctaacaatagaagataaaaagtaagggcagaggatttcttccctgga
cttttgtcaaaccactgattgttttacttactttttgattgctctgacca
aacactgtggccacaacaacttgtaaaagaaagcattgaatttggagttt
agtggttctagaggatgagagtcctttaccatcctggtgggaagcatggc
aaaaggcaggaaggcaggcaggcaggcggacaagcatgatactggaacag
taactgagagatggcatttgatctataagcacaatggatcttggagtgga
tatgagcttttaaaatctcaaaactcactaccagtgacatcctcttcaat
caaagccatttctactcattcttctcaaataggttcatcaacccagtatt
caaatatatgagcctacggagtcattcaattcaaactaccacactactgt
tttcaaactgtttgcatagtctatgtctacttaatccctagagagcagag
ttcacctgtgacactagtgggcagaatgaggcttgtatattgtctgccag
gcctgtgatagctgatttcctcagaactgcctttgtctcattgaacagat
tttttaagtctctgagacaggaagatgctattaatgtaggcccacaatga
ggatacagtgtgatgattttcataagctggaaacactttgaagttacctg
gggagatttataaaaagctcttgtgcttaagctctgccttaattaccctg
caagtctttggaaataaacctgagacttggcttaaaaacaaacagacttt
ctctgataatttcgacactggaaaggtgtattttaacctatgtttatttg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtttcattgtaagtgtggtgccaacgttgc
ttgtgacataacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_124382313_124383460
seq2: B6Ng01-198H20.b_46_1196

seq1  GAATTCATTAAGGTCTATGGCACCTCACCCACAAGCCAGGGAGGGTCGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAAGGTCTATGGCACCTCACCCACAAGCCAGGGAGGGTCGGG  50

seq1  CGCACAGGACGCAGAGCAAGACTTCAGTGAATGTCTTCAAAATGAGTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACAGGACGCAGAGCAAGACTTCAGTGAATGTCTTCAAAATGAGTGAG  100

seq1  TGAACACATTAAAAGCTCACACCTGGAGCAGCCTTTTGGTCACAGCACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACATTAAAAGCTCACACCTGGAGCAGCCTTTTGGTCACAGCACAT  150

seq1  AAAATGTGGTCTAAAGGGCACACCACAAGCATGGGCGTGACCCTCTCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGGTCTAAAGGGCACACCACAAGCATGGGCGTGACCCTCTCTTA  200

seq1  TCTCTCTTGCACTACCTTCAGTTTCTCTCACAAGGTACTCTATATCTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTGCACTACCTTCAGTTTCTCTCACAAGGTACTCTATATCTCAC  250

seq1  AGGGCTCTGTCTCTCCCAGCTCCTCAAGCAAGCAAATGACAGACACTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCTGTCTCTCCCAGCTCCTCAAGCAAGCAAATGACAGACACTGCA  300

seq1  GTCTTCATCCATTTTCGGCACACTGACGTGTTCCTTTCATACAGGAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCATCCATTTTCGGCACACTGACGTGTTCCTTTCATACAGGAACAT  350

seq1  CCCTAGGCTCTTATCTTTCTCCCTTAAATCTGTCCAGCATTACAGTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGGCTCTTATCTTTCTCCCTTAAATCTGTCCAGCATTACAGTCTCT  400

seq1  ACTCCCCATCAACAGCTCACCTCAATCCTATTCTGAGCACTTCCTGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCATCAACAGCTCACCTCAATCCTATTCTGAGCACTTCCTGGAAT  450

seq1  AGGTAGAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAACAAACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAACAAACAAA  500

seq1  CAAACAAAACTTTATAGTCTCAATAAGTGGCTGTTGATTGACAGTGAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAACTTTATAGTCTCAATAAGTGGCTGTTGATTGACAGTGAGAT  550

seq1  ATTGAAAATGAAAAAGAATAACTATACCAAAATTGACCACTTGAATGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAATGAAAAAGAATAACTATACCAAAATTGACCACTTGAATGTCT  600

seq1  TCATGTTCTTACTTAACTGTTCATGTTTTATTCATTTTTGTAAATTAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCTTACTTAACTGTTCATGTTTTATTCATTTTTGTAAATTAAAG  650

seq1  TTAATTCTCTTTCATTTGCTTCAAATACTTGATTCTTTTTTCTTTTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCTCTTTCATTTGCTTCAAATACTTGATTCTTTTTTCTTTTCCTT  700

seq1  GCCAGTCATCTGAACAATGTTTCTGATATAAAATTGCTTTTCATTATCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCATCTGAACAATGTTTCTGATATAAAATTGCTTTTCATTATCAG  750

seq1  ACACTGCAAATATCCATTGTGGATACATTGAATCGACACACATATCTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCAAATATCCATTGTGGATACATTGAATCGACACACATATCTCTG  800

seq1  ACTAATAATAATGGCAAAAGAGAAAAAGTCATGATGGCAGTTACACTAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATAATAATGGCAAAAGAGAAAAAGTCATGATGGCAGTTACACTAGA  850

seq1  ACTGGAGATCCACCAATTCATTCATCCTGACCTAGAACTACTTATCTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGATCCACCAATTCATTCATCCTGACCTAGAACTACTTATCTCTG  900

seq1  AAGCTCACCTTCTTTCAAACATAAAATAGATTAAAACAAAAACAAAAACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCACCTTCTTTCAAACATAAAATAGATTAAAACAAAAACAAAAACA  950

seq1  AAAATACCCTGCAGTGTTTTGGGAAGAGTGTGTAGTGACTTAATGTCTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACCCTGCAGTGTTTTGGGAAGAGTGTGTAGTGACTTAATGTCTGG  1000

seq1  AGCTGTTAAAG-CTGACCA-CAGTT--ATTTCACAGTCGTTGCTGCTAAG  1046
      ||||||| ||| ||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTTAAGCCTGACCACCAGTTTATTTTCACAGTCGTTGCTGCTAAG  1050

seq1  AT-CCATGTGGTA-GAATCA-TTTTTCATGGAAAAAATTACGAGAAAATG  1093
      || |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||
seq2  ATCCCATGTGGTAGGAATCATTTTTTCATGG-AAAAACTACGAGAAATTG  1099

seq1  AGATGAAGGATCACATGATCATAGCGTGGTGGATCTTTCTAAAAGTCACT  1143
      ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| || |||||||||
seq2  AGATG-AGGATCACATGATCATAGCGTTGT-GATCTTCCT-AAAGTCACT  1146

seq1  TGTCT  1148
      |||||
seq2  TGTCT  1151


seq1: chr10_124540039_124541098
seq2: B6Ng01-198H20.g_66_1130 (reverse)

seq1  TGTGTTATGTCACAAGCACCTTTG----CACACCTATACATGAAAACAAC  46
      |||||||||||||||||| | |||    ||||| || | ||| |||||||
seq2  TGTGTTATGTCACAAGCAACGTTGGCACCACACTTACA-ATG-AAACAAC  48

seq1  ACACACACACACACACACAAATAAACATAGGTTAAAATACAC--TTTCAG  94
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||
seq2  ACACACACACACACACACAAATAAACATAGGTTAAAATACACCTTTCCAG  98

seq1  TGTCGAAATTATCAGAGAAAGTCTGTTTGTTTTTAAGCCAAGTCTCAGGT  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGAAATTATCAGAGAAAGTCTGTTTGTTTTTAAGCCAAGTCTCAGGT  148

seq1  TTATTTCCAAAGACTTGCA-GGTAATTAAGGCAGAGCTTAAGCACAAGAG  193
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCCAAAGACTTGCAGGGTAATTAAGGCAGAGCTTAAGCACAAGAG  198

seq1  CTTTTTATAAATCTCCCCAGGTAACTTCAAAGTGTTTCCAGCTTATGAAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATAAATCTCCCCAGGTAACTTCAAAGTGTTTCCAGCTTATGAAA  248

seq1  ATCATCACACTGTATCCTCATTGTGGGCCTACATTAATAGCATCTTCCTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCACACTGTATCCTCATTGTGGGCCTACATTAATAGCATCTTCCTG  298

seq1  TCTCAGAGACTTAAAAAATCTGTTCAATGAGACAAAGGCAGTTCTGAGGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAGACTTAAAAAATCTGTTCAATGAGACAAAGGCAGTTCTGAGGA  348

seq1  AATCAGCTATCACAGGCCTGGCAGACAATATACAAGCCTCATTCTGCCCA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCTATCACAGGCCTGGCAGACAATATACAAGCCTCATTCTGCCCA  398

seq1  CTAGTGTCACAGGTGAACTCTGCTCTCTAGGGATTAAGTAGACATAGACT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTCACAGGTGAACTCTGCTCTCTAGGGATTAAGTAGACATAGACT  448

seq1  ATGCAAACAGTTTGAAAACAGTAGTGTGGTAGTTTGAATTGAATGACTCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAACAGTTTGAAAACAGTAGTGTGGTAGTTTGAATTGAATGACTCC  498

seq1  GTAGGCTCATATATTTGAATACTGGGTTGATGAACCTATTTGAGAAGAAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCTCATATATTTGAATACTGGGTTGATGAACCTATTTGAGAAGAAT  548

seq1  GAGTAGAAATGGCTTTGATTGAAGAGGATGTCACTGGTAGTGAGTTTTGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGAAATGGCTTTGATTGAAGAGGATGTCACTGGTAGTGAGTTTTGA  598

seq1  GATTTTAAAAGCTCATATCCACTCCAAGATCCATTGTGCTTATAGATCAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAAAAGCTCATATCCACTCCAAGATCCATTGTGCTTATAGATCAA  648

seq1  ATGCCATCTCTCAGTTACTGTTCCAGTATCATGCTTGTCCGCCTGCCTGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATCTCTCAGTTACTGTTCCAGTATCATGCTTGTCCGCCTGCCTGC  698

seq1  CTGCCTTCCTGCCTTTTGCCATGCTTCCCACCAGGATGGTAAAGGACTCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTCCTGCCTTTTGCCATGCTTCCCACCAGGATGGTAAAGGACTCT  748

seq1  CATCCTCTAGAACCACTAAACTCCAAATTCAATGCTTTCTTTTACAAGTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTAGAACCACTAAACTCCAAATTCAATGCTTTCTTTTACAAGTT  798

seq1  GTTGTGGCCACAGTGTTTGGTCAGAGCAATCAAAAAGTAAGTAAAACAAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGCCACAGTGTTTGGTCAGAGCAATCAAAAAGTAAGTAAAACAAT  848

seq1  CAGTGGTTTGACAAAAGTCCAGGGAAGAAATCCTCTGCCCTTACTTTTTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTTTGACAAAAGTCCAGGGAAGAAATCCTCTGCCCTTACTTTTTA  898

seq1  TCTTCTATTGTTAGCTCAATCCACCTGACACACTCAATTCTTTGAGCCAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTATTGTTAGCTCAATCCACCTGACACACTCAATTCTTTGAGCCAT  948

seq1  ACTATGATCAGTTCTTATGATCTCCAGGCAATCAAGCTATGGCCTGCTTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGATCAGTTCTTATGATCTCCAGGCAATCAAGCTATGGCCTGCTTT  998

seq1  ATTATCCAGTGACTTCATATCGCCTTTTACTCTTATACACTTACTCCTTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCAGTGACTTCATATCGCCTTTTACTCTTATACACTTACTCCTTA  1048

seq1  ATGCAATCGCAGAATTC  1060
      |||||||||||||||||
seq2  ATGCAATCGCAGAATTC  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |